NCBI中DNA建树过程.docx

NCBI中DNA建树过程.docx

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NCBI中DNA建树过程

1.根据测序结果，到NCBI上进行比对，确定该未知菌的种属。

在地址栏输入http:

//www.ncbi.nlm.nih.gov/进入NCBI主页—→点击“BLAST”—→在BasicBLAST选项中点击“nucleotideblast”—→在EnterQuerySequence框中粘贴B116Ssequence的序列；ChooseSearchSet中选择Others（nretc）—→在ProgramSelection中选择Highlysimilarsequences（megablast）—→GeneralParameters中的Maxtargetsequences选项值改为500—→点击“BLAST”按钮—→等待缓冲结束即可得到如下图示（部分）的页面—→选择所需要的序列。

queryID:

lcl|62991

选好20个后，点击

在所选的序列前打“√”

将选取的序列以FASTA的格式保存

打开保存的序列可得到如下画面：

菜单Alignment中选择“AlignbyClustalW”，然后在出现的对话框选择默认设置，点击OK进行比对，接着会出现如下画面：

等待其运行完成后，以“*mas”格式保存，然后直接删除，会出现如下对话框：

选择“Yes”，并输入名称保存，出现对话框

输入一个名称，点击“OK”,

在出现的对话框中选“No”

在出现的对话框选“Yes”，会出现如下画面

选择主界面中的Phylogeny菜单，BootstrapTestofPhylogeny---UPGMA

再出现的页面点击“Compute”，得出系统结构树，如下：