CoMFA使用说明.docx

CoMFA使用说明.docx

《CoMFA使用说明.docx》由会员分享，可在线阅读，更多相关《CoMFA使用说明.docx（13页珍藏版）》请在冰豆网上搜索。

CoMFA使用说明

CoMFA使用说明

第一步：

分子数据库的准备以及登陆sybyl↙（回车键）

在其它软件上将一系列分子进行优化，存成mol2的格式，如果模板分子是从晶体中取出，则将其它分子在模板分子的基础上进行改造即可，将系列文件的mol2格式传到sybyl后，注意：

在其它软件上构建的分子在sybyl中有可能不认，所以要检查每一个分子。

最好在sybyl中构建分子！

登陆工作站的方法是在下面的界面中输入用户名和密码

login：

exercise

password：

jiao8514

进入sybyl的方法，在下列界面中输入sybyl

sybyl界面

第二步建立分子数据库，将优化后的分子放入一个数据库文件中

1、建立新的数据库：

file→database/new↙：

给数据库命名，后缀为*.mdb↙

2、向建立的数据库中放入分子，首先将模板分子放入，然后一一放入其它分子

file→read－选定分子调出，built/edit→namemolecule→给分子名字→ok↙

计算分子电荷：

compute→charges－可供选择的计算电荷的方法很多，一般

小分子用：

Gasteiger－Huckel

大分子用：

MMFF94

蛋白用：

pullman

将分子放入数据库，file→database→putmolecule

按上列顺序将其它分子一一命名，然后放入数据库

注意：

每放完一个分子后，将前一个分子去掉，方法：

build/edit→zap（delete）molecule

建好数据库后，可以检查库中有多少分子。

方法File→database→list→molecule→ok，

结果会在下方的shell中出现数据库中的分子。

3、分子叠加

file→aligndatabase弹出下列界面

在databasetoalign中选择已经建好的数据库

在templatemolecule中选择模板分子

在comminsubstructure中选定分子的公共部分

其它的选项采用默认－ok，命名已经叠合好的数据库名字，

注意：

给数据库的路径，否则该数据库就被保存在exercise的目录下。

第三步填入参数

调出刚才叠合好的数据库，方法：

file→moleculespreadsheet→open选中数据库名称

弹出下列界面【用new-database-选择相应的数据库】

填入数据，一般第一列加入活性数据

用鼠标选中第二列，点击autofill，弹出下列界面

选中CoMFA－ok,弹出下列界面

点击type（s）中的steric－其它选用默认值，点击addcoloum－给出该列的名称－ok，

该列被自动加上了立体场参数，重复上面步骤，在新的一列加上electroatatic参数。

第四步数据分析

添加参数后的表格如下：

点击QSAR→PartialLeastSquares，弹出如下界面

1、留一法点击leave－one－out为红色

去掉usesamples，在Columnfiltering中填入过滤值，建议为2（能量大于此值的分子将被过滤），在components中填入主成分数，可以大一些，这是PLS的优点之一，即我们填入的主成分数过大，它也能自动找到一个合适的主成分数。

最后在AnalysisName中填入文件名。

点击DoPLS，提示为PLS命名－ok

该过程较慢，需要耐心等待。

计算完毕，在shell中出现component值和R2的值，注意此时的主成分数需要在下一步No－cross－validation中的component中填入。

2、非交叉验证：

点击No－cross－validation

在上面的界面中点击No－cross－validation，填入上一步得到的主成分数，命名－DoPLS，当返回表格后，点击end

上面的结果，F值，立体场，静电场等会在shell中出现

第五步查看CoMFA图

在分析表格中点击QSAR→ViewQSAR→CoMFA,出现下列表格

选择showsterics→show或showelectrostatics，出现立体或静电彩图

第六步平动转动：

1.准备工作

程序文件：

rotate.sh,rotate.spl,trans.sh,trans.spl,generate_box.awk

需要准备的文件：

align.mdb,activity.txt

结果输出文件：

rotate（graph.file,message）,trans（graph.file,message,original）

2.具体步骤

2.1转动

2.1.1命令：

shrotate.sh

注意：

可以改变的地方.dbname改成要进行转动的数据库；txtname为活性数据文件；output_file是结果输出文件名；increment为转动角度；select是val的数目。

此步生成很多数据库，完成后把没用的数据库删除。

其中调用的rotate.spl文件可以修改step_size,charge,probe_atom,min_sigma,principal_componet

2.1.2结果分析：

graph.file文件中前三列是X，Y，Z轴的转动角度（0，30，60，90，……）对应着数据库的名字（0，1，2，3，……），例如下图中的第二行（3000）对应数据库database1_0_0.mdb.第四、五列是leave-one-out的主成分数和q2值。

2.2平动

2.2.1命令：

shtrans.sh

转动后得到最好的数据库基础上进行平动。

同理转动，修改dbname,txtname,output_file,step_size,increment.

同理可以修改trans.spl中的step_size,charge,probe_atom,min_sigma,principle_component.

2.2.2结果分析

graph.file文件中前三列是X，Y，Z轴的平动步长（0.00，0.20，0.40，0.60，……）对应着数据库的名字（0，1，2，3，……），例如下图中的第二行（0.000.000.20）对应的格点文件original中的r0_0_1.rgn.第四、五列是leave-one-out的主成分数和q2值。

找到最佳q2对应的格点r0_0_1.rgn，打开original文件，截取相应部分令存为trans.rgn，可以用于后续的交叉验证分析。

第七步从工作站上抓图

进入工作的文件夹，再打开一个Unix窗口，Desktop→openUnixshell－在shell中运行下面两个程序：

snapshot和imageworgs

在工作的文件夹下进入sybyl

打开数据库：

file→database→open

调出叠合分子：

analyze－data－baseRMSDFitting

调出经过最小二乘法后的活性数据表格：

file→moleculespreadsheet→open

分别调出立体场合静电场的彩图，去掉其它分子，只剩下模板分子，改成ball

方法：

view→mixedrendering→ball→all→ok

将光标放在snapshot上，压住左键下拉，将要抓的图圈住（前提是将彩图转到方便观看的角度）

右键newfilename→*.rgb

右键saveas文件名.rgb

点击flower图标打开

file→open→*.rgb→accept调出刚才的rgb文件

file→saveas→fileformat→TIFF→accept将rgb文件格式改为TIF格式即可。

欢迎您的下载，

资料仅供参考！

致力为企业和个人提供合同协议，策划案计划书，学习资料等等

打造全网一站式需求