MEGA软件系统发育树构建方法.docx
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MEGA软件系统发育树构建方法
MEGA软件——系统发育树构建方法
1)序列文本
构树之前先将每个样品的序列都分别保存为txt文本文件中,序列只包含序列字母(ATCG或氨基酸简写字母)。
文件名名称可以已经您的想法随意编辑。
2)序列导入MEGA5
首先打开MEGA5软件,界面如下:
然后,导入需要构建系统进化树的序列:
点击OK
如果是DNA序列,点击DNA,如果是蛋白序列,点击Protein。
出现新的对话框,创建新的数据文件
如果是DNA序列,点击DNA,如果是蛋白序列,点击Protein。
导入成功
3)序列比对分析
点击W,开始比对。
比对完成后删除序列两端不能完全对其的碱基。
系统分析
然后,关闭该窗口,在弹出的对话框中选择保存文件,文件名随便去,比如保存为1。
4)系统发育树构建
以NJ为例
Bootstrap选择1000,点Computer,开始计算
计算完毕后,生成系统发育树。
以下“系统发育树树的修饰”方法沿用斑竹brightfuture01的方法
5)树的修饰
建好树之后,往往需要对树做一些美化。
这个工作完全可以在word中完成,达到发表文章的要求。
点击image,copytoclipboard。
新建一个word文档,选择粘贴。
见下图:
在图上点击右键-编辑图片,就可以对文字的字体大小,倾斜等做出修饰。
见下图:
这个时候可以通过Adobeprofessional对其进行图像导出:
先将此word文档打印成PDF,见下图:
将打印出来的PDF保存在桌面上,打开,如下图:
此时,点击工具,高级编辑工具,裁剪工具,如下图所示:
选择需要的区域以删除周围的空白区,双击发育树,会出现下图:
点击确定,出现下图(把空边切掉了):
点击文件,另存为,在保存类型一栏中选择TIFF格式,点击确定后会生成下面这个图片,所生成图片绝对可以满足文章的发表:
OK,结束了,自己玩一把吧。