最大简约法PAUP4 系统发育树.docx

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最大简约法PAUP4.0构建系统发育树

本教程将一步一步教大家怎么构建系统发育树。

首先需准备用于构建系统发育树的序列fasta文件，然后将fasta序列文件使用MEGA软件进行alignment比对，再保存成nexus格式的文件用于建树。

A.构建最大简约树（MP树）

1.打开PAUP软件

2.依次选择File>>open>>chooseNEXUSfile3.Execute

如下图：

4.Analysis>>Heuristicsearch

5.StepwiseAddition>>random>>#reps:

100

6.BranchSwapping>>Stopsearchafter"60seconds">>check"Savemultipletrees"

7.Crick"OK"

8.Howtofindthebesttreefromequallyparsimonioustrees

8.1Trees>>Treescores>>Likelihood

8.2.CrickTopologytest（SH,KH）

8.3.Choose“Kishino-Hasegawatest”>>Crick"OK"&"OK"

8.4.Treeno.1waschosenasthebesttree

9.Howtosavethebesttree9.1.Trees>>Print/Viewtrees

9.2.Choosethebesttree（Examplethefirsttree）>>Crick"Rooting"

9.3.DefineOutgroup

9.4.Chooseoutgrouptaxa>>OK

9.5."SavethistreeasPDF"9.6.Trees>>Savetreestofile9.7.Trees>>DescribeTreesCalculateCI,RI,RCvalues

9.8.Edit>>EditDisplayBufferFiles>>SaveDisplayBuffer9.9.ClosePAUP

B.Bootstrapanalysis

1.OpenPAUP>>Openthealignmentfile

>>Execute

2.Analysis>>Bootstrap/Jackknife

如下图：

3.Crick"Continue"

4.SetMaxTrees

SetMaxtreeno.as1000or100（Thisdependsonthesizeofalignment）

Crick"Leaveunchanged,anddon'tprompt

如下图：

5.Crick"Search">>Waituntilfinishingbootstrapanalysis

6.Trees>>Print/ViewBootstrapConsensus

7.Chooseoutgrouptaxa>>OK"SavethistreeasPDF"

8.Edit>>EditDisplayBuffer9.Files>>SaveDisplayBuffer10.ClosePAUP