五.Implementsandmethods:
采用Bioedit和DNAMAN分析软件工具和在线有关蛋白质和核酸方面的分析软件,分别进行核酸和蛋白质两个方面的分析。
核酸分析首先从pubmed核酸数据库中搜索到人的Myoglobin核酸序列,分别进行序列的基本性质分析,限制性酶谱分析及其基因在染色体上的定位分析。
具体操作方法将根据上述各个软件上“Help”文件进行,基因在染色体上的定位分析根据网页上的操作说明进行。
从pubmed蛋白质数据库中搜索到人的Myoglobin和整个前体Myoglobin蛋白质序列,分别进行蛋白序列的基本性质分析<氨基酸组成、分子量、等电点),亲疏水性分析,蛋白酶切位点分析,信号肽序列分析,二级结构和三维结构分析,同源序列和进化分析。
二级结构分析包括结构功能域、Motif、保守位点等,具体操作方法将根据上述各个软件上“Help”文件和网页上的操作说明进行。
Resluts:
1.从NCBI中可以得到一下有关Myoglobi蛋白分子的信息:
Human myoglobin gene,exon1
GenBank:
M10090.1
LOCUSHUMMGI12552bpDNAlinearPRI07-JAN-1995
DEFINITIONHumanmyoglobingene,exon1.
ACCESSIONM10090
VERSIONM10090.1GI:
187580
KEYWORDSFokfamilyrepetitivesequence。
directrepeat。
myoglobin。
repeat
region。
tandemrepeat.
SEGMENT1of3
SOURCEHomosapiens(human>
ORGANISMHomosapiens
Eukaryota。
Metazoa。
Chordata。
Craniata。
Vertebrata。
Euteleostomi。
Mammalia。
Eutheria。
Euarchontoglires。
Primates。
Haplorrhini。
Catarrhini。
Hominidae。
Homo.
REFERENCE1(bases1to2552>
AUTHORSAkaboshi,E.
TITLECloningofthehumanmyoglobingene
JOURNALGene33(3>,241-249(1985>
PUBMED2989088
COMMENTOriginalsourcetext:
Human:
fetalliverDNA(libraryofLawnet
al.>,clonelambda-HMB151。
delta-thalassemialeukocyteDNA(library
ofKimuraetal.>,clonelambda-HMB159.
Draftentryandcomputer-readablecopyofsequence[1]kindly
providedbyE.Akaboshi,22-OCT-1985.
Atandemrepeatsequenceisfoundatposition142-794.Positionof
themRNAcapsitewasdeducedfromthatofthesealmyoglobingene
(Blanchetotetal.1983>.
FEATURESLocation/Qualifiers
source1..2552
/organism="Homosapiens"
/mol_type="genomicDNA"
/db_xref="taxon:
9606"
/map="22q11.2-qter"
repeat_region1100..1750
/note="Fokfamilyrepetitiveelement"
prim_transcript1895..>2552
/note="myoglobinmRNAandintron"
genejoin(1965..2552,M14602.1:
1..2671,M14603.1:
1..501>
/gene="MB"
CDSjoin(1965..2059,M14602.1:
1415..1637,M14603.1:
355..501>
/gene="MB"
/note="myoglobin"
/codon_start=1
/protein_id="AAA59595.1"
/db_xref="GI:
386872"
/translation="MGLSDGEWQLVLNVWGKVEADIPGHGQEVLIRLFKGHPETLEKF
DKFKHLKSEDEMKASEDLKKHGATVLTALGGILKKKGHHEAEIKPLAQSHATKHKIPV
KYLEFISECIIQVLQSKHPGDFGADAEGAMNKALELFRKDMASNYKELGFQG"
exon<1965..2059
/gene="MB"
/note="myoglobin。
G00-119-378"
/number=1
intron2060..>2552
/gene="MB"
/note="myoglobinintronA"
ORIGIN2bpupstreamofRsaIsite.
1gtactgtattttcattcctcttagttatctccctaaaaagactctgagttccttgaacac
61aggaaggtgttttatttgattttgttatcctcagcatgtagcagtgtctgacacacagta
121ggtgctctatcactgtgagagggatggatggatgggtggagttacagatggatagaagga
181tagatggagggatgggtggatgatggatggatagatggatggaggggggatgatgaatgg
241agggataatgagtggatgaatgagggaatgggtggatggatggatggagggatggaggaa
301cagatagatagatggagggatgggtgggtgatggatggatagatggatggagggagggat
361gatgaatggagggataatgaatggatgaatgaggggatgggtggatggatgaatggaggg
421atgatgggtggatgaatgaattgagggatggatggatgaacacatggatggatggataga
481tggatagatggaggaactggtggattttggatggatgggtggatggatagatgaatgaat
541gcctggatagacaaagagatgatggatagatgaatagatgaattaagggatgtcggatag
601atggagggattgatagatgttggatggatgggtggtggatggatagatgagtgaatgcat
661ggatagacaaagagatgatggatggatgaattaagggatgacagatggatggatggatga
721gtaactggatggacaagtggataaatggatagatggttgaatacctgaatggattgaagg
781aggatgcatggatgtaagataaggctaatcatcctccactctctttctttgcaaaaccat
841ccacccatttactcaataaacatttattcagttcaaacttggcacaaagcaccatgtgag
901gcccaagagatacgtgggttaataaaacagagctcctgccctcctgaaaactgcaaagaa
961aggggcgtggcttcctgagttcaaatcccaactctgccagcgactagctgtacatcagtg
1021atgtttccctactttctctcaattaaatagggataatgtcagtacctatcacattgggag
1081gtcttgcggggattaaatgagttaccaaatgccaagtgtttgggacagggcctggcaccc
1141agcaaagtctcttgtgagtgctggctgctattatcctaatggagaagatggcatgaaaac
1201caggaaataggatgccctttgggaagcaatgcaacaggaacttacacaaagaaaggaaag
1261gaggaagcaattagtggtgtctcaaaggagtatgtcaagaaaaacttttcagagggaaac
1321ctttgagcagggtcatgaaaacaggagttctctaagagattgtggacttgcctgggacca
1381cctggctataagcacaaaaccatccggttcctttctgtcacttctggcgggtgaggggtc
1441tctggcaaaggggcagaaggtgcgtgagaggttgcgaatggccaggactgtcctggggcc
1501agccggggcacctggtggccaagcttagaaacatgacaggtcctcttgggagggctgacc
1561gcagggagcgttgggtttcaggctgctggcgtcggcttctgtggtgccctttctgtcggc
1621tatgagagtccagacagtgcccaacctcctccccttctttccacacgcacaaccacccca
1681ccccctgtggcctgagctgtcctgcctcgccacaatggcacctgccctaaaatagcttcc
1741catgtgagggctagagaaaggaaaagattagaccctccctggatgagagagagaaagtga
1801aggagggcaggggagggggacagcgagccattgagcgatctttgtcaagcatcccagaag
1861gtataaaaacgcccttgggaccaggcagcctcaaaccccagctgttggggccaggacacc
1921cagtgagcccatacttgctctttttgtcttcttcagactgcgccatggggctcagcgacg
1981gggaatggcagttggtgctgaacgtctgggggaaggtggaggctgacatcccaggccatg
2041ggcaggaagtcctcatcaggtaaaaggaagagattccattgcccctgccacccacaccct
2101aagatcaagggtgttcagctgcaaggtggaaagtttgcacgtggggtaggtcagttggct
2161gcattagttaagggtgttagaacggtcacttgctttttctttgcttttaagtgtcaggga
2221ttggactcaggagagggaaaggagccatttcaggctgatgtcagcagctggaggaagcat
2281gagaatcaaacctaggatgctcagagtccaccaggaagaattttagaattatagacagtc
2341agagttaacaagggtcctgagagattttgtacagccacctctcttacaggatgaggacaa
2401aaagcgactgagaaggggaggacatttccagagtcacagctcattaaatgctcttaaagt
2461gtcaaggttaagacatgctcttcaaggggagacagatctggttctagacttggctctgcc
2521actgagccactgggtgacctttgggaaggtac
OfficialSymbolMBprovidedby HGNC
OfficialFullNamemyoglobinprovidedby HGNC
Primarysource:
HGNC:
6915
Locustag:
RP4-569D19.7
Seerelated:
Ensembl:
ENSG00000198125。
HPRD:
01170。
MIM:
160000。
Vega:
OTTHUMG00000150606
Genetype:
proteincoding
Refsepstatus:
REVIEWED
Organism:
Homosapiens
Lineage:
Eukaryota。
Metazoa。
Chordata。
Craniata。
Vertebrata。
Euteleostomi。
Mammalia。
Eutheria。
Euarchontoglires。
Primates。
Haplorrhini。
Catarrhini。
Hominidae。
Homo
Alsoknownas:
PVALB
Genomiccontext
Location:
22q13.1
Sequence:
Chromosome:
22。
NC_000022.10(36002811..36019401,complement>
SeeMBin Epigenomics, MapViewer
Chromosome22-NC_000022.10
Genomicregions,transcripts,andproducts
GenomicSequence
GotonucleotideGraphics FASTA GenBank
NC_000022.10:
36M..36M (22Kbp>C
FindonSequence:
-
+
Tools
Configure
2.利用Primerpremier5.0软件对myoglobin核酸序列进行引物设计其结果如下:
Senseprimer:
5'TACTCGTGCCTTTCGTACTAGGCTC3'
Anti-senseprimer:
5'ATGAGCACGGAAAGCATGATCCGAG3'
3.蛋白质序列分析
利用ExPASy软件包对该基因进行氨基酸组成统计、分子量、等电点等分析及磷酸化分析