MEGA软件系统发育树构建方法.docx

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MEGA软件系统发育树构建方法

MEGA软件——系统发育树构建方法

1）序列文本

构树之前先将每个样品的序列都分别保存为txt文本文件中，序列只包含序列字母（ATCG或氨基酸简写字母）。

文件名名称可以已经您的想法随意编辑。

2）序列导入MEGA5

首先打开MEGA5软件，界面如下：

然后，导入需要构建系统进化树的序列：

点击OK

如果是DNA序列，点击DNA，如果是蛋白序列，点击Protein。

出现新的对话框，创建新的数据文件

如果是DNA序列，点击DNA，如果是蛋白序列，点击Protein。

导入成功

3）序列比对分析

点击W，开始比对。

比对完成后删除序列两端不能完全对其的碱基。

系统分析

然后，关闭该窗口，在弹出的对话框中选择保存文件，文件名随便去，比如保存为1。

4）系统发育树构建

以NJ为例

Bootstrap选择1000，点Computer，开始计算

计算完毕后，生成系统发育树。

以下“系统发育树树的修饰”方法沿用斑竹brightfuture01的方法

5）树的修饰

建好树之后，往往需要对树做一些美化。

这个工作完全可以在word中完成，达到发表文章的要求。

点击image，copytoclipboard。

新建一个word文档，选择粘贴。

见下图：

在图上点击右键-编辑图片，就可以对文字的字体大小，倾斜等做出修饰。

见下图：

这个时候可以通过Adobeprofessional对其进行图像导出：

先将此word文档打印成PDF，见下图：

将打印出来的PDF保存在桌面上，打开，如下图：

此时，点击工具，高级编辑工具，裁剪工具，如下图所示：

选择需要的区域以删除周围的空白区，双击发育树，会出现下图：

点击确定，出现下图（把空边切掉了）：

点击文件，另存为，在保存类型一栏中选择TIFF格式，点击确定后会生成下面这个图片，所生成图片绝对可以满足文章的发表：

OK，结束了，自己玩一把吧。