NGS实验室建设标准与要求喜格文档格式.docx

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2.4NGS临床应用必须在无菌无尘环境下进行操作。

三、NGS实验室建设基本要求

3.1主体结构

主体为彩钢板、铝合金型材。

室所有阴角、阳角均采用铝合金50圆角铝，从而解决容易污染、积尘、不易清扫等问题。

结构牢固，线条简明，美观大方，密封性好。

3.2标准的各区分隔和气压调节

将检测过程分成试剂准备、样本制备、PCR扩增和高通量测序四个独立的实验区。

整个区域有一个整体缓冲走廊。

每个独立实验区设置有缓冲区，同时各区通过气压调节，使整个检测实验过程中试剂和标本免受气溶胶的污染并降低扩增产物对人员和环境的污染。

可打开缓冲区和PCR扩增区的排风扇往外排气，在实验区的外墙上和各扇门上都安装有风量可调的回风口，空气通过回风口向室换气。

3.3消毒

在每个实验区和缓冲区顶部以及传送窗部安装有紫外灯，供消毒用。

在各区还设置移动紫外线灯，对实验桌进行局部消毒。

3.4机械连锁不锈钢传递窗

试剂和标本通过机械连锁不锈钢（不建议使用电子连锁方式）传递窗传递，保证试剂和标本在传递过程中不受污染（人物分流）。

3.5地面

地面建议使用PVC卷材地面或自流坪地面，整体性好。

便于进行清扫，耐腐蚀。

没有条件的也可采用水磨石地面，或大块的瓷砖（至少800MMX800.MM）接缝需要小于2mmo

3.6照明

灯具要选用净化灯具，能达到便于清洗、不积尘的特点。

3.7平面布局

NGS实验室应根据自己的检验项目、所采用的检测技术平台和工作量来决定分区的多少及各区域的空间大小，至少具体需要多少个区，同样是'

‘个体化”的，以“工作有序、互不干扰、防止污染、报告及时”作为基本原则。

四、各项目实验室建设标准

■产前筛查与产前诊断（全基因组低拷贝测序技术）

图1:

产前筛查与诊断实验室平面图

2.技术流程图

标本与文库制备区》

文库扩增与检测区->

测序区->

图2：

产前筛查与诊断技术流程图

3.技术参数

分区

压力

温度

相对湿度

照明

专用走廊

OPa

20-259

40旷60%

主实验室M300LX,其

余房间200〜300LX

缓冲区

+5Pa

试剂准备室

+15Pa

标本与文库制

备区

+10Pa

文库扩增与检

测区

-5Pa

测序区

-lOPa

4.分区功能

4.1试剂准备室

主要功能：

在NGS过程中使用到的试剂的配制、分装和保存。

4.2标本与文库制备区

血液处理、血浆制备、DNA提取、DNA片段化、DNA样品的纯化、

DNA浓度检测、末端修复、接头连接、构建样本的测序文库。

4.3文库扩增与检测区

文库构建后的PCR扩增与纯化、文库浓度检测、文库的混合及混合后的质检分析。

4.4测序区

测序模板制备（乳液PCR与磁珠富集回收）、上机测序、数据分析、报告审核及发放。

5.仪器配置

5.1试剂准备室

主要仪器设备：

加样器、冰箱、分析天平、微量台式离心机、涡症振荡器、移液器、可移动紫外灯和超净工作台等。

5.2标本与文库制备区

冷冻离心机、微量台式离心机、掌上三管离心机、涡族震荡器、垂直混合仪、移液器、可移动紫外灯、生物安全柜、冰箱、托盘天平、Qubit2.0核酸定量仪、电脑（可连接互联网）、条形码打印机、普通打印机、扫描枪、磁力架等。

5.3文库扩增与检测区

PCR仪、QPCR仪、Qubit2.0核酸定量仪、可移动紫外灯、超净工作台、冰箱、微量台式离心机、涡族振荡器、UPS、冰箱、移液器、磁力架等。

5.4测序区

高通量测序仪、PC电脑、打印机、UPS、恒温金属浴、纯水仪、冰箱、微量台式离心机、涡旋振荡器、移液器、超净工作台、可移动紫外灯、磁力架、PCR仪等。

■胚胎植入前遗传学诊断（全基因组低拷贝测序）

电泳区

图4：

PGD技术流程图

20-25£

40%"

60%

主实验室M300LX,其余房间200〜300LX

WGA制备室

+10pa

扩增一区

一5pa

标本检测区

-10Pa

-15Pa

在NGS过程中使用到的试剂的配制.分装和保存。

4.2WGA制备区

基因组DMA释放、全基因组DXA扩增。

4.3电泳区

DNA电泳检测及结果反馈、DMA打断等

4.4扩增一区

DNA片段的末端修复与纯化、接头连接与纯化、文库混合、缺口

平移。

4.5文库检测区

文库浓度质检分析。

4.6测序区

测序模板制备（乳液PCR与磁珠富集回收）、上机测序、数据分

析、报告审核及发放。

5.1试剂准备区

冰箱、分析天平、微量台式离心机、涡旋振荡器、移液器、

可移动紫外灯和超净工作台等。

5.2电泳区

电泳仪、微波炉、凝胶成像仪、冰箱、掌式离心机、涡旋振

荡器、移液器、可移动紫外灯等。

5.3WGA制备区

PCR仪、超净工作台、冰箱、掌式离心机、涡旋振荡器、移

液器、可移动紫外灯等。

5.4扩增一区

PCR仪、可移动紫外灯、超净工作台、冰箱、微量台式离心机、涡族振荡器、UPS、移液器、磁力架等。

5.5文库检测区

QPCR仪、Qubit2.0核酸定量仪、可移动紫外灯、超净工作台、冰箱、微量台式离心机、涡族振荡器、冰箱、移液器等。

5.6测序区

高通量测序仪、PC电脑、打印机、UPS、恒温金属浴、纯水仪、冰箱、微量台式离心机、涡族振荡器、移液器、超净工作台、可移动紫外灯、磁力架、PCR仪等。

■遗传病诊断+肿瘤诊断与治疗（杂交捕获测序技术+SANGER测序验证）

1.实验室平面图

图5：

肿瘤诊断实验室平面图

实验流程

图6：

肿瘤诊断技术流程图

图7：

—代测序实验流程图

洁净走廊

20-25°

C

40%~60%

主实验室

M300LX,其余房间200〜300LX

标本与文库

制备区

+10Pa

DNA打断区

杂交捕获区

（扩增一区）

-5Pa

文库扩增区

（扩增二区）

文库检测区

0Pa

4.1试剂准备区

样本接收、样本前处理、全基因组DM提取以及各种样本DMA或者RNA的提取、DNA片段化、DNA纯化、DNA浓度测定、DNA片段的末端修复与纯化、接头连接与纯化。

4.3DNA打断区

DNA打断（片段化）。

4.4电泳区

片段化DNA电泳检测及结果反馈。

4.5杂交捕获区（扩增一区）

目的DNA片段的杂交捕获与纯化，Sanger测序目的片段扩增与纯化、Sanger测序PCR前准备。

4.6文库扩增区（扩增二区）

杂交捕获后扩增与纯化、文库浓度质检分析、及Sanger测序的PCR扩增反应与纯化。

4.7测序区

测序模板制备（乳液PCR与磁珠富集回收）、上机测序、及Sanger测序。

加样器、冰箱、分析天平、微量台式离心机、涡族振荡器、移液黠、可移动紫外灯和超净工作台等。

微量台式离心机、掌上三管离心机、恒温金属浴、移液器、可移动紫外灯、生物安全柜、冰箱、托盘天平、Qubit2.0核酸定量仪、PCR仪、电脑（可连接互联网）、条形码打印机、普通打印机、扫描枪等。

5.3DNA打断区

CovarisS220超声波打断仪、冰箱、掌式离心机、涡症振荡器、移液器、可移动紫外灯等。

5.4电泳区

电泳仪、微波炉、凝胶成像仪、冰箱、掌式离心机、涡症振荡器、移液器、可移动紫外灯等。

5.5杂交捕获区（扩增一区）

PCR仪、可移动紫外灯、超净工作台、冰箱、微量台式离心机、涡旋振荡器等。

5.6文库扩增区（扩增二区）

PCR仪、Qubit2.0核酸定量仪、微量台式离心机、掌上三管离心机、涡旋震荡器、移液器、可移动紫外灯、超净工作台、冰箱、磁力架等。

5.7测序区

高通量测序仪、Sanger测序仪、PC电脑、打印机、UPS、恒温金属浴、纯水仪、冰箱、微量台式离心机、涡旋振荡器、移液器、超净工作台、可移动紫外灯、磁力架、PCR仪等。