曙光集群用户使用手册Word格式文档下载.docx
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因此，只在每次服务器重新启动后运行一次vncserver即可，由于用户较多，请勿启动多个。
2、如果需要使用node2的图形界面，可执行ssh-Xnode2。
3.作业提交
3.1.Fluent
3.1.1.图形方式运行
首先通过VNC登陆到图形界面，如果没有Terminal的话在桌面点击左键选择Xterm，输入以下命令即可运行：
此处myhosts为用户指定的host文件，内容如下所示：
node1
node2
-t8即指定8个核心参与计算，分别为node1上的4个核心和node2上的4个核心。
在图形界面下导入cas和data文件，修改和设置边界条件等并计算（和在windows下操作单机版Fluent相同，略）：
注：
通过VNC使用图形界面方式运行fluent时，无需保持PC机与服务器的连接，只要vncserver没有重新启动，即可随时连接到原有的窗口。
3.1.2.命令行方式运行
建立script1文件：
script1内容如下：
（注：
其中为cas文件名，根据实际进行修改；
solve/iterate25表示迭代25步，也可根据需要修改步数。
）
用命令行进行fluent计算：
3.1.3.作业调度方式运行
PBS只持Fluent命令行运行方式的作业提交
1．编译脚本script1，内容如下（与上面脚本运行方式相同）：
file/rcd25
/file/wcd
parallel/timer/usage
exit
yes
2．编辑pbs脚本，内容如下：
#!
/bin/bash
#PBS-Njob1-8cpu
#PBS-lnodes=1:
ppn=8
#PBS-joe
INPUTFILE=script1
OUTPUTFILE=
cd$PBS_O_WORKDIR
#
#indicateusingibprotocalandtheudaplway.t8indicatesusing
#8processors
NP=`cat$PBS_NODEFILE|wc-l`
date
fluent3d-t$NP-cnf=$PBS_NODEFILE-g-i$INPUT>
&
$OUTPUT
exit0
提交作业：
qsub
用qstat-a和pbsnodes-a以及top命令查看作业是否正常排队运行。
红色字体部分需要根据实际情况改动，黑色字体为固定格式的内容。
3.1.4.获取计算结果
1．如果用图形界面的方式运行fluent，可以在菜单中选择选择保存dat文件到当前工作目录或其他某个目录下，然后用ftp软件将dat文件下载到终端pc机上，即可进行后处理。
2．如果用命令行的方式运行fluent，dat文件自动保存到当前目录，文件名由script1文件的内容决定（例如“file/wcd”则表示dat文件为），用软件将dat文件下载到终端pc机上，即可进行后处理。
3.2.Ansys作业
3.2.1.图形方式运行
通过vnc登录以后，运行launcher121，即可进入ansys界面，选择相关的模块点击run即可。
3.2.2.命令行方式运行
在命令行方式下，不能进行交互的图形操作，所有的命令需要通过命令流来实现。
假设写好的命令流文件为，运行方式如下：
单节点：
ansys121-np16-i>
&
多节点运行：
ansys121-dis-machinesnode1:
16:
node2:
16-i>
3.2.3.作业调度方式运行
编写一个pbs脚本如下所示：
###################whatyoujustneedandcouldeditarebetweenthetwolines######################
#PBS-Nmy_ansys_test
ppn=16
INPUTFILE=
###############################################theend##############################################
np=1
forNODEin`cat$PBS_NODEFILE`;
do
host=$NODE
if[!
-z$lasthost];
then
if[$host=$lasthost];
np=`expr$np+1`
else
if[-z$mList];
mList=$lasthost:
$np
mList=$mList:
$lasthost:
fi
np=1
lasthost=$host
done
if[-z$mList];
else
fi
ansys121-dis-machines$mList-i$INPUTFILE-o$OUTPUTFILE
写完以后提交方式与fluent相同，qsub即可。
3.3.CFX作业
3.3.1.图形方式运行
在图形窗口中运行cfx5即可。
3.3.2.命令行方式运行
CFX支持PVM和MPI两种方式的并行，通常MPI的性能更好一些，建议采用。
同时还有Local和Distributed两种运行模式，单机上建议采用Local模式，而跨节点时只能采用Distributed模式。
cfx5solve命令可直接进入求解模式。
cfx5solve-def-par-dist'
node1*8'
在本机上用8个核心并行
node1*8,node2*8'
采用2个节点各8个核心进行分布式并行计算
3.3.3.作业调度方式运行
[test@node34cfxbm]$cat
#PBS-NCFX_8cpu
##############################################################
##########Youdon'
tneedtomodifythelinesbelow##########
PeHostfile2MachineFile（）
{
cat$1|whilereadline;
#echo$line
host=`echo$line`
#addherecodetomapregularhostnamesintoATMhostnames
mList=$host"
*1"
mList=$mList,$host"
echo$mList
done
}
CFX_PBS_NODEFILE="
/tmp/cfx_`whoami`_$PBS_JOBID"
PeHostfile2MachineFile$PBS_NODEFILE|sed"
s#bnode#node#g"
>
$CFX_PBS_NODEFILE
NPROCS=`wc-l$PBS_NODEFILE`
cfx5solve-def$INPUTFILE-par-dist`tail-n1$CFX_PBS_NODEFILE`
写完脚本就可以按如下方式提交作业：
[test@node34cfxbm]$qsub
3.4.ABAQUS作业
3.4.1.图形方式运行
在图形窗口中运行abaquscae即可。
3.4.2.命令行方式运行
单节点运行：
abaqus-jcpus=8
跨节点运行：
首先需要添加指定运行节点。
在工作目录进行以下操作：
echo"
mp_host_list=[[\‘node1\’,8],[\‘node2\’,8]]"
表示分别从node1、node2调用8个core来进行计算。
设置好了环境变量以后，通过abaqus-jcpus=16int来运行。
3.4.3.作业调度方式运行
#PBS-Nabaqus_job
#PBS-lnodes=2:
####changeyourinputfileandjobnamehere####
JOB=`echo$INPUTFILE|cut-d"
."
-f1`
cd${PBS_O_WORKDIR}
source/public/software/
cpus=$（wc-l$PBS_NODEFILE|awk'
{print$1}'
mp_host_list="
["
fornin$（sort-u$PBS_NODEFILE）
do
${mp_host_list}['
$n'
$（grep-c$n$PBS_NODEFILE）],"
mp_host_list=$（echo${mp_ho
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