虚拟实验设计论文.docx
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虚拟实验设计论文
生物技术虚拟实验报告
课题名称：
人canstatin基因的克隆与表达
学院：
生命科学学院
班级：
姓名：
学号：
指导老师：
张大鹏
报告完成时间：
2014年6月18日
摘要：
本文通过对以前在实验室做实验的方法总结、网上查找资料、以及与同学探讨学习，从而得出对于人canstatin基因克隆与表达的具体实验思路及学会使用各种所需软件。
然后利用多种软件在电脑上进每一步骤的虚拟运行，获得目的基因与载体、设计引物、构建表达载体、表达载体的虚拟电泳检测。
并设计蛋白质纯化的策略。
运用相关软件进行参考文献的生成。
1.研究目的:
Canstatin是由Kamphaus等发现的一种新的血管生成抑制素，研究表明，它能有效抑制内皮细胞管结构的形成，有效抑制内皮细胞的增殖、转移并诱导凋亡，从而抑制肿瘤生长的作用。
为了进一步了解canstatin对血管生成和肿瘤生长的抑制作用，本文通过虚拟实验技术，克隆Canstatin基因序列，构建原核表达载体，并进行canstatin蛋白表达、活性鉴定。
为进一步研究及临床应用奠定基础。
[1]（蒋日成等2002）
2.研究流程图：
图1研究流程图
3．具体研究方法，步骤并截图说明：
1.首先在NCBI（http:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/gquery）中查找人的canstatin基因,从而获得基因序列,如图2:
图2
保存序列：
图3
点击
，得到其mRNA序列：
HomosapienscanstatinmRNA,partialcds
ORIGIN
1gtcagcatcggctacctcctggtgaagcacagccagacggaccaggagcccatgtgcccg
61gtgggcatgaacaaactctggagtggatacagcctgctgtacttcgagggccaggagaag
121gcgcacaaccaggacctggggctggcgggctcctgcctggcgcggttcagcaccatgccc
181ttcctgtactgcaaccctggtgatgtctgctactatgccagccggaacgacaagtcctac
241tggctctctaccactgcgccgctgcccatgatgcccgtggccgaggacgagatcaagccc
301tacatcagccgctgttctgtgtgtgaggccccggccatcgccatcgcggtccacagtcag
361gatgtctccatcccacactgcccagctgggtggcggagtttgtggatcggatattccttc
421ctcatgcacacggcggcgggagacgaaggcggtggccaatcactggtgtcaccgggcagc
481tgtctagaggacttccgcgccacaccattcatcgaatgcaatggaggccgcggcacctgc
541cactactacgccaacaagtacagcttctggctgaccaccattcccgagcagagcttccag
601ggctcgccctccgccgacacgctcaaggccggcctcatccgcacacacatcagccgctgc
661caggtgtgcatgaagaacctgtga
保存序列：
图4
pET-22b（+）载体genbank文件的输出:
1、进入网站http:
//www.addgene.org/
2、点击左下角
3、输入要搜索的载体名称
4、点击搜索到的结果：
5、所得载体信息：
图5
6、点击Sequence，得到：
1
atccggatat
agttcctcct
ttcagcaaaa
aacccctcaa
gacccgttta
50
51
gaggccccaa
ggggttatgc
tagttattgc
tcagcggtgg
cagcagccaa
100
101
ctcagcttcc
tttcgggctt
tgttagcagc
cggatctcag
tggtggtggt
150
151
ggtggtgctc
gagtgcggcc
gcaagcttgt
cgacggagct
cgaattcgga
200
201
tccgaattaa
ttccgatatc
catggccatc
gccggctggg
cagcgaggag
250
251
cagcagacca
gcagcagcgg
tcggcagcag
gtatttcata
tgtatatctc
300
301
cttcttaaag
ttaaacaaaa
ttatttctag
aggggaattg
ttatccgctc
350
351
acaattcccc
tatagtgagt
cgtattaatt
tcgcgggatc
gagatctcga
400
401
tcctctacgc
cggacgcatc
gtggccggca
tcaccggcgc
cacaggtgcg
450
451
gttgctggcg
cctatatcgc
cgacatcacc
gatggggaag
atcgggctcg
500
501
ccacttcggg
ctcatgagcg
cttgtttcgg
cgtgggtatg
gtggcaggcc
550
551
ccgtggccgg
gggactgttg
ggcgccatct
ccttgcatgc
accattcctt
600
601
gcggcggcgg
tgctcaacgg
cctcaaccta
ctactgggct
gcttcctaat
650
651
gcaggagtcg
cataagggag
agcgtcgaga
tcccggacac
catcgaatgg
700
701
cgcaaaacct
ttcgcggtat
ggcatgatag
cgcccggaag
agagtcaatt
750
751
cagggtggtg
aatgtgaaac
cagtaacgtt
atacgatgtc
gcagagtatg
800
801
ccggtgtctc
ttatcagacc
gtttcccgcg
tggtgaacca
ggccagccac
850
851
gtttctgcga
aaacgcggga
aaaagtggaa
gcggcgatgg
cggagctgaa
900
901
ttacattccc
aaccgcgtgg
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ggcgggcaaa
cagtcgttgc
950
951
tgattggcgt
tgccacctcc
agtctggccc
tgcacgcgcc
gtcgcaaatt
1000
1001
gtcgcggcga
ttaaatctcg
cgccgatcaa
ctgggtgcca
gcgtggtggt
1050
1051
gtcgatggta
gaacgaagcg
gcgtcgaagc
ctgtaaagcg
gcggtgcaca
1100
1101
atcttctcgc
gcaacgcgtc
agtgggctga
tcattaacta
tccgctggat
1150
1151
gaccaggatg
ccattgctgt
ggaagctgcc
tgcactaatg
ttccggcgtt
1200
1201
atttcttgat
gtctctgacc
agacacccat
caacagtatt
attttctccc
1250
1251
atgaagacgg
tacgcgactg
ggcgtggagc
atctggtcgc
attgggtcac
1300
1301
cagcaaatcg
cgctgttagc
gggcccatta
agttctgtct
cggcgcgtct
1350
1351
gcgtctggct
ggctggcata
aatatctcac
tcgcaatcaa
attcagccga
1400
1401
tagcggaacg
ggaaggcgac
tggagtgcca
tgtccggttt
tcaacaaacc
1450
1451
atgcaaatgc
tgaatgaggg
catcgttccc
actgcgatgc
tggttgccaa
1500
1501
cgatcagatg
gcgctgggcg
caatgcgcgc
cattaccgag
tccgggctgc
1550
1551
gcgttggtgc
ggatatctcg
gtagtgggat
acgacgatac
cgaagacagc
1600
1601
tcatgttata
tcccgccgtt
aaccaccatc
aaacaggatt
ttcgcctgct
1650
1651
ggggcaaacc
agcgtggacc
gcttgctgca
actctctcag
ggccaggcgg
1700
1701
tgaagggcaa
tcagctgttg
cccgtctcac
tggtgaaaag
aaaaaccacc
1750
1751
ctggcgccca
atacgcaaac
cgcctctccc
cgcgcgttgg
ccgattcatt
1800
1801
aatgcagctg
gcacgacagg
tttcccgact
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cagtgagcgc
1850
1851
aacgcaatta
atgtaagtta
gctcactcat
taggcaccgg
gatctcgacc
1900
1901
gatgcccttg
agagccttca
acccagtcag
ctccttccgg
tgggcgcggg
1950
1951
gcatgactat
cgtcgccgca
cttatgactg
tcttctttat
catgcaactc
2000
2001
gtaggacagg
tgccggcagc
gctctgggtc
attttcggcg
aggaccgctt
2050
2051
tcgctggagc
gcgacgatga
tcggcctgtc
gcttgcggta
ttcggaatct
2100
2101
tgcacgccct
cgctcaagcc
ttcgtcactg
gtcccgccac
caaacgtttc
2150
2151
ggcgagaagc
aggccattat
cgccggcatg
gcggccccac
gggtgcgcat
2200
2201
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ctgtcgttga
ggacccggct
aggctggcgg
ggttgcctta
2250
2251
ctggttagca
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ccgatacgcg
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aagcgactgc
2300
2301
tgctgcaaaa
cgtctgcgac
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tcttcggttt
2350
2351
ccgtgtttcg
taaagtctgg
aaacgcggaa
gtcagcgccc
tgcaccatta
2400
2401
tgttccggat
ctgcatcgca
ggatgctgct
ggctaccctg
tggaacacct
2450
2451
acatctgtat
taacgaagcg
ctggcattga
ccctgagtga
tttttctctg
2500
2501
gtcccgccgc
atccataccg
ccagttgttt
accctcacaa
cgttccagta
2550
2551
accgggcatg
ttcatcatca
gtaacccgta
tcgtgagcat
cctctctcgt
2600
2601
ttcatcggta
tcattacccc
catgaacaga
aatccccctt
acacggaggc
2650
2651
atcagtgacc
aaacaggaaa
aaaccgccct
taacatggcc
cgctttatca
2700
2701
gaagccagac
attaacgctt
ctggagaaac
tcaacgagct
ggacgcggat
2750
2751
gaacaggcag
acatctgtga
atcgcttcac
gaccacgctg
atgagcttta
2800
2801
ccgcagctgc
ctcgcgcgtt
tcggtgatga
cggtgaaaac
ctctgacaca
2850
2851
tgcagctccc
ggagacggtc
acagcttgtc
tgtaagcgga
tgccgggagc
2900
2901
agacaagccc
gtcagggcgc
gtcagcgggt
gttggcgggt
gtcggggcgc
2950
2951
agccatgacc
cagtcacgta
gcgatagcgg
agtgtatact
ggcttaacta
3000
3001
tgcggcatca
gagcagattg
tactgagagt
gcaccatata
tgcggtgtga
3050
3051
aataccgcac
agatgcgtaa
ggagaaaata
ccgcatcagg
cgctcttccg
3100
3101
cttcctcgct
cactgactcg
ctgcgctcgg
tcgttcggct
gcggcgagcg
3150
3151
gtatcagctc
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3200
3201
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gccaggaacc
3250
3251
gtaaaaaggc
cgcgttgctg
gcgtttttcc
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3300
3301
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aaaatcgacg
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3350
3351
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ttccccctgg
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gtgcgctctc
3400
3401
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tctcccttcg
3450
3451
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cgctttctca
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3500
3501
gtaggtcgtt
cgctccaagc
tgggctgtgt
gcacgaaccc
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3550
3551
ccgaccgctg
cgccttatcc
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gtcttgagtc
caacccggta
3600
3601
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tatcgccact
ggcagcagcc
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3650
3651
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3700
3701
acggctacac
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gctgaagcca
3750
3751
gttaccttcg
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tggtagctct
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aacaaaccac
3800
3801
cgctggtagc
ggtggttttt
ttgtttgcaa
gcagcagatt
acgcgcagaa
3850
3851
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cctttgatct
tttctacggg
gtctgacgct
3900
3901
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aaaactcacg
ttaagggatt
ttggtcatga
gattatcaaa
3950
3951
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4000
4001
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4050
4051
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ctatctcagc
gatctgtcta
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ccatagttgc
4100
4101
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ttaccatctg
4150
4151
gccccagtgc
tgcaatgata
ccgcgagacc
cacgctcacc
ggctccagat
4200
4201
ttatcagcaa
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agccggaagg
gccgagcgca
gaagtggtcc
4250
4251
tgcaacttta
tccgcctcca
tccagtctat
taattgttgc
cgggaagcta
4300
4301
gagtaagtag
ttcgccagtt
aatagtttgc
gcaacgttgt
tgccattgct
4350
4351
gcaggcatcg
tggtgtcacg
ctcgtcgttt
ggtatggctt
cattcagctc
4400
4401
cggttcccaa
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gagttacatg
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4450
4451
aagcggttag
ctccttcggt
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ttgtcagaag
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4500
4501
gcagtgttat
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ctgcataatt
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4550
4551
catgccatcc
gtaagatgct
tttctgtgac
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4600
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4650
4651
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4700
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gatgtaaccc
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4800
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4900
4901
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atattattga
agcatttatc
agggttattg
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4950
4951
ggatacatat
ttgaatgtat
ttagaaaaat
aaacaaatag
gggttccgcg
5000
5001
cacatttccc
cgaaaagtgc
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5050
5051
taaaattcgc
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tgttaaatca
gctcattttt
taaccaatag
5100
5101
gccgaaatcg
gcaaaatccc
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ccgagatagg
5150
5151
gttgagtgtt
gttccagttt
ggaacaagag
tccactatta
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5200
5201
actccaacgt
caaagggcga
aaaaccgtct
atcagggcga
tggcccacta
5250
5251
cgtgaaccat
caccctaatc
aagttttttg
gggtcgaggt
gccgtaaagc
5300
5301
actaaatcgg
aaccctaaag
ggagcccccg
atttagagct
tgacggggaa
5350
5351
agccggcgaa
cgtggcgaga
aaggaaggga
agaaagcgaa
aggagcgggc
5400
5401
gctagggcgc
tggcaagtgt
agcggtcacg
ctgcgcgtaa
ccaccacacc
5450
5451
cgccgcgctt
aatgcgccgc
tacagggcgc
gtcccattcg
cca
5493
保存为.gb格式.
4.在VectorNTI软件中的Localdatabase选项下建立自己的数据库，并将在第1，第2步中找到的序列信息导入数据库。
图6自己的数据库
具体方法：
点击
或者在开始中选择vectorNTIexploring进入localdatabase，在LocalDatabase页面中点击DNA/RNAMolecules并点击
然后修改你的数据名称，然后点击
进行信息录入，主要是名称和序列导入：
General，DNA/RNAMolecules和MapsandSequence子页面的填写，即可将载体和目的基因的信息导入到自己的数据库中了，方便后续在NTI软件中进行的基因操作。
线性的目的基因形体图：
图7
环状的目的基因形体图：
图8
线性的载体形体图:
图9
环状的载体形体图:
图10
5.运用primerprimer5.0或VectorNTI软件进行
升级会员 