生物信息学数据库大全.docx
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生物信息学数据库大全
综合数据库
★INSD,国际核酸序列数据库（InternationalNucleotideSequenceDatabank）。
由日本的DDBJ、欧洲的EMBL和美国的GenBank三家各自建立和共同维护。
★EMBL库，欧洲分子生物学实验室的DNA和RNA序列库。
http:
//www.ebi.ac.uk/embl.html
★GenBank，美国国家生物技术信息中心（NCBI）所维护的供公众自由读取的、带注释的DNA序列的总数据库。
http:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Genbank/
★DNADatabankofJapan（DDBJ），日本核酸数据库。
http:
//www.ddbj.nig.ac.jp/
★GSDB是由美国国家基因组资源中心（NCGR）维护的DNA序列关系数据库（GenomeSequenceDataBase）。
http:
//www.ncgr.org/gsdb/
★TIGRDATAbase,是世界上最大的cDNA数据库，还有大量的EST序列和人类基因索引（HGI）。
http:
//www.tigr.org/tdb/hcd/overview.html
DNA序列数据库
包括与DNA的复制、转录、修复等有密切关系的蛋白质因子。
★BioSino是中国自主开发的核酸序列公共数据库。
http:
//www.biosino.org/
★CUTG,MM子使用频度表。
http:
//www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.html
http:
//www.kazusa.or.jp/codon/
http:
//www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.html
★EPD,真核生物启动子数据库（EukaryoticPromotorDatabase）。
http:
//www.epd.isb-sib.ch/
★TRANSFAC,真核生物基因表达调控因子的数据库。
http:
//transfac.gbf.de/TRANSFAC
★TRRD.真核生物基因组转录调控区数据库。
http:
//www.mgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/
★OOTFD,转录因子和基因表达数据库。
http:
//www.ifti.org/
★RepBase,真核生物DNA中重复序列数据库。
http:
//www.girinst.org/~server/repbase.html
★MicroSatellite,微卫星重复序列数据库。
http:
//nmnhgoph.si.edu/gopher-menus/MicroSatelliteDatabase.html
★ALU数据库是人及其他灵长类代表性的Alu重复片段。
http:
//ncbi.nlm.nih.gov（/pub/jmc/alu/）
★SimpleRepeats,简单重复序列库。
http:
//ncbi.nlm.nih.gov
★COMPEL,复合元件数据库。
ftp:
//ftp.gbf-braunschweig.de（/pub/compel/）
★MPDB,分子探针数据库。
http:
//www.biotech.ist.unige.it/interlab/mpdb.html
★HvrBase,灵长类mtDNA调控区序列库，主要是人的HVI和HVII两个高变异区的序列。
http:
//monolith.eva.mpg.de/hvrbase/
★PlantCARE,植物顺式作用（cis-acting）调控因子数据库。
http:
//sphinx.rug.ac.be:
8080/PlantCare/
★PLACE是从文献中搜集的植物顺式作用调控元件DNA模体的数据库,只涉及维管植物。
http:
//www.dna.affrc.go.jp/htdocs/PLACE/
ftp:
//ftp.dna.affrc.go.jp（/pub/dna_place/place.seq）
★Mendel数据库,搜集植物STS和EST序列。
http:
//jiio6.jic.bbsrc.ac.uk/
★HOXPro同源异型盒（homeobox）基因数据库。
http:
//spirov.iephb.nw.ru/hox_pro/hox-pro00.html
★OPD,寡核苷酸探针数据库（OligonucleotideProbeDatabase）。
http:
//www.cme.msu.edu/OPD/
★dbSTS,序列标记位点（SequenceTaggedSites）数据库。
http:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/dbSTS/
ftp:
//ncbi.nlm.nih.gov（/repository/dbSTS）
★dbEST.这是GenBank的重要组成部分,它包含若干物种的已表达的序列标记信息.
http:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/
ftp:
//ncbi.nlm.nih.gov（/repository/dbEST）
★AmmtDB,后生动物线粒体DNA多序列联配数据库,搜集了脊椎动物线粒体中编码蛋白质和tRNA的多DNA序列对比数据,以及哺乳动物mtDNA主调控区序列联配数据.
r.it:
8000/BioWWW/#AMMTDB"target="_blank">r.it:
8000/BioWWW/#AMMTDB>http:
//bio-[url]r.it:
8000/BioWWW/#AMMTDB[/url]
★HOVERGEN,脊椎动物同源基因数据库（HOmologousVERtebrateGENes）。
http:
//acnuc.univ-lyon1.fr/
ftp:
//ftp.infobiogen.fr（/pub/db/acnuc/hovergen）
★DNA结构参数库.
ftp:
//transfac.gbf.de（/pub/structure_library）
★NUCLEOSOME数据库,收集实验测定的核小体数据,用于预测DNA中与组蛋白八聚体结合的位点.
ftp:
//ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/nucleosomal_dna/
★SELEX_DB,随机化序列库.
http:
//www.mgs.bionet.nsu.ru/mgs/systems/selex/
★ASDB,交替剪接基因的数据库.
http:
//hattrick.lbl.gov:
8888/
★Intronerator,秀丽线虫内含子和交替剪接数据库。
http:
//www.cse.ucse.edu/~kent/intronerator/
★IDB和IEDB前者是内含子序列数据库，后者是内含子演化数据库。
http:
//numeg.bio.indiana.edu/intron/index.html
★EID,外显子、内含子数据库。
http:
//mcb.havard.edu/gilbert/EID/
★ExInt,外显子、内含子数据库。
http:
//intron.bic.nus.edu.sg/rint/exint.html
★NDB,核酸晶体结构数据库。
ftp:
//ndbserver.rutgers.edu/
http:
//dnbserver.rutgers.edu/NDB/ndb.html
★VectorDB,载体数据库。
★Vector和Vector-ig,包分子生物学常用的许多载体的注释和序列信息。
ftp:
//ncbi.nlm.nig.gov（/repository/vetcor-ig）
ftp:
//ncbi.nlm.nig.gov（/repository/vector）
RNA序列和核糖体数据库:
★1993年成立的RNA学会，在出版RNA刊物同时，还维护着两个信息网页：
http:
//www.pitt.edu/~rna1/
http:
//www.cup.org/Journals/JNLSCAT/rRNA/rna.html
★snoRNA,小核仁RNA数据库。
http:
//www.bio.umass.edu/biochem...noRNA-DataBase.html
★SmallRNA数据库。
http:
//mbcr.bcm.tmc.edu/smallRNA/smallrna.html
★RNAseP数据库，包含RNA水解酶P的RNA亚基序列、联配、二级结构和三维模型
。
http:
//jwbrown.mbio.ncsu.edu/RNAseP/home.html
★tmRNA网点。
包含tmRNA序列、公认蛋白质水解标记、序列联配、确定新tmRNA的导引，以及简要综述等。
http:
//www.indiana.edu/~tmrna/
★tmRDB.已经联配好的、加有注释的、按亲缘关系排列的tmRNA序列数据。
http:
//psyche.uthct.edu/dbs/tmRDB/tmRDB.html
★gRNA,导引RNA数据库。
http:
//www.biochem.mpg.de/~goeringe/
★SRPDB,信号识别粒子数据库。
http:
//psyche.uthct.edu/dbs/SRPDB/SRPDB.html
★TransTerm,信使RNA的组分和翻译控制信号数据库。
http:
//biochem.otago.ac.nz/Transterm/
l类病毒和类病毒样RNA数据库。
http:
//www.callisto.si.usherb.ca/~jpperra/
★UTRdb和UTRsite。
UTRdb是真核生物mRNA的5’端和3’端非翻译区序列的非冗余数据库，UTRsite搜集这些非翻译区序列中的功能片段。
r.it:
8000/EmbIT/UTRHome/
★ncRNA,似mRNA的非编码RNA数据库。
http:
//www.man.poznan.pl/5Sdata/ncRNA/index.html
★RNAmods,RNA修饰数据库。
http:
//www-medlib.med.utah.edu/RNAmods/RNAmods.html
ftp:
//medlib.med.utah.edu（/library/RNAmods）
★AARSDB,酰氨基tRNA合成酶数据库。
http:
//rose.man.poznan.pl/aars/index.html
★tRNA序列和基因、结构与功能数据库。
http:
//www.uni-bayreuth.de/departments/biochemie/trna/
★PLMItRNA基于FastA的绿色植物线粒体tRNA分子和tRNA基因的数据库。
r.it:
8000/srs6/"target="_blank">r.it:
8000/srs6/>http:
//bio-[url]r.it:
8000/srs6/[/url]
http:
//www.ebi.ac.uk/services/
★16SMDB、16S-likeMDB、16SMDBexp、23SMDB、23S-likeMDBexp数据库，是一批16S和23S核糖体RNA突变数据库。
http:
//www.fandm.edu/departments/biology/databasee/rna.html
ftp:
//acad.fandm.edu（/nar/）
★RNAwww,RNA二级结构网页，也有16SRNA和23SRNA的数据。
http:
//pundit.colorado.edu:
8080/RNA/
★uRNADB,已经联配好的、加有注释的、按亲缘关系排列的uRNA序列数据。
http:
//psyche.uthct.edu/dbs/uRNADB/uRNADB.html
★U-insertion/deletion,编辑序列数据库，包含5个无脊椎动质体目物种的线粒体基因和编辑后的mRNA序列。
http:
//www.lifesci.ucla.edu/RNA/trypanosome/database.html
★PseudoBase,假扭结数据库。
http:
//www.bio.leidenuniv.nl/~Batenburg/PKB.html
★RDP,核糖体数据库计划。
包含小亚基和大亚基的两部分rRNA,由已联配的RNA序列以及亲缘树组成。
http:
//www.cme.smu.edu/RDP/
http:
//rdpwww.life.uiuc.edu/
http:
//rdp.life.uiuc.edu（/pub/）
★SSUrRNA欧洲核糖体小亚基RNA结构数据库。
http:
//rrna.uia.ac.be/ssu/
★LSUrRNA欧洲核糖体大亚基RNA结构数据库。
http:
//rrna.uia.ac.be/lsu/
★5SrRNA数据库。
http:
//rose.man.poznan.pl/5Sdata/index.html
★DRC,核糖体交链数据库。
http:
//www.mpimg-berlin-dahlem.mpg.de/~ag_ribo/ag_brimacombe/drc/
★ACTIVITY,DNA和RNA中功能位点数据库。
http:
//www.mgs.bionet.nsu.ru/systems/Activity/
★RNA非正则配对数据库。
http:
//prion.bchs.uh.edu/bp_type/
基因图谱数据库:
★Rhdb,辐射杂交数据库。
http:
//www.ebi.ac.uk/RHdb
http:
//corbra.ebi.ac.uk/Rhdb/species/HUMAN/gm99.html
ftp:
//ftp.ebi.ac.uk（/pub/databases/RHdb）
★MouseRH数据库。
http:
//www-genome.wi.mit.edu/mouse_rh/
★GDB,人类基因组数据库。
http:
//www.gdb.org/
ftp:
//ftp.gdb.org
★GeneMap’99,人类基因图谱1999年版。
http:
//www.ncbi.nih.gov/genemap/
★HuGeMap,人类基因遗传图谱和物理图谱的分布式集成数据库。
ftp:
//ftp.ebi.ac.uk（/pub/databases/RHdb/gm99.map）
人类基因组测序中心:
★HUGO是人类基因组组织的缩写。
http:
//hugo.gdb.org/
★HUGOPacificGENOMENewsletter是HUGO在太平洋部分，其中反映中国情况的短文在：
http:
//hugo-pacific.genome.ac.jp/3_2contents/china.html
★美国能源部支持的人类基因组计划
http:
//www.er.doe.gov/production/ober/hug_top.html
★美国国家卫生署对人类基因组计划的支持，通过NHGRI即国家人类基因组研究所（NationalHumanGenomeResearchInstitute）体现。
http:
//www.nhgri.nih.gov/
★英国WellcomeTrust是人类基因组计划的另一个主要资助者。
http:
//www.wellcome.ac.uk/
★百慕大原则：
测序的中间和最终结果都必须迅速的公开。
http:
//www.gene.ucl.ac.uk/hugo/bermuda.html
★世界上主要人类基因组测序中心的名单。
http:
//www-hgc.lbl.gov/inf/Hgcenters.html
http:
//www.ornl.gov/hgmis/centers.html
★NCBI的GenBank数据库从1999年10月起，建立了智人基因组子目录，其下按染色体编号设子目录。
http:
//ncbi.nlm.nih.gov/genbank/genomes/H_sapiens/
★英国的Sanger中心的人类基因组计划网页，不仅有它们负责测序的染色体数据，还有到其他染色体数据的链接。
http:
//www.sanger.ac.uk/HGP/
★日本的DDBJ和信息生物学中心（CIB）联合建立了一个HumanGenomicsStudio，可以按染色体编号检索和查找基因序列。
http:
//studio.nig.ac.jp/
★Sanger中心是世界上最大的DAN测序中心之一。
承担人类基因组计划的三分之一，集中在1、6、9、10、13、20、22和X。
http:
//www.sanger.ac.uk/HGP/stats.html
★LBNL，LawrenceBerkeley国家实验室。
http:
//www-hgc.lbl.gov/GenomeHome.html
★LLNL，LawrenceLivermore国家实验室。
http:
//www-bio.llnl.gov/bbrp/genome/genome.html
★LANL，美国洛斯阿拉莫斯国家实验室。
http:
//www-ls.lanl.gov/index.html
★JGI，由美国能源部支持的，依托LBNL、LLNL和LANL三个国家实验室的人类基因组研究部门建的联合基因组研究所（JointGenomeInstitute）。
http:
//jgi.doe.gov/
★UWGC，华盛顿大学基因中心，是国际上最活跃的测序中心之一。
http:
//www.genome.washington.edu/
ftp:
//ftp.genome.washington.edu/
★SHGC，斯坦福大学人类基因中心，主要做高分辨率辐射杂交图谱，以及人类第四号染色体BAC克隆的测序。
http:
//www-shgc.stanford.edu/
★DOGS，基因组尺寸数据库。
http:
//www.cbs.dtu.dk
★GenBank的/genomes/子目录：
ftp:
//（/pub/databases/genband/genomes/）
★EuGenes,真核生物基因综合知识库，目前包括果蝇、人、小鼠、拟南芥、线虫、酵母、和斑马鱼的数据。
http:
//iubio.bio.indiana.edu/eugenes
原核生物基因组:
★细菌基因组计划的进展情况，可从以下网站查询：
http:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/PMGifs/Genomes/bact.html
★MOT，欧洲生物信息研究所EBI的基因组测序进展表。
http:
//www.ebi.ac.uk/~sterk/genome-MOT/
★GIB，日本DDBJ设立的GenomeInformationBrokerformicrobialgenomes的缩写。
http:
//mol.genes.nig.ac.jp/gib/
★MAGPIE测序计划清单也可以参考。
http:
//www-fp.mcs.anl.gov/~gaasterland/genomes.html
★EMGLib,增补微生物基因组库。
http:
//pbil.univ-lyon1.fr/emglib/emglib.html
★大肠杆菌K12菌株的完全基因组序列，可由GenBank的子目录/genomes/获取，或从华盛顿大学大肠杆菌基因组中心，即Blattner实验室的网页读取：
http:
//www.genetics.wisc.edu/pub/sequence/
★ECDC,大肠杆菌菌株K12的基因序列库，包括基因、读框、调控区、启动子、终止子、tRNA和rRNA等。
http:
//susi.bio.uni-giessen.de/ecdc/ecdc.html
ftp:
//ftp.ebi.ac.uk）/pub/databases/ecdc）
★EcoGene和EcoWeb,大肠杆菌K12菌株基因组数据库，包括基因、蛋白质、基因间蛋白质组信息。
http:
//bmb.med.miami.edu/EcoGene/EcoWeb/
★RegulonDB,大肠杆菌转录调控和操作子数据库。
http:
//www.cifn.unam.mx/Computational_Biology/regulondb/
★NRSub,非冗余枯草芽孢杆菌DNA数据库，包括完全基因组、MM子使用表、基因图谱和基因家族。
http:
//acnuc.univ-lyon1.fr/nrsub/nrsub.html
ftp:
//ftplnig.ac.jp（/pub/db/nrsub）
★HIDB,流感嗜血菌完全基因组的原始数据库。
http:
//www.tigr.org:
80/tdb/mdb/hidb/hidb.html
ftp:
//ftp.tigr.org/pub/data/h_influenzae
★HIDC,流感署血菌基因序列库。
http:
//susi.bio.uni-giessen.de/ecdc/hidc.html
★CyanoBase,蓝细菌数据库，实际上是集胞蓝细菌的基因组数据库。
蓝细菌具有氧化和光合作用所需的全套基因。
http:
//www.kazusa.or.jp/cyano/cyano.html
★MJDB,詹氏甲烷球菌基因组数据库。
ftp:
//ftp.tigr.org（/pub/data/m_jannaschii）
http:
//www.tigr.org/tdb/mdb/mjdb/mjdb.html
★MycDB,分枝杆菌数据库。
http:
//www.biochem.kth.se/MycDB.html
★PGI,疫霉属基因预研究计划的数据库。
http:
//www.ncgr.org/pgi/
真菌基因组:
★SGS,酿酒酵母基因组数据库。
www.standford.edu/Saccharomyces/"target="_blank">www.standford.edu/Saccharomyces/>http:
//genome-[url]www.standford.edu/Saccharomyces/[/url]
ftp:
//genome-ftp.stanford.edu（/pub/yeast）
★LISTA,LISTA-HOP和LISTA-HON是酿酒酵母基因组中蛋白质编码序列及其同源性的数据库。
http:
//www.ch.embnet.org/
ftp:
//bioftp.unibas.ch
★MYGD,酵母基因组、蛋白质和同源关系的数据库。
http:
//www.mips.biochem.mpg.de/proj/yeast/
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