教你利用NCBI查找DNAmRNAcDNAWord下载.docx
《教你利用NCBI查找DNAmRNAcDNAWord下载.docx》由会员分享，可在线阅读，更多相关《教你利用NCBI查找DNAmRNAcDNAWord下载.docx（20页珍藏版）》请在冰豆网上搜索。
投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！
请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。
关于NCBI其他方面的使用也请水平较高
的战友给予补充
Firstofall，还是让我们从查找基因序列开始。
第一部份利用Mapviewer查找基因序列、mRNA序列、
启动子（Promoter）
下面以人的IL6（白细胞介素6）为例讲述一下具体的操作步骤
1．打开Mapviewer页面，网址为：
在search的下拉菜单里选择物种，for后面填写你的目的基因。
操作完毕如图所示：
2．点击“GO”显现如下页面：
3．在步骤二图示的右下角有一个QuickFilter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene
前面的小方框里打勾，然后点击Filter.出现下图：
说明一下：
1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。
2、下面参考序列给出了
三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。
尽管
你分别点击后，序列代码、序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序
列。
现在普遍采用的是最上面的那个序列，这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的
一个序列。
我也推荐大家使用这个序列。
4．点击上述三条序列第一条序列（即reference）对应的"
Genesseq"
，显现新的页面，
页面下方为：
5．点击上图显现的“Download/ViewSequence/Evidence”，即下载查看序列等功能，
结果如图所示：
先对上面这张图做点简要的说明，在SequenceFormat（序列输出格式）后面是一个下
拉式选择菜单，默认的为FASTA格式，还有一个是GenBank格式。
我推荐大家选择GenBnak
格式，因为这个格式提供了很多该基因的信息，而FASTA格式只有基因序列。
6．在SequenceFormat后选择GenBank，然后点击下面的Display，目的基因的相关
信息和序列就出现在眼前了。
点击后如图所示（网页较大，只抓取一小部分以作示范）：
在上述打开的网页中，你能够看到基因长度，基因序列，和那个基因是如何被报导出
来的等各种信息。
你会看到:
mRNA
join（3598..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057,7803..8394）
这代表了从基因的3598位开始就是转录区了，即我们常说的mRNA片断，由于内含子的存在，
所以mRNA在DNA序列上分成了几段。
CDSjoin（3660..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057,7803..7970）
CDS代表编码序列，即蛋白编码区是从3660开始的（ATG），由于剪接作用所以CDS区
也是不连续的。
说到这里，可能很多朋友都已经明白了promoter即启动子区域在哪里了。
但我还是再
唠叨几句：
转录起始位点前面是基因的调控区，启动子区没有明显的位置定义，大家也只是
猜测它的大体位置，如果你要研究promoter区的话，建议你选择转录起始位点前的2000
个碱基进行研究，一般默认的是这样。
当然你如果觉得长度太长不好研究的话，也可以只研
究-1000到0这一千个碱基，因为一般情况下，启动子区的变异都在这个区域内。
这样大家就可以找到自己的目的基因序列和启动子了，这种方法可能使用的人不是很
多，但我个人比较喜欢，因为它最大的优点是可以找到启动子区域和其他调控区域。
希望大
家可以发帖交流，让我们把NCBI用的更好！
6
第二部份
如何查找持续的mRNA、cDNA、蛋白序列（依
然以人类的IL6为例）
1．进入NCBI主页：
在search后面选择Gene，在for后面填写需要查找的基因的名字。
如图所示：
显现了很多基因序列，在每一个序列的右边还有“OrdercDNAclone”的链接，这些序
列中有些序列是跟你的目的基因同名的，有些是别名（OtherAliases）与你的目的基因一
致，根据每个序列的介绍认真选择你的目的基因。
上图中我需要的IL6是标号为2的序列。
查找cDNA序列
点击OrdercDNAclone,出现目的页面如图所示：
点击CloneSequence后面的链接即可取得cDNA序列。
点击后如图所示（只抓
取其中一部分）
查找mRNA、蛋白序列
回到步骤1点击“Go”之后出现的页面，点击目的基因的名字，出现以下页面
（只抓取相关部分）：
页面的下半部份，即能够获取mRNA和蛋白序列的部份：
找到“NCBIReferenceSequences（RefSeq）”，它分为几个板块，第一个“mRNAand
Protein”区可以让我们找到连续的编码mRNA序列和蛋白序列。
在mRNAandProtein下面有两个序列代码（中间划有一个箭头），这代表了mRNA序列和蛋白序列。
分别点击就可
以得到相应的序列页面。
点击后如图所示，mRNA序列：
NCBIReferenceSequences（RefSeq）的第二个板块是Referenceassembly，它下面显示的是Genomic，点击Genomic下面Referenceassembly对应的Genbank或FASTA即可显现编码的DNA序列（注意：
只是编码序列，其中包括内含子，但一样没有5‘非编码区）。
一步就不做贴图演示了吧，
呵呵。
如此咱们就能够够找到基因的cDNA序列、持续的编码mRNA序列、蛋白序列和含有内
含子的编码DNA序列了。
相信这些操作对很多战友还是有用的。
如果大家有更好的方法，欢迎发帖交流！
友情提示：
在NCBI里打开的每一个页面都会给我们提供大量的信息，大家不妨好好看
看，可能会有令我们惊喜的收获！
最后唠叨一句：
最近我实验比较忙，只能在深夜发帖，可能要过几天再发第三部分[Part
three运用STS查找已经公布的引物序列]，希望“期待下集”的朋友可以理解。
第三部份运用STS查找已经发布的引物序列
STS，序列标签位点（SequenceTaggedSite）：
一段短的DNA序列（200－500个碱基
对），这种序列在染色体上只出现一次，其位置和碱基顺序都是已知的。
在PCR反应中可以检测处STS来，STS适宜于作为人类基因组的一种地标，据此可以判定DNA的方向和特定序列的相对位置。
以上内容基本是STS的定义，我主张活学活用，下面就介绍一下我个人用STS数据库查
找引物的一点经验。
还是使用人的IL6基因为例，呵呵
1．打开NCBI主页，在Search后面的下拉菜单选择UniSTS，在FOR后面填写目的基
因。
操作完毕如图所示
这是你会发觉NCBI又提供了很多序列，下面咱们仍是要初步挑选咱们需要的序列。
2．根据物种、目的引物所在染色体的位置等选择相应序列（可能不只一个），点击。
下面以点击第一个进入的画面为例。
你会发觉那个页面直接就给出了引物序列，PCR以后的片段长度也是给了的（247bp）。
下面还有很多相关的信息……
3．点击GeneBankAccession后面的代码，进入下一个页面。
啊！
前后引物都呈此刻眼前了，还有反映体系和反映条件！
其中PrimerA是前引物序
列，PrimerB则是后引物序列，并且给出了他们在DNA序列中的位置。
有兴趣的朋友可以
在序列中找一下，是可以找到的，不过要注意，PCR是双链扩增，在序列中可以直接找到
的是PrimerA的原序列和PrimerB的互补序列。
在步骤二里面我只点开了一个序列，继续打开其他的可能还会有对自己有用的引物，不
过这要你自己慢慢发掘了。
这种寻找引物的方法有点投机取巧的味道，实用程度不是很高，但如果这里面恰好有你
想P的片段的话，恭喜你，这些引物都是很成熟的引物，可以直接拿过来使用了。
如果想寻找引物，大家可以查阅相关论文，已经报道的引物我们为什么不用呢？
！
既省
时间，可靠性又强。
如果这两种方法都不能找到你需要的引物的话，那就自己设计吧，建议使用Primer5和
Oligo。
引物设计的详细内容我在这里就不多说了，推荐两个帖子给大家看一下，第一个是
本版版主liuzeyi2002发起的，内容很丰富，很值得学习，另一个则是我发的。
第四部份如何运用BLAST进行序列比对、查验引物特异性
提到序列比对，绝大多数战友都会想到BLAST，但BLAST的利用确实又是一个专门大的难
题，因为他的功能比较强悍，里面涉及到的知识比较多，而且比对结束后输出的结果参数（指
标）又很多。
如果把BLAST的使用详细的都讲出来，我想我发帖发到明天也发不完，更何况
我自己也不是完全懂得BLAST的使用。
所以我在这里也就“画龙点睛”——以比对核酸序列
为例来给大家介绍一下BLAST的使用，也算是BLAST的入门课程吧。
请看帖的战友好好体会，
如果你用心看，在看帖完毕之后BLAST的基本使用（包括其他序列的比对）应该没有问题
了。
1．打开BLAST页面，打开后如图所示：
对上面那个页面进行一下必要的介绍：
BLAST的这个页面主体部分（左面）包括了三部分：
BLASTAssembledGenomes、Basic
BLAST、SpecializedBLAST。
相信大家可以看懂这三个短语的意思，我就不多说了；
我要说
的是，可以认为这是三种序列比对的方法，或者说是BLAST的三条途径。
第一部分BLASTAssembledGenomes就是让你选择你要比对的物种，点击相应物种之后即可进入比对页面。
第二部分BasicBLAST包含了5个常用的BLAST，每一个都附有简短的介绍。
第三部分SpecializedBLAST是一些特殊目的的BLAST，如IgBLAST、SNP等等，这个
时候你就需要在SpecializedBL
升级会员 