生物的类常用软件.docx
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生物的类常用软件
常用生物软件（Windows版）
（一）
一、基因芯片：
1、基因芯片综合分析软件。
ArrayVision7.0
一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：
6900美元。
Arraypro4.0
MediaCybernetics公司的产品，该公司的gelpro,imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。
phoretix™ArrayNonlinearDynamics公司的基因片综合分析软件。
J-express
挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后（5.1M）后，才能运行。
2、基因芯片阅读图像分析软件
ScanAlyze2.44
，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。
输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。
3、基因芯片数据分析软件
Cluster
斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster）分析与其它各种处理的软件。
SAM
SignificanceAnalysisofMicroarrays的缩写，微矩阵显著性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。
4．基因芯片聚类图形显示
TreeView1.5
斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。
现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。
FreeView
是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。
5．基因芯片引物设计
ArrayDesigner2.00
DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具
二、RNA二级结构。
RNAStructure3.5
RNASturcture根据最小自由能原理，将Zuker的根据RNA一级序列预测RNA二级结构的算法在软件上实现。
预测所用的热力学数据是最近由Turner实验室获得。
提供了一些模块以扩展Zuker算法的能力，使之为一个界面友好的RNA折叠程序。
允许你同时打开多个数据处理窗口。
主窗口的工具条提供一些基本功能：
打开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退出程序。
RNAdraw中一个非常非常重要的特征是鼠标右键菜单打开的菜单显示对鼠标当前所指向的对象/窗口可以使用的功能列表。
RNA文库（RNALibrary）用一种容易操作的方式来组织你所有的RNA数据文件。
基本配置：
Windows95,Windows98或WindowsNT。
Pentium以上芯片，32兆内存。
RNAdraw
是一个进行RNA二级结构计算的软件。
1.它是Windows下的多文档窗口（multipledocumentinterface）软件，允许你同时打开多个数据处理窗口。
主窗口的工具条提供一些基本功能：
打开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退出程序。
2.RNAdraw中一个非常非常重要的特征是鼠标右键菜单打开的菜单显示对鼠标当前所指向的对象/窗口可以使用的功能列表。
3.RNA文库（RNALibrary）用一种容易操作的方式来组织你所有的RNA数据文件。
loopDloop2.07b
Java语言写成的绘制RNA二级结构的软件，需要安装JAVA虚拟机。
Circles0.1.0
Java语言写成的绘制RNA二级结构的软件，需要安装JAVA虚拟机。
三、序列综合分析
VectorNTISuite8.0
不喜欢装备各种专业性强的软件，而希望用一个综合性的软件代替的同志可以选择本软件。
本阶段的大部分功能它都有。
该软件具体特有良好的数据库管理（增加、修改、查找），对要操作的数据放在一个界面相同的数据库中统一管理。
软件中的大部分分析可以通过在数据库中进行选定（数据）->分析->结果（显示、保存和入库）三步完成。
在分析主界面，软件可以对核酸蛋白分子进行限制酶分析、结构域查找等多种分析和操作，生成重组分子策略和实验方法，进行限制酶片段的虚拟电泳，新建输入各种格式的分子数据、加以注释，输出高质量的图像。
VectorNTISuite还有以下独立的分析程序，完成相关分析。
这些独立的程序，可以通过选定->分析->结果三步调用。
l3DMol－显示PDB格式分子的三维结构
lAlignX－序列相似性比较
lAlignXblocks－序列局部完全相同比较
lContigExpress－将小片段拼装成长序列
lGCGConverter－GCG格式文件转换成NTI的格式
lPubMed/EntrezSearch－搜索PubMed、PDB、GenBank
lBackTranslation－核酸->蛋白->核酸反向翻译的工具
lMatrixEditor－矩阵数据编辑
lToolsManager－连接其他程序和网络连接的界面。
分成Align、Analyze、Assemble、Tools四部分。
DNAStar5.03
即著名的LasergeneSuite，由EditSeqMegAlign、GeneQuestMapDrawPrimerSelectProteanSeqManII七个模块组成，该软件的MegAlign模块，可以对多达64000的片段进行拼装。
整个拼装过程即时显示，并提示可能的完成时间。
拼装结果采用序列、策略等方式显示。
DNAstar是哈佛大学医学院是使用的序列分析软件，可见其功能强大。
Omiga2.0实际上，大部分对核酸蛋白的序列分析功能，在Omiga2.0中都能找到；而且界面非常友好。
Omiga作为强大的蛋白质、核酸分析软件，它还兼有引物设计的功能。
主要功能：
编辑、浏览、蛋白质或核酸序列，分析序列组成。
用Clustal.W进行同源序列比较，发现同源区。
实现了核酸序列与其互补链之间的转化，序列的拷贝、删除、粘贴、置换以及转化为RNA链，以不同的读码框、遗传密码标准翻译成蛋白质序列。
查找核酸限制性酶切位点、基元（Motif）及开放阅读框（ORF），设计并评估PCR、测序引物。
查找蛋白质解蛋白位点（ProteolyticSites）、基元、二级结构等。
查寻结果可以以图谱及表格的显示，表格设有多种分类显示形式。
利用Mange快捷键，用户可以向限制性内切酶、蛋白质或核酸基元、开放阅读框及蛋白位点等数据库中添加或移去某些信息。
每一数据库中都设有多种查寻参数，可供选择使用。
用户也可以添加、编辑或自定义某些查寻参数。
可从MacVectorTM、WisconsinPackageTM等数据库中输入或输出序列。
另外，该软件还提供了一个很有特色的类似于核酸限制酶分析的蛋白分析，对蛋白进行有关的多肽酶处理后产生多肽片段。
DSgene:
Omiga2.0的换代产品，accelrys公司Discoverystudio系列，accelrys公司的insightII,GCG是业内蛋白分析和核酸分析的权威软件，DSgene是GCG的个人机简版，功能强大，而且可以直接与GCG服务器相连。
由于受到vectorNTI的界面影响，DSgene与Omiga2.0相比界面有了很大的改变。
DNASISforWindows2.5版是日立软件公司（HitachiSofewareEngineeringCo.,Ltd.）97年推出的一个功能强大的序列分析软件。
包含有大部分分子生物学软件的常用功能，可进行DNA，RNA，蛋白质序列的编辑和分析，甚至还能进行质粒作图、数据库查询等功能，足可满足一般实验室的要求。
在DOS时代，DNASIS7等版本便是流传甚广并曾给过许多人以帮助的分子生物学软件，因此我们有理由期待Win版的DNASIS会带给我们惊喜。
DNASISMAX1.0DNASIS2.5的更新换代产品。
综合序列分析软件，体积比上一个版本一下膨胀了许多。
界面风格也改变了很多。
DNATools5.1与Omiga,DNAsis,PCgene等软件属于同一类的综合性软件,操作简单功能多。
DNATools设计的用户友好、强壮，以便快速、方便地获取、贮藏和分析序列及数据库查询获得的序列相关信息。
DNATools包容性很好，能把几乎所有文本文件打开作为序列。
当程序不能辨别序列的格式时（通过寻找常用序列格式的特征），会显示这个文件的文本形式，以便你编辑生成正确的蛋白质或DNA序列，编辑后可以再被载入程序。
若你的序列是DNATools格式时（DNA或寡核苷酸序列），程序不加注解的载入序列，程序模式调整成可以接受载入的数据类型（蛋白质、DNA和寡核苷酸引物序列）。
在一个项目中可以加入几千个序列或引物，并在整个项目中分析这些序列及标题。
这个程序的一个特点是给每个序列或引物添加文本标题。
这样就可以用自定义的标题识别序列，而不必通过它们的文件名。
Bioedit一个具有序列简单分析和序列对比功能的软件。
该软件有一个简单亲切的界面，集成其他已经很有效果的序列比对软件。
另外该软件还有很多有用的相关站点连接。
虽然该软件看起来结构简单，但却又很强的可充性，可以自由整合许多软件，例如viewtree.
Jellyfish2.1只水母不简单，可以用来进行DNA翻译，序列排队比较，限制酶消化，提交序列进行BLAST，研究项目管理等。
操作十分简单，只需拖动与点击便可。
GenetoolsGenebio公司的核酸序列分析软件，虽然不及vectNTI和DSgene强大，它具有repeat/vectfind使其他分析软件所不具有的，值得一提的是该软件具有的CpGisland分析。
DNAMAN限制酶分析，引物设计，对排（aligment）,翻译，数据库操作，Blast，序列装配（Sequenceassembly）.易学易用，操作方便。
四、限制酶切位点分析：
DNAssist2.0
大多软件只对线性序列进行分析，那么***NNN…NNNgaatt环状的序列就找不到EcoRI的位点。
DNAssist1.0能很容易把这个EcoRI位点找出来。
另外DNAssist在输出上非常完美，除了图形、线性显示外，还有类似DNASIS的列表方式，列出有的位点（按酶排列，按碱基顺序排列）。
五、质粒绘图：
GeneConstructionKit2.0
这一个非常好的质粒构建软件包。
与大多数分析的软件不同，它制作并显示克隆策略中的分子构建过程；包括质粒构建，模拟电泳条带；当然还可以质粒作图（有无序列均可）。
通过它绘出来的图还可以继续用来构建克隆策略图谱。
只是该软件由于功能太强，使用起来也不简单；幸亏它附有详细的使用帮助，认真研究后，应该没有问题。
Winplas2.6
该软件用来绘制发表质量的质粒图，可广泛应用与论文、教材的质粒插图。
其特性包括：
1.知道序列或不知序列结构均能绘制质粒图；2.可读入各种流行序列格式文件引入序列信息；3.自动识别限制位点可构建序列结构，功能包括：
从文件插入序列、置换序列、序列编辑、部分序列删除等；4.绘图功能强大，功能包括：
位点标签说明、任意位置文字插入、生成彩图、线性或环形序列绘制、可输出到剪贴板、可输出到图像文件；5.限制酶消化分析报告输出与序列输入报告功能。
PlasmidPremier2.02
是由加拿大的PremierBiosoft公司推出的用于质粒作图的专业软件，主要用于进行质粒作图，质粒特征分析和质粒设计。
其主要界面分为序列编辑窗口（Genetank），质粒作图窗口（PlasmidDesign），酶切分析窗口（RestrictionSites）和纹基分析窗口（Motif）。
打开程序就可进入序列编辑窗口，可以直接打开Genbank或Vector数据库中已知质粒的序列文件，将序列读入，并将有关于质粒的各种特征，包括编码区，启动子，多克隆位点以及参考文献等信息保存在Header中；也可以直接输入序列进行未知质粒的设计。
RedasoftVisualCloning2000
用来帮助生命科学家快速而轻松地绘制专业级质量的质粒载体图，主要的性能包括：
快速和轻松地生成一个清晰，色彩鲜明的环行或线性的载体图。
自动识别和解析序列文件。
新增的web浏览功能允许你链接到数据库站点，并支持下载和自动将序列文件转换成载体图。
强大的限制性内切酶分析功能和拥有将近1000种来自REBASE的限制性内切酶。
片段的删除和插入完全模拟克隆实验并和其他图形兼容。
所看即所得（WhatYouSeeIsWhatYouGet）的编辑环境使得你的打印结果和你在屏幕上看到的保持一致。
自动标记各种区段的碱基位置以避免重叠。
可选择的图形比例尺使几个构造图间很容易比较。
允许质粒图拷贝到剪贴板并粘贴到其他Windows应用程序。
可以用e-mail的方式传递载体图。
SimVector
质粒图绘制软件，绘制发表质量的质粒图与序列、载体图。
常用生物信息学数据库和分析工具网址
数据库
因特网网址
网上生物信息学教程
EMBLbiocomputingtutorials
http:
//www.bio.cam.ac.uk/Embnetut/Gcg/index.html
Plantgenomedababasetutorial
http:
//www.nal.usda.gov/pgdic
生物信息学机构
NCBI
http:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/
InternationalNucleotideSequenceDatabaseCollaboration.
http:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/collab/
EBI
http:
//www.ebi.ac.uk/
USDA
http:
//www.nal.usda.gov/
SangerCentre
http:
//genomic.sanger.ac.uk/
北京大学生物信息学中心
数据库信息发布及其它
GenBankReleaseNotes
ftp:
//ncbi.nlm.nih.gov/genbank/gbrel.txt
dbESTsummaryreport
http:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/dbESTsummarv.html
EMBLreleasenotes
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//www.genome.ad.jp/dbget-bin/showman?
embl
DDBJreleasenotes
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Eukaryoticpromoterdatabasereleasenotes
http:
//www.genome.ad.jp/dbget/dbget2.html
SwissProtreleasenotes
http:
//www.genome.ad.jp/dbget-bin/showman?
swissprot
PIRreleasenotes
http:
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pir
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http:
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PDBSTRreleasenotes
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//www.genome.ad.jp/dbget-bin/showman?
pdbstr
Prositereleasenotes
http:
//www.genome.ad.jp/dbget-bin/showman?
prosite
PDBreleasenotes
http:
//www.genome.ad.jp/dbget-bin/showman?
pdb
KEGGreleasenotes
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//www.genome.ad.jp/dbget-bin/showman?
pathway
核苷酸数据库
GenBank
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//www.ncbi.nlm.nih.gov/
dbEST
http:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/index.html
dbSTS
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//www.ncbi.nlm.nih.gov/dbSTS/index.html
dbGSS
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//www2.ncbi.nlm.nih.gov/dbGSS/index.html
Genome（NCBI）
http:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/Genome/org.html
dbSNP
http:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/
HTGS
http:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/HTGS/
UniGene
http:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/
EMBL核苷酸数据库
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//www.ebi.ac.uk/embl
Genome（EBI）
http:
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向EMBL数据库提交序列
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//www.ebi.ac.uk/embl/Submission/webin.html
DDBJ
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//www.ddbj.nig.ac.jp/
PlantRgenedatabase
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//www.ncgr.org/rgenes
启动子数据库
Eukaryoticpromoterdatabase
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//www.epd.isb-sib.ch
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//www.genome.ad.jp/dbget/dbget2.html
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FRANSFAC
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ooTFD
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蛋白质数据库
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PRF
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//www.genome.ad.jp/dbget-bin/wwwbfind?
pdbstr-today
Prosite
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//www.expasy.ch/sprot/prosite.html
结构数据库
PDB
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//www.rcsb.org/pdb
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//www.pdb.org
NDB
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//ndbserver.rutgers.edu/NDB/ndb.html
http:
//ndbserver.rutgers.edu/
DNA-BindingProteinDatabase
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NMRNucleicAcidsDatabase
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//ndbserver.rutgers.edu/NDB/structure-finder/nmr/index.html
ProteinPlusDatabase
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//ndbserver.rutgers.edu/NDB/structure-finder/protein/index.html
Swiss3Dimage
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//www.expasy.ch/sw3d/
SCOP
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CATH
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//www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath/
酶、代谢和调控路径数据库
KEGG
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EnzymeNomenclatureDatabase
http:
//expasy.hcuge.ch/sprot/enzyme.html
ProteinKinaseResource（PKR）
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LIGAND
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//www.genome.ad.jp/dbget/ligand.html
WIT
http:
//www.cme.msu.edu/WIT/
EcoCyc
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//ecocyc.PangeaS
UM-BBD
http:
//www.labmed.umn.edu/umbbd/
多种代谢路径数据库
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//www.unl.edu/stc-95/ResTools/biotools/biotools8.html
基因调控路径数据库（TRANSPATH）
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//transfac.gbf.de
基因组数据库
日本水稻基因组数据库（RGP）
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//rgp.dna.affrc.go.jp
华大水稻基因组框架图
欧洲水稻测序（第12染色体）
s.fr
拟南芥基因组数据库
http:
//www.arabidopsis.org
USDADatabase
http:
//www.nal.usda.gov/
Demeter’sGenomes
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//genome.cornell.edu
RiceGenes
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//genome.cornell.edu/cgi-bin/WebAce/webace?
db=ricegenes
RiceBlastDB
http:
//genome.cornell.edu/cgi-bin/WebAce/webace?
db=riceblastdb
FlyBase
http:
//flybase.bio.indiana.edu/.bin/fbi
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