1、CoMFA使用说明CoMFA使用说明第一步:分子数据库的准备以及登陆sybyl(回车键)在其它软件上将一系列分子进行优化,存成mol2的格式,如果模板分子是从晶体中取出,则将其它分子在模板分子的基础上进行改造即可,将系列文件的mol2格式传到sybyl后,注意:在其它软件上构建的分子在sybyl中有可能不认,所以要检查每一个分子。最好在sybyl中构建分子!登陆工作站的方法是在下面的界面中输入用户名和密码login:exercisepassword:jiao8514进入sybyl的方法,在下列界面中输入sybyl sybyl界面第二步 建立分子数据库,将优化后的分子放入一个数据库文件中1、建立
2、新的数据库:filedatabase/new:给数据库命名,后缀为 *.mdb2、向建立的数据库中放入分子,首先将模板分子放入,然后一一放入其它分子 fileread选定分子调出,built/editname molecule给分子名字ok 计算分子电荷:computecharges可供选择的计算电荷的方法很多,一般小分子用:GasteigerHuckel大分子用:MMFF94蛋白用:pullman 将分子放入数据库, filedatabaseput molecule 按上列顺序将其它分子一一命名,然后放入数据库 注意:每放完一个分子后,将前一个分子去掉,方法:build/editzap(de
3、lete)molecule 建好数据库后,可以检查库中有多少分子。方法Filedatabaselistmoleculeok,结果会在下方的shell中出现数据库中的分子。3、分子叠加 filealign database 弹出下列界面在database to align 中选择已经建好的数据库在template molecule 中选择模板分子在commin substructure 中选定分子的公共部分其它的选项采用默认ok,命名已经叠合好的数据库名字,注意:给数据库的路径,否则该数据库就被保存在exercise的目录下。第三步 填入参数调出刚才叠合好的数据库,方法:filemolecule
4、 spreadsheetopen 选中数据库名称弹出下列界面【用new-database-选择相应的数据库】填入数据,一般第一列加入活性数据用鼠标选中第二列,点击autofill,弹出下列界面选中CoMFAok, 弹出下列界面点击type(s)中的steric其它选用默认值,点击add coloum给出该列的名称ok,该列被自动加上了立体场参数,重复上面步骤,在新的一列加上electroatatic参数。第四步 数据分析添加参数后的表格如下:点击QSARPartial Least Squares,弹出如下界面 1、 留一法 点击leaveoneout为红色去掉use samples,在Colu
5、mn filtering中填入过滤值,建议为2(能量大于此值的分子将被过滤),在components 中填入主成分数,可以大一些,这是PLS的优点之一,即我们填入的主成分数过大,它也能自动找到一个合适的主成分数。最后在Analysis Name 中填入文件名。点击Do PLS,提示为PLS命名ok该过程较慢,需要耐心等待。计算完毕,在shell中出现component 值和R2的值,注意此时的主成分数需要在下一步Nocrossvalidation中的component中填入。2、非交叉验证:点击Nocrossvalidation在上面的界面中点击Nocrossvalidation,填入上一步得
6、到的主成分数,命名Do PLS,当返回表格后,点击end上面的结果,F值,立体场,静电场等会在shell中出现第五步 查看CoMFA图在分析表格中点击QSARView QSARCoMFA,出现下列表格选择show stericsshow或show electrostatics,出现立体或静电彩图第六步 平动转动:1. 准备工作程序文件:rotate.sh, rotate.spl, trans.sh, trans.spl, generate_box.awk需要准备的文件:align.mdb, activity.txt结果输出文件:rotate (graph.file, message ), tr
7、ans (graph.file, message, original)2. 具体步骤2.1 转动2.1.1 命令:sh rotate.sh注意:可以改变的地方.dbname改成要进行转动的数据库;txtname为活性数据文件;output_file是结果输出文件名;increment为转动角度;select 是val的数目。此步生成很多数据库,完成后把没用的数据库删除。其中调用的rotate.spl文件可以修改step_size, charge, probe_atom, min_sigma, principal_componet2.1.2 结果分析:graph.file文件中前三列是X,Y,Z
8、轴的转动角度(0,30,60,90,)对应着数据库的名字(0,1,2,3,),例如下图中的第二行(30 0 0)对应数据库database1_0_0.mdb.第四、五列是leave-one-out的主成分数和q2值。2.2 平动2.2.1 命令:sh trans.sh转动后得到最好的数据库基础上进行平动。同理转动,修改dbname, txtname, output_file, step_size, increment.同理可以修改trans.spl中的step_size, charge, probe_atom, min_sigma, principle_component.2.2.2 结果分析
9、graph.file文件中前三列是X,Y,Z轴的平动步长(0.00,0.20,0.40,0.60,)对应着数据库的名字(0,1,2,3,),例如下图中的第二行(0.00 0.00 0.20)对应的格点文件original中的r0_0_1.rgn.第四、五列是leave-one-out的主成分数和q2值。找到最佳q2对应的格点r0_0_1.rgn,打开original文件,截取相应部分令存为trans.rgn,可以用于后续的交叉验证分析。第七步 从工作站上抓图进入工作的文件夹,再打开一个Unix窗口,Desktopopen Unix shell在shell中运行下面两个程序:snapshot和i
10、mageworgs在工作的文件夹下进入sybyl打开数据库:filedatabaseopen 调出叠合分子:analyzedatabase RMSD Fitting调出经过最小二乘法后的活性数据表格: filemolecule spreadsheetopen分别调出立体场合静电场的彩图,去掉其它分子,只剩下模板分子,改成ball方法:viewmixed renderingballallok将光标放在snapshot上,压住左键下拉,将要抓的图圈住(前提是将彩图转到方便观看的角度)右键 newfile name*.rgb右键 save as 文件名.rgb点击 flower图标打开fileopen*.rgbaccept 调出刚才的rgb 文件filesave asfile formatTIFFaccept 将rgb文件格式改为TIF格式即可。欢迎您的下载,资料仅供参考!致力为企业和个人提供合同协议,策划案计划书,学习资料等等打造全网一站式需求
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