蛋白质PDB文件说明.docx

蛋白质PDB文件说明.docx

《蛋白质PDB文件说明.docx》由会员分享，可在线阅读，更多相关《蛋白质PDB文件说明.docx（100页珍藏版）》请在冰豆网上搜索。

蛋白质PDB文件说明

字符集合

只是一些非控制型字符，象空格和结束符，出现在PDB文件记录中。

也就是：

abcdefghijklmnopqrstuvwxyzABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ

1234567890

`-=[]\;',./~!

@#$%^&*（）_+{}|:

"<>?

空格和结束符。

结束符根据系统而定，Unix用一行字符，而其他的系统可能就用一个回车来表示。

特殊字符

希腊字母就详细的拼写出来。

比如：

α,β,γ

原子用DOT表示。

右箭头用-->表示。

左箭头用<--表示。

上标用两个等号表示开始和结束。

比如：

S＝＝2+＝＝

下标用一个等号来表示开始和结束。

比如：

F=c=

如果等号两边至少有一边有一个空格，那么这个字符就是表示等号。

比如：

2+4=6

逗号，冒号和括号用来表示文档中的分界苻，也就是下面几种中的一种：

List

SList

SpecificationList

Specification

如果逗号，冒号或者括号在任何一片文档中使用不是作为分界苻的话，那么肯定有字符被漏掉了。

比如下边例子中第四行的"\"：

COMPNDMOL_ID:

1;

COMPND2MOLECULE:

GLUTATHIONESYNTHETASE;

COMPND3CHAIN:

NULL;

COMPND4SYNONYM:

GAMMA-L-GLUTAMYL-L-CYSTEINE\:

GLYCINELIGASE

COMPND5（ADP-FORMING）;

COMPND6EC:

6.3.2.3;

COMPND7ENGINEERED:

YES

COMPNDMOL_ID:

1;

COMPND2MOLECULE:

S-ADENOSYLMETHIONINESYNTHETASE;

COMPND3CHAIN:

A,B;

COMPND4SYNONYM:

MAT,ATP\:

L-METHIONINES-ADENOSYLTRANSFERASE;

COMPND5EC:

2.5.1.6;

COMPND6ENGINEERED:

YES;

COMPND7BIOLOGICAL_UNIT:

TETRAMER;

COMPND8OTHER_DETAILS:

TETRAGONALMODIFICATION

数据类型-------------------------------------

该部分该部分主要用来描述试验和记录中该大分子的一些基本信息,有

以下几种记录:

HEADER,OBSLTE,TITTITLE,CAVEAT,COMPND,SOURCE,KEYWDS,EXPDTA,

AUTHOR,REVDAT,SPRSDE,JRNL和REMARK部分。

以下来具体说明一下各个记录。

记录类型--------------------------------------

按照在记录中出现的频率区分:

SINGLE

一个文件中只出现一次.按字母顺序列出如下:

记录类型说明

CRYST1晶胞参数

END结束

HEADER分子类，公布日期，ID号

MASTER版权拥有者

ORIGXn直角－PDB坐标

SCALEn直角部分结晶学坐标

如果这些记录在一个记录中重复出现是错误的。

SINGLECONTINUED

在记录中概念性的只出现一次,但信息内容可能超过了可利用列的数目.因次这些记录在后来的排列中会继续.按字母顺序列出如下:

记录类型说明

AUTHOR结构测定者

CAVEAT可能的错误提示

COMPND化合物名称

EXPDTA测定结构所用的试验方法

KEYWDS关键词

OBSLTE注明该id号已改为新号

SOURCE化合物来源

SPRSDE已撤消或更改的相关记录

TITLE说明试验方法类型

MULTIPLE

大部分记录类型多次出现,经常出现在这些组中,组中的信息理论上并没有连接,但已呈现为列表的组成部分.这种记录类型中的许多习惯连载可能不仅仅制定记录还和其他记录相联.按字母顺序列出如下:

记录类型说明

ANISOU温度因子

ATOM标准基因的原子坐标

CISPEP顺势残基

CONECT有关记录

DBREF其他序列库的有关记录

HELIX螺旋

HET非标准残基

HETSYM非标准残基的同义字

HYDBND氢键

LINK残基间化学键

MODRES对标准残基的修饰

MTRIXn显示非晶相对称

REVDAT修订日期及相关内容

SEQADVPDB与其它记录的出入

SEQRES残基序列

SHEET片层

SIGATM标准差

SIGUIJ温度因子

SITE特性位点

SLTBRG盐桥

SSBOND二硫键

TURN转折

TVECT转换因子

MultipleContinued

在记录中概念性的出现多次,但信息内容可能超过了可利用列的数目.因次这些记录在后来的排列中会继续.按字母顺序列出如下:

记录类型说明

FORMUL非标准残基化学式

HETATM非标准集团原子坐标

HETNAM非标准残基的化学名称

Grouping

有三种记录类型用来聚合其他记录.按字母顺序列出如下:

记录类型说明

ENDMDL亚基结束

MODEL多亚基时，示亚基号

TER链末端

MODEL/ENDMDL记录包围着ATOM,HETATM,SIGATM,ANISOU,SIGUIJ,和TER记录.TER记录预示链的末端.

Other

其他记录类型有详细的内部结构.按字母顺序列出如下:

记录类型说明

JRNL发表坐标集的文献

REMARK注解

记录的表示                            

PDB数据库中的数据都应按照一定的规定来出现，强制记录类型必须出现在所有的记录中，当强制数据没有提供,记录名必须出现在记录中并以NULL表示当此条件存在时选择项表就变成强制记录类型。

以下表格是对这两种类型的具体划分和描述：

记录类型 

说明

变为强制的条件

HEADER 

强制

OBSLTE

可选

个别记录中强制

TITLE 

强制

CAVEAT 

可选

该记录中有错误

COMPND 

强制

SOURCE 

强制

KEYWDS 

强制

EXPDA 

强制

AUTHOR 

强制

REVDAT 

强制

SPRSDE 

可选

在被替代的记录中

JRNL 

可选

出版物描述了该试验

REMARK1 

可选

出版物描述了该试验

REMARK2

强制

REMARK3

强制

REMARKN

可选

一定条件下强制,如记录在备注描述

DBREF 

可选

每个缩氨酸链的长度大于十个残基并且核酸记录存在于核算蛋白库中（NDB）

SEQADV 

可选

有序列冲突

SEQRES 

可选

ATOM记录存在

MODRES 

可选

有修饰存在

HET 

可选

有不标准的残基除了水分子

HETNAM 

可选

有不标准的残基除了水分子

HETSYN 

可选

FORMUL 

可选

有不标准的残基或水

HELIX

可选

SHEET 

可选

TURN

可选

SSBOND 

可选

有二硫键存在

LINK 

可选

HYDBND

可选

SLTBRG 

可选

CISPEP 

可选

SITE 

可选

CRYST1 

强制

ORIGX1ORIGX2ORIGX3 

强制

SCALE1SCALE2SCALE3 

强制

MTRIX1MTRIX2MTRIX3  

可选

完全不对称单元

非晶相对称

TVECT 

可选

MODEL

可选

记录中多于一个MODEL

ATOM 

可选

有标准的残基存在

SIGATM 

可选

ANISOU 

可选

SIGUIJ 

可选

TER

可选

有ATOM记录存在

ENDMDL

可选

有MODEL存在

CONNECT

可选

不标准的团存在

MASTER

强制

END 

强制

记录部分的划分

Title

大概描述 

HEADER,OBSLTE,TITLE,CAVEAT,COMPND,SOURCE,KEYWDS,EXPDTA,AUTHOR,REVDAT,SPRSDE,JRNL

Remark 

参考书目，最大分辨率,注解等

REMARKs1,2,3andothers

Primarystructure

一级结构氨基酸或核苷酸序列和PDB序列与其他序列库的有关记录 

DBREF,SEQADV,SEQRES,MODRES

Heterogen 

不标准组的描述 

HET,HETNAM,HETSYN,FORMUL

Secondarystructure

二级结构 

HELIX,SHEET,TURN

Connectivityannotation

化学元素连接

SSBOND,LINK,HYDBND,SLTBRG,CISPEP 

Miscellaneousfeature 

大分子的特征

SITE

Crystallographic

晶体细胞描述 

CRYST1

Coordinatetransformation

坐标描述 

ORIGXn,SCALEn,MTRIXn,TVECT

Coordinate 

原子坐标数据 

MODEL,ATOM,SIGATM,ANISOU,SIGUIJ,TER,HETATM,ENDMDL

Connectivity

化学键连接 

CONECT

Bookkeeping 

概要信息和结束标志

MASTER,END

对数据类型的说明                   

数据类型

描述

Achar 

一个英文字母（A-Z,a-z）

Atom 

原子名

Character 

ASCII码和空格

Continuation

如果一行描述不完用此表示序列号，占两个字符右对齐，第一个用空格

Date 

占九个字符dd-mmm-yy,DD表日期,右对齐不足左补零;MMM表月份用常用的三个英文字母表示;YY表20世纪的一年,他们都必须是有效日期

IDcode 

占四个字符，第一个是阿拉伯数字（0-9）,余下的三个由希腊数字组成,字母必须是大写的。

若第一个是阿拉伯数字零则对此蛋白质的描述中没有坐标数据

Integer

右对齐，不足的用空格填充的整型数据

Token 

由一组没有空格的字符组成，结尾部分紧跟着冒号和空格

List 

一个由逗号分开的字符串

Lstring 

字符串，任何空格都有意义必须保存

LString（n） 

有N个字符的Lstring

Real（n,m） 

实型

Recordname 

记录的名字，由六个字符组成，左对齐，不足的用空格补充

Residuename

右对齐格式标准氨基酸或核苷酸中的一个,后有列表.不标准组分在HET中详细说明

Slist 

由一些内容组成的字符串，有分号分开

Specificatio