CrystalMaker使用说明Word文档格式.docx

1、 Show Ruler可以添加标尺。图片面板结构主要在图片面板中显示，在这里可以对结构进行旋转和测量操作，或者使用快捷键对其进行操作。工具栏工具栏是对工具板的很好补充。对于常用的命令还设置了快捷键。打开或关闭工具栏：选择Winsow Show/Hide ToolbarSidebar包括Site Browser和Notes pane打开/隐藏Sidebar的两种方法：（1） 点击Toolbar上的Sidebar;（2） 选择Window Show/Hide Sidebar隐藏Notes pane的三种方法：（1） 点击Toolbar上的Notes pane来显示/隐藏Notes pane；（2）

2、 双击Sidebrowser和Notes pane之间的分隔栏；（3） 把Sidebrowser和Notes pane之间的分隔栏拖动到最下面隐藏Site Browser的方法：（1） 把Sidebrowser和Notes pane之间的分隔栏拖动到最上面；Site BrowserSite Browser提供关于结构中原子的信息。可以按照元素、位置标注对列表进行重新排列、同时在Site Browser中，可以对原子的颜色、可见度、标注以及半径进行编辑，并对单个位置或者同元素的原子簇进行编辑。Notes pane在Notes pane中，可以保存关于结构的文本信息Overview WindowO

3、verview Window提供关于复杂结构的动画和视频制作、文件浏览以及结构输出的具体细节等信息，由Views, History, file和Log四部分构成。View PaneView pane有以下用处：（1） 记录从特定视角观察晶体的图片；（2） 在统一界面中同时操作几个晶体；（3） 制作动画和视频创建操作结构的视图，方法有二：（1） 点击window toolbar中的Snapshot；（2） 选择File Take Snapshot一张结构图片就会出现在View pane中。从已有文件中创建视图：（1） 把一个或多个文件拖动到Views pane中。每个文件就会加载到Graphic

4、s window中，缩略图会再在到Views pane中；（2） 当Views pane可视时，点击Add按钮，然后选择想要加载的文件。加载一个视图：点击views pane中的视图，使用键盘上的箭头进行选择。重新排列视图：点击并拖动视图，对其进行重排重命名视图：点击视图文件，输入新的文件名，按Return或enter键完成设置更新视图：用户可以重新生成一个视图，以匹配与现在显示的结构：右键单击要选择的视图，选择Replace with current view同步视图Crystalmaker强大之处在于它能快读的同步多个窗口。这样，如果一个视图和另一个相关，用户可以对它们的显示进行设置，诸如

5、原子颜色、渲染样式、位向、尺寸等。使用同步命令：（1） 确保主视图在Graphics window的最前面，这个结构的设置将应用到所有的其他结构中；（2） 选择Transform Synchronize命令；（3） 出现一个对话框，显示需要同步哪些视图；（4） 点击OK开始同步。动画视图Overview Actions菜单上的Play命令，可以反复播放视图，同时还可以全屏播放或者结构旋转。用户可以控制播放的速度。按 escape退出动画播放。从视图中生成视频使用Overview Actions菜单上的Play命令，可以生成一个Quicktime视频。这在展示结构行为和相转变时比较有用。File

6、s Pane用户可以在这个面板上管理最近的文件，并在快速的在不同的结构间进行切换。新近打开的文件会显示在Files Pane的左上角。用户也可以把未打开的结构加到Files Pane中，并会显示为缩略图。添加文件到Files Pane：（1） 把一个或多个文件拖动到Files Pane中；（2） 或者点击Overview上的Add按钮把文件从Files Pane移除：（1） 右键点击文件缩略图，选择Remove命令；（2） 点击windows Actions按钮，选择Clear Files List，移除所有文件。重新排列缩略图：点击拖动缩略图，对其进行重新排列。使用Files Pane打开一

7、个文件：（1） 点击文件的缩略图，在现在窗口中打开文件；（2） 右键点击缩略图，选择Open in New Window，在新窗口中打开文件。显示Slideshows和Animations使用Views pane，我们可以使用Files pane中的文件来展示Animated slideshows。选用Overview Actions 菜单。History PaneCrystalmaker会跟踪文件修改，并把它们显示在History Pane中。History Pane左上侧的缩略图为用户最近打开的文件；接下来的缩略图代表按时间顺序编辑过的文件。点击缩略图，转到那个阶段的文件。Log Pane

8、Overview window上的Log Pane显示了状态信息和屏幕工具的操作结果和化学键搜索结果。用户可以把Log Pane中的信息拷贝到其他程序中。在Overview Actions 菜单中，选择Text Options可以对文本进行编辑。工具面板（Tools Palette）工具面板中的屏幕工具，可以操作、测量和编辑结构。测量工具加上旋转工具，可以对晶体进行精确位向操作。用户可以在键盘上输入相应的字母来选择工具。在工具面板的最上面，会显示晶体结构或单分子的彩色图片：这是显示是否在分子模式的快捷方法。分子模式用来描述原子团以及其它没有长程对称的结构。使用工具面板 Palettes显示工具

9、面板。所有窗口的大小和位置都在在上次退出程序时自动保存。设定工作台 Workspace，在其子菜单中显示工作台。全屏模式Crystalmaker支持全屏模式，便于用户专注于结构。全屏模式下，Graphics window会自动调整以适应全屏的尺寸。通过把鼠标移至屏幕的上部，用户仍然可以使用菜单命令。进入全屏模式：点击window toolbar或者Tools palette上的Full Screen按钮，或者快捷键F。退出全屏模式：（1） 按Escape键；（2） 或者点击Tools pallete中的Standard Screen，快捷键F。在线帮助系统Crystalmaker的在线帮助可以

10、通过以下途径获得：（1） 选择Help菜单；（2） 点击一些出口中左下角的Help；（3） 点击F1。第二章 软件预览本章分为三个连续的部分，分别介绍Crystalmaler的不同功能。第一部分我们将建立一个新的晶体结构，包括对称性和化学键。第二部分我们研究不同的显示选项，包括图形样式和不同的模型类型。最后一部分我们将使用程序中的不同工具来测量结构、显示配位团，以及以文本文件和网页的方式输出数据。第一节 建立无机物晶体结构本节我们介绍如何创建、显示和保存一个新的晶体结构。我们将以和其他无机物结构类似MgAl2O4为例。结构数据在Crystalmaker中，可以使用数据编辑器来编辑晶体常数、对称

11、性以及位置坐标。同时还可以编辑颜色、原子半径，定义化学键等。使用以下结构数据：输入结构数据（1） 选择File New Crystal命令；（2） 出现以下Edit Crystal对话框：（3） 在Spacegroup栏中输入以下字符：F d 3 m origin 2（字符间留空格）。如果输入格式错误，Crystalmaker会提醒用户。如果空间群符号输入正确，只有一个晶格常数会保留。Crystalmaker识别出输入的空间群符号对应一个立方晶体，并且只需要a单胞参数。（4） 按Tab键移至a栏，输入，对话框如下：（5） 现在我们需要考虑晶体的非对称基元中的三个位置，对于每个位置，Crysta

12、lmaker需要以下信息：位置标注（最多六位字符，字符间不能有空格）；一个或多个化学符号以及它们的占位率值（Crystalmaker使用元素符号来决定其原子半径和原子颜色；元素符号可以是一个或两个字母）；每个位置的xyz位置坐标。可以以分数（1/2）或小数形式输入。（6） 点击Add按钮，或者按回车键开始编辑一个新的位置；（7） 窗口中会出现包括默认的标注、位置坐标和占位率的条目。我们对这些设置进行编辑；（8） 加亮位置位置标注。输入一个新的标注（最多六位字符，不能包括空格）我们选择Al（1）。按Tal键移至下一个编辑栏；（9） 假定这个晶体有序，我们只需要输入单一的占位率值。此例中我们输入“

13、Al ”；（10） 在x, y, z栏中输入，编辑窗口如下：（11） 按Return键完成编辑该位置；（12） 现在，按照结构数据表给出的信息，分别输入Mg和O位置的数据。使用Add按钮添加新位置，或使用Remove删除一个位置；（13） 当完成晶体数据输入后，对话框如下：显示晶体现在，所有的结构数据都以输入，接下来我们要显示一个单胞内的所有原子：（1） 点击以上Edit Crystal窗口的OK按钮；（2） Edit Crystal窗口消失，状态窗口出现。在状态窗口中，使用输入数据建立的晶体就会出现。这时，一个立方形外形，包括一组原子的结构就会出现。改变原子的颜色和半径如果用户输入的元素符号

14、被Crystalmaker识别，就会自动赋予它一个颜色和半径。如果用户想要在晶体中包括其他元素类型，并且改变Crystalmaker的默认设置，使用Site Browser可以对原子的颜色和半径进行定义，如下：（1） 选择Window Show Sidebar命令，出现Site Browser窗口。如果还是不能显示，选择Window Sidebar Site Browser命令；（2） 我们开始编辑原子颜色。Colour栏多个可以改变单个位置颜色的按钮；（3） 点击一个颜色按钮，选择一个新的颜色；（4） 我们开始编辑原子半径。需要注意的是原子半径的单位为埃；（5） 点击Mg的半径值；（6） 输入