分子生物学中常用数据库.docx

1、分子生物学中常用数据库分子生物学中常用数据库综合数据库： 来源： 生物信息学网址链接：http:/www.bioinformatics.ca/links_directory/ Nucleic Acid Research Database Issue：http:/nar.oupjournals.org/content/vol32/suppl_2/ 一、蛋白相关数据库蛋白质结构域预测工具 Esignal：http:/motif.stanford.edu/esignal/ 信号传导系统蛋白的结构域预测工具，凡是涉及到信号传导系统的蛋白用这个预测效果最佳 SignalP：http:/www.cbs.d

2、tu.dk/services/SignalP/ 信号肽预测工具，适合定位于非胞质位置的蛋白质 Emotif：http:/motif.stanford.edu/emotif-search/ 结构域预测工具，由于其用motif电子学习的方法产生结构域模型，故预测效果比Prosite好 Ematrix：http:/fold.stanford.edu/ematrix/ 是用Matrix的方法创建的结构域数据库，可与emotif互相印证。其速度快，可快速搜索整个基因组 InterPro：http:/www.ebi.ac.uk/InterProScan/ EBI提供的服务，用图形的形式表示出搜索的结构域结

3、果 TRRD：http:/wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/gnw/trrd/ 转录因子结构域预测的最好数据库。但不会用 Protscale：http:/cn.expasy.org/cgi-bin/protscale.pl 可分析该序列的各种性状如活动度、亲水性（Kyte&Doolittle）、抗原性（Hopp&Woods）等 通过寻找MOTIF和Domain来分析蛋白质的功能 A. MOTIF是蛋白中较小的保守序列片断，其概念比Domain小 PROSITE：http:/cn.expasy.org/tools/scanprosite/ 是专门搜索蛋白质Motif的数据库，其中

4、signature seqs是最重要的motif信息 B. Domain：若干motif可形成一个Domain，每个Domain形成一个球形结构，Domain与Domain之间通常像串珠一样相连 Pfam：http:/www.sanger.ac.uk 可以搜索某段序列中的Domain，并以图形化表示出来。这个数据库非常重要。用法：在搜索栏中输入蛋白的swissprot的序列号 CDD：http:/www.ebi.ac.uk/interpro/ NCBI搜索时在每个蛋白质Link旁都有Blink，Domains两个链接。Domains可以直接看到这个蛋白的确定的结构域。如果要在CDD数据库寻找D

5、omain信息，则可进入Blink链接，再进行CDD搜索，就可以了。看Domain的详细信息可以到：http:/www.ebi.ac.uk/interpro/上进行搜索查看 蛋白跨膜序列分析 kyte-Doolittle疏水性分析：每个等于或高于1.8的峰都可能是跨膜结构域 蛋白质结构预测工具 PREDATOR：http:/npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_preda.html 蛋白质二级结构预测工具 蛋白质糖基化位点的预测 http:/bioresearch.ac.uk/browse/mesh/C0017982

6、L1222670.html 这 是个综合连接。包括：DictyOGlyc prediction server，NetOGlyc prediction server，YinOYang server，META II PredictProtein server，O-GLYCBASE，GlycoMod tool 蛋白质结构数据库 MMDB：http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/MMDB/mmdb.shtml NCBI的蛋白质结构数据库，要使用Cn3D v4.1软件观看 PDB：http:/www.rcsb.org/pdb/ Protein Data Bank, 要使

7、用Swiss PDB viewer软件观看 蛋白质综合数据库 PIR：http:/pir.georgetown.edu Uniprot http:/www.pir.uniprot.org 二、核酸相关数据库 三大主要核酸序列数据库： EMBL：http:/www.ebi.ac.uk/embl/ GenBank：http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/ DDBJ：http:/www.ddbj.nig.ac.jp RNA二级结构及非编码区功能预测： RNA二级结构预测：http:/www.genebee.msu.su/services/rna2_reduced.htm

8、l 速度快，生成图像 最好的RNA二级结构预测软件：mfold UTR功能区预测：r.it/BIG/UTRHome/ 预测mRNA翻译能力的在线工具：http:/wwwmgs.bionet.nsc.ru/programs/acts2/ma_mRNA.htm 其说明书在：http:/wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/papers/kochetov/bioinf/ RegRNA:http:/bidlab.life.nctu.edu.tw/RegRNA2/website/ RFAM：http:/www.sanger.ac.uk/Software/Rfam/ RNA world：htt

9、p:/www.imb-jena.de/RNA.html RNA resource Links：http:/bidlab.life.nctu.edu.tw/RegRNA2/website/references/ 基因转录调控相关数据库 EPD http:/www.epd.isb-sib.ch 真核生物启动子，好用 TRRD：Transcription Regulatory Regions Database 可搜索某一基因的调控区及相关转录因子 TRANSFAC：http:/www.generegulation.de 可搜索所有转录因子的数据，好用 启动子数据库：http:/www.epi.isb

10、-sib.ch 转录因子结合位点 http:/www.ejbiotechnology.info/content/vol3/issue3/full/2/bip/ 电子延伸相关在线软件 意大利CAP3软件：http:/bio.ifom-firc.it/ASSEMBLY/assemble.html 强烈推荐使用，使用时只需将整个Unigene全部序列文件输入就可以了 序列比对在线软件 Multialin：http:/prodes.toulouse.inra.fr/multalin/multalin.html 最好的多序列比对在线工具 FASTA：http:/www.ebi.ac.uk/fasta/，

11、http:/fasta.bioch.virginia.edu BLAST：http:/www.ncbi.nih.gov/BLAST/ Motif的发现与利用Motif发现新的功能基因 MEME：http:/meme.sdsc.edu/meme/website/intro.html 可以发现几个序列所共有的motif以及根据已知的motif搜索est数据库以发现新的基因，此软件输出结果不好读懂 BLOCK Maker：http:/blocks.fhcrc.org in which Block maker is Very Good http:/bioinformatics.weizmann.ac.

12、il/blocks/blockmkr/www/make_blocks.html 可通过蛋白多序列比对寻找其中的保守区域，非常好用，易学 IRES及其他UTR功能序列的预测 UTRscan：r.it/BIG/UTRScan/，r.it/BIG/UTRScan/ 需要先注册email 三、表达数据库 EST聚类表达数据资源 Unigene：http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/unigene/ 不用说了，老牌的EST聚类程序，数据库质量很好，但毛病也不少，不过我常用它 TIGR：http:/www.tigr.org/tdb/tgi/ 按独一无二的剪接体对EST进行聚类，并从中得出独

13、一无二的共有的序列，每个Cluster的EST都有图形排列显示 Allgenes：http:/www.allgenes.org 其EST聚类要求比较严格，但每个Cluster都有一个质量极高的mRNA序列，可轻松定位到基因组上 MIPS：http:/mips.gsf.de/proj/human/ MIPS的EST聚类数据库。其中有个工具特别好，就是在BLAST服务中有个可以得到与BLAST基因相近EST的组织分布的程序 特殊的表达数据库 前列腺表达数据库：http:/www.pedb.org 膀胱癌EST数据库：http:/bladder.nhri.org.tw Microarray和SAGE

14、表达数据库及其分析工具 全身正常组织microarray数据（U133A, U133B）：http:/www.dev.gmod.org 较全的全身正常组织microarray数据库，推荐，要搜索表达数据需在search中数据探针名称（U133A, U133B），注意必须安装Adobe SVG Viewer，得到的数据需要用photoshop颠倒过来才能观看。 斯坦福大学生物芯片数据库：http:/genome-www5.stanford.edu/ 最好的生物芯片数据库，不仅数据源丰富，而且数据搜索软件功能齐全，但要学会也需要点时间 CleanEX：http:/www.cleanex.isb-s

15、ib.ch 用于分析比较来源于不同技术平台的表达数据 EBI array database：http:/www.ebi.ac.uk/arrayexpress/ 欧洲生物信息学会主办的基因芯片数据库 RAD：http:/www.cbil.upenn.edu/RAD/php/ 功能与CleanEX近似，推荐使用 Gene Expression Db：http:/discover.nci.nih.gov 提供60多个肿瘤细胞系的基因芯片数据 NIAID：http:/madb.niaid.nih.gov ONCOMINE：http:/141.214.6.50/oncomine/main/ AWR1Uk

16、o AND MY EMAIL非常好的肿瘤microarray数据库 GENEHOPPER：http:/genehopper.lumc.nl/db/ 利用accession num将microarray数据与Genebank进行连接的软件 NetAffx： Microarray Anotation Database：探针注释数据库 四、其它数据库 免疫学相关数据库 MHCI结合表型预测：http:/bimas.dcrt.nih.gov/molbio/hla_bind/ 已经试过，非常好用 两种常用表位预测数据库 ProPred-I： http:/www.imtech.res.in/raghava

17、/propred1/ SYFPEITHI：http:/www.uni-tuebingen.de/uni/kxi/ MHCI表型预测与蛋白酶体降解分析 SYFPEITHI的MHCI表型预测工具：http:/syfpeithi.bmi- SEREX数据库：http:/www2.licr.org/CancerImmunomeDB/ CT抗原数据库：http:/www.cancerimmunity.org/CTdatabase/ Immunology相关工具综合：http:/www.cancerimmunity.org 特殊数据库 McGill：http:/ww2.mcgill.ca/androgen

18、db/ 雄激素受体数据库 肿瘤数据库 染色体突变数据库：http:/www.infobiogen.fr/services/chromcancer/ 内源性逆转录病毒数据库：http:/www.girinst.org 包含100多个内源性逆转录病毒家族，每个家族都给出了共有序列 基因注释数据库 ensemble：http:/www.ensembl.org/Homo_sapiens/ 综合各种基因注释的平台 OE：http:/vortex.cs.wayne.edu/Projects.html 基因功能注释的重要工具，提供每个注释的生物学意义的评分 GENMAPP： 将基因芯片数据综合在各种生物通路

19、上，帮助分析表达数据的生物学意义 GeneCard：http:/bioinformatics.weizmann.ac.il/cards/ 很全的基因卡片 突变数据库 HGMD突变数据库：http:/archive.uwcm.ac.uk/uwcm/mg/hgmd/search.html 包含各种疾病和基因的突变数据 肿瘤基因数据库：http:/condor.bcm.tmc.edu/ermb/tgdb/tgdb.html 搜索起来不是很方便 源地址： 比较基因组学数据库 VISTA：http:/www-gsd.lbl.gov/vista/ 最重要的比较基因组学在线软件，强烈推荐使用 PCR相关网站 引物数据库：http:/pga.mgh.harvard.edu/primerbank/ 含180000条mRNA特异引物，非常好用 方便的实验室运算软件 MOLBIOL.RU：http:/molbiol.ru/eng/scripts/ 可以进行随机核酸序列的产生，PCR条件优化运算等 密码子使用频度数据库：http:/www.kazusa.or.jp/codon/