1、注意:1、在第一次启动了vncserver之后,vnc的连接一直可用,全部图形窗口保持在Linux服务器上。因此,只在每次服务器重新启动后运行一次vncserver即可,由于用户较多,请勿启动多个。2、如果需要使用node2的图形界面,可执行ssh -X node2。3. 作业提交3.1. Fluent3.1.1. 图形方式运行首先通过VNC登陆到图形界面,如果没有Terminal的话在桌面点击左键选择Xterm,输入以下命令即可运行:此处myhosts为用户指定的host文件,内容如下所示:node1node2-t8即指定8个核心参与计算,分别为node1上的4个核心和node2上的4个核心
2、。在图形界面下导入cas和data文件,修改和设置边界条件等并计算 (和在windows下操作单机版Fluent相同,略):注:通过VNC使用图形界面方式运行fluent时,无需保持PC机与服务器的连接,只要vncserver没有重新启动,即可随时连接到原有的窗口。3.1.2. 命令行方式运行建立script1文件:script1内容如下:(注:其中fl5m1.cas为cas文件名,根据实际进行修改;solve/iterate 25 表示迭代25步,也可根据需要修改步数。)用命令行进行fluent计算:3.1.3. 作业调度方式运行PBS只持Fluent命令行运行方式的作业提交1编译脚本scr
3、ipt1,内容如下(与上面脚本运行方式相同):file/rcd fl5m1.cas.gzsolve/iterate 25/file/wcd fl5m1_final.datparallel/timer/usageexityes2编辑pbs脚本fluent.pbs,内容如下:#!/bin/bash#PBS -N job1-8cpu#PBS -l nodes=1:ppn=8#PBS -j oeINPUTFILE=script1OUTPUTFILE=script1.logcd $PBS_O_WORKDIR# pib.dapl indicate using ib protocal and the uda
4、pl way. t8 indicates using# 8 processorsNP=cat $PBS_NODEFILE | wc -ldatefluent 3d -t$NP -cnf=$PBS_NODEFILE -g -i $INPUT & $OUTPUTexit 0提交作业:qsub fluent.pbs用qstat -a和pbsnodes -a以及top命令查看作业是否正常排队运行。红色字体部分需要根据实际情况改动,黑色字体为固定格式的内容。3.1.4. 获取计算结果1如果用图形界面的方式运行fluent,可以在菜单中选择选择保存dat文件到当前工作目录或其他某个目录下,然后用ftp软件
5、将dat文件下载到终端pc机上,即可进行后处理。2如果用命令行的方式运行fluent, dat文件自动保存到当前目录,文件名由script1文件的内容决定(例如“file/wcd fl5m1_final.dat”则表示dat文件为fl5m1_final.dat),用软件将dat文件下载到终端pc机上,即可进行后处理。3.2. Ansys作业3.2.1. 图形方式运行通过vnc登录以后,运行launcher121,即可进入ansys界面,选择相关的模块点击run即可。3.2.2. 命令行方式运行在命令行方式下,不能进行交互的图形操作,所有的命令需要通过命令流来实现。假设写好的命令流文件为inpu
6、t.inp,运行方式如下:单节点:ansys121 -np 16 -i input.inp output.log &多节点运行:ansys121 -dis -machines node1:16:node2:16 -i input.inp 3.2.3. 作业调度方式运行编写一个pbs脚本ansys.pbs如下所示:#what you just need and could edit are between the two lines#PBS -N my_ansys_testppn=16INPUTFILE=wing.inpOUTPUTFILE=wing.log#the end#np=1for NO
7、DE in cat $PBS_NODEFILE; do host=$NODE if ! -z $lasthost ; then if $host = $lasthost ; np=expr $np + 1 else if -z $mList ; mList=$lasthost:$np mList=$mList:$lasthost: fi np=1 lasthost=$hostdoneif -z $mList ;elsefiansys121 -dis -machines $mList -i $INPUTFILE -o $OUTPUTFILE写完以后提交方式与fluent相同,qsub ansys
8、.pbs即可。3.3. CFX作业3.3.1. 图形方式运行在图形窗口中运行cfx5即可。3.3.2. 命令行方式运行CFX支持PVM和MPI两种方式的并行,通常MPI的性能更好一些,建议采用。同时还有Local和Distributed两种运行模式,单机上建议采用Local模式,而跨节点时只能采用Distributed模式。cfx5solve命令可直接进入求解模式。cfx5solve -def Benchmark.def -par-dist node1*8在本机上用8个核心并行node1*8,node2*8采用2个节点各8个核心进行分布式并行计算3.3.3. 作业调度方式运行testnode3
9、4 cfxbm$ cat pbs_cfx.ib#PBS -N CFX_8cpuINPUTFILE=Benchmark.defOUTPUTFILE=Benchmark.log# You dont need to modify the lines below #PeHostfile2MachineFile() cat $1 | while read line; # echo $line host=echo $line # add here code to map regular hostnames into ATM hostnames mList=$host*1 mList=$mList,$hos
10、t echo $mList doneCFX_PBS_NODEFILE=/tmp/cfx_whoami_$PBS_JOBIDPeHostfile2MachineFile $PBS_NODEFILE | sed s#bnode#node#g $CFX_PBS_NODEFILENPROCS=wc -l $PBS_NODEFILEcfx5solve -def $INPUTFILE -par-dist tail -n1 $CFX_PBS_NODEFILE写完脚本就可以按如下方式提交作业:testnode34 cfxbm$ qsub cfx.pbs3.4. ABAQUS作业3.4.1. 图形方式运行在图形窗口中运行abaqus cae即可。3.4.2. 命令行方式运行单节点运行:abaqus -j Beamloading.inp cpus=8跨节点运行:首先需要添加指定运行节点。在工作目录进行以下操作:echo mp_host_list=node1,8,node2,8abaqus_v6.env表示分别从node1、node2调用8个core来进行计算。设置好了环境变量以后,通过abaqus -j Beamloading.inp cpus=16
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