chech cifA B 类错误说明.docx
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chechcifAB类错误说明
关于CIF检测中出现的A,B等类错误的说明,共8份----1-3
关于CIF检测中出现的A,B等类错误的说明,共8份-1
一般分为8类,分别为:
#_0xx-general
#_1xx-cell/symmetry
#_2xx-adp-related
#_3xx-intrageometry
#_4xx-intergeometry
#_5xx-coordinationgeometry
#_6xx-voidtests
#_7xx–varioustest
下面我们分几次把问题的简要说明翻译成献给大家,希望能对您有所帮助!
_201检测分子结构主体中各向同性的非氢原子,各向同性在通常的精修中并不常用,只是在处理无序是才用到。
_202检测溶剂分子或阴离子中各向同性的非氢原子
_211检测主体分子的NPDADP's。
检测主体分子中各相异性参数中负值部分
_212检测溶剂或阴离子分子的NPDADP's。
检测溶剂或阴离子分子中各相异性参数中负值部
_213主体分子中ADPmaximum/minimum比例检测,较大的值意味着无序没有处理。
_214溶剂或阴离子中ADPmaximum/minimum比例检测,较大的值意味着无序没有处理。
_220检测主体结构非氢原子Ueq(max)/Ueq(Min)范围。
对比平常之大的比值发出警报。
太高或太低的值表明原子可能定错(i.e.BrversusAg)
_221检测非主体结构非氢原子Ueq(max)/Ueq(Min)范围。
对比平常之大的比值发出警报
_222检测主体结构氢原子Ueq(max)/Ueq(Min)范围。
对比平常之大的比值发出警报
_223检测非主体结构氢原子Ueq(max)/Ueq(Min)范围。
对比平常之大的比值发出警报
_230,_233:
Hirschfield刚性键检查。
相近化学特征的原子应具有相同程度的各相异性参数,无序或过度精修可能会导致
大小不一。
原子的错误判定也会有这样的结果。
DELREF技术(e.g.DIFABS,SHELXA,XABS2)校正的数据通常对含重原子
的键有较大的DELU值
_241,_242检测相对于相邻原子过高或过低的U(eq)值。
原子的U(eq)值会被拿去与所有非氢原子的平均U(eq)去比较,
如果值太大,可能是原子定错了。
_013:
检测报告与衍射范围和数据的完整度
_020:
检测R(int)。
R(int)最好小于0.1。
但是基于非常有限数量的平均数据的R(int)没什么意义
_021:
检查观测衍射数目/期望数目的比值期待数目对应于劳埃群的不对称单元中的数目。
对于中心对称的结构,期望币值为小于或等于1.0;对于非中心对称结构则小于2。
超过这些数据可能是:
对称性消光没有从观测数据中消除或采用过多的数据进行精修
_022:
检测完整度,检测报道的独立衍射点与期望的给定的分辨率
_023:
Checkθmax。
检测分辨率。
当sin(θ)/λ<0.6时,发布警告。
_024:
检测优化的平均Friedel对。
对于含有比硅轻的原子的MoKa数据,平均Friedel对是优先的。
SHELXL97精修中采用MERG4。
_025:
检查h,k,l范围
_026:
检查弱点,检查2σ以上的独立数据的衍射是否充分
_030检测精修的消光参数是否有意义,检测它的值是否明显大于相应的s.u。
如果不是,这个参数应从结构模型精修中删除。
目前默认值为3.33s.u
_032检测Flack参数的S.U.
_033检测Flack参数偏离零的程度,即检查绝对构型的正确性。
_040检查化合物中碳原子上是否有氢原子
_041比较报道的与计算的总分子式ComparetheReportedandCalculatedSumFormula
_042比较报道的与计算的残基分子式ComparethereportedandCalculatedMoietyFormula
_043比较报道的和计算的分子量CompareReportedandCalculatedMolecularWeight
_044比较报道的和计算的分子量密度
_045比较报道的和计算的Z值
_046检测报道的Z,MW,D(calc)是否一致
_050检测给出的mu值
_051测试报道的和计算的mu的差别。
_052测试吸收校正方法的条件
_053测试晶体尺寸最小值xtal_dimension_min的条件
_054测试晶体尺寸中间值
_055测试晶体尺寸最大值
_056检测晶体半径Testforspecificationxtal_radius
_057检测必需的吸收校正Testforabsorptioncorrectionneeded
_058检测规定的最大透过率Tmax
_059检测规定的最小透过率Tmin
_060RRTest
_061RR'Test
_062RescaleTmin&Tmax
_063测试晶体尺寸最小的一个尺寸应远大于采用的Xray束。
例外的情况是使用β滤波器和足够大的准直仪。
_064TestforT(max).GE.T(min)
_065检测(半)经验吸收校正的应用情况estforapplicabilityof(semi-)empiricalabs.corr.
_070检测原子标签的重复情况Testforduplicateatomlabels
_071检测是否有无法解释的标签
_080检测最大的漂移/误差比值maximumshift/error
_081检测给出的漂移/误差比值Testformaximumshift/errorgiven
_082检测合理的R1值
_084检测合理的R2值
R2一般是基于F2精修出的R1的两倍
_086,_087检测合理的S值
_088检测合理的Data/parameter比值(中心对称)
_089检测合理的Data/parameter比值(非中心对称)
_095检测给出的最大残余密度
_096检测给出的最大残余密度
_097检测给出的最大残余密度
_098检测给出的最小残余密度
_099检测给出的小于0的最小残余密度
_410,_413:
检测分子键或分子内短程的H----H相互作用。
当对称性错误的时候,空间群错误时(偏低或偏高)
按照错误的对称操作衍生出来的原子上的氢原子本应不存在,这是就可能会产生果断的相互作用。
短程分子内
作用可能源于H原子被放错误计算出来的原子上。
也有可能是标志着分子位于不合适的点操作上而造成错的错误
(比如2代替了“-1”),当忽略晶胞转换时常发生。
短相互作用用1.2A的范德华半径来表示,对分子间弱相互作
用警报发生于距离短于2.4A。
对分子内来说,警报值发生在小于2.0A。
这种警报对团簇构型很有意义,尤其是
当氢原子按照理想位置参与计算时
_412&_413报告CH3H-atoms的相互作用,这些氢最好采用理论计算方法获取。
_416:
检测分子内D-H..H-D作用。
主要与放错位置的无序有关
_417:
检测分子间D-H..H-D作用。
主要与放错位置的无序有关
_420:
检测D-H没有受体用通常的氢键标准判断,氢键受体必须潜在。
对OH和常见的-NHand-NH2很少有例
外。
通常出现的错误是:
Acommon-OH上氢键指向有误。
.
_430:
检测D..A距离。
通常在D..A距离小于范德华半径之和减去0.2时,会警报。
_431:
检测Hl...D距离,检测与卤素有关的分子间的距离
_432:
检测分子间距离
AlertlevelA
PLAT031_ALERT_4_ARefinedExtinctionParameterwithinRange...... 0.00Sigma
--------------------------------------------------------------------------------AlertlevelB
PLAT232_ALERT_2_BHirshfeldTestDiff(M-X) Zn -- O1 .. 21.64su
PLAT232_ALERT_2_BHirshfeldTestDiff(M-X) Zn -- O2 .. 12.23su
后两个B类错误可以在-lst文件中BOND的下一行使用如写命令,然后精修:
ELMUZnO1ZnO2
SIMU0.0070.001ZnO1ZnO2
第一个问题在INS文件中把EXTI这行命令删掉再修就可以了
AlertlevelB
PLAT230_ALERT_2_BHirshfeldTestDifffor C4 -- C29 .. 7.42su
PLAT024_ALERT_4_BMergingofFriedelPairsisSTRONGLYIndicated. !
第一个错误是由于键长偏差过大造成的。
第二个错误提示精修中加入Merg3或者Merg4来合并FriedelParis,这个你要根据实际情况来确定是否需要进行合并FriedelParis.
精修时还出现Extinction(EXTI)orsolventwater(SWAT)correctionmayberequired
是什么意思?
精修时还出现Extinction(EXTI)orsolventwater(SWAT)correctionmayberequired
是什么意思?
就是需要矫正系统消光
在命令部分添加exti命令就可以了!
1._diffrn_measured_fraction_theta_fullLow.......0.90甚么意思?
如何修改?
谢谢
数据完整度不够
可以尝试删除高角度数据,看可能达到0.95以上
弱弱地问:
什么叫高角度数据?
如何确定高角度数据?
就是theta角比较大的数据,也就是分辨率比较高的数据。
这些数据对确定晶体对称性非常关键。
所以一般要求theta角能尽量大些。
但是,实际上,高角度的衍射强度往往很弱,当你晶体不是很好的情况下,很多理论上的衍射点由于信噪比太低实验上不能探测到,所以造成最后计算的完整度可能偏小。
为了达到发表文章的完整度最小要求0.95,有时候会删去部分高角度数据。
但是也不能删得太厉害,因为分辨率也是有要求的(最最少要达到0.94Ang)。
两者兼顾,都达标是比较理想的。
用shel命令可删除高角度数据,如:
SHEL500.84
就是删除theta角大于25度,或分辨率小于0.84Ang的数据。
(在Mox-ray中,theta25度对应的分辨率就是0.84Ang)
2.求助B类错误,谢谢!
PLAT242_ALERT_2_BCheckLow UeqasComparedtoNeighborsfor Cl1
这个如何改?
?
?
没有必要处理这类错误,一般的化学杂志是不会介意的。
这是由于C1原子周围的其它原子热因子过大造成的。
3,AlertlevelA
PLAT213_ALERT_2_AAtomO1 hasADPmax/minRatio............. 5.80prola
ins中加口令isorO1
4,PLAT080_ALERT_2_AMaximumShift/Error............................0.37
修正轮数不够多MaximumShift/Error值应该接近于0,至少要在0.02以下。
5,PLAT220_ALERT_2_ALargeNon-SolventOUeq(max)/Ueq(min)...7.95Ratio
PLAT222_ALERT_3_ALargeNon-SolventHUeq(max)/Ueq(min)...7.78Ratio
这二条是指原子有较大的非正定,说明没有修正好可以考虑将这个有较大无序的O进行分比(如占位率0.5:
0.5)再修。
如果是衍射数据质量不够好而无法得到好的修正结果,那只有重新采集数据了。
6,PLAT417_ALERT_2_BShortInterD-H..H-D H6A .. H7B .. 1.53Ang.
H--H距离太近,如果有极合理的解释或许还能接受。
7,HirshfeldTestDifffor C1 - C2 .. 7.53su
ins文件里加入delu0.02c1c2
8AlertlevelB
PLAT232_ALERT_2_BHirshfeldTestDiff(M-X) Mn1 - O1 .. 13.17su
PLAT232_ALERT_2_BHirshfeldTestDiff(M-X) Mn1 - N1 .. 11.40su
ins文件里加delu0.02 Mn1 O1 N1
PLAT031_ALERT_4_ARefinedExtinctionParameterwithinRange...... 0.00Sigma
在.ins中,除去exti
PLAT223_ALERT_4_ALargeSolvent/Anion H Ueq(max)/Ueq(min)... 7.81Ratio
个别C的Ueq特别大,导致相连的H的Ueq特别大。
赵导那些个C,考虑统计分布处理。
PLAT731_ALERT_1_ABond Calc 0.86(9),Rep 0.851(10)...... 9.00su-Ra
O31 -H31A 1.555 1.555
O的H就不要修了,
让H31A跟在O31后,用AFIX3
同时,删去dfix0.850.01o31h31a