通用曙光集群用户使用手册doc文档格式.docx
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注意:
1、在第一次启动了vncserver之后,vnc的连接一直可用,全部图形窗口保持在Linux服务器上。
因此,只在每次服务器重新启动后运行一次vncserver即可,由于用户较多,请勿启动多个。
2、如果需要使用node2的图形界面,可执行ssh-Xnode2。
3.作业提交
3.1.Fluent
3.1.1.图形方式运行
首先通过VNC登陆到图形界面,如果没有Terminal的话在桌面点击左键选择Xterm,输入以下命令即可运行:
此处myhosts为用户指定的host文件,内容如下所示:
node1
node2
-t8即指定8个核心参与计算,分别为node1上的4个核心和node2上的4个核心。
在图形界面下导入cas和data文件,修改和设置边界条件等并计算(和在windows下操作单机版Fluent相同,略):
注:
通过VNC使用图形界面方式运行fluent时,无需保持PC机与服务器的连接,只要vncserver没有重新启动,即可随时连接到原有的窗口。
3.1.2.命令行方式运行
建立script1文件:
script1内容如下:
(注:
其中fl5m1.cas为cas文件名,根据实际进行修改;
solve/iterate25表示迭代25步,也可根据需要修改步数。
)
用命令行进行fluent计算:
3.1.3.作业调度方式运行
PBS只持Fluent命令行运行方式的作业提交
1.编译脚本script1,内容如下(与上面脚本运行方式相同):
file/rcdfl5m1.cas.gz
solve/iterate25
/file/wcdfl5m1_final.dat
parallel/timer/usage
exit
yes
2.编辑pbs脚本fluent.pbs,内容如下:
#!
/bin/bash
#PBS-Njob1-8cpu
#PBS-lnodes=1:
ppn=8
#PBS-joe
INPUTFILE=script1
OUTPUTFILE=script1.log
cd$PBS_O_WORKDIR
#
#pib.daplindicateusingibprotocalandtheudaplway.t8indicatesusing
#8processors
NP=`cat$PBS_NODEFILE|wc-l`
date
fluent3d-t$NP-cnf=$PBS_NODEFILE-g-i$INPUT>
&
$OUTPUT
exit0
提交作业:
qsubfluent.pbs
用qstat-a和pbsnodes-a以及top命令查看作业是否正常排队运行。
红色字体部分需要根据实际情况改动,黑色字体为固定格式的内容。
3.1.4.获取计算结果
1.如果用图形界面的方式运行fluent,可以在菜单中选择选择保存dat文件到当前工作目录或其他某个目录下,然后用ftp软件将dat文件下载到终端pc机上,即可进行后处理。
2.如果用命令行的方式运行fluent,dat文件自动保存到当前目录,文件名由script1文件的内容决定(例如“file/wcdfl5m1_final.dat”则表示dat文件为fl5m1_final.dat),用软件将dat文件下载到终端pc机上,即可进行后处理。
3.2.Ansys作业
3.2.1.图形方式运行
通过vnc登录以后,运行launcher121,即可进入ansys界面,选择相关的模块点击run即可。
3.2.2.命令行方式运行
在命令行方式下,不能进行交互的图形操作,所有的命令需要通过命令流来实现。
假设写好的命令流文件为input.inp,运行方式如下:
单节点:
ansys121-np16-iinput.inp>
output.log&
多节点运行:
ansys121-dis-machinesnode1:
16:
node2:
16-iinput.inp>
3.2.3.作业调度方式运行
编写一个pbs脚本ansys.pbs如下所示:
###################whatyoujustneedandcouldeditarebetweenthetwolines######################
#PBS-Nmy_ansys_test
ppn=16
INPUTFILE=wing.inp
OUTPUTFILE=wing.log
###############################################theend##############################################
np=1
forNODEin`cat$PBS_NODEFILE`;
do
host=$NODE
if[!
-z$lasthost];
then
if[$host=$lasthost];
np=`expr$np+1`
else
if[-z$mList];
mList=$lasthost:
$np
mList=$mList:
$lasthost:
fi
np=1
lasthost=$host
done
if[-z$mList];
else
fi
ansys121-dis-machines$mList-i$INPUTFILE-o$OUTPUTFILE
写完以后提交方式与fluent相同,qsubansys.pbs即可。
3.3.CFX作业
3.3.1.图形方式运行
在图形窗口中运行cfx5即可。
3.3.2.命令行方式运行
CFX支持PVM和MPI两种方式的并行,通常MPI的性能更好一些,建议采用。
同时还有Local和Distributed两种运行模式,单机上建议采用Local模式,而跨节点时只能采用Distributed模式。
cfx5solve命令可直接进入求解模式。
cfx5solve-defBenchmark.def-par-dist'
node1*8'
在本机上用8个核心并行
node1*8,node2*8'
采用2个节点各8个核心进行分布式并行计算
3.3.3.作业调度方式运行
[test@node34cfxbm]$catpbs_cfx.ib
#PBS-NCFX_8cpu
INPUTFILE=Benchmark.def
OUTPUTFILE=Benchmark.log
##############################################################
##########Youdon'
tneedtomodifythelinesbelow##########
PeHostfile2MachineFile()
{
cat$1|whilereadline;
#echo$line
host=`echo$line`
#addherecodetomapregularhostnamesintoATMhostnames
mList=$host"
*1"
mList=$mList,$host"
echo$mList
done
}
CFX_PBS_NODEFILE="
/tmp/cfx_`whoami`_$PBS_JOBID"
PeHostfile2MachineFile$PBS_NODEFILE|sed"
s#bnode#node#g"
>
$CFX_PBS_NODEFILE
NPROCS=`wc-l$PBS_NODEFILE`
cfx5solve-def$INPUTFILE-par-dist`tail-n1$CFX_PBS_NODEFILE`
写完脚本就可以按如下方式提交作业:
[test@node34cfxbm]$qsubcfx.pbs
3.4.ABAQUS作业
3.4.1.图形方式运行
在图形窗口中运行abaquscae即可。
3.4.2.命令行方式运行
单节点运行:
abaqus-jBeamloading.inpcpus=8
跨节点运行:
首先需要添加指定运行节点。
在工作目录进行以下操作:
echo"
mp_host_list=[[\‘node1\’,8],[\‘node2\’,8]]"
abaqus_v6.env
表示分别从node1、node2调用8个core来进行计算。
设置好了环境变量以后,通过abaqus-jBeamloading.inpcpus=16