高斯中的优化Word下载.docx
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1
B1
2
B2
A1
3
B3
A2
D1
4
B4
A3
D2
B5
A4
D3
H
B6
A5
D4
B7
A6
6
D5
B8
A7
D6
B9
A8
D7
5
B10
A9
D8
B11
A10
D9
B1
1.395160
1.394712
1.395427
1.394825
1.394829
1.099610
1.099655
1.099680
1.099761
1.099604
A1
120.008632
119.994165
119.993992
119.998457
119.997223
119.980770
120.012795
119.981142
120.011343
120.007997
D1
-0.056843
D2
0.034114
D3
0.032348
D4
-179.972926
D5
179.953248
D6
179.961852
D7
-179.996436
D8
-179.999514
D9
179.989175
参数很多，但是通过对称性原则，并且采用亚原子可以将参数减少为：
X
X
B0
7
8
B0
1.0
1.2
2.2
90.0
60.0
对于这两个工作，所用的时间为57s和36s，对称性为C01和D6H，明显后者要远远优于前者。
好，我真的很想知道这句话“你手工把坐标写好输入，输入为C2对称性”是什么意思？
老是见到版面上有人说对输入施加对称性限制，就是不明白是怎么回事。
您能详细解释一下吗？
有例子就更好了。
麻烦了谢谢！
比如，你要输入CO2，
那么你这么输入
C
0.0
0.0
O
1.203212313123
写得很精确，那就是对称性输入了。
这样g98可自动判定为D∞h
如果你输入的差不多，比如：
1.204212313123
精度不够，那么g98就只能判定为C∞h了。
再给你举个例子，比如甲烷的Td点群的输入坐标，考虑对称性，把C放在直角坐标的原点，四个氢放在四个角的顶点。
0.
0.
H
1.
1.
-1.
-1.-1.
-1
1.
这样出来的结果点群判断就会是正确的，当然这里的1我是随便取的一个值，只是来说明这个问题而矣。
谢谢二位指教，也就是说第一个输入的原子应该是对称中心，其它输入的原子应保持数值上的对应性。
那对于用Gview或3D生成的分子构型，也可以根据这个原则将处于对称位置的原子的坐标改为一致了？
如果分子很大（如我这次算的C14H14N4S20）有三个环，整体性的对称输入就有些麻烦，是不是可以先生成分子构型，然后利用对称性对它的笛卡儿坐标或矩阵坐标进行修改，将相近的坐标的数据改为一致？
"
第一个输入的原子应该是对称中心，其它输入的原子应保持数值上的对应性"
没错,做到这点就很方便了,"
对于用Gview或3D生成的分子构型，也可以根据这个原则将处于对称位置的原子的坐标改为一致"
那还不如用手动输入,大体系很难办了,如果体系太大,不用保持严格的对称性吧.
有机分子，原子多了以后构型就没有什么对称性了。
但对于有些系统，比如C60,你当然得按照它的实际的对称性来输入。
如果你希望你的计算按照某种对称性来做，那就一定要手工输入严格的
满足对称性的坐标.用软件生成的坐标，不是严格满足对称性，即使
用symm=loose,有时也不一定能判断出来。
各位大虾是用什么软件建模的呀，我是用SGI里sybyl软件进行构像搜索后取最低能量构像导入高斯程序的；
有的是用chem3D直接建模，这样子有没有什么问题啊，应该怎么做，谢谢
通常也就是这些方法,建议还是认真的核实分子结构的是否合理,然后再试着增大迭代圈数,降低收敛判据.
用什么软件建模并不是问题，对于我们量化计算，如vliant所说，核实分子的合理构型才是最重要的，包括对个原子间的成键分析。
就算不同的软件，也不可能保证给出的构型合理，因此我们一般都提倡手动输入坐标，就是为了加强对构型的理解，只有在这个基础上使用软件建模才能尽可能保证不出错。
一个合理的计算结果不能寄希望于软件。
那你就把结构朝振动的方向改小一点试一下
我们都知道常用的分子坐标输入有：
内坐标
直角坐标
混合坐标
分子构型输入方法的不同会对计算过程产生影响么？
或者说，对于哪些体系，用哪种方法更好优化？
“混合坐标”怎么讲？
我通常用内坐标，它能很好的控制对称性，且时间要短。
“混合坐标”是直角坐标和内坐标的混合使用，高斯手册上有讲这部分内容。
有看过讲哪种体系使用哪种方法更好优化，好像这都是凭经验的结果。
在“免费资源”论坛中有本《计算化学》，其中第八章（67－72页）好像提到你所关心的问题，你可以下来看一下，或许有所帮助。
如果你使用缺省的优化方案且初始几何构型完全相同，那么，不论你使用何种坐标输入方式，优化结果应该是一样的。
简言之，优化结果只取决于优化方案和初始几何构型，与坐标录入方式无甚关联。
于对称性限制的优化来说，显然以内坐标输入，且选用opt=z-matrix可以减少变量，使得优化效率提高。
免费资源中《gauss入门》有介绍。
您冗余坐标是指有过剩的内坐标。
冗余内坐标算法可以用于结构优化。
优化第二步：
对于大分子，一般要先预优化（如用PM3或AM1），有时是用部分优化，然后才用能达到实验精度方法和基组进行优化，就我所了解大多数情况下，6-31G（D）基组就差不多。
不好意思，我是新手，刚刚接触guassian，最近要算两个较大有机分子中原子的静电荷急相关能量和几何性质，分子中已经超过了80个原子（包括氢），用chemdraw画出图形，在chem3d中生成的input文件，可是，软件报错——2070~~
好象说是连接（lastlink）错误，怎么回事，哪里出错了，各位指点一下~
怎么，先用pm3预优化就可以了？
？
我的意思是，初试构象对计算量有这么大的影响么？
我以前也遇到过相似情况，同一个分子，相同的计算条件，用gview画出的模型进行计算报2070的错，用chemdraw画的模型，chem3d生成的input文件进行计算就OK，完成可以计算完成。
我还以为你画分子式的时候出什么问题了呢~~
只想优化H原子，其他重原子不做优化。
怎样进行分子坐标输入，下面的坐标输入方法对吗？
就是仅H原子的参数设置成Vairable.
%chk=sample
#pHF/6-31G*opt
Titleline
01
cu
7.577854
5.926989
4.935050
9.091644
8.489386
4.644861
10.605857
5.766733
4.988313
p
10.432217
3.600341
5.598077
12.551342
6.888289
4.775263
7.164457
9.584280
4.209578
11.125158
9.457819
4.661391
7.503791
3.715690
5.278502
5.670551
7.057133
4.652208
s
9.100712
6.979012
6.564150
9.088921
6.492596
3.113104
n
8.884097
3.048614
5.950712
5.827205
8.602518
4.003874
12.406788
8.511755
5.225239
1
B14
2
A13
7
D12
B15
A14
D13
B16
A15
D14
B17
A16
D15
B18
A17
3
D16
B19
A18
D17
B20
A19
D18
B21
A20
D19
B22
A21
D20
B23
A22
D21
B24
A23
D22
B25
A24
D23
B26
A25
D24
B27
A26
9
D25
2.990841
2.985833
3.009872
2.998051
3.015712
3.002042
3.489189
3.477113
161.290094
146.871331
108.517371
96.114237
106.549047
100.057030
155.415250
145.871488
163.425916
138.991013
105.076579
99.387878
66.120736
65.475681
D12
64.540783
D13
-53.098055
D14
-163.347541
D15
152.573174
D16
152.164746
D17
-162.671553
D18
-56.766147
D19
42.781046
D20
46.122424
D21
-46.534404
D22
150.210575
D23
-164.670929
D24
-78.866142
D25
109.837455
你如果要这么做的话，必须加opt＝Z-matrix,这样的话它就只优化后面的H，前面的直角坐标就不会优化了。
你只用了opt的话，那就是全优化了
你也可以通过molredunt来实现部分优化
固定原子的方法有许多,最简单的是这样的：
#rhf/sto-3goptnosymmtest
thetwoCatomsarefrozen
0,1
8
0
-1.000000
0.000000
0.000000
6-1
1.000000
0.000000
我不知道你的那种方法行不行，但我这个肯定可以。
前面我都贴出来了：
）
这可是我的心血噢。
＝＝＝＝＝＝＝＝＝
opt=z-matrix的部分优化。
%Chk=reac-hf3
#pRHF/STO-3Gopt（z-matrix,maxcyc=500）
freq=noramanscf（maxcyc=200）
reactantfopt
11
N-1-1.75389-0.481050.31424
H0
x2y2z2
x3y3z3
x4y4z4
O-12.162960.18089-0.15503
x6y6z6
x7y7z7
x8y8z8
x2=-2.2088
y2=0.39705
z2=0.46255
x3=-2.14589
y3=-0.9279
z3=-0.4899
x4=-1.88451
y4=-1.06386
z4=1.11629
x6=1.36256
y6=0.28882
z6=-0.67401
x7=2.32973
y7=0.98241
z7=0.34634
x8=2.90378
y8=0.01009
z8=-0.74115
***********************************************
opt=modredundant的部分优化。
分子坐标部分可以为具体的数值，而不用为参数形式。
#pRHF/STO-3Gopt（modredundant,maxcyc=500）
15F
感谢各位大侠的帮助！
看了之后有个不明白的地方，还请大侠不吝赐教！
在opt=modredundant的部分优化时最后一行的
5
F
是什么意思？
就是将第一和第五号原子的距离固定
问一个菜鸟的问题：
N后面的-1和H后面的0是什么意思？
是像手册上所说的把坐标增加所需要的值
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