序列分析报告软件DNAManWord文档下载推荐.docx
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将要分析的序列（DNA序列或氨基酸序列）放入Channel中可以节约存取序列时间，加快分析速度。
此版本DNAMAN提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel中。
本文以具体使用DNAMAN的过程为例来说明如何使用DNAMAN分析序列。
1．将待分析序列装入Channel
（1）通过File|Open命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。
（初始为channel1）可以通过激活不同的channel（例如：
channel5）来改变序列装入的Channel。
（2）通过Sequence|LoadSequence菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel。
可以通过Sequence|CurrentSequence|AnalysisDefination命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。
2．以不同形式显示序列
通过Sequence|DisplaySequence命令打开对话框，如下图所示：
根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。
对话框选项说明如下：
Sequence&
Composition
显示序列和成分
ReverseComplementSequence
显示待分析序列的反向互补序列
ReverseSequence
显示待分析序列的反向序列
ComplementSequence
显示待分析序列的互补序列
DoubleStrandedSequence
显示待分析序列的双链序列
RNASequence
显示待分析序列的对应RNA序列
参数说明如下：
Results分析结果显示
其中包括：
Showsummary（显示概要）Showsitesonsequence（在结果中显示酶切位点）
Drawrestrictionmap（显示限制性酶切图）Drawrestrictionpattern（显示限制性酶切模式图）
Ignoreenzymeswithmorethan（忽略大于某设定值的酶切位点）
Ignoreenzymeswithlessthan（忽略小于某设定值的酶切位点）
TargetDNA（目标DNA特性）
circular（环型DNA），dam/dcmmethylation（dam/dcm甲基化）allDNAinSequenceChannel（选择此项，在SequenceChannel中的所有序列将被分析，如果选择了Drawrestrictionpattern，那么当所有的channel中共有两条DNA时，则只能选择两个酶分析，如果共有三个以上DNA时，则只能用一个酶分析。
选择所需的项目，然后按提示操作点击
按扭，出现下列对话框：
Enzyme
代表（enzymedatafile），点击旁边的下拉按钮，出现两个默认选项，restrict.enz和dnamane.enz，如果添加过自制的酶列表，则附加显示自制酶列表文件名。
其中restrict.enz数据文件包含180种限制酶，dnamane.enz数据文件包含2524种限制酶。
选择其中一个数据文件，相应的酶在左边的显示框中列出（按酶名称字母表顺序），鼠标双击酶名称，则对应的酶被选中，在右边空白框中列出。
要自制酶切列表，可以从左边酶列表中双击鼠标选择多种酶（例如puc18multiplecloningsites），然后点击
按钮出现下列对话框：
输入要保存酶列表的文件名，点击
按钮即可保存。
自制酶列表可以方便分析特定的酶切位点。
Cutter酶切识别序列长度
End酶切产生的末端其中包括，Blunt（平头末端），5’Overhang（5’突出粘性末端）,3’Overhang（3’突出粘性末端）系统根据cutter和end的设定情况,在左边酶列表中显示符合条件的酶。
最后，点击
按钮执行操作。
4．DNA序列比对分析（DotMatrixComparision）
要比较两个序列，可以使用DNAMAN提供的序列比对工具DotMatrixComparision（点矩阵比较）通过Sequense|Dotmatrixcomparision命令打开比对界面，如下图：
点击对比界面左上角的
按钮，出现下列对话框：
Sequencetype序列类型
Sequence1参加比对的第一序列选择框，框内选项说明如下：
如果要比对的序列在Channel中，点击下拉箭头，选择相应的Channel，则被选中的Channel中的序列作为参加比对的第一序列；
也可以从文件夹中选择参加比对的序列，在File选择框上点击即可。
通过Length选择参加比对的序列片段。
Sequence2参加比对的第二序列选择框；
选项说明同上ShowSequence选择此项，当同源性大于设定值时，将显示同源性；
（此功能未见）
Annotations是否显示注释
Comparision比对参数，其中Window代表Windowsize（单位比对长度），Mismatch代表Mismatchsize（单位比对长度中许可的错配值）要快速比对，需将此项设为0。
Bothstran代表Bothstrand（双链比对）选择此项，是指用Sequence2中的序列的正链和负链分别和Sequence1比较。
Sequence2正链与Sequence1比较结果用黑色点表示，Sequence2负链比对结果用红色点表示。
Plotbox点阵图表显示参数，Position（起点坐标）Width（宽度值）Height（高度值）Frame
size（边框线粗度值）Dotsize（点粗度值）Gridline（虚线框数）。
参数设定好后，点击按钮
执行操作
5．序列同源性分析
（1）两序列同源性分析
通过Sequence|TwoSequenceAlignment命令打开对话框，如下所示：
Alignmentmethod比对方法，通常可选Quick（快速比对）或Smith&
Waterman（最佳比对），当选择快速比对时，设置较小的k-tuple值，可以提高精确度，当序列较长时，一般要设置较大的k-tuple值。
（dna序列：
k-tuple值可选范围2—6；
蛋白质序列：
k-tuple值可选范围1—3。
其它参数说明从略。
（2）多序列同源性分析
通过打开Sequence|MultipleSequenceAlignment命令打开对话框，如下所示：
File
从文件中选择参加比对的序列
Folder
从文件夹中选择参加比对的序列
Channel
从channel中选择参加比对的序列
Dbase
从数据库中选择参加比对的序列
Remove
清除选择的序列（鼠标点击左边显示框中的序列名选择）
Clear
清除全部序列
点击按钮，出现方法选择对话框：
选择其中一种方法，点击
如果在前一对话框选择的是Fastalignment,则在此对话框中选择Quickalignment,否则选择Dynamicalignment即可。
其它参数不必改变，点击对话框中间的
使其它参数取原始默认值。
点击
点击对话框中间的
，然后点击
执行操作。
结果如下所示：
点击左上角
按钮，可以从弹出的对话框中选择不同的结果显示特性选项。
按钮下的
按钮，出现下列选择项：
可以通过这些选项，绘制同源关系图（例如Tree|homologytree命令）。
显示蛋白质二级结构（ProteinSecondaryStructure命令），绘制限制性酶切图（RestrictionAnalysis命令）等。
同源关系图举例如下：
（Tree|HomologyTree命令）
6.PCR引物设计
首先，将目标DNA片段装入Channel,并激活Channel。
点击主菜单栏中的Primer主菜单，出现下拉菜单，如下所示：
点击DesignPCRPrimersforDNA命令，出现下列对话框：
Primerlocationsontarget引物定位
其中包括下列选项：
Productsize（扩增目的片段大小）
Senseprimer（正向引物选择区）
Antisenseprimer（反向引物选择区）
Primer引物特性包括Length（引物长度），Tm值,GC含量等参数；
Rejectprimer引物过滤（将符合引物过滤条件的引物过滤掉）
包括下列选项：
3’dimer（可形成3’端自我互补的碱基数）
Hairpinstem（可形成发卡颈环结构的碱基数）PolyN（多聚碱基）
3’Uique（3’端严格配对碱基数）
Primer-Primer（含义未知）
Allmatches（引物互补配对百分数）
Consentrations浓度设定
Productforhybridyzat（ion）PCR产物用于SouthernBlot探针杂交点击
.选择需要的选项，点击
按钮，出现：
按钮，完成操作。
7．画质粒模式图
我们常常要用到各种质粒图，无论是制作幻灯片，还是发表文章，常常需要质粒图。
DNAMAN提供强大的绘质粒图功能，能满足我们的需要。
通过Restriction|Drawmap命令打开质粒绘图界面：
将鼠标移动到圆圈上，等鼠标变形成“I”时，单击鼠标左键，出现如下菜单：
菜单说明如下：
Position当前位置
AddSite添加酶切位点
AddElement添加要素
AddText添加文字
InsertFragment插入片断
CopyFragment复制片断
CutFragment剪切片断
RemoveFragment清除片断
FrameThickness边框线粗细调节
点击AddSite选项，出现如下对话框：
Name要添加
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