Genemapper微卫星分析报告中文操作指南设计.docx

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Genemapper微卫星分析报告中文操作指南设计

GeneMapper软件

微卫星分析中文简易操作手册

微卫星分析流程：

软件术语介绍：

术语

定义

Analysis

Parameters

软件中分析样品所使用的特定设置；用于计算片段大小和基因

型，这些特定设置包括analysismethod,sizestandard和panel

bin

在marker设定等位基因的片段大小和颜色

binset

等位基因特定实验条件下一组bin

marker

微卫星标记，通过位点名称、片段大小、荧光标记和重复长度

进行设定

panel

Marker组合

kit

panel组合

一．设定微卫星分析方法：

1.登录GeneMapper软件：

1.1

选择开始--AllPrograms--AppliedBiosystems--GeneMapper--GeneMapper；或双击桌面快捷方式打开软件；

1.2登录GeneMapper软件：

用户名默认为gm，在Passwprd中输入密码，点击OK进入GeneMapper软件

2创建分析所需kit、panel和marker等参数:

2.1点击软件上方工具栏Tools，选择PanelManager；

2.2在PanelManager对话框中，选中1PanelManager，点击2新建Kit；于NewKit对话框中依次输入Kit名称，Kit类型，并点击OK保存设置；

2.3在PanelManager对话框中，选中1STRKIT，点击2新建Panel；3中输入Panel名称；

2.4选中1STRpanel，点击2新建Marker，在3位置依次输入MarkerName（Marker名称），DyeColor（荧光标记种类），MinSize，MaxSize（片段最小值和最大值），MarkerRepeat（重复次数）；

2.5重复2.4步骤，完成所有Marker设置，点击OK保存；

3.创建新文件，导入数据：

3.1点击1新建文件夹，在2ProjectType中文件夹类型选择Microsatellite，点击OK；

3.2导入数据：

点击1AddSamplesToProject添加数据，在弹出的对话框中选择待分析数据，通过3AddToList添加到右边的面板中，点击4Add完成数据添加；

4.设置分析参数：

4.1完成数据添加后，在1位置，AnalysisMethod中选择NewAnalysisMethod新建分析方法；在弹出的对话框中选择分析类型2Microsatellite，点击OK确认；

4.2设置分析参数：

在AnalysisMethodEditor中，点击1General，填写2Name（分析方法名称）；之后点击3Allele，在将4BinSet选择none；其它参数为软件默认，不需要修改；点击OK确认；

4.3选定好之前设定的分析方法，在后续的栏目中设定Panel和SizeStandard（分子量标）；

4.4完成分析参数设定后，选中AnalysisMethod，Panel和SizeStandard栏目，点击1File，选择2FillDown；此时，AnalysisMethod，Panel和SizeStandard栏目会使用之前选定的分析参数；也可以使用鼠标分别选择；

4.5保存分析文件：

点击File，选择SaveProject，输入文件夹名称：

5.执行初始分析：

5.1点击分析按钮1，分析数据：

5.2在1Genotypes中查看初步分析结果，或通过2DisplayPlots选项查看样品分型图：

5.3在样品分型图界面中，PlotSetting选择MicrosatelliteDefault；通过软件上方的快捷按钮编辑数据显示方式：

6创建BinSet：

6.1打开Tools—PanelManager，选中1STRKit，点击2新建BinSet，在弹出的NewBinSet对话框3中输入BinSet名称：

6.2添加参考数据：

6.2.1确保1BinSet已选择新建的BinSet，选中2STRPanel，此时会显示出之前新建的每个Marker，点击3AddReferenceData添加参考数据；

6.2.3在AddMicrosatelliteReferenceData对话框中，选择1参考数据，通过2AddToList添加至右面的面板中，点击3Add，完成添加：

6.3生成BinSet：

完成参考数据添加后，点击1AutoBin，之后使用软件默认参数，点击2OK，自动生成BinSet：

6.4编辑BinSet：

分别选中每个Marker1查看其对应的Bin，选中2Bin，右键进行Bin的编辑或者删除，也可通过软件3处的快捷图标进行Bin的编辑；完成后点击OK生成BinSet；

二．分析并检查结果：

1.编辑分析方法：

点击软件上方快捷图标1AnalysisMethodEditor，将Allele中的2BinSet修改为之前新建的BinSet，其他参数保持默认，点击OK；

2.点击分析按钮再次分析数据，通过Genotypes查看分型结果，或选中数据通过DisplayPlots查看样品分型图；

选中需要查看的数据，否则无法查看SamplesPlot：

查看样品分型图：

三．打印并导出数据（可选）：

1.在View中选择不同的界面（Samples，Genotypes等），再通过File—Export/Print导出或者打印相应的数据：

2.在Analysis中选择不同的界面（DisplayPlots，ReportManager等），再通过File—Export/Print导出或者打印相应的数据：