内蒙古农业大学考研生物化学知识点总结Word格式.docx
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螺距0.54nm
3.6Aa残基上升一圈R侧链大小
α—螺旋多是右手螺旋影响α—螺旋稳定因素PH值
R位于外侧pro(脯氨酸)破坏最大
链内氢键维持稳定
维持稳定力:
键间氢键
β—折叠几条肽段平行排列,每条肽段锯齿状;
R基交替地分布在片层平面的上下方
有平行式和反平行式两种折叠
β-转角:
又称β-弯曲,β-回折或发夹结构。
一般由四个连续的氨基酸残基组成
超二级结构:
Pr中某些相邻二级结构单位组合在一起的聚合体。
结构域:
在一些相对较大的蛋白质分子中,在二级或超二级结构基础上形成的相对独立的特定区域称为结构域。
三级结构:
一条多肽链中所有原子在三维空间的整体排布,称为三级结构
三级结构主要靠次级键维系固定,包括氢键、离子键(盐键)、疏水作用、范德华力、二硫键(共价键)、配位键
四级结构:
几个具有独立三级结构多肽链(亚基)的聚集体;
维持作用力:
同三级结构
9、Pr一级结构、高级结构与功能关系。
(Aa序列决定Pr功能)
功能既与高级结构有关,又与一级结构有关;
一级结构是高级结构的基础,高级结构决定功能;
一级结构相同,功能不一定相同(高级结构变,功能变—变性;
高级结构不变,功能不变);
一级结构不同引起高级结构变,则功能变(镰刀型贫血);
不引起高级结构改变,功能不变(同工Pr);
高级结构变,一级结构不一定变(变性),一级结构改变往往决定高级结构改变,进而改变Pr生物学功能。
10、Pr胶体稳定:
双电层、水化法
透析:
利用人工半透膜两侧渗透压不同而将Pr与小分子物质分开。
11、Pr沉淀:
当Pr表面的电荷或水膜受到破坏后,Pr分子会聚集成团从溶液中析出的现象。
沉淀方法:
盐析:
在Pr溶液中加入大量中性盐,使Pr溶解度下降,从溶液中析出的现象。
如:
硫酸铵;
机理:
水膜、电荷破坏
有机溶剂沉淀法:
如乙醇、丙酮。
破坏蛋白质的水化膜。
低温条件下进行。
生物碱试剂沉淀法:
在酸性条件下,蛋白质带正电,可以与生物碱试剂的酸根离子结合而产生沉淀。
调pI到pI:
pI处的蛋白质溶解度最小到;
中和电荷
盐溶:
少量中性盐(低浓度)溶液,增大Pr的溶解度,使沉降Pr溶解。
12、Pr变性:
在物化因素的影响下,蛋白质的高级结构受到破坏,活性丧失;
本质:
分子中次级键断裂,空间结构破坏,一级结构不变。
1)生物学活性消失
变性后的表现:
2)理化性质改变:
溶解度下降,粘度增加,功能散失,紫外吸收增加,侧链反应增强,对酶的作用敏感,易被水解。
变性一定沉淀,沉淀不一定变性;
变性功能散失;
沉淀不一定散失。
第二章酶维生素
1、酶:
专一性、高效性、可调控性种类:
氧、转、水、裂、异、合
2酶的活性中心:
酶分子中与底物直接结合并参与催化的部位。
活性中心结合部位专一性(E与S非共价键结合)
催化部位高效性
酶表面上有一个很小的凹穴
特点有特定的三维结构
有一定的运动性
酶与底物主要以非共价键结合
简单蛋白酶只有蛋白质
蛋白质
结合蛋白酶(全酶)
无机离子
非蛋白成分辅助因子
金属有机化合物
小分子有机化合物
根据酶的结合程度,辅助因子分为辅酶和辅基。
辅酶:
以非共价键结合,可以用超滤和透析去掉(辅酶与酶蛋白结合疏松)。
辅基:
以共价键结合,不可以用上述方法除去(结合紧密)。
单体酶:
只有一条肽链。
酶的蛋白组成分类寡聚酶:
由多条肽链亚基不能单独行使功能
多酶体系:
由几种酶组成每一种酶都可以单独行使功能一般前一个酶的产物是后一个酶的底物
3、米氏方程:
V=
米氏常数(酶的特征常数):
当酶促反应速度达到最大反应速度一半时的底物浓度
与[E]的多少无关,只与种类有关;
Km是鉴别酶的一个指标。
在特定条件下,Km只与酶的性质有关,与酶的底物浓度无关;
几种底物有几个Km;
Km值反应底物与酶的亲和力,Km值愈大,亲和力愈小;
从Km值判断酶的最适底物。
如果一种酶有多种底物,Km值最小的底物为该酶的最适底物。
从Km值判断反应方向和代谢方向。
在一个可逆反应中,酶对正向和逆向反应底物的Km值不同Km越小,此方向的反应越容易进行。
当同一底物被多种酶催化时,Km值小的酶决定代谢方向。
Km和Vmax的求法(双倒数作图):
使1/v对1/[S]作图,可以获得一条直线。
从直线与x轴的
截距可以得到1/Km的绝对值;
而1/Vmax是直线与y轴的截距。
双倒数作图直观、容易理解,为酶抑制研究提供了易于识别的
图形。
缺点:
底物浓度低时,坐标点集中于坐标左下方,使得误差增大,往往偏离直线,
Vm、Km无法精确定出。
解决方法:
底物浓度配成1/[S]的浓度级差,而不是[S]的浓度极差,使点距离平均,
再以最小二乘法线性回归分析。
4、可逆抑制作用:
如果抑制剂与酶蛋白非共价结合,通过透析或超滤可以去除抑制剂而使酶恢复活性。
5、不可逆抑制作用:
抑制剂与酶活性中心的功能基团以共价键结合,用透析、超滤等物理方法不能除去。
6竞争性抑制:
化学结构与底物结构相似,能与底物竞争酶分子的结合位点,形成酶—抑制剂复合物(EI;
其解离常数用KI表示),通过减少底物与酶结合来降低反应速度。
可通过增加底物解除抑制作用
酶的Vmax不变,Km值增大
丙二酸对琥珀酸脱氢酶的抑制是典型的竞争性抑制;
丙二酸与琥珀酸的化学结构相似,增大琥珀酸浓度可减弱或解除丙二酸的抑制作用。
强弱与
有关。
7、非竞争性抑制:
抑制剂与底物结构不同,可同时结合在酶的不同部位,抑制剂和底物可以分别随机与酶分子结合,,但最终形成的三元复合物ESI,因不能生成产物,致使酶催化活性受到抑制。
不能用增加底物浓度的方法来消除,可通过减少抑制剂浓度消除。
酶的Vmax变小,Km不变
8、同工酶:
能够催化相同的化学反应而结构和性质不同的几种酶。
9、别构酶:
一种寡聚酶,除了活性中心外,还有调节中心,当调节物(效应物)与调节部位结合后酶的构象发生改变,从而改变酶的活力
通常为寡聚酶,除活动中心外,还存在一个或多个调节部位;
别构酶特点:
效应物通过与酶分子调节部位非共价结合而是酶活性得到可逆性调节;
酶反应速率底物浓度之间的关系是S形曲线。
(不遵守米氏方程)
10、共价修饰:
通过共价键引入或除去某一基团,使分子结构发生变化,从而催化活性发生变化的效应。
这样的酶称为共价修饰酶
酶比活:
是指每毫克蛋白中所含的酶活力单位数(U/mg)
激活剂:
凡能提高酶活力的物质;
类型:
无机离子(K、Na、Ca、Mg、Zn、Fe)、有机小分子(半胱氨酸、还原性谷胱甘肽、抗坏血酸)、生物大分子(蛋白质激酶)
11、维生素和辅酶
所含B族维生素
辅酶形式
主要作用
硫胺素(B1)
焦磷酸硫胺素(TPP)
脱羧酶的辅酶、α-酮酸氧化脱羧、酮基转换作用
核黄素(B2)
黄素单核苷酸(FMN)
黄素腺嘌呤二核苷酸(FAD)
电子和质子的传递体
泛酸B3
辅酶A(CoA)
酰基转移酶的辅酶,传递酰基
维生素PP包括尼克酸(又称烟酸)和尼克酰胺(又称烟酰胺)B5
尼克酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD+)
尼克酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸(NADP+)
脱氢酶的辅酶
递氢体
吡哆素(B6)
磷酸吡哆醛
氨基酸转氨作用、脱羧作用和消旋作用的辅酶
生物素B7
生物素
羧化酶的辅酶,传递和固定CO2
叶酸B11
四氢叶酸
"
一碳基团"
转移
钴胺素(B12)
5-甲基钴铵素
5-脱氧腺苷钴铵素
甲基转移
维生素C
VC
在体内参与氧化还原反应,羟化反应
硫辛酸
6,8-二硫辛酸
α-酮酸氧化脱羧
第三章核酸
1、核酸核苷酸
DNA、RNA组成异同
DNA
RNA
磷酸
戊糖
β—D—2脱氧核糖
β—D核糖
碱基嘌呤
A、G
嘧啶
C、T
C、U
2、核苷:
戊糖与碱基通过糖苷键链接
糖
嘌呤N9C1′—N9
嘧啶N1C1′—N1
核酸分子中核苷酸的连接方式:
3'
,5'
—磷酸二酯键
有种属特异性
3、Chargaff规则无组织特异性
相对稳定
碱基当量定律:
[A]=[T],[G]=[C],[A]+[G]=[C]+[T]
4、DNA的B-型双螺旋特点:
两股链反平行,右手螺旋;
螺距为3.4nm(每圈10bp),直径为2.0nm。
表面形成一条大沟,一条小沟。
链的骨架:
脱氧核糖基和磷酸基螺旋的外侧。
碱基配对形成平面位于双螺旋的内侧;
维持的作用力:
氢键(横)和碱基堆积力(纵)。
5、游离核苷酸及其作用:
能量物质:
ATP、UDP、CDP、GTP
dNTP、NTP合成DNA或RNA的前体。
参与代谢调控:
ppGpp,pppGpp,在大肠杆菌中参与rRNA合成的控制
环化核苷酸cAMP、cGMP:
被称为第二信使,有放大激素的作用。
参与辅酶的形成:
NAD+、NADP+、FAD、HSC0A。
6、DNA一级结构
概念:
脱氧核苷酸之间排列顺序、连接方式、组成
DNA的排列方式:
排列的方式=4n(4为四种碱基,n为该核酸的总核苷酸数)
DNA的书写:
5ˊ3ˊ端
5ˊ端:
DNA上具有5ˊ游离磷酸基的一端;
3ˊ端:
DNA上具有3ˊ游离羟基的一端。
核酸简化式的表示法:
7、tRNA二级结构:
三叶草模型
末端:
CCAOH
5’:
pG
4臂4环:
臂——氨基酸臂;
环——反密码环(与mRNA密码子识别)、二氢尿嘧啶环、TΨC环、可变环。
tRNA三级结构:
倒”L”型
8、真核与生物mRNA一级结构的差别
真核生物
原核生物
3`
有尾巴结构(poly-A)
无
5`
有帽子结构
表达
单顺反子
多顺反子
9、DNA的熔点(Tm):
加热使50%DNA分子发生变性时的温度。
DNA的碱基组成:
G+C含量越高,Tm值越高
影响因素:
DNA的均一性:
均一性越高,突发热变性的范围越窄
介质中的离子强度:
离子强度越高,核酸Tm值也越高
10、核酸变性:
当核酸在一定理化因素作用下,分子双螺旋解开变为单链的过程,此时其理化性质及生物活性发生改变
11、增色效应:
核酸变性时,因为碱基间的氢键和碱基堆积力受到破坏,在260nm处紫外吸收增加的现象。
12、复姓(退火):
变性的DNA两条单链,在适当条件下重新结合成双螺旋结构,其理化性质和生理活性随之恢复
13、核酸杂交:
异源的核酸分子结合双链的过程。
14、嘌呤和嘧啶各原子的来源:
AspC
Gly氨甲酰基Asp
Gln
一碳
第四章代谢
糖的有氧氧化主要发生在线粒体中分为三个阶段:
糖酵解途径;
第二阶段:
乙酰CoA的生成第三阶段:
三羧酸循环
有氧氧化过程的三个关键酶:
丙酮酸脱氢酶系、柠檬酸合酶、异柠檬酸脱氢酶
定义:
葡萄糖降解为丙酮酸,同时伴随少量ATP生成。
场所:
细胞质(胞液)
1、糖酵解:
三步不可逆:
三个关键酶(己糖激酶、磷酸果糖激酶、丙酮酸激酶)
2底物水平磷酸化在于底物:
1,3—二磷酸甘油酸、PEP
参与底物水平磷酸化的E:
磷酸甘油酸激酶、丙酮酸激酶
净生成2个ATP,2个NADH
生理意义
糖酵解图:
线粒体
丙酮酸脱氢酶复合体。
丙酮酸乙酰CoA反应方程式中的5酶5因子
特点:
两次脱羧(生成2C
)
四次脱氢生成3NADH和1
一次底物水平磷酸化:
TCA循环一次产生10ATP;
CoA彻底氧化分解:
12.5ATP;
G彻底氧化分解真核:
30ATP;
原核32ATP
乙酰CoA以两个碳原子的形式进入循环,以CO2的形式离开循环;
消耗两分子水:
一分子合成柠檬酸,一分子延胡索酸加水;
严格需氧(NAD+和FAD再生需氧)。
2、TCA:
调节部位:
TCA调节的部位主要有3个,有三种变构酶
柠檬酸合成E:
限速酶
抑制剂:
NADH、NADPH、琥珀酰COA、ATP、柠檬酸;
草酰乙酸、乙酰COA
异柠檬酸脱氢E:
NADH、ATP、琥珀酰COA;
ADP、Ca2+、
α—酮戊二酸脱氢酶系:
琥珀酰COA、ATP、NADH;
Ca2+
总之,调节的关键因素[NADH]/[NAD],[ATP]/[ADP],和草酰乙酸、乙酰COA、琥珀酰COA等代谢物的浓度。
生物学意义:
1.是有机体获得生命活动所需能量的主要途径:
生成的ATP数量远远多于无氧酵解产生的ATP数量;
机体内大多数组织细胞均通过此途径氧化供能。
2.是三大营养物质的最终代谢通路(即共同途径):
糖、脂肪、蛋白质在体内进行生物氧化都产生乙酰CoA,然后进入TCA循环进行降解;
3.是糖、脂、蛋白质等物质代谢和转化的中心枢纽:
一方面,糖、脂肪和氨基酸要进入TCA循环进行氧化分解;
另一方面循环中的中间代谢物也可以被抽出作为合成其他物质的前体,如草酰乙酸、α-酮戊二酸可被抽出合成Asp、Glu等。
4.形成多种重要的中间产物,为生物体内多种物质的合成提供了碳骨架:
如草酰乙酸、α-酮戊二酸、琥珀酰CoA等。
糖酵解:
2ATP2×
2ATP
丙酮酸氧化:
2×
1NADH2×
2.5ATP
糖的有氧氧化产生的能量计算:
21GTP21ATP
三羧酸循环:
23NADH27.5ATP
21FADH221.5ATP
柠檬酸循环:
1)柠檬酸合酶
2、3)顺乌头酸酶
4、5)异柠檬酸脱氢酶
6)α-酮戊二酸脱氢酶复合体
7)琥珀酸CoA合成酶
8)琥珀酸脱氢酶
9)延胡索酸酶
10)苹果酸脱氢酶
两个阶段氧化阶段:
不可逆G-6-P5-磷酸核酮糖
非氧化阶段:
3、PPP途径重要产物:
5-磷酸核糖NADPH
生理意义:
产生高还原力物质NADPH;
产生大量的磷酸核糖和其它重要中间产物(C3—C7糖);
保护生物膜的生物活性延长细胞寿命;
必要时供能。
糖异生与糖酵解比较乙醛酸途径
4、糖异生定义:
由非糖物质合成葡萄糖的过程
非糖物质:
丙酮酸、乳酸、丙酸、甘油、Aa
糖原合成与分解
合成过程:
葡萄糖 6-磷酸葡萄糖 1-磷酸葡萄糖 UDPG焦磷酸化酶 尿苷二磷酸葡萄糖
UTP PPi (UDPG)
糖原合成酶 (G)n+1+UDP
(G)n
注:
1)UDPG可看作是活性葡萄糖,在体内充作葡萄糖供体。
2)糖原引物是指原有的细胞内较小的糖原分子,游离葡萄糖不能作为UDPG的葡萄糖基的接受体。
3)葡萄糖基转移给糖原引物的糖链末端,形成α-1,4糖苷键。
在糖原合酶作用下,糖链只能延长,不能形成分支。
当糖链长度达到12~18个葡萄糖基时,分支酶将约6~7个葡萄糖基转移至邻近的糖链上,以α-1,6糖苷键相接。
调节:
糖原合成酶的共价修饰调节。
2、分解过程:
(G)n+1磷酸化酶(G)n+1-磷酸葡萄糖 6-磷酸葡萄糖 葡萄糖-6-磷酸酶 G+Pi
1)磷酸化酶只能分解α-1,4糖苷键,对α-1,6糖苷键无作用。
2)糖链分解至离分支处约4个葡萄基时,转移酶把3个葡萄基转移至邻近糖链的末端,仍以α-1,4糖苷键相接,剩下1个以α-1,6糖苷键与糖链形成分支的葡萄糖基被α-1,6葡萄糖苷酶水解成游离葡萄糖。
转移酶与α-1,6葡萄糖苷酶是同一酶的两种活性,合称脱支酶。
3)最终产物中约85%为1-磷酸葡萄糖,其余为游离葡萄糖。
磷酸化酶受共价修饰调节,葡萄糖起变构抑制作用。
5、脂肪酸代谢
甘油三酯的分解代谢
1、脂肪的动员 储存在脂肪细胞中的脂肪被脂肪酶逐步水解为游离脂肪酸(FFA)及甘油并释放入血以供其它组织氧化利用的过程。
甘油三酯 激素敏感性甘油三酯脂肪酶 甘油二酯 甘油一酯 甘油
+FFA+FFA+FFA
α-磷酸甘油 磷酸二羟丙酮 糖酵解或糖异生途径
脂肪酸活化:
在线粒体外膜或胞液中
脂酰CoA进入线粒体
脂酰CoA 肉毒碱 线 肉毒碱 脂酰CoA
肉毒碱脂酰转移酶Ⅰ粒酶Ⅱ
CoASH 脂酰肉毒碱 体 脂酰肉毒碱 CoASH
脂肪酸的β—氧化(线粒体中):
在一系列酶的作用下,脂肪酸的β-碳原子发生氧化,使碳链在α-碳原子和β-之间断裂,产生二碳单位(乙酰CoA)和比原来少两个碳原子的脂肪酸的过程。
氧化水化脱氢硫解
脂肪酸不能直接进行β—氧化,得活化成脂酰CoA。
脂肪细胞中三酰甘油酯的降解脂肪酸β—氧化作用
每循环一次生成:
1分子FADH2、1分子NADH、1分子比原来少2个碳原子的脂酰CoA、1分子乙酰CoA。
高能化合物:
ATP、乙酰CoA、琥珀酰CoA、PEP、1,3—二磷酸甘油酸
生物体内高能化合物键的特性可以把他们分成以下几种类型:
磷氧键型(酰基磷酸化合物、焦磷酸化合物、烯醇式磷酸化合物)、氮磷键型、硫酯键型、甲硫键型。
6、脂肪酸的从头合成:
1)原料:
乙酰CoA;
直接原料:
丙二酸单酰CoA
2)线粒体内柠檬酸异构酶胞液
3)需脂酰载体蛋白:
ACP
4)缩合加氢脱水加氢
5)每延长2C消耗2NADPH
丙酮酸羧化酶;
柠檬酸合成酶;
柠檬酸裂解酶;
苹果酸脱氢酶;
苹果酸酶柠檬酸——丙酮酸穿梭
乙酰CoA羧化为丙二酸单酰CoA
乙酰CoA羧化酶是脂肪酸合成的限速酶,含有生物素辅基。
6种酶和一种酰基载体蛋白(ACP):
6种酶分别是乙酰CoA-ACP酰基转移酶、丙二酸单酰CoA-ACP转移酶、β-酮脂酰ACP合酶、β-酮脂酰ACP还原酶、β-羟脂酰AC脱水酶和烯脂酰ACP还原酶。
7、β—氧化与脂肪酸从头合成关系:
比较项目
脂肪酸从头合成
脂肪酸β—氧化
场所
细胞质
运载系统
柠檬酸(转移CoA)
肉毒碱(转移脂酰CoA)
酰基载体
CoA
二碳单位参加的形式
丙二酰CoA
乙酰CoA
中间产物β羟脂酰基的构型
D
L
电子供体/受体
NADPH+H+
NAD+、FAD
CO2参加否
参加
否
能量利用
耗能
产能
酶(与有无多酶复合体)
7种(多酶复合体或多功能蛋白)
4种
过程
缩合脱氢脱水脱氢
活化脱氢水化氧化硫解
三酰甘油酯和磷脂的合成
甲羟戊酸的合成
8、转氨基作用:
由转氨酶催化,将α-Aa的氨基转到α-酮的酮基位置上生成相应的α-酮。
9、联合脱氨基作用:
转氨基作用与氧化脱氨基作用联合进行,使α-Aa脱去氨基转化为酮的过程。
10、尿素的生成
1)在线粒体中氨甲酰磷酸合成酶I将氨和CO2合成氨甲酰磷酸,消耗2个ATP。
N-乙酰谷氨酸是此酶的正调节物。
酶II在细胞质,与核苷酸的合成有关。
2)、氨甲酰磷酸与鸟氨酸形成瓜氨酸和磷酸,由鸟氨酸转氨甲酰酶催化,需镁离子。
3)、瓜氨酸出线粒体,进入细胞质,与天冬氨酸生成精氨琥珀酸。
精氨琥珀酸合成酶需镁离子,消耗1个ATP的两个高能键。
4)、精氨琥珀酸裂解酶催化其裂解,生成精氨酸和延胡索酸。
5)、精氨酸酶催化水解生成鸟氨酸和尿素。
6)、总反应为:
+CO2+Asp+2H2O=尿素+延胡索酸+2ADP=2Pi+AMP+PPi
共除去2分子氨和1分子CO2,消耗4个高能键。
前两步在线粒体中进行,可避免氨进入血液引起神经中毒。
此途径称为尿素循环或鸟氨酸循环,缺乏有关酶会中毒死亡。
O
NH3+CO2氨甲酰磷酸合成酶H2N—C—
11、氨的转运
(一)谷氨酰胺合成酶将氨与谷氨酸合成谷氨酰胺,消耗一个ATP。
谷氨酰胺中性无毒,容易通过细胞膜,进入血液运到肝脏后被谷氨酰胺酶分解,放出氨。
(二)肌肉通过葡萄糖-丙氨酸循环转运氨。
氨经谷氨酸转给丙氨酸,运到肝后再转氨生成谷氨酸。
丙酮酸异生为葡萄糖返回肌肉。
12、其他途径
爬虫和鸟排泄不溶的尿酸,可保持水,但耗能高。
具体见核酸代谢。
此外,蜘蛛排鸟嘌呤,某些鱼排氧化三甲胺,高等植物合成谷氨酰胺和天冬酰胺,储存体内。
13、生酮氨基酸:
亮氨酸(Leu)、赖氨酸(Lys);
生酮兼生糖氨基酸:
苯丙氨酸(Phe)、异亮氨酸(Ile)、酪氨酸(Tyr)、苏氨酸(Thr)。
酮体:
在肝脏中,脂肪酸氧化分解的中间产物乙酰乙酸、β-羟基丁酸及丙酮。
14、谷氨酸在体内的代谢方向
Aa乳酸酮体
CO2
PrAla脱氨基丙酮酸乙酰CoATCAH2O
能量
GG-6-PFAFTG
磷酸二羟丙酮α-磷酸甘油
还原PPPNADPH
糖原
15、天冬氨酸在生物体内的可能去向,并写出彻底氧化及转化为糖与脂肪的大致过程。
天冬酰胺蛋白质
天冬氨酸草酰乙酸PEP丙酮酸
G
磷酸二羟丙酮
乙酰CoA
α-磷酸甘油
脂肪
脂酰CoA
苯丙氨酸和酪氨酸降解途径
第五章生物氧化
1、生物氧化的特点
1)