生物信息学课程复习Word格式文档下载.docx

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2.genome---一个细胞、细胞器或病毒中的所有DNA（或RNA）Thegeneticmaterialofanorganism,containedinonehaploidsetofchromosomes.

3.Proteome-蛋白质组一个细胞内的全套蛋白质，反映特殊阶段、环境、状态下细胞或组织在翻译水平的蛋白质表达谱。

Theentirecollectionofproteinsthatareencodedbythegenomeofanorganism.Initiallytheproteomeisestimatedbygenepredictionandannotationmethodsbuteventuallywillberevisedasmoreinformationonthesequenceoftheexpressedgenesisobtained.

4.Proteomics（蛋白质组学）Systematicanalysisofproteinexpressionofnormalanddiseasedtissuesthatinvolvestheseparation,identificationandcharacterizationofalloftheproteinsinanorganism.

5.功能基因组学=以解释基因组的功能及控制机制为目标,核心问题:

基因组多样性,表达及调节,模式生物

6.比较基因组学=将不同物种基因组进行比较,有助于根据同源性方法分析基因组功能,有助于发现人类和其他生物的本质差异,探索遗传语言的奥秘

7.genomephysicalmapping（基因组物理作图）采用分子生物学技术直接检验DNA分子来作图以标示序列特征（基因等）在基因组上的位置。

遗传图的解析度和精确度较低,需物理图补充，单位:

bp，物理作图方法（很多,可大致分为3类）限制作图（restrictionmapping）限制性酶切图谱；

FISH（fluorescentinsituhybridization）；

荧光原位杂交STSmapping。

数据量大,只能用计算机完成

8.遗传作图（geneticmapping）=采用遗传技术（杂交,谱系等）作图以标示序列特征（基因等）在基因组上的位置，单位:

cM，标记基因，分子/DNA标记:

RFLP,SSLP（小卫星/VNTR,微卫星）,SNP，遗传作图方法:

连锁分析

9.基因芯片（genechip）=也叫DNAchip或microarray（微阵列），是由大量DNA或寡核苷酸探针密集排列所形成的探针阵列，将DNA短片段附着于固体（玻璃,塑料,硅等）表面以形成阵列，其工作的基本原理是通过杂交检测信息=Biochips（生物芯片）Miniaturizedarraysoflargenumbersofmolecularsubstrates,oftenoligonucleotides,inadefinedpattern.TheyarealsocalledDNAmicroarraysandmicrochips.

10.序列比对（sequencealignment）=为评价相似性（similarity）的程度或同源性（homology）的可能,将两个或更多的序列排列起来以得到最大一致性（identity）的过程。

一致性–序列相同的程度;

同源性–序列源于共同的祖先而产生的相似.共有序列（consensus）又称一致性片段,描述了功能位点每个位置上进化的保守性=Alignment（联配/比对/联配）Referstotheprocedureofcomparingtwoormoresequencesbylookingforaseriesofindividualcharactersorcharacterpatternsthatareinthesameorderinthesequences.Ofthetwotypesofalignment,localandglobal,alocalalignmentisgenerallythemostuseful.SeealsoLocalandGlobalalignments.

11.全局比对（globalalignment）=全局比对将两个序列从头到尾比较,以保证能找到较好的匹配，Needleman&

Wunsch（1970），是Dynamicprogramming（动态规划）方法对生物序列比对的最早运用，是一个逐步递增最优比对的方法：

步骤=建立矩阵，给矩阵打分，得到优化比对

12.局部比对（localalignment）-局部比对则找到优化匹配的子序列（subsequence），然后将其扩展到全局。

数据库搜索几乎都是使用局部比对，Smith&

Waterman（1981）解决了局部比对的问题，其实是Needleman-Wunsch算法的变种，其他一些算法（如BLAST,FASTA）更快,但是以牺牲部分精确性为代价

13.计分矩阵（scoringmatrix）=叫替换矩阵（substitutionmatrix）,用来给一个比对打分,以衡量两个序列相似程度,由大量训练集比对产生,最有名的是PAM250和BLOSUM62=是BLAST的缺省矩阵,对于亲缘远的近的序列性能都很好

14.功能位点（functionalsite）DNA序列中,除基因外,还包含其它信息，如调控因子等,存放这些信息的DNA片段称为功能位点

15.基因调控网络，geneticregulatorynetworks=GRN

16.蛋白互作网络,Proteininteractionnetwork

17.代谢网络,Metabolicnetwork

18.Phylogeneticstudies（系统发育研究）

19.Paralogous（旁系同源）Homologoussequenceswithinasinglespeciesthatarosebygeneduplication.Genesthatarerelatedthroughgeneduplicationevents.Theseeventsmayleadtotheproductionofafamilyofrelatedproteinswithsimilarbiologicalfunctionswithinaspecies.Paralogousgenefamilieswithinaspeciesareidentifiedbyusinganindividualproteinasaqueryinadatabasesimilaritysearchoftheentireproteomeofanorganism.Theprocessisrepeatedfortheentireproteomeandtheresultingsetsofrelatedproteinsarethensearchedforclustersthataremostlikelytohaveaconserveddomainstructureandshouldrepresentaparalogousgenefamily.

20.Orthologous（直系同源）=Homologoussequencesindifferentspeciesthatarosefromacommonancestralgeneduringspeciation;

mayormaynotberesponsibleforasimilarfunction.Apairofgenesfoundintwospeciesareorthologouswhentheencodedproteinsare60-80%identicalinanalignment.Theproteinsalmostcertainlyhavethesamethree-dimensionalstructure,domainstructure,andbiologicalfunction,andtheencodinggeneshaveoriginatedfromacommonancestorgeneatanearlierevolutionarytime.Twoorthologs1andIIingenomesAandB,respectively,maybeidentifiedwhenthecompletegenomesoftwospeciesareavailable:

（1）inadatabasesimilaritysearchofalloftheproteomeofBusingIasaquery,IIisthebesthitfound,and

（2）Iisthebesthitwhen11isusedasaqueryoftheproteomeofB.Thebesthitisthedatabasesequencewiththehighestexpectvalue（E）.Orthologyisalsopredictedbyaveryclosephylogeneticrelationshipbetweensequencesorbyaclusteranalysis.ComparetoParalogs.SeealsoClusteranalysis.

21.Database（数据库）=Acomputerizedstorehouseofdatathatprovidesastandardizedwayforlocating,adding,removing,andchangingdata.SeealsoObject-orienteddatabase,Relationaldatabase.

22.Contig（序列重叠群/拼接序列）=Asetofclonesthatcanbeassembledintoalinearorder.ADNAsequencethatoverlapswithanothercontig.Thefullsetofoverlappingsequences（contigs）canbeputtogethertoobtainthesequenceforalongregionofDNAthatcannotbesequencedinoneruninasequencingassay.Importantingeneticmappingatthemolecularlevel.

23.COG（直系同源簇）Clustersoforthologousgroupsinasetofgroupsofrelatedsequencesinmicroorganismandyeast（S.cerevisiae）.Thesegroupsarefoundbywholeproteomecomparisonsandincludeorthologsandparalogs.SeealsoOrthologsandParalogs.

24.Codonusage=Analysisofthecodonsusedinaparticulargeneororganism.

25.BACclone（细菌人工染色体克隆）=BacterialartificialchromosomevectorcarryingagenomicDNAinsert,typically100–200kb.Mostofthelarge-insertclonessequencedintheprojectwereBACclones.

26.Accessionnumber（记录号）=AuniqueidentifierthatisassignedtoasingledatabaseentryforaDNAorproteinsequence.

27.Alignmentscore（联配/比对/联配值）=Analgorithmicallycomputedscorebasedonthenumberofmatches,substitutions,insertions,anddeletions（gaps）withinanalignment.ScoresformatchesandsubstitutionsArederivedfromascoringmatrixsuchastheBLOSUMandPAMmatricesforproteins,andaftinegappenaltiessuitableforthematrixarechosen.Alignmentscoresareinlogoddsunits,oftenbitunits（logtothebase2）.Higherscoresdenotebetteralignments.SeealsoSimilarityscore,Distanceinsequenceanalysis.

28.Annotation（注释）=Thepredictionofgenesinagenome,includingthelocationofprotein-encodinggenes,thesequenceoftheencodedproteins,anysignificantmatchestootherProteinsofknownfunction,andthelocationofRNA-encodinggenes.Predictionsarebasedongenemodels;

e.g.,hiddenMarkovmodelsofintronsandexonsinproteinsencodinggenes,andmodelsofsecondarystructureinRNA.

29.基因组组装（genomeassembly）:

将大量短序列拼装成完整基因组的过程

30.FTP（FileTransferProtocol）（文件传输协议）AllowsapersontotransferfilesfromonecomputertoanotheracrossanetworkusinganFTP-capableclientprogram.TheFTPclientprogramcanonlycommunicatewithmachinesthatrunanFTPserver.Theserver,inturn,willmakeaspecificportionofitstilesystemavailableforFTPaccess,providingthattheclientisabletosupplyarecognizedusernameandpasswordtotheserver.

二、英译汉

Genomics基因组学,proteomics蛋白质组学,基因调控网络=geneticregulatorynetworks=GRN,蛋白互作网络,Proteininteractionnetwork,代谢网络,Metabolicnetwork.

比较基因组学（comparativegenomics）,结构基因组学（Struturalgenomics,2001）,功能基因组学（Functionalgenomics）,系统生物学（systembiology）,系统树重建（phylogenicreconstruction），功能序列（functionalsequence）、序列模式/模体/基元/基序（motif）、信号（signal）,启动子（promoter）,基因终止序列（terminatorsequence）,剪切位点（splicesite）,enhancer增强子,operator（操纵子）,转录起始位点（transcriptioninitiationsite）,转录终止位点（transcriptionstopsite）,翻译起始（translationinitiation）,编码区（codingregion）=CodingregionofDNA=CDS.,翻译终止,（translationstop）,识别区（recognitionregion）,5’UTR（untranslatedregion）,3’UTR,密码子用法（codonusage）,剪切位点（splicing）,Exon（外显子）,intron=内含子,Alignment（联配/比对/联配）,DNAmicroarrays（芯片）=biochips,Conservation（保守）,Consensus（一致序列）=Asinglesequencethatrepresents,ateachsubsequentposition,thevariationfoundwithincorrespondingcolumnsofamultiplesequencealignment.,DNASequencing（DNA测序）,Domain（功能域）,Dotmatrix（点标矩阵图）,Draftgenomesequence（基因组序列草图）,Expectvalue（E）（E值）,ExpressedSequenceTag（EST）,（表达序列标签）=Randomlyselected,partialcDNAsequence;

representsit'

scorrespondingmRNA.dbESTisalargedatabaseofESTsatGenBank,NCBI.FASTA（一种主要数据库搜索程序）,Fullshotgunclone（鸟枪法克隆）=Alarge-insertcloneforwhichfullshotgunsequencehasbeenproduced.gap（空位/间隙/缺口）,Geneticmap（遗传图谱）,Globalalignment（整体联配）=Attemptstomatchasmanycharactersaspossible,fromendtoend,inaset,oftwoormoresequences.Localalignment（局部联配）=Attemptstoalignregionsofsequenceswiththehighestdensityofmatches,indoingso,oneormoreislandsofsubalignmentsarecreatedinthealignedsequences.GSS（基因综述,调查序列）=Genomesurveysequence.HGMP（人类基因组图谱计划）=HumanGenomeMappingProject.Homology（同源性）=Asimilarcomponentintwoorganisms（e.g.,geneswithstronglysimilarsequences）thatcanbeattributedtoacommonancestorofthetwoorganismsduringevolution.HTGS/HGT（高通量基因组序列）

High-throughoutgenomesequences.Identity（相同性/相同率）=Theextenttowhichtwo（nucleotideoraminoacid）sequencesareinvariant.MMDB（分子建模数据库）=MolecularModellingDatabase.AtaxonomyassigneddatabaseofPDBfiles,andrelatedinformation.

MultipleSequenceAlignment（多序列联配）=Analignmentofthreeormoresequenceswithgapsinsertedintheseq