甲基化引物设计完整攻略.docx

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甲基化引物设计完整攻略

1.获取启动子序列

第一种方法：

UCSC

UCSC主页（http:

//genome.ucsc.edu/）

点击菜单栏中Tools→GeneSorter

Genome中选择物种选中Human，search框中键入基因名:

NKX2-5，Go！

出现以下页面，选择第一个，进入！

选择第一个，点击sequence

可以通过以上四个选项获得该基因的蛋白，mRNA，promoter以及基因组序列信息，我们这里关注的是promoter，选中包含转录起始位点上游2000bp，下游0~50bp碱基，点击

即获得启动子序列。

第二种方法ensemble

Ensemble（http:

//asia.ensembl.org/index.html）

选择物种为human，键入基因名NKX2-5GO！

选取基因NKX2-5（HumanGene）点击左侧的sequence

后页面显示如下：

序列橙色区域的为外显子，第一个外显子前的序列是启动子，默认为600bp，，设置一下。

点击左侧configurethispage设置需要的启动子长度，一般我们需要2000bp

（同上：

），点

获得页面橙色序列前面部分即为启动子序列。

2.设计甲基化引物

利用Methylprimer1.0软件,将启动子序列复制进去

点击DesignPrimers，选择selectTargetSequence

一般将序列全部选中，后点击Next

则根据需要，选择BSP/MSP，点击Next即获得所需要引物信息。

点击

显示所有引物信息

另外，在线设计

网址：

http:

//www.urogene.org/cgi-bin/methprimer/methprimer.cgi

直接输入启动子序列，选择BSP/MSP，点击SUBMIT即可。