分子生物学中常用数据库.docx
《分子生物学中常用数据库.docx》由会员分享,可在线阅读,更多相关《分子生物学中常用数据库.docx(10页珍藏版)》请在冰豆网上搜索。
分子生物学中常用数据库
分子生物学中常用数据库
综合数据库:
来源:
生物信息学网址链接:
http:
//www.bioinformatics.ca/links_directory/
NucleicAcidResearchDatabaseIssue:
http:
//nar.oupjournals.org/content/vol32/suppl_2/
一、蛋白相关数据库蛋白质结构域预测工具
Esignal:
http:
//motif.stanford.edu/esignal/
信号传导系统蛋白的结构域预测工具,凡是涉及到信号传导系统的蛋白用这个预测效果最佳
SignalP:
http:
//www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/
信号肽预测工具,适合定位于非胞质位置的蛋白质
Emotif:
http:
//motif.stanford.edu/emotif-search/
结构域预测工具,由于其用motif电子学习的方法产生结构域模型,故预测效果比Prosite好
Ematrix:
http:
//fold.stanford.edu/ematrix/
是用Matrix的方法创建的结构域数据库,可与emotif互相印证。
其速度快,可快速搜索整个基因组
InterPro:
http:
//www.ebi.ac.uk/InterProScan/
EBI提供的服务,用图形的形式表示出搜索的结构域结果
TRRD:
http:
//wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/gnw/trrd/
转录因子结构域预测的最好数据库。
但不会用
Protscale:
http:
//cn.expasy.org/cgi-bin/protscale.pl
可分析该序列的各种性状如活动度、亲水性(Kyte&Doolittle)、抗原性(Hopp&Woods)等
通过寻找MOTIF和Domain来分析蛋白质的功能
A.MOTIF是蛋白中较小的保守序列片断,其概念比Domain小
PROSITE:
http:
//cn.expasy.org/tools/scanprosite/
是专门搜索蛋白质Motif的数据库,其中signatureseqs是最重要的motif信息
B.Domain:
若干motif可形成一个Domain,每个Domain形成一个球形结构,Domain与Domain之间通常像串珠一样相连
Pfam:
http:
//www.sanger.ac.uk
可以搜索某段序列中的Domain,并以图形化表示出来。
这个数据库非常重要。
用法:
在搜索栏中输入蛋白的swissprot的序列号
CDD:
http:
//www.ebi.ac.uk/interpro/
NCBI搜索时在每个蛋白质Link旁都有Blink,Domains两个链接。
Domains可以直接看到这个蛋白的确定的结构域。
如果要在CDD数据库寻找Domain信息,则可进入Blink链接,再进行CDD搜索,就可以了。
看Domain的详细信息可以到:
http:
//www.ebi.ac.uk/interpro/上进行搜索查看
蛋白跨膜序列分析
kyte-Doolittle疏水性分析:
每个等于或高于1.8的峰都可能是跨膜结构域
蛋白质结构预测工具
PREDATOR:
http:
//npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?
page=/NPSA/npsa_preda.html
蛋白质二级结构预测工具
蛋白质糖基化位点的预测
http:
//bioresearch.ac.uk/browse/mesh/C0017982L1222670.html
这是个综合连接。
包括:
DictyOGlycpredictionserver,NetOGlycpredictionserver,YinOYangserver,METAIIPredictProteinserver,O-GLYCBASE,GlycoModtool
蛋白质结构数据库
MMDB:
http:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/MMDB/mmdb.shtml
NCBI的蛋白质结构数据库,要使用Cn3Dv4.1软件观看
PDB:
http:
//www.rcsb.org/pdb/
ProteinDataBank,要使用SwissPDBviewer软件观看
蛋白质综合数据库
PIR:
http:
//pir.georgetown.edu
Uniprothttp:
//www.pir.uniprot.org
二、核酸相关数据库
三大主要核酸序列数据库:
EMBL:
http:
//www.ebi.ac.uk/embl/
GenBank:
http:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/
DDBJ:
http:
//www.ddbj.nig.ac.jp
RNA二级结构及非编码区功能预测:
RNA二级结构预测:
http:
//www.genebee.msu.su/services/rna2_reduced.html
速度快,生成图像
最好的RNA二级结构预测软件:
mfold
UTR功能区预测:
r.it/BIG/UTRHome/
预测mRNA翻译能力的在线工具:
http:
//wwwmgs.bionet.nsc.ru/programs/acts2/ma_mRNA.htm
其说明书在:
http:
//wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/papers/kochetov/bioinf/
RegRNA:
http:
//bidlab.life.nctu.edu.tw/RegRNA2/website/
RFAM:
http:
//www.sanger.ac.uk/Software/Rfam/
RNAworld:
http:
//www.imb-jena.de/RNA.html
RNAresourceLinks:
http:
//bidlab.life.nctu.edu.tw/RegRNA2/website/references/
基因转录调控相关数据库
EPDhttp:
//www.epd.isb-sib.ch
真核生物启动子,好用
TRRD:
TranscriptionRegulatoryRegionsDatabase
可搜索某一基因的调控区及相关转录因子
TRANSFAC:
http:
//www.generegulation.de
可搜索所有转录因子的数据,好用
启动子数据库:
http:
//www.epi.isb-sib.ch
转录因子结合位点http:
//www.ejbiotechnology.info/content/vol3/issue3/full/2/bip/
电子延伸相关在线软件
意大利CAP3软件:
http:
//bio.ifom-firc.it/ASSEMBLY/assemble.html
强烈推荐使用,使用时只需将整个Unigene全部序列文件输入就可以了
序列比对在线软件
Multialin:
http:
//prodes.toulouse.inra.fr/multalin/multalin.html
最好的多序列比对在线工具
FASTA:
http:
//www.ebi.ac.uk/fasta/,http:
//fasta.bioch.virginia.edu
BLAST:
http:
//www.ncbi.nih.gov/BLAST/
Motif的发现与利用Motif发现新的功能基因
MEME:
http:
//meme.sdsc.edu/meme/website/intro.html
可以发现几个序列所共有的motif以及根据已知的motif搜索est数据库以发现新的基因,此软件输出结果不好读懂
BLOCKMaker:
http:
//blocks.fhcrc.org
inwhichBlockmakerisVeryGood
http:
//bioinformatics.weizmann.ac.il/blocks/blockmkr/www/make_blocks.html
可通过蛋白多序列比对寻找其中的保守区域,非常好用,易学
IRES及其他UTR功能序列的预测
UTRscan:
r.it/BIG/UTRScan/,r.it/BIG/UTRScan/
需要先注册email
三、表达数据库
EST聚类表达数据资源
Unigene:
http:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/unigene/
不用说了,老牌的EST聚类程序,数据库质量很好,但毛病也不少,不过我常用它
TIGR:
http:
//www.tigr.org/tdb/tgi/
按独一无二的剪接体对EST进行聚类,并从中得出独一无二的共有的序列,每个Cluster的EST都有图形排列显示
Allgenes:
http:
//www.allgenes.org
其EST聚类要求比较严格,但每个Cluster都有一个质量极高的mRNA序列,可轻松定位到基因组上
MIPS:
http:
//mips.gsf.de/proj/human/
MIPS的EST聚类数据库。
其中有个工具特别好,就是在BLAST服务中有个可以得到与BLAST基因相近EST的组织分布的程序
特殊的表达数据库
前列腺表达数据库:
http:
//www.pedb.org
膀胱癌EST数据库:
http:
//bladder.nhri.org.tw
Microarray和SAGE表达数据库及其分析工具
全身正常组织microarray数据(U133A,U133B):
http:
//www.dev.gmod.org
较全的全身正常组织microarray数据库,推荐,要搜索表达数据需在search中数据探针名称(U133A,U133B),注意必须安装AdobeSVGViewer,得到的数据需要用photoshop颠倒过来才能观看。
斯坦福大学生物芯片数据库:
http:
//genome-www5.stanford.edu/
最好的生物芯片数据库,不仅数据源丰富,而且数据搜索软件功能齐全,但要学会也需要点时间
CleanEX:
http:
//www.cleanex.isb-sib.ch
用于分析比较来源于不同技术平台的表达数据
EBIarraydatabase:
http:
//www.ebi.ac.uk/arrayexpress/
欧洲生物信息学会主办的基因芯片数据库
RAD:
http:
//www.cbil.upenn.edu/RAD/php/
功能与CleanEX近似,推荐使用
GeneExpressionDb:
http:
//discover.nci.nih.gov
提供60多个肿瘤细胞系的基因芯片数据
NIAID:
http:
//madb.niaid.nih.gov
ONCOMINE:
http:
//141.214.6.50/oncomine/main/
AWR1UkoANDMYEMAIL非常好的肿瘤microarray数据库
GENEHOPPER:
http:
//genehopper.lumc.nl/db/
利用accessionnum将microarray数据与Genebank进行连接的软件
NetAffx:
MicroarrayAnotationDatabase:
探针注释数据库
四、其它数据库
免疫学相关数据库
MHCI结合表型预测:
http:
//bimas.dcrt.nih.gov/molbio/hla_bind/
已经试过,非常好用
两种常用表位预测数据库
ProPred-I:
http:
//www.imtech.res.in/raghava/propred1/
SYFPEITHI:
http:
//www.uni-tuebingen.de/uni/kxi/
MHCI表型预测与蛋白酶体降解分析
SYFPEITHI的MHCI表型预测工具:
http:
//syfpeithi.bmi-
SEREX数据库:
http:
//www2.licr.org/CancerImmunomeDB/
CT抗原数据库:
http:
//www.cancerimmunity.org/CTdatabase/
Immunology相关工具综合:
http:
//www.cancerimmunity.org
特殊数据库
McGill:
http:
//ww2.mcgill.ca/androgendb/
雄激素受体数据库
肿瘤数据库
染色体突变数据库:
http:
//www.infobiogen.fr/services/chromcancer/
内源性逆转录病毒数据库:
http:
//www.girinst.org
包含100多个内源性逆转录病毒家族,每个家族都给出了共有序列
基因注释数据库
ensemble:
http:
//www.ensembl.org/Homo_sapiens/
综合各种基因注释的平台
OE:
http:
//vortex.cs.wayne.edu/Projects.html
基因功能注释的重要工具,提供每个注释的生物学意义的评分
GENMAPP:
将基因芯片数据综合在各种生物通路上,帮助分析表达数据的生物学意义
GeneCard:
http:
//bioinformatics.weizmann.ac.il/cards/
很全的基因卡片
突变数据库
HGMD突变数据库:
http:
//archive.uwcm.ac.uk/uwcm/mg/hgmd/search.html
包含各种疾病和基因的突变数据
肿瘤基因数据库:
http:
//condor.bcm.tmc.edu/ermb/tgdb/tgdb.html
搜索起来不是很方便
源地址:
比较基因组学数据库
VISTA:
http:
//www-gsd.lbl.gov/vista/
最重要的比较基因组学在线软件,强烈推荐使用
PCR相关网站
引物数据库:
http:
//pga.mgh.harvard.edu/primerbank/
含180000条mRNA特异引物,非常好用
方便的实验室运算软件
MOLBIOL.RU:
http:
//molbiol.ru/eng/scripts/
可以进行随机核酸序列的产生,PCR条件优化运算等
密码子使用频度数据库:
http:
//www.kazusa.or.jp/codon/