用PUBMED查文献方法.docx

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用PUBMED查文献方法

   先给大家一段查询语言：

（myocardial[Title/Abstract]ANDinfarction[Title/Abstract]）AND（"loattrfulltext"[sb]AND"2008/09/26"[PDat]:

"2009/09/25"[PDat]ANDEnglish[lang]ANDReview[ptyp]）。

能看懂吗，是不太复杂了？

其实就是查询近一年的关于心肌梗死的英文综述。

所幸的是，我们不需要记这样的查询语言，有了PubMed，我们完全可以简单的操作就可查到想要的目标文献。

呵呵，有点像做广告哈。

先介绍一下pubmed

PubMed包括MEDLINE和PREMEDLINE的完整内容。

它还包括一些被MEDLINE认为超出范围的文章和杂志，（这些文章或杂志）由于内容或在某一时期不在索引范围内。

因此PubMed是比MEDLINE的更大的集合。

看一下它所收录的数据库：

PubMed现已有19million文章信息（文章的名称，发布日期杂志，摘要，全文链接以及与要查询内容相关的文章），最早的文章可追塑到1948年。

另外，PubMedCentral还能提供大概300000篇免费全文。

因此，PubMed是科研过程中文献查找的一个最重要的工具，就我个人而言，一般是先在PubMed中找到全文链接，然后再上相应的数据库查找。

下面我们就一步步的教大家如何有效应用该资源。

首先，进入PubMed的首页面，网址是http:

//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/,如果从NCBI首页进入，Search的地方选择PubMed就可进入了。

页面介绍：

最上面一行为查询框，在首页的文字部分给出了三种查询方式：

1、topic主题检索。

很简单，在查询框输入主题词（如：

心肌梗死myocardialinfarction），点右边的“go”就OK了；

2、authors著者检索。

注意：

这里人名用的是中国人的习惯，即姓＋名字的首字母。

如中国作者张海洋为ZhangHY，外国作者FishmanEK，都是姓在前，名在后。

3、journals期刊检索。

可以用期刊的全称或缩写。

从最简单的开始，比如说我们想要查询一篇心肌梗死的文章，在查询框中输入myocardialinfarction，出现以下页面，

注意，在查询由两个以上的单词组成的主题词的时候，我们可以将其加上括号或者双引号，如（myocardialinfarction），“myocardialinfarction”，这样PubMed在查找的时候会将其做为一个整体来查询，而不会将两者分开分别进行查询。

从上图中我们可以看到，默认情况下，文章信息包括题目，作者，杂志及其发表年月卷期页，PMID号，以及相关文章等列出来，每页20篇文献，以发表日期为排序依据。

文章的显示信息的方式是可以更改的，

其中，Display可选择Summary,Brief（简要信息，包括杂志和PMID）,Abstract（仅摘要）o等其他方式。

Show表示每页显示的文章数，可选择20、50、100篇等。

SortBy指的是文章的排序，可按作者，发表日期，杂志名等排序。

Sendto指的是将该页面发送到想要存放的地方，其选择有Text（文本格式），File（文本文件即txt文件，该格式是很多文献引用软件导入文献时所用的格式，如Endnote等），E-mail等；但需注意的是，保存或发送的仅仅是该页面的文章，也就是默认情况下的20篇，如果想将较多的文献一起保存的话，可以在Show中选择每页展示多一些的文章数后再保存。

表示本次查询到共158208篇文章，其中综述19646篇，我们点击它后便只显示综述类文章了。

在综述文章后面还有一个小工具的图标

，它允许用户在PubMed上注册用户，然后可将这些搜索结果保留下来，还可以将该查询相关的新的文章发到个人E-mail中，是一项很有用的工具。

在检索结果页面的右侧还有该次检索结果中PubMed中心拥有的免费文章，可以免费得到全文下载。

上面介绍的是最基本的查询，但我们发现，这样查找出来的文章如以心肌梗死myocardialinfarction为主题词查找共查出来158208篇，如此大数量的文章是没法阅读的，也没有重点，因此我们需要将查询细化，这时我们便用到了下图圈出的工具了。

Limit可以限制检索的主题词在印刷物题目，摘要还是全文，可限制文献的语言是英文，中文或者其他，可限制文献性质是研究文章还是综述，还可限制文章的发表日期。

值的注意的是，使用“Limit”会排除还未标引好的文献。

如果你要查找最新文献，建议不要使用Limit。

下面给一个具体的例子，比如说我们要查找一篇最近1年发表的题目或摘要中有心肌梗塞主题词的英文综述文章,要求找到的文献有全文,我们在limit中便如做如下选择了:

此为限制文章有全文可查到（另外两个分别为免费全文和摘要,也就是说我们查到的文章必须分别为有免费全文的和摘要的）

点击”go”之后,我们得到如下结果,

经过以上条件限制，我们检索出了472篇文献相关文献.

上图中Limit圈出来的地方可以看到具体的限定条件，同时，“Limit”前出现一小勾，值得注意的是，在下一次检索时记得将小勾去掉，否则下次检索也会自动加上这些检索条件。

切记!

同时,我们在页面的右侧还可以发现两个小块,分别是与我们查找的主题词相匹配的,文章题目中含有该主题词的文章,以及在PubMedCentral中含有的免费文章。

这些都是PubMedCentral新增加的功能。

到这步为止，我们已经基本知道怎样通过限制条件来查找感兴趣的文献了。

但为了更精确的查找，我们进行下一步的高阶学习。

我们接下来主讲preview/index,见下图：

具体来讲，Preview是指输入关键词后仅仅看搜索到了多少结果。

如上图所示，pubmed将每次查询命名为“#数字”，上面两次查询分别为#1和#2（左红框所示），右侧Result显示所查询得到文章数。

（细心观察的话，大家看到限制条件搜索的结果是481篇，可刚才我们查到472篇啊，怎么回事？

是因为我又重新进行了一次查询，pubmed又新增了一些文章，由此可以看到其更新速率之快了吧）。

呵呵，回到正题上来，Preview就是我们想预先看一下该关键词有多少篇文章。

其中的查询可以进行组合，常见的组合词有and,or,not等，意思分别如下：

And：

和，返回结果为同时满足该组合词的前后关键词所要求的条件

Or：

或，满足该组合词的前后任一关键词即可

Not：

不含，满足该组合词的前一条件，但不包括后一关键词。

以我们查询的心肌梗死为例，proBNP是心肌梗死中研究较多的一个蛋白，我们想了解一下刚才我们查到的所有心肌梗死文献中其内容含有proBNP的有多少篇，我们便可以这样做:

首先,我们看目前的页面是最近一次搜索,即关键词为（myocardialinfarction）,而且有限制条件,此次查询中我们不需要限制条件,因此可以将limit前面的小沟去掉.至于上面查询框,我们可以保持不变,或者输入#1,二者都可以

同时,在其下方的下拉列表中选择TextWord,并在后面框中输入proBNP,点击AND按钮，如下图：

点击Preview便一切搞定了，出现以下窗口，

我们可以看到找到了约195篇文献.点击数字195，便可进入这195文献的列表页面。

其实以上都不算什么，完成在限制条件里就可完成了。

但我们接下来的查询时，preview/index便有用了.此处关键在于index,我暂且翻译为指数或指标,还不明白的话没关系,举个例子，我们在查询心肌梗死中与probnp研究相关时，条件为文章内容中有该关键词就可以。

我由于经常做ELISA，就想查看文章中有probnp含量（注意是含量，不光有probnp）的文章，这时就可以用到index了，我们输入相关词后先点击index（先不点Review），出现如下选框，

我们选择probnpconcentration后，再点击preview,结果便出来了。

该次结果我们看到了仅有9篇文献中含有probnpconcentration。

通过以上的例子，我们不难发现，其实index的作用就是把你要查找的关键词再给细化了。

到此为止，preview/index讲完了，大家有不懂的地方多体验几次就明白了。

接下来再看History

顾名思义，本标签主要是指你文献检索的历史，即进行了哪几次的检索。

如果要查看某次结果，直接点后面的数字就可以了。

另外，在此处也可以对其进行组合检索。

在上面searchfor框中输入每次检索的编号（如上图红框内所示）另加运算词and/or/not等就可以了。

另外大家也可以发现，点击红框内的检索编号时，本身会出算运算符，这和你直接输入是一样的道理。

History本身不难，在此就不多讲了。

再看一下ClipBoard，也很简单，就是剪贴板的意思，怎么用我们来说一下，我们在查找完相应的文章后，出现如下界面：

每篇文章前面都有一个小方框，那是用来选择文章的。

我们将感兴趣的文章在前面的小框内点选，然后点击上方的SendTo，并选择ClipBoard,便将选择的文章放到剪贴板里了，方便了我们查找与阅读。

还有一个Detail，就是每次检索的具体细节，相当于是网站对数据库如何查询的细节，这里都是用专业的检索语言来描述的。

如下图：

   至此为止，文献检索，基本讲完了。

细心的读者在操作的时候，一定会注意到pubmed总有一些新的工具，比如我们上面讲了一大堆，其实有个新工具完全把它们包括了。

大家每次检索的时候都会看到这样一个小框框

里面的内容一看就明白了，它集成了上述所有的功能。

大家以后不妨也用它来检索，用法和前面所讲一样，只不过是在一个页面里显示罢了。

另外还有一个不得不提到，而且应用非常广泛的就是SingleCitationMatcher，也就是单篇文献匹配器。

在pubmed的每个页面都有，在左侧边栏。

图中黄框中圈起的地方。

什么功能呢，主要用于如下情况，我们在阅读文献时，对后面的某篇参考文献感兴趣，这时该篇参考文献的题目，作者，杂志名，卷，期，页数都能看到，我们便不需要经历上述那么复杂的检索了。

点开来看一下：

一看就明白了吧，我们可以将文献上提供的资料输入，就可以查找了。

注意的是，条件不需要全部输入。

几个条件便可以了。

   到此为止，文献检索基本就讲完了。

如果大家遇到什么问题，可查看Easylabs网站，加其联系QQ为好友，便可进行在线咨询了。