曙光集群用户使用手册Word格式文档下载.docx

1、因此，只在每次服务器重新启动后运行一次vncserver即可，由于用户较多，请勿启动多个。2、如果需要使用node2的图形界面，可执行ssh -X node2。3. 作业提交3.1. Fluent3.1.1. 图形方式运行首先通过VNC登陆到图形界面，如果没有Terminal的话在桌面点击左键选择Xterm，输入以下命令即可运行：此处myhosts为用户指定的host文件，内容如下所示：node1node2-t8即指定8个核心参与计算，分别为node1上的4个核心和node2上的4个核心。在图形界面下导入cas和data文件，修改和设置边界条件等并计算 （和在windows下操作单机版Flue

2、nt相同，略）：注：通过VNC使用图形界面方式运行fluent时，无需保持PC机与服务器的连接，只要vncserver没有重新启动，即可随时连接到原有的窗口。3.1.2. 命令行方式运行建立script1文件：script1内容如下：（注：其中为cas文件名，根据实际进行修改；solve/iterate 25 表示迭代25步，也可根据需要修改步数。）用命令行进行fluent计算：3.1.3. 作业调度方式运行PBS只持Fluent命令行运行方式的作业提交1编译脚本script1，内容如下（与上面脚本运行方式相同）：file/rcd 25/file/wcd parallel/timer/usag

3、eexityes2编辑pbs脚本，内容如下：#!/bin/bash#PBS -N job1-8cpu#PBS -l nodes=1:ppn=8#PBS -j oeINPUTFILE=script1OUTPUTFILE=cd $PBS_O_WORKDIR# indicate using ib protocal and the udapl way. t8 indicates using# 8 processorsNP=cat $PBS_NODEFILE | wc -ldatefluent 3d -t$NP -cnf=$PBS_NODEFILE -g -i $INPUT & $OUTPUTexit

4、0提交作业：qsub 用qstat -a和pbsnodes -a以及top命令查看作业是否正常排队运行。红色字体部分需要根据实际情况改动，黑色字体为固定格式的内容。3.1.4. 获取计算结果1如果用图形界面的方式运行fluent，可以在菜单中选择选择保存dat文件到当前工作目录或其他某个目录下，然后用ftp软件将dat文件下载到终端pc机上，即可进行后处理。2如果用命令行的方式运行fluent， dat文件自动保存到当前目录，文件名由script1文件的内容决定（例如“file/wcd ”则表示dat文件为），用软件将dat文件下载到终端pc机上，即可进行后处理。3.2. Ansys作业3.2

5、.1. 图形方式运行通过vnc登录以后，运行launcher121，即可进入ansys界面，选择相关的模块点击run即可。3.2.2. 命令行方式运行在命令行方式下，不能进行交互的图形操作，所有的命令需要通过命令流来实现。假设写好的命令流文件为，运行方式如下：单节点：ansys121 -np 16 -i &多节点运行：ansys121 -dis -machines node1:16:node2:16 -i 3.2.3. 作业调度方式运行编写一个pbs脚本如下所示：#what you just need and could edit are between the two lines#PBS -

6、N my_ansys_testppn=16INPUTFILE=#the end#np=1for NODE in cat $PBS_NODEFILE; do host=$NODE if ! -z $lasthost ; then if $host = $lasthost ; np=expr $np + 1 else if -z $mList ; mList=$lasthost:$np mList=$mList:$lasthost: fi np=1 lasthost=$hostdoneif -z $mList ;elsefiansys121 -dis -machines $mList -i $IN

7、PUTFILE -o $OUTPUTFILE写完以后提交方式与fluent相同，qsub 即可。3.3. CFX作业3.3.1. 图形方式运行在图形窗口中运行cfx5即可。3.3.2. 命令行方式运行CFX支持PVM和MPI两种方式的并行，通常MPI的性能更好一些，建议采用。同时还有Local和Distributed两种运行模式，单机上建议采用Local模式，而跨节点时只能采用Distributed模式。cfx5solve命令可直接进入求解模式。cfx5solve -def -par-dist node1*8在本机上用8个核心并行node1*8,node2*8采用2个节点各8个核心进行分布式并

8、行计算3.3.3. 作业调度方式运行testnode34 cfxbm$ cat #PBS -N CFX_8cpu# You dont need to modify the lines below #PeHostfile2MachineFile（） cat $1 | while read line; # echo $line host=echo $line # add here code to map regular hostnames into ATM hostnames mList=$host*1 mList=$mList,$host echo $mList doneCFX_PBS_NODE

9、FILE=/tmp/cfx_whoami_$PBS_JOBIDPeHostfile2MachineFile $PBS_NODEFILE | sed s#bnode#node#g $CFX_PBS_NODEFILENPROCS=wc -l $PBS_NODEFILEcfx5solve -def $INPUTFILE -par-dist tail -n1 $CFX_PBS_NODEFILE写完脚本就可以按如下方式提交作业：testnode34 cfxbm$ qsub 3.4. ABAQUS作业3.4.1. 图形方式运行在图形窗口中运行abaqus cae即可。3.4.2. 命令行方式运行单节点运行

10、：abaqus -j cpus=8跨节点运行：首先需要添加指定运行节点。在工作目录进行以下操作：echo mp_host_list=node1,8,node2,8表示分别从node1、node2调用8个core来进行计算。设置好了环境变量以后，通过abaqus -j cpus=16 int来运行。3.4.3. 作业调度方式运行#PBS -N abaqus_job#PBS -l nodes=2:#change your input file and jobname here #JOB=echo $INPUTFILE |cut -d . -f 1cd $PBS_O_WORKDIRsource /public/software/cpus=$（wc -l $PBS_NODEFILE | awk print $1mp_host_list=for n in $（sort -u $PBS_NODEFILE）do$mp_host_list$n,$（grep -c $n $PBS_NODEFILE）,mp_host_list=$（echo $mp_ho