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氨基酸之间的轴心距为0.35nm,相邻肽链之间借助氢键彼此连成片层结构。
结构域是介于二级结构和三级结构之间的一种结构层次,是指蛋白质亚基结构中明显分开的紧密球状结构区域。
超二级结构是指蛋白质分子中的多肽链在三维折叠中形成有规则的三级结构聚集体。
三级结构是整个多肽链的三维构象,它是在二级结构的基础上,多肽链进一步折叠卷曲形成复杂的球状分子结构。
具有三级结构的蛋白质一般都是球蛋白,这类蛋白质的多肽链在三维空间中沿多个方向进行盘绕折叠,形成十分紧密的近似球形的结构,分子内部的空间只能容纳少数水分子,几乎所有的极性R基都分布在分子外表面,形成亲水的分子外壳,而非极性的基团则被埋在分子内部,不与水接触。
蛋白质分子中侧链R基团的相互作用对稳定球状蛋白质的三级结构起着重要作用。
四级结构指数条具有独立的三级结构的多肽链通过非共价键相互连接而成的聚合体结构。
在具有四级结构的蛋白质中,每一条具有三级结构的皑链称为亚基或亚单位,缺少一个亚基或亚基单独存在都不具有活性。
四级结构涉及亚基在整个分子中的空间排布以及亚基之间的相互关系。
维持蛋白质空间结构的作用力主要是氢键、离子键、疏水作用力和范德华力等非共价键,又称次级键。
此外,在某些蛋白质中还有二硫键,二硫键在维持蛋白质构象方面也起着重要作用。
蛋白质的空间结构取决于它的一级结构
(四)蛋白质结构与功能的关系。
1.一级结构与功能的关系
蛋白质的一级结构与蛋白质功能有相适应性和统一性,可从以下几个方面说明:
(1)一级结构的变异与分子病
镰刀型细胞贫血症
核苷酸的突变导致该蛋白分子中β-链第6位谷氨酸被缬氨酸取代
(2)一级结构与生物进化
(3)蛋白质的激活作用
在生物体内,有些蛋白质常以前体的形式合成,只有按一定方式裂解除去部分肽链之后才具有生物活性,如酶原的激活。
2.蛋白质空间结构与功能的关系
(1).核糖核酸酶的变性与复性及其功能的丧失与恢复
(2)血红蛋白的变构现象
(五)蛋白质的重要性质
蛋白质是两性电解质,它的酸碱性质取决于肽链上的可解离的R基团。
不同蛋白质所含有的氨基酸的种类、数目不同,所以具有不同的等电点。
当蛋白质所处环境的pH大于pI时,蛋白质分子带负电荷,pH小于pI时,蛋白质带正电荷,pH等于pI时,蛋白质所带净电荷为零,此时溶解度最小。
蛋白质分子表面带有许多亲水基团,使蛋白质成为亲水的胶体溶液。
蛋白质颗粒周围的水化膜(水化层)以及非等电状态时蛋白质颗粒所带的同性电荷的互相排斥是使蛋白质胶体系统稳定的主要因素。
当这些稳定因素被破坏时,蛋白质会产生沉淀。
高浓度中性盐可使蛋白质分子脱水并中和其所带电荷,从而降低蛋白质的溶解度并沉淀析出,即盐析。
但这种作用并不引起蛋白质的变性。
这个性质可用于蛋白质的分离。
蛋白质受到某些物理或化学因素作用时,引起生物活性的丧失,溶解度的降低以及其它性质的改变,这种现象称为蛋白质的变性作用。
变性作用的实质是由于维持蛋白质高级结构的次级键遭到破坏而造成天然构象的解体,但未涉及共价键的断裂。
有些变性是可逆的,有些变性是不可逆的。
当变性条件不剧烈时,变性是可逆的,除去变性因素后,变性蛋白又可从新回复到原有的天然构象,恢复或部分恢复其原有的生物活性,这种现象称为蛋白质的复性。
习题解答
(一)名词解释
1.两性离子:
指在同一氨基酸分子上含有等量的正负两种电荷,又称兼性离子或偶极离子。
2.必需氨基酸:
指人体(和其它哺乳动物)自身不能合成,机体又必需,需要从饮食中获得的氨基酸。
3.氨基酸的等电点:
指氨基酸的正离子浓度和负离子浓度相等时的pH值,用符号pI表示。
4.稀有氨基酸:
指存在于蛋白质中的20种常见氨基酸以外的其它罕见氨基酸,它们是正常氨基酸的衍生物。
5.非蛋白质氨基酸:
指不存在于蛋白质分子中而以游离状态和结合状态存在于生物体的各种组织和细胞的氨基酸。
6.构型:
指在立体异构体中不对称碳原子上相连的各原子或取代基团的空间排布。
构型的转变伴随着共价键的断裂和重新形成。
7.蛋白质的一级结构:
指蛋白质多肽链中氨基酸的排列顺序,以及二硫键的位置。
8.构象:
指有机分子中,不改变共价键结构,仅单键周围的原子旋转所产生的原子的空间排布。
一种构象改变为另一种构象时,不涉及共价键的断裂和重新形成。
构象改变不会改变分子的光学活性。
9.蛋白质的二级结构:
指在蛋白质分子中的局部区域内,多肽链沿一定方向盘绕和折叠的方式。
10.结构域:
指蛋白质多肽链在二级结构的基础上进一步卷曲折叠成几个相对独立的近似球形的组装体。
11.蛋白质的三级结构:
指蛋白质在二级结构的基础上借助各种次级键卷曲折叠成特定的球状分子结构的构象。
12.氢键:
指负电性很强的氧原子或氮原子与N-H或O-H的氢原子间的相互吸引力。
13.蛋白质的四级结构:
指多亚基蛋白质分子中各个具有三级结构的多肽链以适当方式聚合所呈现的三维结构。
14.离子键:
带相反电荷的基团之间的静电引力,也称为静电键或盐键。
15.超二级结构:
指蛋白质分子中相邻的二级结构单位组合在一起所形成的有规则的、在空间上能辨认的二级结构组合体。
16.疏水键:
非极性分子之间的一种弱的、非共价的相互作用。
如蛋白质分子中的疏水侧链避开水相而相互聚集而形成的作用力。
17.范德华力:
中性原子之间通过瞬间静电相互作用产生的一种弱的分子间的力。
当两个原子之间的距离为它们的范德华半径之和时,范德华力最强。
18.盐析:
在蛋白质溶液中加入一定量的高浓度中性盐(如硫酸氨),使蛋白质溶解度降低并沉淀析出的现象称为盐析。
19.盐溶:
在蛋白质溶液中加入少量中性盐使蛋白质溶解度增加的现象。
20.蛋白质的变性作用:
蛋白质分子的天然构象遭到破坏导致其生物活性丧失的现象。
蛋白质在受到光照、热、有机溶剂以及一些变性剂的作用时,次级键遭到破坏导致天然构象的破坏,但其一级结构不发生改变。
21.蛋白质的复性:
指在一定条件下,变性的蛋白质分子恢复其原有的天然构象并恢复生物活性的现象。
22.蛋白质的沉淀作用:
在外界因素影响下,蛋白质分子失去水化膜或被中和其所带电荷,导致溶解度降低从而使蛋白质变得不稳定而沉淀的现象称为蛋白质的沉淀作用。
23.凝胶电泳:
以凝胶为介质,在电场作用下分离蛋白质或核酸等分子的分离纯化技术。
24.层析:
按照在移动相(可以是气体或液体)和固定相(可以是液体或固体)之间的分配比例将混合成分分开的技术。
(五)问答题
1.什么是蛋白质的一级结构?
为什么说蛋白质的一级结构决定其空间结构?
2.什么是蛋白质的空间结构?
蛋白质的空间结构与其生物功能有何关系?
3.蛋白质的α—螺旋结构有何特点?
4.蛋白质的β—折叠结构有何特点?
5.举例说明蛋白质的结构与其功能之间的关系。
6.什么是蛋白质的变性作用和复性作用?
蛋白质变性后哪些性质会发生改变?
7.简述蛋白质变性作用的机制。
8.蛋白质有哪些重要功能
1.答:
蛋白质一级结构指蛋白质多肽链中氨基酸残基的排列顺序。
因为蛋白质分子肽链的排列顺序包含了自动形成复杂的三维结构(即正确的空间构象)所需要的全部信息,所以一级结构决定其高级结构。
2.答:
蛋白质的空间结构是指蛋白质分子中原子和基团在三维空间上的排列、分布及肽链走向。
蛋白质的空间结构决定蛋白质的功能。
空间结构与蛋白质各自的功能是相适应的。
3.答:
(1)多肽链主链绕中心轴旋转,形成棒状螺旋结构,每个螺旋含有3.6个氨基酸残基,螺距为0.54nm,氨基酸之间的轴心距为0.15nm.。
(2)α-螺旋结构的稳定主要靠链内氢键,每个氨基酸的N—H与前面第四个氨基酸的C=O形成氢键。
(3)天然蛋白质的α-螺旋结构大都为右手螺旋。
4.答:
β-折叠结构又称为β-片层结构,它是肽链主链或某一肽段的一种相当伸展的结构,多肽链呈扇面状折叠。
(1)两条或多条几乎完全伸展的多肽链(或肽段)侧向聚集在一起,通过相邻肽链主链上的氨基和羰基之间形成的氢键连接成片层结构并维持结构的稳定。
(2)氨基酸之间的轴心距为0.35nm(反平行式)和0.325nm(平行式)。
(3)β-折叠结构有平行排列和反平行排列两种。
5.答:
蛋白质的生物学功能从根本上来说取决于它的一级结构。
蛋白质的生物学功能是蛋白质分子的天然构象所具有的属性或所表现的性质。
一级结构相同的蛋白质,其功能也相同,二者之间有统一性和相适应性。
6.答:
蛋白质变性作用是指在某些因素的影响下,蛋白质分子的空间构象被破坏,并导致其性质和生物活性改变的现象。
蛋白质变性后会发生以下几方面的变化:
(1)生物活性丧失;
(2)理化性质的改变,包括:
溶解度降低,因为疏水侧链基团暴露;
结晶能力丧失;
分子形状改变,由球状分子变成松散结构,分子不对称性加大;
粘度增加;
光学性质发生改变,如旋光性、紫外吸收光谱等均有所改变。
(3)生物化学性质的改变,分子结构伸展松散,易被蛋白酶分解。
7.答:
维持蛋白质空间构象稳定的作用力是次级键,此外,二硫键也起一定的作用。
当某些因素破坏了这些作用力时,蛋白质的空间构象即遭到破坏,引起变性。
8.答:
蛋白质的重要作用主要有以下几方面:
(1)生物催化作用酶是蛋白质,具有催化能力,新陈代谢的所有化学反应几乎都是在酶的催化下进行的。
(2)结构蛋白有些蛋白质的功能是参与细胞和组织的建成。
(3)运输功能如血红蛋白具有运输氧的功能。
(4)收缩运动收缩蛋白(如肌动蛋白和肌球蛋白)与肌肉收缩和细胞运动密切相关。
(5)激素功能动物体内的激素许多是蛋白质或多肽,是调节新陈代谢的生理活性物质。
(6)免疫保护功能抗体是蛋白质,能与特异抗原结合以清除抗原的作用,具有免疫功能。
(7)贮藏蛋白有些蛋白质具有贮藏功能,如植物种子的谷蛋白可供种子萌发时利用。
(8)接受和传递信息生物体中的受体蛋白能专一地接受和传递外界的信息。
(9)控制生长与分化有些蛋白参与细胞生长与分化的调控。
(10)毒蛋白能引起机体中毒症状和死亡的异体蛋白,如细菌毒素、蛇毒、蝎毒、蓖麻毒素等。
第二章核酸
核酸分两大类:
DNA和RNA。
所有生物细胞都含有这两类核酸。
但病毒不同,DNA病毒只含有DNA,RNA病毒只含RNA。
核酸的基本结构单位是核苷酸。
核苷酸由一个含氮碱基(嘌呤或嘧啶),一个戊糖(核糖或脱氧核糖)和一个或几个磷酸组成。
核酸是一种多聚核苷酸,核苷酸靠磷酸二酯键彼此连接在一起。
核酸中还有少量的稀有碱基。
RNA中的核苷酸残基含有核糖,其嘧啶碱基一般是尿嘧啶和胞嘧啶,而DNA中其核苷酸含有2′-脱氧核糖,其嘧啶碱基一般是胸腺嘧啶和胞嘧啶。
在RNA和DNA中所含的嘌呤基本上都是鸟嘌呤和腺嘌呤。
核苷酸在细胞内有许多重要功能:
它们用于合成核酸以携带遗传信息;
它们还是细胞中主要的化学能载体;
是许多种酶的辅因子的结构成分
tRNA的二级结构为三叶草形,三级结构为倒L形。
mRNA则是把遗传信息从DNA转移到核糖体以进行蛋白质合成的载体。
核酸的糖苷键和磷酸二酯键可被酸、碱和酶水解,产生碱基、核苷、核苷酸和寡核苷酸。
酸水解时,糖苷键比磷酸酯键易于水解;
嘌呤碱的糖苷键比嘧啶碱的糖苷键易于水解;
嘌呤碱与脱氧核糖的糖苷键最不稳定。
RNA易被稀碱水解,产生2’-和3’-核苷酸,DNA对碱比较稳定。
细胞内有各种核酸酶可以分解核酸。
其中限制性内切酶是基因工程的重要
工具酶。
核酸的碱基和磷酸基均能解离,因此核酸具有酸碱性。
碱基杂环中的氮具有结合和释放质子的能力。
核苷和核苷酸的碱基与游离碱基的解离性质相近,它们是兼性离子。
核酸的碱基具有共轭双键,因而有紫外吸收的性质。
核酸的紫外吸收峰在260nm附近,可用于测定核酸。
根据260nm与280nm的吸收光度(A260)可判断核酸纯度。
变性作用是指核酸双螺旋结构被破坏,双链解开,但共价键并未断裂。
引起变性的因素很多,升高温度、过酸、过碱、纯水以及加入变性剂等都能造成核酸变性。
核酸变性时,物理化学性质将发生改变,表现出增色效应。
富含G≡C的DNA比富含A=T的DNA具有更高的熔解温度。
变性DNA在适当条件下可以复性,物化性质得到恢复,具有减色效应。
三、习题解答
1.单核苷酸(mononucleotide):
核苷与磷酸缩合生成的磷酸酯称为单核苷酸。
2.磷酸二酯键(phosphodiesterbonds):
单核苷酸中,核苷的戊糖与磷酸的羟基之间形成的磷酸酯键。
3.不对称比率(dissymmetryratio):
不同生物的碱基组成由很大的差异,这可用不对称比率(A+T)/(G+C)表示。
4.碱基互补规律(complementarybasepairing):
在形成双螺旋结构的过程中,由于各种碱基的大小与结构的不同,使得碱基之间的互补配对只能在G…C(或C…G)和A…T(或T…A)之间进行,这种碱基配对的规律就称为碱基配对规律(互补规律)。
5.反密码子(anticodon):
在tRNA链上有三个特定的碱基,组成一个密码子,由这些反密码子按碱基配对原则识别mRNA链上的密码子。
反密码子与密码子的方向相反。
6.顺反子(cistron):
基因功能的单位;
一段染色体,它是一种多肽链的密码;
一种结构基因。
7.核酸的变性、复性(denaturation、renaturation):
当呈双螺旋结构的DNA溶液缓慢加热时,其中的氢键便断开,双链DNA便脱解为单链,这叫做核酸的“溶解”或变性。
在适宜的温度下,分散开的两条DNA链可以完全重新结合成和原来一样的双股螺旋。
这个DNA螺旋的重组过程称为“复性”。
8.退火(annealing):
当将双股链呈分散状态的DNA溶液缓慢冷却时,它们可以发生不同程度的重新结合而形成双链螺旋结构,这现象称为“退火”。
9.增色效应(hyperchromiceffect):
当DNA从双螺旋结构变为单链的无规则卷曲状态时,它在260nm处的吸收便增加,这叫“增色效应”。
10.减色效应(hypochromiceffect):
DNA在260nm处的光密度比在DNA分子中的各个碱基在260nm处吸收的光密度的总和小得多(约少35%~40%),这现象称为“减色效应”。
11.噬菌体(phage):
一种病毒,它可破坏细菌,并在其中繁殖。
也叫细菌的病毒。
12.发夹结构(hairpinstructure):
RNA是单链线形分子,只有局部区域为双链结构。
这些结构是由于RNA单链分子通过自身回折使得互补的碱基对相遇,形成氢键结合而成的,称为发夹结构。
13.DNA的熔解温度(Tm值):
引起DNA发生“熔解”的温度变化范围只不过几度,这个温度变化范围的中点称为熔解温度(Tm)。
14.分子杂交(molecularhybridization):
不同的DNA片段之间,DNA片段与RNA片段之间,如果彼此间的核苷酸排列顺序互补也可以复性,形成新的双螺旋结构。
这种按照互补碱基配对而使不完全互补的两条多核苷酸相互结合的过程称为分子杂交。
15.环化核苷酸(cyclicnucleotide):
单核苷酸中的磷酸基分别与戊糖的3’-OH及5’-OH形成酯键,这种磷酸内酯的结构称为环化核苷酸。
(五)简答题
1.将核酸完全水解后可得到哪些组分?
DNA和RNA的水解产物有何不同?
4.DNA热变性有何特点?
Tm值表示什么?
6.6.述下列因素如何影响DNA的复性过程:
(1)阳离子的存在;
(2)低于Tm的温度;
(2)高浓度的DNA链。
7.核酸分子中是通过什么键连接起来的?
8.DNA分子二级结构有哪些特点?
9.在稳定的DNA双螺旋中,哪两种力在维系分子立体结构方面起主要作用?
10.简述tRNA二级结构的组成特点及其每一部分的功能。
12.如何将分子量相同的单链DNA与单链RNA分开?
核酸完全水解后可得到碱基、戊糖、磷酸三种组分。
DNA和RNA的水解产物戊糖、嘧啶碱基不同。
将DNA的稀盐溶液加热到70~100℃几分钟后,双螺旋结构即发生破坏,氢键断裂,两条链彼此分开,形成无规则线团状,此过程为DNA的热变性,有以下特点:
变性温度范围很窄,260nm处的紫外吸收增加;
粘度下降;
生物活性丧失;
比旋度下降;
酸碱滴定曲线改变。
Tm值代表核酸的变性温度(熔解温度、熔点)。
在数值上等于DNA变性时摩尔磷消光值(紫外吸收)达到最大变化值半数时所对应的温度。
(1)阳离子的存在可中和DNA中带负电荷的磷酸基团,减弱DNA链间的静电作用,促进DNA的复性;
(2)低于Tm的温度可以促进DNA复性;
(3)DNA链浓度增高可以加快互补链随机碰撞的速度、机会,从而促进DNA复性。
核酸分子中是通过3’,5’-磷酸二酯键连接起来的。
按Watson-Crick模型,DNA的结构特点有:
两条反相平行的多核苷酸链围绕同一中心轴互绕;
碱基位于结构的内侧,而亲水的糖磷酸主链位于螺旋的外侧,通过磷酸二酯键相连,形成核酸的骨架;
碱基平面与轴垂直,糖环平面则与轴平行。
两条链皆为右手螺旋;
双螺旋的直径为2nm,碱基堆积距离为0.34nm,两核酸之间的夹角是36°
,每对螺旋由10对碱基组成;
碱基按A=T,G≡C配对互补,彼此以氢键相连系。
维持DNA结构稳定的力量主要是碱基堆积力;
双螺旋结构表面有两条螺形凹沟,一大一小。
9.答:
在稳定的DNA双螺旋中,碱基堆积力和碱基配对氢键在维系分子立体结构方面起主要作用。
10.答:
tRNA的二级结构为三叶草结构。
其结构特征为:
(1)tRNA的二级结构由四臂、四环组成。
已配对的片断称为臂,未配对的片断称为环。
(2)叶柄是氨基酸臂。
其上含有CCA-OH3’,此结构是接受氨基酸的位置。
(3)氨基酸臂对面是反密码子环。
在它的中部含有三个相邻碱基组成的反密码子,可与mRNA上的密码子相互识别。
(4)左环是二氢尿嘧啶环(D环),它与氨基酰-tRNA合成酶的结合有关。
(5)右环是假尿嘧啶环(TψC环),它与核糖体的结合有关。
(6)在反密码子与假尿嘧啶环之间的是可变环,它的大小决定着tRNA分子大小。
12.答:
(1)用专一性的RNA酶与DNA酶分别对两者进行水解。
(2)用碱水解。
RNA能够被水解,而DNA不被水解。
(3)进行颜色反应。
二苯胺试剂可以使DNA变成蓝色;
苔黑酚(地衣酚)试剂能使RNA变成绿色。
(4)用酸水解后,进行单核苷酸的分析(层析法或电泳法),含有U的是RNA,含有T的是DNA。
第三章酶与辅酶
酶是生物体活细胞产生的具有特殊催化能力的蛋白质。
它具有条件温和、催化效率高、高度专一性和酶活可调控性等催化特点。
酶可分为氧化还原酶类、转移酶类、水解酶类、裂解酶类、异构酶类和合成酶类六大类。
酶的专一性可分为相对专一性、绝对专一性和立体异构专一性,其中相对专一性又分为基团专一性和键专一性,立体异构专一性又分为旋光异构专一性、几何异构专一性和潜手性专一性。
影响酶促反应速度的因素有底物浓度(S)、酶液浓度(E)、反应温度(T)、反应pH值、激活剂(A)和抑制剂(I)
等。
米氏常数(Km)是酶的特征性常数,它的物理意义是当酶反应速度达到最大反应速度一半时的底物浓度。
竞争性抑制作用、非竞争性抑制作用和反竞争性抑制作用分别对Km值与Vmax的影响是各不相同的。
酶的活性中心有两个功能部位,即结合部位和催化部位。
酶的催化机理包括过渡态学说、邻近和定向效应、锁钥学说、诱导楔合学说、酸碱催化和共价催化等,每个学说都有其各自的理论依据,其中过渡态学说或中间产物学说为大家所公认,诱导楔合学说也为对酶的研究做了大量贡献。
同工酶和变构酶是两种重要的酶。
同工酶是指有机体内能催化相同的化学反应,但其酶蛋白本身的理化性质及生物学功能不完全相同的一组酶;
变构酶是利用构象的改变来调节其催化活性的酶,是一个关键酶,催化限速步骤。
1.米氏常数(Km值):
用Km值表示,是酶的一个重要参数。
Km值是酶反应速度(V)达到最大反应速度(Vmax)一半时底物的浓度(单位M或mM)。
米氏常数是酶的特征常数,只与酶的性质有关,不受底物浓度和酶浓度的影响。
2.底物专一性:
酶的专一性是指酶对底物及其催化反应的严格选择性。
通常酶只能催化一种化学反应或一类相似的反应,不同的酶具有不同程度的专一性,酶的专一性可分为三种类型:
绝对专一性、相对专一性、立体专一性。
3.辅基:
酶的辅因子或结合蛋白质的非蛋白部分,与酶或蛋白质结合得非常紧密,用透析法不能除去。
4.单体酶:
只有一条多肽链的酶称为单体酶,它们不能解离为更小的单位。
分子量为13,000——35,000。
5.寡聚酶:
有几个或多个亚基组成的酶称为寡聚酶。
寡聚酶中的亚基可以是相同的,也可以是不同的。
亚基间以非共价键结合,容易为酸碱,高浓度的盐或其它的变性剂分离。
寡聚酶的分子量从35000到几百万。
6.多酶体系:
由几个酶彼此嵌合形成的复合体称为多酶体系。
多酶复合体有利于细胞中一系列反应的连续进行,以提高酶的催化效率,同时便于机体对酶的调控。
多酶复合体的分子量都在