生物信息学数据库大全.docx

1、生物信息学数据库大全综合数据库 INSD,国际核酸序列数据库（International Nucleotide Sequence Databank）。由日本的DDBJ、欧洲的EMBL和美国的GenBank三家各自建立和共同维护。 EMBL库，欧洲分子生物学实验室的DNA和RNA 序列库。 http:/www.ebi.ac.uk/embl.html GenBank ，美国国家生物技术信息中心 （NCBI）所维护的供公众自由读取的、带注释的DNA序列的总数据库。http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Genbank/ DNA Databank of Japan (DDBJ)

2、，日本核酸数据库。 http:/www.ddbj.nig.ac.jp/ GSDB是由美国国家基因组资源中心（NCGR）维护的DNA序列关系数据库（Genome Sequence DataBase）。 http:/www.ncgr.org/gsdb/ TIGR DATAbase,是世界上最大的cDNA数据库，还有大量的EST序列和人类基因索引（HGI）。 http:/www.tigr.org/tdb/hcd/overview.html DNA序列数据库包括与DNA的复制、转录、修复等有密切关系的蛋白质因子。BioSino是中国自主开发的核酸序列公共数据库。http:/www.biosino.or

3、g/ CUTG,MM子使用频度表。http:/www.dna.affrc.go.jp/nakamura/CUTG.html http:/www.kazusa.or.jp/codon/ http:/www.dna.affrc.go.jp/nakamura/CUTG.html EPD,真核生物启动子数据库（Eukaryotic Promotor Database）。http:/www.epd.isb-sib.ch/ TRANSFAC,真核生物基因表达调控因子的数据库。http:/transfac.gbf.de/TRANSFAC TRRD.真核生物基因组转录调控区数据库。http:/www.mgs.

4、bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/ OOTFD,转录因子和基因表达数据库。http:/www.ifti.org/ RepBase,真核生物DNA中重复序列数据库。http:/www.girinst.org/server/repbase.html MicroSatellite,微卫星重复序列数据库。http:/nmnhgoph.si.edu/gopher-menus/MicroSatelliteDatabase.html ALU数据库是人及其他灵长类代表性的Alu重复片段。http:/ncbi.nlm.nih.gov(/pub/jmc/alu/) Simple Rep

5、eats,简单重复序列库。http:/ncbi.nlm.nih.gov COMPEL,复合元件数据库。ftp:/ftp.gbf-braunschweig.de(/pub/compel/) MPDB,分子探针数据库。http:/www.biotech.ist.unige.it/interlab/mpdb.html HvrBase,灵长类mtDNA调控区序列库，主要是人的HVI和HVII两个高变异区的序列。http:/monolith.eva.mpg.de/hvrbase/ PlantCARE,植物顺式作用(cis-acting)调控因子数据库。http:/sphinx.rug.ac.be:808

6、0/PlantCare/ PLACE是从文献中搜集的植物顺式作用调控元件DNA模体的数据库,只涉及维管植物。http:/www.dna.affrc.go.jp/htdocs/PLACE/ ftp:/ftp.dna.affrc.go.jp(/pub/dna_place/place.seq)Mendel数据库,搜集植物STS和EST序列。 http:/jiio6.jic.bbsrc.ac.uk/ HOX Pro同源异型盒(homeobox)基因数据库。http:/spirov.iephb.nw.ru/hox_pro/hox-pro00.html OPD,寡核苷酸探针数据库(Oligonucleot

7、ide Probe Database)。http:/www.cme.msu.edu/OPD/ dbSTS,序列标记位点(Sequence Tagged Sites)数据库。http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/dbSTS/ ftp:/ncbi.nlm.nih.gov(/repository/dbSTS) dbEST.这是GenBank的重要组成部分,它包含若干物种的已表达的序列标记信息. http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/ ftp:/ncbi.nlm.nih.gov(/repository/dbEST) AmmtDB,后生动物线粒体DNA多序列联

8、配数据库,搜集了脊椎动物线粒体中编码蛋白质和tRNA的多DNA序列对比数据,以及哺乳动物mtDNA主调控区序列联配数据. r.it:8000/BioWWW/#AMMTDB target=_blankr.it:8000/BioWWW/#AMMTDB>http:/bio-urlr.it:8000/BioWWW/#AMMTDB/url HOVERGEN,脊椎动物同源基因数据库(HOmologous VERtebrate GENes)。http:/acnuc.univ-lyon1.fr/ ftp:/ftp.infobiogen.fr(/pub/db/acnuc/hovergen) DNA结构参数

9、库. ftp:/transfac.gbf.de(/pub/structure_library) NUCLEOSOME数据库,收集实验测定的核小体数据,用于预测DNA中与组蛋白八聚体结合的位点. ftp:/ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/nucleosomal_dna/ SELEX_DB,随机化序列库. http:/www.mgs.bionet.nsu.ru/mgs/systems/selex/ ASDB,交替剪接基因的数据库. http:/hattrick.lbl.gov:8888/ Intronerator,秀丽线虫内含子和交替剪接数据库。http:/www.cse.

10、ucse.edu/kent/intronerator/ IDB和IEDB前者是内含子序列数据库，后者是内含子演化数据库。http:/numeg.bio.indiana.edu/intron/index.html EID,外显子、内含子数据库。http:/mcb.havard.edu/gilbert/EID/ ExInt,外显子、内含子数据库。http:/intron.bic.nus.edu.sg/rint/exint.html NDB,核酸晶体结构数据库。ftp:/ndbserver.rutgers.edu/ http:/dnbserver.rutgers.edu/NDB/ndb.html V

11、ectorDB,载体数据库。 Vector和Vector-ig,包分子生物学常用的许多载体的注释和序列信息。ftp:/ncbi.nlm.nig.gov(/repository/vetcor-ig) ftp:/ncbi.nlm.nig.gov(/repository/vector) RNA序列和核糖体数据库:1993年成立的RNA学会，在出版RNA刊物同时，还维护着两个信息网页：http:/www.pitt.edu/rna1/ http:/www.cup.org/Journals/JNLSCAT/rRNA/rna.html snoRNA,小核仁RNA数据库。http:/www.bio.umass

12、.edu/biochem . noRNA-DataBase.html Small RNA数据库。http:/mbcr.bcm.tmc.edu/smallRNA/smallrna.html RNAse P数据库，包含RNA水解酶P的RNA亚基序列、联配、二级结构和三维模型。http:/jwbrown.mbio.ncsu.edu/RNAseP/home.html tmRNA网点。包含 tmRNA序列、公认蛋白质水解标记、序列联配、确定新tmRNA的导引，以及简要综述等。http:/www.indiana.edu/tmrna/ tmRDB.已经联配好的、加有注释的、按亲缘关系排列的tmRNA序列数据

13、。http:/psyche.uthct.edu/dbs/tmRDB/tmRDB.html gRNA,导引RNA数据库。http:/www.biochem.mpg.de/goeringe/ SRPDB,信号识别粒子数据库。http:/psyche.uthct.edu/dbs/SRPDB/SRPDB.html TransTerm,信使RNA的组分和翻译控制信号数据库。http:/biochem.otago.ac.nz/Transterm/ l 类病毒和类病毒样RNA数据库。http:/www.callisto.si.usherb.ca/jpperra/ UTRdb和UTRsite。UTRdb是真核

14、生物mRNA的5端和3端非翻译区序列的非冗余数据库，UTRsite搜集这些非翻译区序列中的功能片段。r.it:8000/EmbIT/UTRHome/ ncRNA,似mRNA的非编码RNA数据库。http:/www.man.poznan.pl/5Sdata/ncRNA/index.html RNAmods,RNA修饰数据库。http:/www-medlib.med.utah.edu/RNAmods/RNAmods.html ftp:/medlib.med.utah.edu(/library/RNAmods) AARSDB,酰氨基tRNA合成酶数据库。http:/rose.man.poznan.p

15、l/aars/index.html tRNA序列和基因、结构与功能数据库。http:/www.uni-bayreuth.de/departments/biochemie/trna/ PLMItRNA基于FastA的绿色植物线粒体tRNA分子和tRNA基因的数据库。r.it:8000/srs6/ target=_blankr.it:8000/srs6/>http:/bio-urlr.it:8000/srs6/url http:/www.ebi.ac.uk/services/ 16SMDB、16S-likeMDB 、16SMDBexp 、23SMDB、 23S-likeMDBexp数据库，是

16、一批16S和23S核糖体RNA突变数据库。http:/www.fandm.edu/departments/biology/databasee/rna.html ftp:/acad.fandm.edu(/nar/) RNA www,RNA二级结构网页，也有16S RNA和23S RNA的数据。http:/pundit.colorado.edu:8080/RNA/ uRNADB,已经联配好的、加有注释的、按亲缘关系排列的uRNA序列数据。http:/psyche.uthct.edu/dbs/uRNADB/uRNADB.html U-insertion/deletion,编辑序列数据库，包含5个无脊

17、椎动质体目物种的线粒体基因和编辑后的mRNA序列。http:/www.lifesci.ucla.edu/RNA/trypanosome/database.html PseudoBase,假扭结数据库。http:/www.bio.leidenuniv.nl/Batenburg/PKB.html RDP,核糖体数据库计划。包含小亚基和大亚基的两部分rRNA,由已联配的RNA序列以及亲缘树组成。http:/www.cme.smu.edu/RDP/http:/rdpwww.life.uiuc.edu/ http:/rdp.life.uiuc.edu(/pub/) SSU rRNA欧洲核糖体小亚基RNA

18、结构数据库。http:/rrna.uia.ac.be/ssu/ LSU rRNA欧洲核糖体大亚基RNA结构数据库。http:/rrna.uia.ac.be/lsu/ 5S rRNA数据库。http:/rose.man.poznan.pl/5Sdata/index.html DRC,核糖体交链数据库。http:/www.mpimg-berlin-dahlem.mpg.de/ag_ribo/ag_brimacombe/drc/ ACTIVITY,DNA和RNA中功能位点数据库。http:/www.mgs.bionet.nsu.ru/systems/Activity/ RNA非正则配对数据库。htt

19、p:/prion.bchs.uh.edu/bp_type/ 基因图谱数据库:Rhdb,辐射杂交数据库。http:/www.ebi.ac.uk/RHdb http:/corbra.ebi.ac.uk/Rhdb/species/HUMAN/gm99.html ftp:/ftp.ebi.ac.uk(/pub/databases/RHdb) Mouse RH数据库。http:/www-genome.wi.mit.edu/mouse_rh/ GDB,人类基因组数据库。http:/www.gdb.org/ ftp:/ftp.gdb.org GeneMap99,人类基因图谱1999年版。http:/www.

20、ncbi.nih.gov/genemap/ HuGeMap,人类基因遗传图谱和物理图谱的分布式集成数据库。ftp:/ftp.ebi.ac.uk(/pub/databases/RHdb/gm99.map)人类基因组测序中心:HUGO是人类基因组组织的缩写。http:/hugo.gdb.org/HUGO Pacific GENOME Newsletter 是HUGO在太平洋部分，其中反映中国情况的短文在：http:/hugo-pacific.genome.ac.jp/3_2contents/china.html美国能源部支持的人类基因组计划http:/www.er.doe.gov/producti

21、on/ober/hug_top.html美国国家卫生署对人类基因组计划的支持，通过NHGRI即国家人类基因组研究所（National Human Genome Research Institute）体现。http:/www.nhgri.nih.gov/英国Wellcome Trust是人类基因组计划的另一个主要资助者。http:/www.wellcome.ac.uk/百慕大原则：测序的中间和最终结果都必须迅速的公开。http:/www.gene.ucl.ac.uk/hugo/bermuda.html世界上主要人类基因组测序中心的名单。http:/www-hgc.lbl.gov/inf/Hgce

22、nters.htmlhttp:/www.ornl.gov/hgmis/centers.htmlNCBI的GenBank数据库从1999年10月起，建立了智人基因组子目录，其下按染色体编号设子目录。http:/ncbi.nlm.nih.gov/genbank/genomes/H_sapiens/英国的Sanger中心的人类基因组计划网页，不仅有它们负责测序的染色体数据，还有到其他染色体数据的链接。 http:/www.sanger.ac.uk/HGP/日本的DDBJ和信息生物学中心（CIB）联合建立了一个Human Genomics Studio，可以按染色体编号检索和查找基因序列。http:/

23、studio.nig.ac.jp/ Sanger 中心是世界上最大的DAN测序中心之一。承担人类基因组计划的三分之一，集中在1、6、9、10、13、20、22和X。http:/www.sanger.ac.uk/HGP/stats.html LBNL，Lawrence Berkeley 国家实验室。http:/www-hgc.lbl.gov/GenomeHome.htmlLLNL，Lawrence Livermore 国家实验室。http:/www-bio.llnl.gov/bbrp/genome/genome.htmlLANL，美国洛斯阿拉莫斯国家实验室。http:/www-ls.lanl.g

24、ov/index.htmlJGI，由美国能源部支持的，依托LBNL、LLNL和LANL三个国家实验室的人类基因组研究部门建的联合基因组研究所（Joint Genome Institute）。http:/jgi.doe.gov/UWGC，华盛顿大学基因中心，是国际上最活跃的测序中心之一。http:/www.genome.washington.edu/ftp:/ftp.genome.washington.edu/SHGC，斯坦福大学人类基因中心，主要做高分辨率辐射杂交图谱，以及人类第四号染色体BAC克隆的测序。http:/www-shgc.stanford.edu/DOGS，基因组尺寸数据库。ht

25、tp:/www.cbs.dtu.dkGenBank的/genomes/子目录：ftp:/(/pub/databases/genband/genomes/) EuGenes,真核生物基因综合知识库，目前包括果蝇、人、小鼠、拟南芥、线虫、酵母、和斑马鱼的数据。http:/iubio.bio.indiana.edu/eugenes原核生物基因组:细菌基因组计划的进展情况，可从以下网站查询：http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/PMGifs/Genomes/bact.htmlMOT ，欧洲生物信息研究所EBI的基因组测序进展表。http:/www.ebi.ac.uk/sterk/gen

26、ome-MOT/GIB，日本DDBJ设立的Genome Information Broker for microbial genomes 的缩写。http:/mol.genes.nig.ac.jp/gib/MAGPIE测序计划清单也可以参考。http:/www-fp.mcs.anl.gov/gaasterland/genomes.htmlEMGLib,增补微生物基因组库。http:/pbil.univ-lyon1.fr/emglib/emglib.html大肠杆菌K12菌株的完全基因组序列，可由GenBank的子目录/genomes/获取，或从华盛顿大学大肠杆菌基因组中心，即Blattner实

27、验室的网页读取：http:/www.genetics.wisc.edu/pub/sequence/ECDC,大肠杆菌菌株K12的基因序列库，包括基因、读框、调控区、启动子、终止子、tRNA和rRNA等。http:/susi.bio.uni-giessen.de/ecdc/ecdc.htmlftp:/ftp.ebi.ac.uk)/pub/databases/ecdc)EcoGene和EcoWeb,大肠杆菌K12菌株基因组数据库，包括基因、蛋白质、基因间蛋白质组信息。http:/bmb.med.miami.edu/EcoGene/EcoWeb/RegulonDB,大肠杆菌转录调控和操作子数据库。h

28、ttp:/www.cifn.unam.mx/Computational_Biology/regulondb/NRSub,非冗余枯草芽孢杆菌DNA数据库，包括完全基因组、MM子使用表、基因图谱和基因家族。http:/acnuc.univ-lyon1.fr/nrsub/nrsub.htmlftp:/ftplnig.ac.jp(/pub/db/nrsub)HIDB,流感嗜血菌完全基因组的原始数据库。http:/www.tigr.org:80/tdb/mdb/hidb/hidb.htmlftp:/ftp.tigr.org/pub/data/h_influenzaeHIDC,流感署血菌基因序列库。htt

29、p:/susi.bio.uni-giessen.de/ecdc/hidc.htmlCyanoBase,蓝细菌数据库，实际上是集胞蓝细菌的基因组数据库。蓝细菌具有氧化和光合作用所需的全套基因。http:/www.kazusa.or.jp/cyano/cyano.htmlMJDB,詹氏甲烷球菌基因组数据库。ftp:/ftp.tigr.org(/pub/data/m_jannaschii)http:/www.tigr.org/tdb/mdb/mjdb/mjdb.htmlMycDB,分枝杆菌数据库。http:/www.biochem.kth.se/MycDB.htmlPGI,疫霉属基因预研究计划的数据

30、库。http:/www.ncgr.org/pgi/真菌基因组:SGS,酿酒酵母基因组数据库。www.standford.edu/Saccharomyces/ target=_blankwww.standford.edu/Saccharomyces/>http:/genome-urlwww.standford.edu/Saccharomyces/urlftp:/genome-ftp.stanford.edu(/pub/yeast)LISTA,LISTA-HOP和LISTA-HON是酿酒酵母基因组中蛋白质编码序列及其同源性的数据库。http:/www.ch.embnet.org/ftp:/bioftp.unibas.chMYGD,酵母基因组、蛋白质和同源关系的数据库。http:/www.mips.biochem.mpg.de/proj/yeast/