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分子实验室常用数据

一、核酸及蛋白质常用数据

1.核苷三磷酸的物理常数

化合物

分子量

λmax(pH7.0)

1摩尔溶液(pH7.0)中λmax时的最大吸收值

OD280/OD260

ATP

507

259

15400

0.15

CTP

483

271

9000

0.97

GTP

523

253

13700

0.66

UTP

484

262

10000

0.38

dATP

494

259

15200

0.15

dCTP

467

271

9300

0.98

dGTP

507

253

13700

0.66

dTTP

482

267

9600

0.71

2.常用核酸的长度与分子量

核酸

核苷酸数

分子量

λDNA

48502(双链环状)

3.0×107

pBR322

4363(双链)

2.8×106

28SrRNA

4800

1.6×106

23SrRNA

3700

1.2×106

18SrRNA

1900

6.1×105

19SrRNA

1700

5.5×105

5SrRNA

120

3.6×104

tRNA(大肠杆菌)

75

2.5×104

3.常用核酸蛋白换算数据

  

(1)重量换算

  1μg=10-6g     1pg=10-12g

  1ng=10-9g     1fg=10-15g

  

(2)分光光度换算:

  1A260双链DNA=50μg/ml

  1A260单链DNA=30μg/ml

  1A260单链RNA=40μg/ml

  (3)DNA摩尔换算:

  1μg100bpDNA=1.52pmol=3.03pmol末端

  1μgpBR322DNA=0.36pmol

  1pmol1000bpDNA=0.66μg

  1pmolpBR322=2.8μg

  1kb双链DNA(钠盐)=6.6×105道尔顿

  1kb单链DNA(钠盐)=3.3×105道尔顿

  1kb单链RNA(钠盐)=3.4×105道尔顿

  (4)蛋白摩尔换算:

  100pmol分子量100,000蛋白质=10μg

  100pmol分子量50,000蛋白质=5μg

  100pmol分子量10,000蛋白质=1μg

  氨基酸的平均分子量=126.7道尔顿

  (5)蛋白质/DNA换算:

  1kbDNA=333个氨基酸编码容量=3.7×104MW蛋白质

  10,000MW蛋白质=270bpDNA

  30,000MW蛋白质=810bpDNA

  50,000MW蛋白质=1.35kb

  100,000MW蛋白质=2.7kbDNA

4.常用蛋白质分子量标准参照物

(1)高分子量标准参照

(2)中分子量标准参照

(3)低分子量标准参照

肌球蛋白

分子量

磷酸化酶B

97,400

碳酸酐酶

31,00

肌球蛋白

212,000

牛血清白蛋白

66,200

大豆脻蛋白酶

21,500

β-半乳糖甘酶B

116,000

谷氨酶脱氢酶

55,000

抑制剂

磷酸化酶B

97,400

卵白蛋白

42,700

马心肌球蛋白

16,900

牛血清白蛋白

66,200

醛缩酶

40,000

溶菌酶

14,400

过氧化氢酶`

57,000

碳酸酐酶

31,000

肌球蛋白(F1)

8,100

醛缩酶

40,000

大豆脻蛋白酶

21,500

肌球蛋白(F2)

6,200

抑制剂

肌球蛋白(F3)

2,500

溶菌酶

14,400

5.常用DNA分子量标准参照物

λDNA/HindⅢ

λDNA/EcoRⅠ

λ/HindⅢ+EcoRⅠ

pBR322/HaeⅢ

23130

21226

21227

587

123

9416

7421

5148

405

104

6557

5804

4973

504

89

4361

5643

4268

458

80

2322

4843

3530

434

64

2027

3530

2027

267

57

564

1904

234

51

125

1584

213

21

1375

192

18

974

184

11

831

124

7

564

125

续上表

pBR322/HinfⅠ

φχ174/HinfⅠ

φχ174/HaeⅢ

φχ174/TapⅠ

1631

726

140

1353

2914

517

713

118

1078

1175

506

553

100

872

404

396

500

82

603

327

344

417

66

310

231

298

413

48

281

141

221

311

42

271

87

220

249

40

234

54

154

200

24

194

33

75

151

118

20

72

二、常用缓冲液

  1.分子克隆常用缓冲液

TE(pH7.4)

10mmol/LTris.Cl(pH7.4)1mmol/LEDTA(pH8.0)

TE(pH7.6)

10mmol/LTris.Cl(pH7.6)1mmol/LEDTA(pH8.0)

TE(pH8.0)

10mmol/LTris.Cl(pH8.0)1mmol/LEDTA(pH8.0)

STE(或称TEN)

10mmol/LTris.Cl(pH8.0)1mmol/LEDTA(pH8.0)0.1mol/LNaCl

STET

10mmol/LTris.Cl(pH8.0)1mmol/LEDTA(pH8.0)0.1mol/LNaCl5%TritonX-100

TNT

10mmol/LTris.Cl(pH8.0)150mmol/LNaCl0.05%Tween20

  2.磷酸缓冲液

  

(1)25℃下0.1mol/L磷酸钾缓冲液的配制※

pH

1mol/LK2HPO4(ml)

1mol/LKH2PO4(ml)

5.8

8.5

91.5

6.0

13.2

86.8

6.2

19.2

80.8

6.4

27.8

72.2

6.6

38.1

61.9

6.8

49.7

50.3

7.0

61.5

38.5

7.2

71.7

28.3

7.4

80.2

19.8

7.6

86.6

13.4

7.8

90.8

9.2

8.0

94.0

6.2

  

(2)25℃下0.1mol/L磷酸钠缓冲液的配制※

pH

1mol/LNa2HPO4(ml)

1mol/LNaH2PO4(ml)

5.8

7.9

92.1

6.0

12.0

88.0

6.2

17.8

82.2

6.4

25.5

74.5

6.6

35.2

64.8

6.8

46.3

53.7

7.0

57.7

42.3

7.2

68.4

31.6

7.4

77.4

22.6

7.6

84.5

15.5

7.8

89.6

10.4

8.0

93.2

6.8

  ※:

用蒸馏水将混合的两种1mol/L贮存液稀释至1000ml,根据Henderson-Hasselbalch方程计算其pH值:

  pH=pK'+1g([质子受体]/[质子供体])

  在此,pK'=6.86(25℃)。

  3.电泳缓冲液

  测序凝胶加样缓冲液

  98%去离子甲酰胺

  10mol/LEDTA(pH8.0)

  0.025%二甲苯青FF

  0.025%溴酚蓝

  甲酰胺:

许多批号的试剂级甲酰胺,其纯度符合使用要求,无须再进行处理。

不过,一旦略呈黄色,则应用在磁力搅拌器上将甲酰胺与DowexXG8混合床树脂共同搅拌1小时进行去离子处理,并用Whatman1号滤纸过滤2次,去离子甲酰胺分装成小份,充氮存于-70℃。

常用的电泳缓冲液

缓冲液

使用液

浓贮存液(每升)

Tris-乙酸(TAE)

1×:

0.04mol/LTris-乙酸

50×:

242gTris碱

0.001mol/LEDTA

57.1ml冰乙酸

100ml0.5mol/LEDTA(pH8.0)

Tris-磷酸(TPE)

1×:

0.09mol/LTris-磷酸

10×:

10gTris碱

0.002mol/LEDTA

15.5ml85%磷酸(1.679g/ml)

40ml0.5mol/LEDTA(pH8.0)

Tris-硼酸(TBE)a

0.5×0.045mol/LTris-硼酸

5×:

54gTris碱

0.001mol/LEDTA

27.5硼酸

20ml0.5mol/LEDTA(pH8.0)

碱性缓冲液b

1×:

50mmol/LNaOH

1×:

5ml10mol/LNaOH

1mmol/LEDTA

2ml0.5mmol/LEDTA(pH8.0)

Tris-甘氨酸c

1×:

25mmol/LTris

5×:

15.1gTris

250mmol/L甘氨酸

94g苷氨酸(电泳级)(pH8.3)

0.1%SDS

50ml10%SDS(电泳级)

  说明:

  ①TBE溶液长时间存放后会形成沉淀物,为避免这一问题,可在室温下用玻璃瓶保存5×溶液,出现沉淀后则予以废弃。

  以片都以1×TBE作为使用液(即1:

5稀释浓贮液)进行琼脂糖凝胶电泳。

但0.5×的使用液已具备足够的缓冲容量。

目前几乎所有的琼脂糖胶电泳都以1:

10稀释的贮存液作为使用液。

  进行聚丙烯酰胺凝胶垂直槽的缓冲液槽较小,故通过缓冲液的电流量通常较大,需要使用1×TBE以提供足够的缓冲容量。

  ②碱性电泳缓冲液应现用现配。

  ③Tris-甘氨酸缓冲液用SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳。

  2×SDS凝胶加样缓冲液:

  100mmol/LTris·HCl(6.8

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