Quantity One 中文教学光盘说明.docx

Quantity One 中文教学光盘说明.docx

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QuantityOne中文教学光盘说明

QuantityOne中文教学光盘说明

1、教程开始了，QuantityOne一级主菜单栏、主工具栏。

主工具栏包括：

标准文件操作命令、主浏览工具、以及打开自己工具栏和快捷指南的图标。

如果将鼠标指向任意图标会出现一个附助式命令相应的在主工具栏中会显示该命令的简短介绍。

QuantityOne次级菜单栏包括数组相关的命令，例如图象工具栏包括：

修剪工具、图象旋转工具、过滤指南、数据反转命令等。

击工具栏中右下角按扭可改变它的水平和和垂直的分布方式，对新用户而言可采用扩展窗口形式查看命令。

扩展窗口在每一图标边显示该命令的名称，并有一个问号图标可打开相应的在线帮助，工具栏可在窗口中任意移动，在同一时刻可打开多个窗口。

要关闭某一窗口再击一下此按扭即可。

下面开始讲解如何使用QuantityOne。

2、图象显示在主工具栏中选择Open按扭打开一个对话框，选择目录，双击目录下的文件名，打开此图象文件，在窗口内可将的此图象的位置及尺寸进行调整。

主工具栏中的缩放按扭能将所选择的区域放大，选择此按扭在图象上拖动鼠标选择所要放大的区域，释放鼠标所选择区域将充满整个图象窗口。

QuantityOne中有许多类似缩放操作的命令，它们必须要用鼠标来完成，先选择该命令，然后在图象内单击或拖动鼠标来完成。

在实际操作中，这些操作可能会改变鼠标的形状。

在主菜单的状态栏中会显示当前所进行的命令。

当击此命令显示可将鼠标恢复原状。

抓取工具可调整图象在窗口中的位置。

击一下此按扭,然后将图象抓取到新的位置，你也可用键盘的上下左右方向键对图象位置进行调整。

全屏显示按扭，可将图象恢复到全窗口显示状态，下面我们来看看如何优化图象显示。

3、优化图象显示，选择主工具栏中的转换按扭，打开转换窗口，在此窗口中可进行一系列的图象优化操作，转换窗口中有一缩小的图象预览及多种调节亮度和对比度的按扭，须注意的是这些转换只是改变图象的外观，并不能改变图象的质量和数据。

首先选择Auto-scale按扭对图象进行自动最优化处理。

现在让我们来观察一下图象数据的频率分布图。

调节High及Low滑标可以降低背景干扰，注意你在此窗口中所做的操作都从预览中看到实际效果，只有当你选择了OK按扭后所做的操作才生效。

Low-High按扭能放大滑标之间的区域。

Log-Scale按扭能将分布图内的数据进行压缩并显示。

选择HighlightSaturatedPixels按扭能将图象内饱和的区域标记为红色。

InvertDisplay按扭反转图象的显示颜色。

Reset按扭能将图象回复到原有的显示状态。

与此命令相似的其它转换命令请参阅在线帮助及用户指南。

对转换后的图象满意后选择OK确定。

4、图象编缉。

QuantityOne中有许多工具可改变图象的尺寸和指向，能滤去图象中的背景干扰。

从主工具栏中选择图象按扭可打开图象操作命令。

如果你扫描的一维胶是歪斜的可以用图象操作命令进行纠正。

从工具中栏中选择自定义旋转按扭，用鼠标拖动十字指针，使指向正确的方向，进一下Rotate按扭完成图象旋转操作。

如我们所知图象是由一系列正方形或矩形的象素组成的，因此用户所做的旋转操作会丢掉一些原始数据，系统会提示你将修改后的图象以新文件名保存，输入以新文件名保存、修改后的图象。

修剪工具可对图象进行修剪，击修剪按扭用鼠标在图象上选定修剪框。

将鼠标置于修剪框的中心可移动修剪框，如要调节框的尺寸用鼠标拖动修剪框一角即可。

和其他运用鼠标的操作相似进行修剪操作时，将鼠标置于修剪框内鼠标将改变外观成剪刀状，注意在此教程中不含有此功能，完成对所需修剪区域的选择后，选择OK确定。

此命令会改变图象数据而不仅仅是外观的显示，因此系统会自动提示你将原文件保存再修剪，如果你确实是不须保存原文件选择Crop按扭完成修剪操作。

如果图象的噪音背景强度高于目标对象，选反转数据命令可将图象象素反转以利于更好分析，注意此操作与转换窗口中的反转显示有本质不同，它改变的是图象的原始数据。

5、过滤图象噪音。

所谓过滤是指将图象中的一些小的噪音除去。

使相对不损害主要对象的信号强度，此教程中还有一过滤向导，指导你从图象中将噪音干扰过滤。

在打开向导之前先检查一下图象的背景噪音强度将有助于下一步操作。

从主工具栏中选择缩放工具，选择一幅含图象信号的区域进行放大，然后在主工具栏中打开转换。

在频率分布图中选择lowhigh按扭放大在高低滑标之间的区域，然后移动滑标调节背景区域的信号强度，仔细观察一下分布图往往你会看到有一大的噪音峰已经以及其它一些杂乱的噪音，在图象中表现为斑点，完成这些操作后关闭转换窗口。

现在你可以从图象工具栏中打开过滤向导了。

在转换窗口中我们可以看到噪音分为几种类型。

Pepper及

Gaussian注意在你作出选择后过滤器类型会在向导底部显示，选择过滤器的大小，合适的过滤器要大于平均噪音强度及小于你所要考察的最小信号，如你所选的尺寸太大，一些有用的小的信号将被忽略，选择OK确定，与修剪命令相似，系统将提醒你在窗口操作前保存的原文件，选择Filter按扭如果你不需保留原文件。

6、注释。

注释工具可以给选定目标添加注释。

从主工具栏中打开注释工具，先选择文字按扭然后单击图象，出现一注释对话框，在文字区输入注释，对话框中有选项可以改变文字字体、大小、颜色以及文字的方向，击一下OK扭，你所做的注释将出现在图象中，如要移动注释用鼠标选择注释并拖动,双击注释可打开对话框，对注释进行编辑。

在注释和对象之间可绘制一连线，先选择线段按扭，然后在图象中拖动鼠标绘出线段，拖动线段一头可调节线段长短，要在线段上添加箭头双击此线段选定你要的箭头方向。

选择工具可用来选择多个注释对象并进行移动、复制、排列、删除等操作，选择该按扭拖动鼠标，框住要选择的多个对象或击Shift键同时用鼠标连选，所选对象成亮绿色。

要复制对象按住Ctrl键用鼠标拖动对象即可。

如在图象间复制注释，先选择该注释从工具栏中选择复制至剪贴板工具，然后进入另一图象选粘贴按扭，注释及其特性在“在线帮助”及用户指南中都有详细解析。

保存图象时注释将自动保存。

7、定量。

定量指确定一指定区域内的数据强度，定量可帮助你确定对象的强度比较不同对象的强弱或根据已知标准计算未知对象的强度，运用此工具你还可对方正中的对象进行定量分析。

打开定量工具栏QuantityOne有数种工具可进行定量分析，选择那种方式取决于你所要定量的对象形状。

首先将对象用缩放框命令放大。

定量边界工具可勾画出所要计算的对象形状，选择该按扭拖动鼠标勾画出对象边界，对象边界会随你鼠标的拖动改变形状，当边界包围住整个对象后释放鼠标。

选择手绘工具，可手工在图象上画出边界，拖动鼠标画出对象边界，边界呈绿色时表示选择了该区域并可对它进行删除、复制或移动操作。

在区域外单击鼠标边界变蓝色表示取消了该区域的选择，选择显示隐藏对象标记按扭可显示该对象的标记，默认值为U表示该对象浓度未知。

选定的对象会根据选择的先后自动编号。

要更改标记双击该对象在文字区域输入新标记。

有三种类型的标记：

未知、标准、背景，如果划定的区域对象是已知浓度的标准，选择Standard

的标记。

例如输入该标准的浓度，当选择OK后该对象被标记为标准样品。

画对象边界的时候往往会将一些背景象素作为对象画入，为消除这种干扰可定量一背景浓度。

首先回到图象全窗口显示方式，画出一幅含数据的背景区域双击它，选择Background的选项击OK，背景的象素强度将自动从每一对象中减去，并可在定量报告中显示调整后的数值。

现在让我们来观察一下各种未知样品和标准样品的数据。

从工具栏中选择定量分析报告按扭，你可以选择多种报告形式，比如是否在报告中显示图象以及选择何种回归方法，根据标准计算样品浓度等，选择OK显示报告，注意此报告已将背景强度减去，标准样品浓度以及未知样品浓度都有列出，要显示计算的回归曲线，在报告中选择Reformat按扭，然后选择ShowCurve按扭。

8、方正。

QuantityOne能快速减变的定量方正中孔或管内的样品，当显示有一方正图象时打开定量方正工具在图出菜单中选择相应的方正尺寸。

如果你所使用的不是标准方正，可自定义方正的行和列书。

选择正确的孔的形状，打开相应的方正覆盖图。

覆盖图是由数列圆孔组合起来的，第一次打开方正覆盖图时，它显绿色表示它已被选中。

要移动整幅图，将鼠标指向一孔，该孔边界会变成黄色，此时拖动鼠标移动该孔与图象中相应的孔重叠，相应的覆盖图将与原图向重叠。

要调整方正覆盖图的大小，将鼠标置于角上的孔内，可将任一方拖动，如要放大单独的孔用缩放工具将该孔放大，然后在工具栏中选择“选择”按扭用鼠标拖动该孔边界并调节大小。

当回复到全窗口视图时，可以看到所有的孔已被重新调节了尺寸，你可在同一图象内复制整幅覆盖图，击Ctrl键同时用鼠标拖动覆盖图即可。

在图象间复制覆盖图，先选择复制至粘贴板按扭，然后打开另一图象选择从粘贴板粘贴命令粘贴，如果两图象的尺寸和形状一样，复制的覆盖图会定位在相应的位置。

从工具栏中选择，显示隐藏定量标记按扭可显示孔的编号，编号是从上至下从左至右的，在上面所述的定量部分，U代表孔内样品的浓度是未知的，在实际的实验中往往是一部分孔是指未知样品，一部分标准样品以及空白样品。

要输入标准样品的浓度，双击该孔选择Standard的标记，然后在对话框内输入样品浓度。

要指定某一孔为空白双击该孔选择Background的标记，此孔的象素强度会自动从其它孔减去，调整后的数值会在定量报告中显示。

与一般的定量方式相似，选择定量报告按扭，从中选择你所要的特性，击OK确定，

将显示方正的特性数据。

9、克隆技术。

QuantityOne能对培养皿内的斑点蓝白菌落进行技术，打开培养皿图象，从Analysis菜单中选择ColongCounting选项，打开克隆技术窗口，此窗口包含了已预览图及控制面板，你可根据面板上的指示一步步完成操作。

窗口一打开DefineCountingRegion命令就处于击活状态，将鼠标指向图象中心并拖动，定义出技术区域，将鼠标指向区域中心可移动区域。

要调节区域大小，将鼠标指向区域边界并拖动，然后选择Count按扭在技术的点被标记成黄色三角并在面板上显示出总技术。

如果你觉得此技术操作没有将所有点计算入内，可根据在线帮助或指南调节灵敏度和平均数大小。

如你要计算的是斑点选择Plaque副选框，如瓶皿里面是蓝白斑，你可调节柱状分布图来区分它们。

拖动White/Blue滑片使之定位在两个数字峰之间。

总技术值将自动进行调整，并分别计算出蓝斑和白斑的数目。

蓝斑在图象中被标记成蓝色方块，用控制面板中的放大工具放大图象中某一区域，如你发现某一背景被错误标记为克隆，拖动Cutoff滑片到此背景方右侧，被错误标记的克隆将从技术中减去并被标记成黄色叉。

你也可使用产生和删除克隆工具手工操作先选择该按扭然后选择你要增加或删除的克隆，如果你用的瓶皿有部分被破坏，你可将这部分滤去不记选择忽略区域按扭，然后拖动鼠标划出需忽略的区域。

P文件命令可将一个图象或多个图象的克隆技术数据输出到其他的工作表以进行其它分析，选择Batchmade的检验框，然后选择Newbatch命名一工作表，保存此工作表文件。

系统会对每次的技术操作产生一默认名，你也可在技术名称中输入新的名字并可在注释中输入你的注释。

选择SaveCount按扭保存技术，这样你就可以很方便的用工作表软件打开P文件来进行其它操作了。

要在克隆技术窗口中打开另一图象，选择打开下一文件按扭，出现一对话框，选择你要的文件打开以进行下一步的分析。

10、列搜寻。

在计算分子量及其它对比分析之前必须先在图象上确定列及带，对操作工序中的列,列搜寻操作可完成列的确定。

首先我们来看一下操作，AutoFramsLanes通常系统会自动检测出列，图象上将显示出一列框架图，如果自动检测失败你可用ManualLaneFrame命令自定义列，进行这一操作前须先定义列数并对图象做一些适当的调整。

在此方面中自动检测的效果相当良好，然而胶旁边的注

释被误测为列选择删除列按扭，然后单击该错误列删除它，选择拉伸列按扭调节节点将列框下与胶的上下边界对齐，最后选择调节节点按扭调节各个节点使最右边的列与标准样品列对齐。

在检测带之前真的用列背景命令除去列背景干扰，选择该命令然后选择一列，出现此列的分布曲线以及一列背景对话框。

要除去背景噪音先选择RollingDisk选项调节DiskSize选择使黄线趋近于分布曲线。

如你的图象中不同列的背景噪音强度不同可单选一列进行以上操作，如不同列背景是一致的同一操作即可。

完成背景去除操作后选择Close关此窗口，现在我们可以来检测条带了。

11、带检测。

确定了图象内的列后，我们可以来进行带检测操作了，从Band的菜单中选择DetectBand的命令，打开带检测对话框。

首先选择检测按扭，然后通过带宽命令调节条带宽度，如果你将带检测设置为自动，当你调节带宽大小时,条带标记会随之变化。

如果你觉得检测的条带过多或过少，你可自行调节一系列参数来调整结果；如过滤噪音增加检测灵敏度，改变带的最小强度及尺寸，详细介绍请参看在线帮助及用户指南。

现在让我们来看看QuantityOne是怎么来检测带的。

首先放大一包括条带的区域，然后从View菜单中选择BandAttributes选项，选择Brackets来标记带宽和带高，在对话框中选择未知带趋向按扭，然后单击某一条带打开此列的分布曲线，使条带在曲线上呈高亮色。

注意以准确标记的带包括波风两侧的信号，如括号标记的带过宽或过窄选择调节列按扭，然后拖动括弧的上或下。

主工具栏中的隐藏覆盖图按扭可取消所有的带或列显示，要重新显示覆盖图选择显示列和带按扭。

你也可用双层合一去调节按扭自行增加或移去某一条带，选择该按扭然后单击一条带。

现在让我们回到全图显示状态，如果带靠得很近甚至相互重叠，高斯模型能提供比普通带检测更为精确的检测结果。

它的原理是先用高斯曲线来处理每一条带的波形图，将相互重叠的两条带区分开来然后再定量每一条带。

从Band菜单中选择GuassModelBand选项，选择你要处理的是全部列还是一特定的有重叠条带的列，完成选择后击OK确定。

完成上面操作后放大有重叠带的区域，选择绘制带曲线按扭，然后选择数条条带，经高斯模型处理的带在列轨迹图上被标记为黄色。

注意观察高斯模型是如何将重叠的条带进行区分的。

12、列和带信息显示。

QuantityOne有多种显示列和带信息的工

具，选择CompareLane工具可比较不同列的强度，先从Lane菜单中选择CompareLane命令，单击你想要比较的第一列，打开的列比较窗口内显示出该列的轨迹图。

选择第二列在列比较窗口中以不同颜色显示出第二列的轨迹图，你可以按你的需要选择多列进行比较，你甚至能从不同图象中选择要比较的列要更详细的观察轨迹图，可拖动鼠标定义你要观察的区域，此区域将沿x轴被放大，如果你在图象上已做过带匹配操作，选择AlignBandTypes副选框可对其不同列中匹配条带的波形。

如果你已进行高斯模型处理，选择GuassModel副选框可显示高斯曲线。

击翻转按扭可观察列轨迹图的不同部分，要回到正常的显示状态，选择全视图按扭，选择Export按扭可将数据输出到其它制表工具中，打开此制表文件可对数字进行处理。

Print按扭打印列比较图。

要显示某一条带的信息从Band菜单中选择Bandinformation选项，然后单击此条带在信息栏的顶部会显示出该条带的列和带区号。

相对前言RF值用来描述条带在列内的相对位置，RF值可用来计算分子量、碱基对数或其它从标准样品可推知的参数以及在列间自动匹配条带，标准样品的确定以及带匹配要在下面的教程中有进一步的描述。

从主菜单中选择BandAttributes菜单，在对话框中选择你要的参数选项，相关的参数信息会在每一条带旁边显示。

放大某一条带看看图象上显示的参数信息，要显示其它参数信息，重新选择报告参数。

打开Report菜单可在屏幕上以表格形式显示列及匹配报告，注意匹配报告只有在你完成带匹配操作后才会显示。

我们将在下面的教程对带匹配进行讲解。

选择一报告表然后选择你想要的参数击Report按扭，拖动翻转按扭可移动报告表如你要将报告输出到其它制表软件，在报告窗口中选择Export按扭，选择PrintCurrentPage或PrintMarker按扭可打印报告表。

13、标准。

如果你的胶内有一列标准样品就可根据标准自动计算未知样品的分子量、碱基对以及其它数据。

定义列和带后打开Match菜单选择Standards。

QuantityOne预存有多组BIO-RAD的标准样品值可从辅助菜单中选择。

如你用的是其它标准样品选择NewStandards。

默认单位是分子量MW。

Ascending指高分子量的条带在图象上部。

击一下Units按扭选择新的单位或自定义分子量单位。

选择OK后打开一标准样品表，可在此表上部输入你的注释。

然后输入标准值软件将自动把标准值从高至低排序，你也可给每一标准条带赋

予名字，完成以上操作后你就可用标准来进行计算了。

选择Apply扭然后单击标准样品列，该列呈绿色表明你所输入的数值已自动复制给相应条带了。

建议在实验中使用两列或更多列标准，以弥补有可能出现的胶扭曲或模糊，这样能保证更准确的对未知样品。

选择ShowModelLines按扭观察系统是如何计算样品的分子量的。

系统能根据标准曲线计算出某一样品的分子量。

要显示标准曲线选择StandardCurve按扭，然后单击标准样品列。

下面我们选择HideOvevlays按扭隐藏覆盖图回到原视图，然后从Veiw菜单中选择BandAttributes选项从对话框中选择分子量特性，图象中的条带将被标记上分子量。

放大图象观察一些标准节未知样品的分子量大小。

新建的分子量标准在保存图象的同时被自动保存。

选择Archive按扭可打开此标准或其它的分子量标准。

在下次打开图象时，你所新建的标准会出现在标准列表中供你选择使用。

14、自动条带匹配。

要分析列相似性，绘制系统发生数或其它更进一步的分析。

首先要对图象内的条带进行匹配比较，在此教学软件中示范图象包含有标准样品列，但请注意标准样品不是匹配所必须的。

从Match菜单中选择Match选项，在图象上单击一列，它最好包含有全部或至少大多数你要研究的条带。

系统会提示你给一自动匹配误差的允许值，设置是系统的匹配模型所能接受的最大误差，它表示为列长度的百分值。

默认值4%对大多数胶来说都是适用的。

如果你的胶带间距很小，你可输入一个更小的允许值如2%。

选择YES，如条带呈绿色表明它未找到匹配对象。

大多数其它条带呈红色表明它与已知类型的条带匹配成功，还有一些条带呈黄色表明它们无法自动匹配归类，你可手工将这些带定义成新的带类型或定义成已知类型。

15、编辑匹配条带。

完成上面的自动匹配操作后你可以对匹配结果进行编辑调整。

我们知道绿色条带是已知类型，红色代表与已知类型匹配，而黄色代表无法进行匹配的条带。

首先从Match菜单中选择MatchedBandSet然后选择一列，MatchedBandSet表格中包括了胶内所有的条带类型，由于我们已定义了分子量标准，条带类型是通过分子量大小来标记的你可以在表格中输入新一组名称或使用默认名。

黄色条带在几列中都有存在，将这一区域放大，第一组黄色条带在带8和带9之间，很明显这是一新条带类型。

选择匹配按扭然后单击黄色条带，条带从黄色变为绿色，显明它的条带变成红色，讲明它已被正确定义

成一新条带类型。

注意有一蓝色的校准线穿过新匹配的条带，这条线表示系统在进行带匹配时所选择的路径，此校准线将绿色条带连接。

在放大区域还有两条黄色条带，明显为新的条带类型再次选择匹配按扭然后单击第一组中中间的条带将此条带加入到列表中重复此操作将另一条带加入列表，每增加一条带它都会自动加入列表中相应的系统对带重新编号。

回到全窗口显示将单独的黄色条带区域放大，这一条带是与二十六号带相匹配的，我们可以来观察一下为什么这一条带被自动匹配操作忽略？

选择ShowBandModel按扭，校准线将绿色带相连它显示匹配模型如何将条带进行匹配的。

此列中的条带图象内显示为高亮度落在校准区域内，而这一条带没有落在区域内。

持优化匹配模型在表格中选择二十六号带选择带类型按扭然后单击与黄色条带相连的下一匹配条带，条带由红色转为绿色，表明它从匹配转为已知类型校准线相应的进行调整，原未知的黄色条带现在被正确标记。

每次增加或删除一绿色条带匹配模型都会有所改变，条带也将自动重新匹配。

如果胶有扭曲或扩散自定义已知条带将改变校准线并影响计算。

现在我们来复习一下主要的匹配命令：

要增加一新条带选择Match按扭，然后选择一黄色条带，挂标记条带为已知类型选择特定的条带类型按扭，然后单击相应条带，要除去错误匹配选择Unmatch按扭，然后单击绿色或红色条带。

请参阅在线帮助和用户指南以得到更详细的解析。

完成编辑后图象上下不再有黄色条带，现在我们可以来进行比较样品的相似性了。

16、分析列相似性。

完成图象内对条带的匹配之后，我们可以来比较样品的相似性了。

QuantityOne有多种方式来比较列相似性。

如比较以报表的形式进行。

从Reports菜单中选择CompareLaneImages然后选择一列，在出现的浮出式对话框中选择列输出的格式图象。

选择Reports按扭先显示的是你所选的那一列，其它的列按相似性程度从高到低顺次排列。

相似性百分比在每一列下部标出，要改变报表格式到图表格式选择Reformat扭，从中选择Diagrams选项，相似成列及带的图表格式。

现在选择Report菜单的SimilarityMatrix选项，相似性矩阵报告显示不同列的相似性的百分比，与其它报告相似选择Export按扭可将数据输出到其它制表软件，如你选择Clipboard的选项可直接将报告粘贴到其它制表软件如Excel等。

Report菜单中PhylogeneticTree可根据样品相似性会出系统发生数，从浮出列表格

中选择你所要的建树模型，绘出系统发生数。

选择Options按扭可改变发生数的显示形式，注意如你用的是NeighborJoining模型你可在报告中选择一节点作为新的根节点。

如你选择的是Proportional方法，你可调节节点与分之间的最大最小距离。

要选择其它减数模型打开模型列表选择。

选择Print按扭打印发生数，请参阅在线帮助得到更详细的建树模型信息。

17、样品定量在已知某几条带数量的情况下，可用QuantityStandards命令来计算所有其它条带的数量。

注意定量样品操作只能对列中的条带进行，如果是列外的条带或其它对象必须用Volume命令这两个命令是不能替换使用。

从Match菜单中选择QuantityStandards命令在浮出对话框中选择CreatNew扭，在打的对话框中输入样品名称及单位，然后选择计算方法，对这一类样品我们选择TraceDensity计算条带波形曲线下的面积，先定义胶内已知数量的条带，它们可能是单独的条带或已匹配过的某一列内的全部条带，选择相应的按扭然后选择条带、列或已匹配的条带。

在QuantityStandard的报表中会显示出所选条带的数量并自动减去排列。

在表格中输入每一条带实际的数量，当移向下一空格时此条带被自动标记为已知。

完成输入后系统根据你所选的计算方法点对点方法或线回归方法以及是否要根据已知数值外推曲线，自动做出标准曲线图并计算出每一条带的相对误差。

如果你选择了要外推，系统会在表中给出其它条带的外。

选择ShowCurve按扭可显示标准曲线如果有某点落在曲线正常范围外，在曲线上单击此点，表示此点在曲线范围之外，注意在QuantityStandard表中每一数值是外标的。

在此单击可将状态恢复到已知。

如果你在列表中略过某一条带，系统会根据其它已知的数值自动计算该条带的数量，如果