序列提交软件sequin使用方法.docx

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序列提交软件sequin使用方法

序列提交软件sequin使用方法

1.填写作者、联系方式等，可以将这一部分存为模板，以后修改时可以省去大量时间。

2.选择序列准备方法”usethenormalsubmissiondialog”

3.选择序列格式

Submissiontype：

singlesequence（单条序列）

Batchsubmission（批量提交，适用于相似的多条序列）

4.载入DNA序列：

将DNA序列保存为FASTA格式（注意序列内不要有“—”，尤其是多条序列时，较短的序列末端可能会用“—”补齐，可以用记事本打开文件，删除）。

序列名称不要超过32个字符，可以用简单的编号。

5.选择测序、拼接方法

6.添加物种名称

7.补充蛋白信息（如果序列是编码序列，则要提交蛋白序列信息）若为ITS序列见后

用MEGA或BioEdit将DNA序列翻译成蛋白序列，如果有内含子，则先要找出内含子并切除，否则不能翻译成功。

（确定内含子位置方法：

先从GenBank上下载一条该基因已经提交并注释好的序列，跟自己的序列比对一下，然后根据下载序列的注释确定自己序列的内含子位置）

8.注释

9.添加分类地位

10.mRNA添加“Name=基因全称”CDS添加“product=基因全称”

11.更改序列标题（编号）；Source添加“strain=”：

Modifiers>organism

12.保存

若点击Done之后可以保存，则说明序列修改成功，可以提交了；若有错误则会提示，修改好之后再保存。

ITS序列

7.以下信息无需填写

8.

9.此时进入预览页面会有错误提示，可以忽略。

10.添加miscRNA

11.