Phylip01数据进化树构建方法.docx

Phylip01数据进化树构建方法.docx

《Phylip01数据进化树构建方法.docx》由会员分享，可在线阅读，更多相关《Phylip01数据进化树构建方法.docx（15页珍藏版）》请在冰豆网上搜索。

Phylip01数据进化树构建方法

数据处理成文本格式：

注意：

菌株标号与数据之间的空格要大些（以上是13个菌株，44条多态性条带）；在使用txt输入0、1数据及第一行的I之间没有空格

用Bioedit软件，打开以上格式的数据，在窗口最大化的状态下，保存为Phylip3.2格式。

用Phytool软件打开Phy格式的数据，点击Generate下的Bootstraps，选择重复100次（或1000次），运行得到1_bs.phy文件。

Bootstraps值是评价树枝可靠度的值，一般在该值大于50时标注在树枝上。

再用Phytool软件打开1_bs.phy文件，点击Calculate，计算遗传距离矩阵，选择Nei算法，计算得到1_bs.txt文件。

如果Nei算法不理想，可以在以上下拉框里选Jaccard。

将1_bs.txt文件复制到Phylip3.68软件中，用neighbor.exe打开该文件

注：

除系统文件外，仅能够保存所需txt文件，使用完成后须删除。

输入文件全名

进行100次重复计算，即需要修改M命令行，然后随机数值输入5

将以输出文件outtree、outfile，一定要改名：

outtree1outfile1；再选择consense.exe，打开outtree1

运行得到的outtree即是最优树，用treeview打开。

做相似性表时，用Bioedit软件，打开以上格式的数据，在窗口最大化的状态下，保存为Phylip3.2格式。

再使用phyltool软件，打开上一步得到的文件，点击Calculate→Distances，选择Similarities和Nei算法，运行，输出的文本文档即相似性表。