分子遗传学复习题.docx
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分子遗传学复习题
名词解释：
DNA甲基化（DNAmethylation）:
是指由DNA甲基化转移酶介导，催化甲基基团从S-腺苷甲硫氨酸向胞嘧啶的C-5位点转移的过程。
ENCODE计划（TheEncyclopediaofDNAElementsProject）：
即“DNA元件百科全书计划”，简称ENCODE计划，是在完成人类基因组全序列测定后的2003年9月由美国国立人类基因组研究所（NationalHumanGenomeResearchInstitute，NHGRI）组织的又一个重大的国际合作计划，其目的是解码基因组的蓝图，鉴定人类基因组中已知的和还不知功能的多个物种的保守序列等在内的所有功能元件。
ENCODE计划的实施分为3个阶段：
试点阶段（apilotphase）、技术发展阶段（atechnologydevelopmentphase）和生产阶段（aproducttionphase）。
gRNA（guideRNA）：
既指导”RNA（gRNA，guideRNA），能通过正常的碱基配对途径，或通过G—U配对方式与mRNA上的互补序列配对，指导编辑的进行。
GT--AG规律（GT-AGrule）：
真核生物所有编码蛋白质的结构基因，其RNA前体在内含子和外显子交界处有两个较短的保守序列，内含子的左端均为GT，右端均为AG，此规律称GT-AG规律。
miRNA：
即小RNA，长度为22nt左右，5′端为磷酸基团、3′端为羟基。
miRNA广泛存在于真核生物中，不具有开放阅读框架，不编码蛋白质，其基因的转录产物是发夹状结构，在RNaseⅢ酶切后以双链形式存在，是近几年在真核生物中发现的一类具有调控功能的非编码RNA，它们主要参与基因转录后水平的调控。
RNA编辑（RNAediting）:
是指通过碱基修饰、核苷酸插入或删除以及核苷酸替换等方式改变RNA的碱基序列的转录后修饰方式。
RNA诱导的沉默复合体（RNAInducedSilencingComplex，RISC）：
与siRNA结合后可识别并切断mRNA。
RNA指导的DNA甲基化（RNADirectedDNAMethylationRDDM）：
活性RISC进入核内，指导基因发生DNA的甲基化。
密码子摆动假说（wobblehypothesis）：
密码子的第1，2位核苷酸（5’→3’）与反密码子的第2，3核苷酸正常配对；密码子的的第3位与反密码子的第1位配对并不严谨，当反密码子的第1位为U时可识别密码子第3位的A或G，而G则可识别U或C，I（次黄嘌呤）可识别U或C或A。
比较基因组学（comparativegenomics）：
是一门通过运用数理理论和相应计算机程序，对不同物种的基因组进行比较分析来研究基因组大小和基因数量、基因排列顺序、编码序列与非编码序列的长度、数量及特征以及物种进化关系等生物学问题的学科。
表观遗传变异（epigeneticvariation）:
基因的碱基序列未发生改变，而是由于DNA甲基化，组蛋白的乙酰化和RNA编辑等修饰导致基因活性发生了变化，使基因决定的表型发生变化，且可遗传少数世代，但这种变化是可逆的。
超基因家族（supergenefamily）：
是DNA序列相似，但功能不一定相关的若干个单拷贝基因或若干组基因家族的总称。
沉默子（silencer）：
一种转录负调控元件，当其结合特异蛋白因子时，对基因转录起阻遏作用。
特点很象增强子，但不增强转录，而是减弱转录，故称负增强子。
代谢组学（metabolomics）：
是对某一生物或细胞在一特定生理时期内所有低分子量代谢产物同时进行定性和定量分析的一门新学科。
端粒（telomere）：
是由独特的DNA序列及相关蛋白质组成的线性真核染色体的末端结构，它具有防止末端基因降解、染色体末端间的粘连和稳定染色体末端及其精确复制等功能。
反向遗传学（reversegenetics）：
是从改变某个感兴趣的基因或蛋白质入手，然后去寻找相关的表型变化。
反转座子（retroposon）或“反转录转座子（retrotransposon）”:
先转录为RNA再反转录成DNA而进行转座的遗传元件。
核酶（ribozyme）:
具有催化活性的RNA,即化学本质是核糖核酸（RNA）,却具有酶的催化功能。
核酶的作用底物可以是不同的分子,有些作用底物就是同一RNA分子中的某些部位。
核心启动子（corepromoter）：
是指在体外测定到的由RNApolⅡ进行精确转录起始所要求的最低限度的一套DNA序列元件。
化学基因组学（chemogenomics）：
它是作为后基因组时代的新技术,是联系基因组和新药研究的桥梁和纽带。
它指的是使用对确定的靶标蛋白高度专一的小分子化合物来进行基因功能分析和发现新的药物先导化合物。
基因组印迹（genomicimprinting）:
也称作基因印迹（geneimpringting），是一种新发现的非孟德尔遗传现象，指来自双亲的某些等位基因在子代中呈现差异性表达的现象。
程序性细胞死亡/凋亡（programmedcelldeath/apoptosis）：
细胞应答一类刺激剂，引起一连串特征性的反应，从而启动导致细胞死亡的途经。
焦磷酸化编辑（pyrophosphorolyticediting）：
RNA聚合酶通过PPi的掺入（聚合反应的逆反应）去除错误加入的核苷酸，然后加入正常的核苷酸，虽然这种编辑不能区分正常和错误的核苷酸，但由于转录在错误加入核苷酸后停留时间过长，而对其有优先校正功能。
酵母双杂交（yeasttwo-hybrid）：
利用杂交基因通过激活报道基因的表达探测蛋白质与蛋白质间的相互作用。
亮氨酸拉链（leucinezipper）：
是由伸展的氨基酸组成，每7个氨基酸中的第7个氨基酸是亮氨酸，亮氨酸是疏水性氨基酸，排列在α-螺旋的一侧，所有带电荷的氨基酸残基排在另一侧。
当2个蛋白质分子平行排列时，亮氨酸之间相互作用形成二聚体，形成“拉链”。
密码子使用的偏好（relativesynonymouscodonusage，RSCU）：
编码同一氨基酸的各个密码子的使用频率在不同生物中并不相同，也不与该氨基酸在整个蛋白质中的频率成正比，这也就是密码子使用的偏好现象，该现象可影响基因表达的效率。
母系印迹（maternalimprinting）:
来自母本的等位基因（母源等位基因）不表达，而父源等位基因表达的现象。
母性基因（maternalgene）：
母体卵子发生时所表达的基因，母性体细胞基因是在母性体细胞中表达，而母性胚系基因则在生殖细胞中表达（如卵母细胞）。
染色质重塑（chromatinremodeling）:
是表观遗传修饰中一种常见的方式，是指导致整个细胞分裂周期中染色质结构和位置改变的过程。
染色质重塑因子（chromatinremodelingfactor）:
依靠水解ATP提供能量来完成染色质结构的改变。
染色质重塑因子在组成及功能上不同，但都包含类Snf2超家族的ATP酶亚基
增强子（enhancer）：
该DNA序列可增加与其连锁基因转录的频率。
增强子多位于基因的5’端，但也可位于基因的3’端，甚至基因的内含子中。
无位置及方向性，但可能有组织细胞特异性，一般能使基因转录频率增加10～200倍，有的甚至可以高达上千倍。
甚至远离靶基因达几千kb也仍有增强作用。
转座子沉默（transposonsilencing）:
宿主积累了转座子的多个拷贝，从而阻遏转座发生。
组成型剪接（constitutivesplicing）：
编码蛋白质的不连续基因通过RNA剪接将内含子从mRNA的前体中依次去除，然后规范地将外显子剪接成成熟的mRNA，这种剪接方式是一个基因只产生一种成熟的mRNA，一般也只产生一种蛋白质产物。
组蛋白密码（histonecode）：
组蛋白氨基端的各种修饰（甲基化、乙酰化、磷酸化、泛素化等）及组合通过改变染色质的结构或产生效应蛋白质的结合位点而影响基因的表达活性，从而调控下游的细胞学过程。
组蛋白修饰（histonemodification）:
是指染色质上的组蛋白被甲基化、乙酰化或磷酸化的过程。
中心法则（centraldogma）F.Crick于1958年提出的阐明遗传信息传递方向的法则，指出遗传信息从DNA传递至RNA，再传递至多肽。
DNA与RNA之间遗传信息的传递是双向的，而遗传信息只是单向地从核酸流向蛋白质。
简答题：
1.核小体与核小体定位在基因表达及其调控中有何作用？
核小体是染色质的基本结构单位，体内外试验均证实，核小体是基因转录的通用抑制子。
细胞内基因组包裹在核小体内，如果启动子区在核小体内，则转录通常会被抑制。
试验也证明由于缺少H4组蛋白，不能在核小体形成的酵母细胞系中，很多基因变成组成型表达，而在正常的细胞中，它们均处于抑制状态。
核小体在DNA中的精确定位对细胞正常功能的发挥起重要作用。
由于核小体与DNA的动态相互作用，大多数核小体的位置是不固定的。
但是在有些情况下，某些核小体被限定在基因组的固定位置上，或者说DNA序列仅以一种特定的构型装配成核小体，则DNA上的每个位点将一直处于核小体的特定位置，我们称这种装配类型为核小体定位。
核小体的定位对基因的表达调控有重要影响。
它的定位变化总是伴随着基因从抑制到转录状态的转变。
核小体的定位或定位的去稳定或解除可能是影响基因转录调控的重要因素。
大量的试验结果表明，核小体的形成和在染色质的精确定位是真核基因表达所必需的。
有人提出核小体的形成及其在染色质上的精确定位有以下两方面的作用：
（1）提供一个支架结构，使转录因子之间的信息传递更有效；
（2）染色质结构的不均一性，即某些区域不形成核小体，保证了转录因子易于接近染色质模板。
2.原核生物与真核生物的启动子结构有什么差别？
（1）原核生物的启动子：
在操纵元中，从mRNA开始转录的位点以上都是启动子序列，20bp-200bp，其特点：
1.Pribnow框：
TATAAT,位于-10左右，是RNA聚合酶的牢固结合位点
2.Sextama框：
TTGACA，位于-35附近，是RNA聚合酶的初始结合位点
3.上述二者及之间的距离决定反转录效率，一般距离17bp左右
4.CAP位点cAMP-受体蛋白复合物在启动子上的结合位点
（2）真核生物启动子：
真核生物有三类RNA聚合酶，与此对应，有三类不同的启动子。
事实上RNA聚合酶Ⅱ，Ⅲ所作用的启动子情况比较复杂。
RNA聚合酶Ⅰ识别的启动子，除5SrRNA基因外，其它rRNA基因组成一个大的多拷贝基因族，转录成一个45S的rRNA前体，其启动子由起始位点的核心启动子和其上游控制元件两部分组成。
核心启动子包括-45到+20，负责转录的起始；上游控制元件从-200到-150，它们之间的序列长度对转录效率影响很大。
RNA聚合酶Ⅲ启动子可分为两种类型。
一种是启动子位于转录起始点下游，又称下游启动子、基因内启动子或内部控制区。
另一种启动子是与常见的启动子相似，又称上游启动子。
下游启动子又分为两个亚型，Ⅰ型和Ⅱ型，Ⅰ型内部启动子有两个分开的序列boxA和boxC,而它们之间的距离比较固定，为中间元件，这是5SrRNA基因的典型结构。
Ⅱ型内部启动子由boxA和boxB组成，两者之间的距离较大，且不固定，是tRNA基因启动子的典型结构。
上游启动子包括三部分元件，即TATA框，近侧序列元件，和远侧序列元件，这是部分snRNA基因启动子的典型结构。
RNA聚合酶Ⅱ启动子由四部分元件组成，即转录起始点、TATA盒、上游元件和远上游元件。
转录起始位点在有些Ⅱ型转录酶启动子中比较保守，其一致性序列为PyPyANT/APyPy，转录起始点常和TATA盒组成核心启动子起始基础转录，但与其相连的上游元件和增强子可以促进其高效转录。
对于含TATA盒的启动子，其起始点常在其下游25bp-30bp，有的基因启动子无典型起始子序列，则RNA聚合酶根据TATA盒下游30bp附近的第一个嘌呤碱基作为转录起始点。
绝大多数Ⅱ型转录酶启动子均含有TATA盒，一致性序列为TATAAAA，第5和第7位A有时可被T取代，看家基因、同源异形基因和哺乳发育中的免疫控制基因无TATA盒。
而奢侈基因具有TATA盒，它可能是帮助RNA聚合酶正确识别其下游的起始子，从正确的位置起始转录；有些启动子的TATA盒对转录十分重要，一旦缺失则完全失去活性。
故TATA盒对有些Ⅱ型转录酶启动子的功能是十分重要。
3.常见的反式作用因子有哪些？
其结构特点是什么？
这些调节着基因转录活性的反式作用因子，通称为转录因子，已鉴别的转录因子可分为普遍性和组织特异性两类。
转录因子有数千种之多，从其结构特点来看，主要有两大功能区：
DNA结合域和活性域。
对于DNA结合域，根据其氨基酸结构域的特点，又可分为：
螺旋-转角-螺旋，锌指，螺旋-环-螺旋，亮氨酸拉链，同源异型域，激素受体类或核受体类，β桶结构等。
（1）锌指蛋白是由含有锌指结构域的两类蛋白质组成，即传统的锌指蛋白和类固醇受体结合蛋白。
锌指结构域是由蛋白质上保守的半胱氨酸及/或组氨酸与锌原子结合形成一个手指状的结构。
典型的锌指蛋白指蛋白往往有多个锌指结构域，其保守序列为Cys-X2-Cys-X3-phe-X5-leu-X2-His-X2-His，锌原子与其中两个半胱氨酸和2个组氨酸结合形成四面体结构，长23个氨基酸，两个锌指之间由7-8个氨基酸相连。
从每个锌指的三级结构来看，其N端形成β折叠，C端形成α螺旋。
反向平行的β折叠区含有2个半胱氨酸，与其后α螺旋中的2个组氨酸一起与锌原子结合，而由锌原子稳定了整个锌指结构。
⑵同源异型域蛋白属于HTH蛋白，可形成三个螺旋区，其中螺旋2、螺旋3形成典型的HTH域，螺旋3识别螺旋与DNA大沟结合，其N末端臂参与DNA小沟的结合，同源异型域蛋白形成二聚体后才与DNA结合
⑶β-桶结构域每个亚基上的α-螺旋则与DNA大沟相结合，两个相邻的大沟被识别螺旋结合后可导致DNA分子发生45°的弯曲。
⑷螺旋－环－螺旋结构域HLH长40～50个氨基酸，由两个长15～16个氨基酸的亲水，亲脂的α螺旋及长度不同的环（连接区）将其分开。
两蛋白的两个α-螺旋疏水面相互作用可形成同二聚体或异二聚体，多数HLH附近有一强碱性的氨基酸区，但也有不含该区的HLH，含有碱性区的HLH称为bHLH或HLP，是DNA的识别和结合所必需的，但与DNA结合能力的差异则是由bHLH基序及二聚体的状况所控制的。
⑸亮氨酸拉链（leucinezipper，ZIP）的双亲α螺旋其疏水面亮氨酸突出，并与另一个平行的亮氨酸拉链蛋白的亮氨酸突出交错排列，盘绕成卷，两个右手螺旋互相缠绕，每圈3.5个氨基酸，每7个残基构成一个完整的重复单位，因此亮氨酸在拉链区每隔6个氨基酸残基重复出现一次，两个蛋白形成同源二聚体或异源二聚体。
在每个拉链蛋白质中与亮氨酸重复序列邻近的区域是高度碱性的，可作为一个DNA的结合位点。
整个二聚体呈Y型结构，拉链构成茎，两个碱性区分叉形成臂，横跨在DNA分子上并与相邻的DNA两个大沟结合，这称为bZIP。
4.原核生物与真核生物基因表达调节机制的主要差别是什么？
（1）原核生物的基因多以操纵子为单位，转录和翻译是偶联的。
在原核生物中，基因表达的调控以转录水平调控为主，在调节基因的作用下，主要以操纵子为单位，转录出一条多顺反子mRNA，并指导蛋白质合成；而且转录和翻译是偶联的，很少发生mRNA的加工、修饰。
但也存在转录后水平的调控，例如反义RNA的调控，翻译的调控，RNA开关等。
（2）真核生物的基因转录、RNA前体的加工、剪接在细胞核中进行，而翻译则在细胞质中进行。
在真核生物中，基因表达的调控十分复杂，可发生在多个层次、多个水平，包括从染色体和染色质的表观遗传学控制，DNA的复制、RNA的转录、加工与拼接、蛋白质翻译及翻译后加工、修饰等等。
对于真核生物基因的转录调控，主要是顺式作用元件（cis-actingelement）与反式作用因子（trans-actingfactor）的相互作用。
另外，DNA的重排和RNA的交替剪接也是真核生物基因表达多样性的重要机制；近年发现的小分子RNA通过RNA干扰途径也可调节基因的表达，介导DNA的甲基化、mRNA的降解及翻译起始的抑制等。
参与的有关酶和蛋白质的性质及机理也不尽相同。
转录是基因表达关键的步骤之一，也是原核生物和真核生物基因表达的第一步。
真核生物内含子的剪接和hnRNA加工机制十分复杂，可变剪接为一个基因产生多种蛋白质产物创造力可能。
真核生物mRNA翻译后，其蛋白质产物可发生十分复杂的修饰和加工，例如，磷酸化、甲基化、乙酰化、糖基化、泛素化等。
另外基因的表达还受到表观遗传现象的影响，例如组蛋白的修饰、染色体的重塑、DNA甲基化、RNA编辑等。
5.转座子的遗传学效应与应用
（1）改变染色体结构当转座子插入后而引起受体位点DNA一段短的同向重复序列（DR），即靶位加倍（target-site-duplication）。
如转座子切离在DR之间重组，结果是夹在两个DR之间的DNA序列被切离而缺失（deletion），中间的DNA序列形成一个环，将从细胞中丢失，DR在染色体上只留下一个拷贝（图6-51a）；如重组发生在IR之间，结果是夹在两个IR之间的DNA发生倒位（inversion）（图6-51b），而反向重复得到保留，这将会导致下一次的倒位。
（2）诱发基因突变当转座子插入到某个基因座位中往往导致该基因失活，在某些情况，插入位点的基因保持正常转录，只是转录子中的插入序列通过转录后的剪接过程而被除掉，因此插入位点的基因仍表现出显性性状，这种现象叫做渗漏突变（leakymutation）。
也就是仍有—些残余水平基因表达的突变。
该基因称为渗漏基因（leakygene），又称亚效等位基因（hypomorph），即一种突变种基因与其野生型有相似的效应，但效应较弱。
插入失活和渗漏突变与转座子在插入位点中的方向有关。
当两个转座子被同一转座酶识别而整合到染色体的邻近位置时，则它们之间的DNA将变得易于被转座酶作用而转座。
如果它们之间的DNA中含有外显子，则该外显子将被切离，并可能插入另一基因之中。
这种效应称为“外显子改组”（exonshuffling）。
所谓外显子改组，即源自一个或几个基因的若干个外显子像“洗牌”那样地进行重排，可以产生新的基因。
这也是生物体产生新基因和基因进化多样性的途径之一。
（3）调节基因表达反转录病毒带有增强子（enhancer）序列，很多转座子也带有增强子，它们像RNA病毒一样，能使其插入位点附近的基因活性增强。
转座子除了含有增强子外，有的转座子还含有启动子，也能促进基因的转录活性。
（4）产生新的变异由于转座插入位点可能出现新的基因，如像Tn带的抗药性基因，它的转座不仅造成某个基因的插入突变，同时在此位点上出现一个新的抗药性基因。
由于转座作用，使某些原来在染色体相距甚远的基因组合在一起，构建成一个操纵子或表达单元，也有可能产生一些具有新的生物学功能的基因和编码新的蛋白质分子。
（5）转座子标记克隆目的基因基因克隆是研究基因结构和功能及基因转移的必要前提，目前常用的办法是构建基因组文库或cDNA文库，然后从中筛选目的基因。
（6）转座因子作为基因工程载体利用P因子作为载体，将外源基因转移到果蝇胚胎生殖系细胞中，对果蝇进行遗传操作。
将携带目的基因的缺陷P因子和完整的P因子同时注入到胚胎的前胚盘，完整的P因子不仅能识别自身的末端序列，也能识别缺陷P因子的末端而进行转座，结果两种P因子都被插入到基因组中。
只有P因子两末端之间的DNA序列才能被插入，两端外侧序列不是转座因子的组成部分，不会被插入到基因组。
因此该技术的优点是只插入一个外源基因的拷贝。
也就是说，所有转基因果蝇只携带一个拷贝的外源基因，因而便于对其结构和功能进行研究。
6.简述染色质重塑的基本过程及其生物学功能。
（1）染色质重塑的概念染色质重塑（chromatinremodeling）是表观遗传修饰中一种常见的方式，是指导致整个细胞分裂周期中染色质结构和位置改变的过程。
此过程涉及某些依赖能量供给的组蛋白修饰，从而导致许多蛋白-蛋白及蛋白-DNA的互作受到破坏。
在染色质发生重塑的过程中，密集的染色质丝在核小体连接处发生松懈造成染色质疏松，从而使启动子区中的顺式作用元件得以暴露，为反式作用因子（转录因子）与之结合提供了空间接触的可能。
细胞基因组中的DNA通常并非处于裸露状态，而是与组蛋白一起构成结构致密的染色质，故染色质结构状态的改变会影响基因的表达。
（2）染色体重塑过程由两种蛋白复合体所介导，即ATP依赖型核小体重构复合体和组蛋白修饰复合体。
前者通过水解作用改变核小体构型，后者对核心组蛋白N端尾部的共价修饰进行催化。
（3）染色质重塑是DNA修复和基因表达调控过程中的一个重要环节。
染色质重塑使染色质组织结构发生一系列重要的变化，如染色质去凝聚、核小体变成开放式的疏松结构、使转录因子等更易接近并结合核小体DNA，从而调控基因转录等。
论述题
1.有哪些方法可用于功能基因组学的研究？
现在有何进展？
随着多种生物全基因组序列的获得，基因组研究正在从结构基因组学转向功能基因组学的整体研究。
在功能基因组学的研究中通常运用高通量技术（high-throuputtechniques），如DNA微阵列（DNAmicroarrays），反向遗传学（reversegenetics）技术如基因打靶，转基因以及反义mRNA和RNA干扰等技术来系统地分析基因功能及基因间相互作用，基因组的时空表达以及发现和寻找新基因等。
（1）DNA微阵列技术又称DNA芯片（DNAchips）或基因芯片技术（genechips），它通过将对应于不同基因或cDNA的DNA片段或寡聚核苷酸点样于微芯片上形成高密度的矩阵，与荧光标记的总mRNA进行杂交，然后通过激光共聚焦扫描检测并运用计算机软件对杂交信号进行自动化定性定量分析，具有高通量、实时、灵敏、准确等特点。
（2）基因打靶是指通过转染的DNA序列与细胞内同源的基因组序列（靶序列）之间进行同源重组，以改变靶序列来研究其结构和功能或进行基因治疗的技术。
基因打靶技术包括基因敲除（knock-out）和基因敲入（knock-in），前者是用无功能的DNA序列与靶序列重组，破坏原基因组的遗传功能，后者是用有功能的DNA序列与受到破坏的靶序列重组使其恢复遗传功能。
基因打靶技术是一种从基因到表型的新研究方法，属于反求遗传学范畴。
（3）反义mRNA技术通过向细胞导入一段与特定编码mRNA互补的非编码RNA链，使其与该段mRNA特异性结合而定向阻抑靶基因表达的技术。
这一技术的成熟，为功能基因组学的研究和基因治疗提供了新的思路。
在反义mRNA技术的研究过程中，科学家们意外发现导入正义mRNA（senseRNA）与导入反义mRNA具有等效的阻抑效应。
而更令人吃惊的是如果导入相应双链RNA（dsRNA），其阻抑效应比导入任一单链RNA强十倍以上，dsRNA若经纯化则阻抑效应更强。
这种双链RNA特异性地作用于与其序列配对的基因而抑制其表达的现象叫做RNA干涉。
RNA干涉技术作为一种新的定点敲除knockdown技术，赋与了功能基因组学、基因治疗等全新的思路，堪称生命科学近年来的革命性的突破。
因而发现RNA干扰机制的两位美国科学家Fire和Mello荣获2006年诺贝尔生理学或医学奖。
可见该项成果的重大科学意义。
2.目前最常用的突变体创制方法有哪些？
如何利用突变体进行功能基因组学研究？
突变体是遗传学研究的重要材料，其表型与基因型是基因功能研究的直接证据，因此突变体的创制和特异突变体的筛选非常重要。
已知突变体可分
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