全册生物化学Word格式文档下载.docx
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(一)分配层析
(二)离子交换层析
第三节肽peptide
一、肽的形成
1.成肽反应:
2.肽有寡肽和多肽之分:
3.肽链具有方向性
4.共价主链(mainchain),侧链(sidechain)。
5.肽的命名:
二、肽键的结构和性质
三、天然存在的活性肽(activepeptide)
第四节蛋白质的结构
一、蛋白质一级结构(Primarystructure)
蛋白质测序列的重要方法
1.N-末端测定
2.C-末端测定
3.二硫键的断裂
4.氨基酸组成的测定
5.多肽链的裂解
6.肽段的氨基酸测序——对小肽段进行氨基酸序列测定
7.肽段在肽链中次序的确定
8.二硫键位置的确定
二、蛋白质的空间结构
(二)蛋白质的二级结构(Secondarystructure):
1.α-螺旋(α-Helix):
要点,使α螺旋不稳定性的因素。
2.β-折叠β-sheet
3.β-转角(β-turn)
4.无规卷曲(Randomcoil)
(三)、超二级结构
(四).结构域(domain)
(五)、蛋白质的三级结构(Tertiarystructure)
维持三级结构的作用力:
疏水相互作用、二硫键、氢键、盐键、范德华力。
(六)、蛋白质的四级结构(quaternarystructure)
第五节蛋白质结构与功能的关系
蛋白质的一级结构与生物功能的关系
1.一级结构不同,生物功能各异
2.一级结构中关键部分相同,它的生物学功能也相同
3.一级结构的关键部位发生变化,生物活性也会改变甚至丧失:
4.一级结构的局部断裂与蛋白质激活
二、蛋白质的空间结构与功能
1.纤维状蛋白质
2.球状蛋白质(globalprotein)
三、蛋白质结构一旦被破坏,生物学功能即丧失,进一步说明结构和功能是密不可分的。
第六节蛋白质的性质
一、颜色反应
1.茚三酮反应:
2.双缩脲反应3.酚试剂(福林试剂)反应:
二、蛋白质的两性解离和等电点:
三、蛋白质的胶体性质
四、蛋白质的沉淀反应
常用的蛋白质沉淀剂有中性盐、有机溶剂、重金属和某些酸类物质。
五、蛋白质变性(denaturation):
1.概念:
2.影响因素:
3.变性机理:
4.性质变化:
5.复性:
六、蛋白质分子大小及分子量的测定
1.元素分析法
2.渗透压法
这是利用半透膜来测定蛋白质分子量的方法。
3.沉降速度法
4.凝胶过滤法(Gelfiltrationchromatography):
5.SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE):
Polyacrylamidegeleletrophoresis
第七节蛋白质的分离、提取和纯化
一、提取:
二、初步纯化(Roughpurification)
三、精制(Finepurification)
1.据蛋白质分子大小不同的方法:
①透析和超过滤②密度梯度离心③凝胶过滤
2.据溶解度不同来分离:
①等电点沉淀法②盐析法③有机溶剂分级沉淀
3.据电荷不同来分离
①电泳:
②离子交换层析
4.依据蛋白质的选择性吸附
5.根据配基特异性的分离纯化方法:
亲和层析法
6.高效液相层析(highperformanceliquidchromatography,HPLC)和快速蛋白质液相层析(fastproteinliquidchromatography,FPLC)
四、蛋白质含量测定与纯度鉴定
1.测定蛋白质含量的常用方法有:
2.蛋白质纯度的鉴定方法:
3.蛋白质等电点测定
第三章酶学EnzymeP319
酶是一类具有高效率、高度专一性、作用条件温和、活性可调节的高分子生物催化剂。
第一节酶的一般概念
(二)、酶的特点(与化学催化剂的不同点)
1.催化效率极高:
2.专一性高
3.酶易失活(反应条件温和):
4.活性可调节、可控制
二、酶的化学本质
1.酶的化学本质:
2.酶的组成
(1)按蛋白质成分分
单纯酶、 结合酶
(2)按复杂程度分:
A.单体酶B.寡聚酶C.多酶复合体
第二节酶的命名和分类
一、酶的习惯命名
二、国际系统命名
三、酶的分类
第三节酶的结构与作用的专一性
一、酶的结构:
(一)酶的活性中心和必需基团
(二)酶原Zymogens激活
(三)活性中心的判断方法:
二、酶作用的专一性
1.绝对专一性
2.相对专一性
3.立体异构专一性
4.对酶专一性的解释
第四节酶的催化机理
一、酶与底物的结合,导致活化能的降低
1.E-S复合物(ESComplex)的形成:
2.导致反应活化能显著降低的原因:
二、降低反应活化能的因素
1.共价催化
2.酸碱催化
3.底物的变形与张力作用
4.底物和酶的靠近效应与定向效应
5.酶的活性中心是低介电常数区
三、酶催化反应的举例
第五节酶促反应动力学EnzymeKinetics
一、温度对酶促反应的影响
二、pH对酶促反应的影响
三、酶浓度的影响
四、底物浓度对酶反应速度的影响-------米氏方程
Km的意义、Km值的求法
五、化学物质对酶促反应速度的影响
1.激活作用与激活剂
2.抑制作用与抑制剂:
不可逆抑制ReversibleInhibition和可逆抑制IrreversibleInhibition
(1)不可逆的抑制:
IrreversibleInhibition
不可逆抑制分为专一性的不可逆抑制:
专一作用于酶的活性中心或必需基团。
非专一性的不可逆抑制:
与酶分子中的一类或几类基团作用。
(2)可逆抑制:
ReversibleInhibition
可以分为三类:
①竞争性抑制Competitive:
Vmax不变,Km增加;
②非竞争性抑制Noncompetitive:
Vmax减少,Km不变。
③反竞争性抑制Uncompetitive:
Vmax减少,Km变小。
3.重要抑制剂
(1)不可逆抑制剂
①烷基化试剂:
②有机磷化合物:
③有机汞化合物、有机砷化合物
④重金属离子:
④氰化物:
(2)可逆抑制剂
磺胺类药物(对氨基苯磺酰胺),它是对氨基苯甲酸的结构类似物。
第六节酶的分离纯化及活力测定
一、分离纯化的原理(同蛋白质)
二、酶活力测定
1.酶活力:
即酶活性,2.酶活力单位(activeunit,U):
3.测定:
反应初速度
4.酶的比活力Specificactivity
三、酶的纯度鉴定(同蛋白质)
第7节一些酶的名称及概念
一、寡聚酶oligoenzyme
二、调节酶
调节酶一般可分为共价调节酶及别构酶两类。
(一)共价调节酶covalentmodification
磷酸化酶b转变为磷酸化酶a
(二)别构酶allestericenzyme
1.别构效应:
2.协同效应
1).正协同效应:
2).负协同效应:
动力学曲线:
是S型曲线(正协同效应)和压低的近双曲线(负协同效应)。
三、诱导酶
四、同工酶Isozymes
五、抗体酶abzymeP343
六、固定化酶immobilizedenzyme
七、核酶ribozyme:
第8节维生素与辅酶
维生素可分为“水溶性”和“脂溶性”维生素两种;
一、脂溶性维生素
1.维生素A
2.维生素D(抗佝偻病维生素)
3.维生素E
4.维生素K
二、水溶性维生素
1.烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD+)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸(NADP+)
2.黄素单核苷酸(FMN)和黄素腺嘌呤二核苷酸(FAD)
3.辅酶Q:
4.硫辛酸:
5.传递电子的辅基---细胞色素类。
6.VC
7.辅酶A
8.脱羧辅酶---焦磷酸硫胺素(TPP)
9.羧化辅酶---生物素(也叫VB7)
10.转氨酶的辅酶:
磷酸吡哆素
11.转一碳单位的辅酶—四氢叶酸
12.VB12辅酶—变位酶的辅酶
第四章核酸化学
第一节核苷酸Nucleotide
核苷酸则由碱基、戊糖和磷酸三种成分连接而成。
一、碱基Bases
分为嘌呤碱和嘧啶碱。
二、核苷Nucleosides
三、核苷酸Nucleotide:
核苷与磷酸的产物。
四、核苷酸及其衍生物的重要作用
1.多磷酸的核苷酸:
2.环化核苷酸
3.辅酶类核苷酸
第二节核酸的结构NucleicAcidsStructure
一、核酸的一级结构Primarystructureofnucleicacids
二、DNA的空间结构dimensionalstructureofDNA
1.DNA的二级结构
结构要点:
起稳定作用的有哪些力呢?
三、RNA的空间结构
1.核糖体RNA(rRNA)ribosomalRNA
每个核糖体有两个亚基,一个称为大亚基,另一个称为小亚基;
2.信使RNA(mRNA)messengerRNA:
原核生物的mRNA为多顺反子。
大多数的真核mRNA在转录后
5′末端加上一个7-甲基鸟嘌呤核苷三磷酸,称为帽子结构;
3′末端有一段多聚腺苷酸,称为多聚腺苷酸尾巴(polyA)
3.转移RNA(tRNA,或转运RNA)TransferRNA
(1)一级结构
(2)二级结构根据碱基排列模式,为三叶草形,
(3)三级结构为倒L型。
第三节核酸的理化性质
一、一般性质
二、颜色反应
三、酸碱性质
四、核酸的沉降特性
五、核酸的紫外吸收
六、核酸的变性、复性和杂交
1.核酸的变性(denaturation):
影响因素、③性质变化:
④DNA的热变性、DNA变性温度:
2.复性
3.核酸杂交hybridization:
七、核酸的酸碱水解
1.碱水解
2.酸水解:
八、核酸在生物体内存在的形式
第四节核酸的生物学功能
一、核酸与遗传信息的传递:
1.DNA是基本的遗传物质
2.RNA在传递信息中的作用:
指导蛋白质的合成。
二、遗传变异的化学本质
三、核酸与病变:
第六节核酸的分离和含量的测定
一、分离纯化的一般原则:
二、主要步骤、方法
1.破碎Cell:
2.提取核蛋白:
3.进一步纯化:
超速离心,凝胶电泳,层析
4.鉴定:
5.保存:
三、DNA的分离
四、RNA的分离
五、核酸含量的测定:
1.定磷法:
2.定糖法:
3.紫外吸收法:
第五章生物氧化
第一节生物氧化的特点
一、概念
二、生物氧化的重要性
三、生物氧化的特点
第二节生物体内能量产生、贮存和转移
一.产生
二.贮存:
高能化合物
三.转移
第三节生物氧化的酶系统和呼吸链
呼吸链respiratorychain
(一)呼吸链的主要组分componentsofrespiratorychain
(二)呼吸链respiratorychain
1.NADH氧化呼吸链
2.FADH2氧化呼吸链
(三)呼吸链中传递体的排列顺序是有严格顺序的
1.测定了呼吸链各组分的氧化还原电位
2.断链实验
断链实验证明呼吸链中传递体的排列顺序。
能够阻断电子传递链某部位的电子传递载体的物质称为电子传递抑制剂.
复合体I的抑制剂:
鱼藤酮、安密妥、杀菌蝶菌素
复合体III的抑制剂:
抗霉素A
复合体IV的抑制剂:
氰化物、叠氮化物、一氧化碳
第五节生物体内ATP的合成
ATP合成有三种方式:
光合磷酸化、底物水平磷酸化、氧化磷酸化
一、光合磷酸化
二、底物水平磷酸化(不完全氧化)
三、氧化磷酸化oxidativephosphorylationP129
2.ATP的形成:
3.机制:
③化学渗透假说:
要点
4.氧化磷酸化的抑制:
第六章糖代谢
第一节糖的分解代谢
一、糖原和淀粉的降解
1.糖原
2.淀粉starch水解
二、纤维素(cellulose)的降解:
三、双糖的水解
四、葡萄糖的降解
糖酵解作用(glucolysis)。
(一)糖酵解途径:
1.糖酵解的化学历程
2.糖酵解的能量变化
3.糖酵解的调节
(二)丙酮酸的去路
1.乳酸的生成
2.乙醇的生成
3.丙酮酸进入三羧酸循环
(三)三羧酸循环tricarboxylicacidcycle
1.丙酮酸氧化脱羧生成乙酰CoA(准备阶段)
丙酮酸脱氢酶系
2.三羧酸循环
TCA循环的化学历程:
3.三羧酸循环产生的能量计算
4.TCA循环的调节
丙酮酸脱氢酶:
柠檬酸合酶
异柠檬酸脱氢酶
-酮戊二酸脱氢酶
5.三羧酸循环的生理意义
五、糖代谢的其他途径和反应
(一)磷酸戊糖途径
1.磷酸戊糖途径的反应过程
第一阶段为氧化反应阶段,生成磷酸戊糖;
第二阶段为非氧化反应阶段,包括一系列的基团转移。
2.磷酸戊糖途径的生理意义
(二)乙醛酸循环
第二节糖异生反应
一、糖的异生作用gluconeogenesis
迂回措施一:
丙酮酸通过草酰乙酸形成磷酸烯醇式丙酮酸;
所用的酶是:
丙酮酸羧化酶和磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶。
迂回措施二:
1,6-二磷酸果糖在果糖1,6-二磷酸酶催化下形成6-磷酸-果糖;
迂回措施三:
6-磷酸-葡萄糖在葡萄糖-6-磷酸酶作用下形成葡萄糖。
(在脑和肌肉中不存在此酶,故不能利用6-磷酸-葡萄糖形成葡萄糖)。
第三节糖的生物合成carbohydratebiosynthesis
一、多糖的生物合成
1.糖原的合成:
UDPG----尿苷二磷酸葡萄糖;
需要有小引物(4个葡萄糖残基以上的糖原)。
2.淀粉的合成:
二、双糖的合成:
第四节糖代谢的调节及代谢异常
一、神经系统对血糖浓度的调节
1.直接控制:
2.间接控制:
二、激素对血糖浓度的调节
1.肾上腺素和胰高血糖素对糖原代谢的调控
2.胰岛素对糖原代谢的调节作用
三、代谢异常
1.先天性糖代谢障碍
(1)糖原病:
(2)半乳糖血症:
(3)6-P-葡萄糖脱氢酶缺乏症:
磷酸戊糖途径中的酶,
2.糖代谢异常
第七章脂类物质的代谢
2.脂类分类
脂肪(真脂)
磷脂类
固醇类
衍生脂类
二、脂类物质的功能
三、脂类的消化与吸收
1.脂肪的消化与吸收
2.类脂的消化和吸收
四、脂类在体内的贮存和运输
1.贮存和动员
脂库。
脂肪的动员。
2.脂类的运输:
以脂蛋白的形式运输。
第二节脂肪的分解代谢
一、甘油三酯的水解
二、甘油的降解
三、脂肪酸Fattyacids的降解
β-氧化
(一)饱和脂肪酸的β-氧化
1.脂肪酸的活化
2.脂酰辅酶A转入线粒体
3.β-氧化途径的化学历程:
脱氢、水合、再脱氢、断裂。
每一次β氧化产生1分子FADH2,1分子NADH+H+,1分子乙酰CoA和少2碳原子的脂酰CoA。
4.脂肪酸氧化的能量计算
(二)不饱和脂肪酸的β-氧化
(三)脂肪酸的其他氧化方式
α氧化作用和ω氧化作用。
(四)奇数C原子的β-氧化:
丙酰辅酶A羧化………………——琥珀酰辅酶A——进入三羧酸循环
四、酮体的代谢
1.酮体的概念
酮体包括乙酰乙酸、β-羟丁酸、丙酮三种物质。
酮体,"
ketonebodies"
2.酮体的生成:
肝内生成肝外用。
3.酮体的利用:
4.酮体生成的意义
(1)酮体是一种优质燃料。
(2)保障脑的能量供应。
(3)作为其它组织细胞的能量。
第三节脂肪的生物合成P257
一、3-磷酸甘油的合成
两个途径:
1.磷酸二羟丙酮(糖代谢产物为起始物),合成3-磷酸甘油。
2.甘油为起始物,合成3-磷酸甘油
二、脂肪酸的生物合成、
(一)脂肪酸的合成特点
(二)脂肪酸合成的化学历程:
1.启动:
2.装载3.缩合4.还原:
5.脱水:
6.再还原:
7.释放:
(三)脂肪酸C链的加长(P265)
一条是由线粒体中的酶系统将脂肪酸延长;
另一条是由光滑内质网中的酶系统将碳链延长。
三、脂肪的合成
条件:
甘油必需活化,即磷酸甘油
第四节磷脂及胆固醇代谢
一、磷脂的代谢
(一)、磷脂的降解
(二)磷脂的生物合成
1.脑磷脂
①乙醇胺磷酸化:
②CDP乙醇胺的生成:
③CDP-乙醇胺+甘油二脂生成脑磷脂
2.卵磷脂:
脑磷脂甲基化即为卵磷脂。
二、胆固醇代谢
(一)、胆固醇的合成
胆固醇由乙酰辅酶A合成的
合成的基本过程:
(1)甲羟戊酸的合成
(2)由甲羟戊酸生成异戊二烯
(3)鲨烯的合成:
(4)胆固醇的合成:
(二)、胆固醇去路
1.转变成胆汁酸:
2.转变为类固醇激素:
3.转变成7-脱H胆固醇:
(三)胆固醇的排泄
第五节脂类代谢的调节及紊乱
二、脂代谢紊乱
1.酮体和酮尿症
2.脂肪肝:
3.胆固醇代谢紊乱和动脉硬化
第八章蛋白质的降解和氨基酸的代谢
第一节蛋白质的降解
一、蛋白质降解的特性
二、蛋白质降解的反应机制
1.溶酶体无选择的降解蛋白质
2.泛素(ubiquitin)介导的蛋白质降解途径
三、机体对蛋白质的消化
第二节氨基酸的一般代谢
一、氨基酸的脱氨基作用
氨基酸的脱氨基作用主要有氧化脱氨、转氨基作用、联合脱氨基作用和非氧化脱氨作用等方式,其中以联合脱氨基为最重要。
(一)氧化脱氨基:
(二)、转氨基作用
1.转氨作用的概念
2.转氨酶
3.转氨基的作用机制
(四)、联合脱氨基作用
1.转氨与谷氨酸脱氢酶相结合进行的联合脱氨
2.转氨作用和嘌呤核苷酸循环相结合进行的联合脱氨。
二、氨的代谢:
1.与酮酸相结合,形成新的氨基酸,以供蛋白质合成用。
2.合成谷氨酰胺和门冬酰胺
3.排泄掉:
尿素是蛋白质分解代谢的最终无毒产物,尿素的生成也是体内氨代谢的重要途径。
在尿素循环中有5步酶反应。
尿素中的两个氮,一个来自NH3,一个来自Asp,碳原子来自CO2。
意义:
三、α-酮酸的代谢
20种aa脱氨后的碳骨架集中形成5种产物进入三羧酸循环,最后氧化成CO2和H2O。
5种产物是:
乙酰-CoA、草酰乙酸、琥珀酰-CoA、α酮戊二酸、延胡索酸。
四、氨基酸的脱羧作用
1.谷氨酸脱羧
2.组氨酸脱羧
3.丝氨酸脱羧
4.色氨酸
第四节各种氨基酸的合成
第九章核酸代谢
第一节核酸的降解
一、核酸的分解代谢:
二、单核苷酸的分解
三、嘌呤碱的分解
在各种脱氨酶的作用下水解脱氨,生成次黄嘌呤、黄嘌呤,最后生成尿酸、尿囊素等排出体外。
排尿酸动物:
灵长类、鸟类、昆虫、爬虫类
排尿囊素动物:
哺乳动物(灵长类除外)、腹足类
排尿囊酸动物:
硬骨鱼类
排尿素动物:
大多数鱼类、两栖类
四.嘧啶碱的分解
五.戊糖参加5C糖代谢
第二节核苷酸的生物合成
从头合成和补救合成。
一、嘌呤核苷酸的合成
用同位素示踪法证明,嘌呤环合成的前体:
CO2、甲酸盐、Gln、Asp、Gly
1.从头合成
(1)次黄嘌呤核苷酸的合成
(2)腺嘌呤核苷酸的合成(AMP)
(3)鸟嘌呤核苷酸的合成
2.嘌呤核苷酸的补救合成
二、嘧啶核苷酸的合成
1.从头合成
(1)尿嘧啶核苷酸的合成
(2)胞嘧啶核苷酸的合成
2.嘧啶的补救合成
三、脱氧核苷酸的合成
还原反应必须在核苷二磷酸(NDP)水平上进行。
H的供体为NADPH。