第十章蛋白质的酶促降解和氨基酸代谢.docx
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第十章蛋白质的酶促降解和氨基酸代谢
第十章蛋白质的酶促降解和氨基酸代谢
第一节蛋白质的酶促降解
生物体内的蛋白质是经常处于动态的变化之中，一方面在不断地合成，另一方面又在不断地分解。
例如，当种子萌发时，蛋白质发生强烈的水解，将胚乳或子叶中的储藏蛋白质分解，形成氨基酸和其他简单含氮化合物，供幼苗形成组织时用。
在植物衰老时，蛋白质的分解亦很强烈，将营养器官的蛋白质分解成含氮化合物，转移到繁殖器官中，供幼胚及种子的形成之所需。
蛋白质的分解对机体生命代谢的意义并不亚于蛋白质的合成。
植物体为了进行正常的生长和发育，为了适应外界条件的变化，必须经常不断地形成具有不同结构与功能的各种蛋白质。
因此，早期合成的蛋白质在完成其功能之后不可避免地要分解，其分解产物将作为合成新性质蛋白质的原料。
蛋白质的分解是在蛋白（水解）酶催化下进行的，蛋白水解酶存在于植物所有的细胞与组织中。
大量蛋白酶已被人们从植物种子、果实的生长器官中分离出来并进行了研究，如番木瓜汁液中的木瓜蛋白酶，菠萝茎和果实中的菠萝蛋白酶，花生种子中的花生仁蛋白酶，豌豆种子中的豌豆蛋白酶，小麦、大麦、燕麦籽粒中的相应蛋白酶。
其中许多酶已制成结晶。
蛋白水解酶可分为内肽酶（肽链内切酶）和端肽酶（肽链端解酶）两大类。
（１）蛋白酶的种类和专一性蛋白酶即内肽酶（endopeptidase），水解蛋白质和多肽链内部的肽键，形成各种短肽。
蛋白酶具有底物专一性，不能水解所有肽键，只能对特定
图9-1几种蛋白酶的专一性
的肽键发生作用。
如木瓜蛋白酶只能作用于由碱性氨基酸以及含脂肪侧链和芳香侧链的氨基酸所形成的肽键。
几种蛋白水解酶的专一性见图9-1、表9-1。
表9-1几种蛋白酶作用的专一性
酶
对R基团的要求
作用部位
胃蛋白酶
R1,R1′：
芳香族氨基酸或其他疏水氨基酸
（NH2端及COOH端）
↑①
胰凝乳蛋白酶
R1′：
芳香族及其他疏水氨基酸（COOH端）
↑②
胰蛋白酶
R2：
碱性氨基酸（COOH端）
↑③
枯草杆菌蛋白酶
木瓜蛋白酶
R3：
疏水氨基酸（NH2端）
碱性氨基酸以及含脂肪侧链和芳香侧链的氨基酸
↑④
羧肽酶A
Rm：
芳香族氨基酸（COOH端）
↓⑤羧基末端的肽键
羧肽酶B
Rm：
碱性氨基酸（COOH端）
↓⑤羧基末端的肽键
氨肽酶
↓⑥氨基末端的肽键
二肽酶
要求相邻两个氨基酸上的
-氨基和
-羧基同时存在
蛋白酶按基催化机理又可分为四类见表9-2。
表9-2蛋白酶的种类
编号
名称
作用特征
例子
3.4.21
3.4.22
3.4.23
3.4.24
丝氨酸蛋白酶类
硫醇蛋白酶类
羧基（酸性）蛋白酶类
金属蛋白酶类
活性中心含组氨酸和丝氨酸
活性中心含半胱氨酸
最适pH值在5以下
含有催化活性所必需的金属
胰凝乳蛋白酶、胰蛋白酶、凝血酶
木瓜蛋白酶、无花果蛋白酶、菠萝蛋白酶
胃蛋白酶、凝乳酶
枯草杆菌中性蛋白酶、脊椎动物胶原酶
表9-2中所列的木瓜蛋白酶、菠萝蛋白酶及无花果蛋白酶的活性中心均含有半胱氨酸，因此能被HCN，H2S、半胱氨酸等还原剂所活化，而被H2O2等氧化剂及重金属离子所抑制。
其余蛋白酶存在于大豆、菜豆、大麻、玉米、高粱的种子中。
这些酶的性质与广泛分布的动物蛋白酶——胰蛋白酶和胃蛋白酶等有很多共同之处。
（２）肽酶的种类和专一性端肽酶又称为肽酶（exopeptidase），从肽链的一端开始水解，将氨基酸一个一个地从多肽链上切下来。
肽酶根据其作用性质不同可分为氨肽酶、羧肽酶和二肽酶。
氨肽酶从肽链的氨基末端开始水解肽链；羧肽酶从肽链的羧基末端开始水解肽链（见表9-1、图9-1）；二肽酶的底物为二肽，将二肽水解成单个氨基酸。
肽酶又可分为六类，见表9-3。
表9-3肽酶的种类
编号
名称
作用特征
反应
3.4.11
3.4.13
-氨酰肽水解酶类
二肽水解酶类
作用于肽链的氨基末端（N—末端），生成氨基酸
水解二肽
氨酰肽＋H2O→氨基酸＋肽
二肽＋H2O→2氨基酸
3.4.14
3.4.15
3.4.16
3.4.17
二肽基肽水解酶类
肽基二肽水解酶类
丝氨酸羧肽酶类
金属羧肽酶类
作用于多肽链的氨基末端（N-末端），生成二肽
作用于多肽链的羧基末端（C-末端），生成二肽
作用于多肽链的羧基末端生成氨基酸
作用于多肽链的羧基末端生成氨基酸
二肽基多肽＋H2O→二肽＋多肽
多肽基二肽＋H2O→多肽＋二肽
肽基-L-氨基酸＋H2O→肽＋L-氨基酸
肽基-L-氨基酸＋H2O→肽＋L-氨基酸
３．蛋白质的酶促降解在内肽酶、羧肽酶、氨肽酶与二肽酶的共同作用下，蛋白质水解成蛋白眎、胨、多肽，最后完全分解成氨基酸，即
蛋白质
眎、胨、
多肽
氨基酸
这些氨基酸可以转移到蛋白质合成的地方用作合成新蛋白质的原料，也可以经脱氨作用形成氨和有机酸，或参加其他反应。
第二节氨基酸的分解与转化
氨基酸的分解反应包括脱氨基作用、脱羧作用与羟基化作用等。
一、脱氨基作用
高等植物的脱氨基作用在发芽的种子、幼龄植物及正发育的组织中最为强烈。
脱氨基作用是氨基酸分解的最重要的一步，包括氧化脱氨基、非氧化脱氨基、转氨基、联合脱氨基、脱酰胺基等作用。
（１）氧化脱氨基（oxidativedeamination）氧化脱氨基是高等植物最基本的脱氨基方式，氨基酸脱去
-氨基后转变成相应的酮酸：
禾本科、豆科作物幼苗及马铃薯块茎中，主要是二羧基氨基酸（天冬氨酸和谷氨酸）的氧化脱氨。
如谷氨酸在谷氨酸脱氢酶的催化下，氧化脱氨生成
-酮戊二酸：
谷氨酸脱氢酶分布很广，在动植物、微生物中都存在，广泛存在于高等植物的种子、根、胚轴、叶片等组织中。
（２）非氧化脱氨基（nonoxidativedeamination）非氧化脱氨基也包括多种方式。
直接脱氨基是在氨基酸氨基裂解酶和辅助因子磷酸吡哆醛（PLP基）的催化下进行的：
天冬氨酸在天冬氨酸氨基裂解酶的催化下，裂解成延胡索酸和氨。
脱水酶脱氨基脱水酶只作用于含有一个羟基的氨基酸，如L-丝氨酸在丝氨酸脱水酶（serinedehydratase）作用下发生脱氨：
此酶以磷酸吡哆醛为辅酶，催化丝氨酸脱氨后发生分子内重排，生成丙酮酸。
解氨酶可催化氨基酸的非氧化脱氨反应，如苯丙氨酸解氨酶（Phenylalanineammonialyase,PAL）催化苯丙氨酸和酪氨酸脱氨：
该酶也催化酪氨酸脱氨基并形成对香豆酸反式异构体：
在高等植物中存在催化苯丙氨酸和酪氨酸脱氨基形成氨和不饱和芳香酸的酶，如在许多植物中发现有苯丙氨酸解氨酶。
（３）转氨基（脱氨）作用（transamination）一种
-氨基酸的氨基可以转移到
-酮酸上，而生成相应的
-酮酸和
-氨基酸，这种作用叫转氨基作用，也叫氨基移换作用。
催化转氨基反应的酶叫转氨酶，其辅酶为磷酸吡哆醛或磷酸吡哆胺。
转氨基作用的简式如下：
转氨酶的辅酶为磷酸吡哆醛或磷酸吡哆胺，它们起氨基传递体的作用，反应过程如下：
转氨酶的种类很多，广泛分布于动植物及微生物中，因此氨基酸的转氨基作用在生物体内是极为普遍的。
转氨基作用是氨基酸脱氨的一种主要方式，在氨基酸代谢中占有重要的地位。
实验证明，除赖氨酸、苏氨酸外，其余
-氨基酸都可参与转氨基作用，并各有其特异的转氨酶。
（４）联合脱氨基作用生物体内L-氨基酸氧化酶活力不高，而L-谷氨酸脱氢酶的活力很高，转氨酶又普遍存在，因此一般认为
L-氨基酸往往不是直接氧化脱去氨基，而是先与
-酮戊二酸经转氨作用变为相应的酮酸与谷氨酸，谷氨酸再经谷氨酸脱氢酶作用重新变成
-酮戊二酸，同时放出氨。
这种脱氨基作用是转氨基作用和氧化脱氨基作用配合进行的，所以叫联合脱氨基作用。
其反应式如图9-2。
图9-2联合脱氨基反应示意图
（５）脱酰胺基作用（deamidation）酰胺也可以在脱酰胺酶（deamidase）作用下脱去酰胺基，而生成氨：
二、脱羧基作用
（１）直接脱羧基作用氨基酸在脱羧酶（decarboxylase）催化下脱去羧基生成胺。
通式如下：
氨基酸脱羧普遍存在于动植物及微生物组织中，其辅酶为磷酸吡哆醛。
二羧基氨基酸主要在α-位上脱羧，所生成的产物不是胺，而是另一种新的氨基酸。
天冬氨酸脱羧后生成β-丙氨酸：
谷氨酸脱羧后生成γ-氨基丁酸：
γ-氨基丁酸与
-酮戊二酸进行转氨反应，生成谷氨酸和琥珀酸半醛，后者被氧化成琥珀酸后进入三羧酸循环：
色氨酸在脱氨和脱羧后转变成植物生长素（吲哚乙酸）：
丝氨酸脱羧生成乙醇胺；乙醇胺经甲基化作用生成胆碱：
乙醇胺和胆碱分别是脑磷脂和卵磷脂的成分。
某些胺的氨基酸前体见表9-4。
表9-4某些胺的氨基酸前体
氨基酸
胺
结构式
丝氨酸
缬氨酸
异亮氨酸
甲硫氨酸
赖氨酸
鸟氨酸
精氨酸
苯丙氨酸
酪氨酸
色氨酸
乙醇胺
丁胺
异戊胺
甲硫基丙胺
尸胺
腐胺
精胺
亚精胺
苯乙胺
酪胺
色胺
CH2—CH2NH2
∣
OH
CH2—CH2—CH2NH2
∣
SCH3
CH2—（CH2）3—CH2NH2
∣
NH2
CH2—（CH2）2—CH2NH2
∣
NH2
H2N（CH2）3NH（CH2）4NH（CH2）3NH2
H2N（CH2）4NH（CH2）3NH2
这些胺类在植物体内进一步转化所形成的产物都具有一定的生理作用。
胺可经氨氧化酶氧化成醛和氨；醛经脱氢酶作用氧化成脂肪酸；脂肪酸经
-氧化生成乙酰辅酶A而进入三羧酸循环彻底氧化：
（２）羟化脱羟基作用（hydroxylation）酪氨酸在酪氨酸酶（tyrosinase）催化下发生羟化而生成3，4-二羟苯丙氨酸，简称多巴，后者可脱羧生成3，4-二羟苯乙胺，简称多巴胺：
多巴进一步氧化聚合成黑素。
马铃薯、苹果、梨等切开后由于形成黑素而变黑。
人的表皮及毛囊有形成黑素的细胞，使皮肤及毛发呈黑色；在植物体内，由多巴和多巴胺可以生成生物碱；在动物体内可生成激素——去甲肾上腺素和肾上腺素。
三、氨基酸分解产物的去向
氨基酸经过脱氨、脱羧作用所生成的
-酮酸、氨、胺和CO2，将进一步参加代谢或排出体外。
（１）尿素的形成和尿素循环氨基酸脱氨产生的游离氨，对植物组织是有毒害作用的，因此必须将氨转变为无毒的含氨化合物，以消除氨的毒害。
高等植物均具有保留氨并重新利用氨的能力。
植物可以通过尿素循环，将游离氨转变为尿素，其反应如下：
尿素循环是消除植物体内过量氨毒害的重要途径，也是储备氮的主要形式。
尿素循环见图9-3。
图9-3尿素循环
当需要时，尿素可经脲酶水解放出氨，以供合成各种含氮化合物：
（２）合成其他含氮化合物植物可将游离氨转变成氨基酸、酰胺、有机酸铵盐及氨甲酰磷酸等含氮化合物，以消除氨的毒害和储存以备再度利用。
如果植物组织中含有足够的碳水化合物，氨可与碳水化合物转化的酮酸进行氨基化反应，重新生成氨基酸。
在植物体中，消除氨的毒害作用的途径主要是生成酰胺化合物。
天冬酰胺和谷氨酰胺是动植物共有的储氮形式。
当体内酮酸增多时，再经转氨作用放出氨，生成氨基酸。
有些植物组织中含有大量的有机酸，如秋海棠、酸模、大黄等含有柠檬酸、草酰乙酸、苹果酸等，氨便与有机酸形成有机酸的铵盐。
氨与CO2（来自三羧酸循环）在ATP参与下，经酶催化形成氨基甲酰磷酸：
氨甲酰磷酸是合成嘧啶、瓜氨酸、精氨酸和尿素的主要代谢物，也是植物和微生物保存氮的重要方式。
（３）氨基酸碳架的氧化氨基酸脱氨后余下的碳架要进一步转化，最后生成各种有机酸。
各种氨基酸的代谢产物列于表9-5中。
表9-5氨基酸代谢的终产物
氨基酸
终产物
丙氨酸、丝氨酸、半胱氨酸、胱氨酸、甘氨酸、苏氨酸
亮氨酸
苯丙氨酸、酪氨酸、亮氨酸、赖氨酸、色氨酸
甲硫氨酸、异亮氨酸、缬氨酸
苯丙氨酸、酪氨酸
精氨酸、脯氨酸、组氨酸、谷氨酰胺、谷氨酸
天冬氨酸、天冬酰胺
丙酮酸
乙酰辅酶A
乙酰乙酸（或乙酰乙酰-辅酶A）
琥珀酰辅酶A
延胡索酸
-酮戊二酸
草酰乙酸
从表9-5中氨基酸分解代谢的终产物可以看出，除乙酰乙酰辅酶A外，均是糖酵解和
三羧酸循环的中间产物，而乙酰乙酰辅酶A也可以分解为乙酰辅酶A，所以这些中间产物最后均可通过三羧酸循环而氧化分解，如图9-4所示。
（４）转变成糖和脂类氨基酸脱氨后的碳架，根据有机体代谢的需要，即可经过三羧酸循环彻底氧化。
生
成ATP供机体能量的需要，又可以转变成糖和脂肪。
凡是形成丙酮酸、
-酮戊一酸、琥珀酸、草酰乙酸的氨基酸都称为生糖氨基酸，因为这些有机酸经过转变都能生成葡萄糖。
凡能生成乙酰辅酶A和乙酰乙酰辅酶A的氨基酸均能通过乙酰辅酶A转变成脂肪。
有些氨基酸（如苯丙氨酸和酪氨酸）既可生成脂肪又可生成糖。
图9-4氨基酸碳骨架进入三羧酸循环的途径
第三节氨及氨基酸的生物合成
氮素是组成生物体的重要元素，在生命活动中起重要作用，如蛋白质、核酸和核苷酸、某些激素和维生素、叶绿素和血红素等均含有氮元素。
动植物在整个生长发育过程中均进行着氮素代谢。
因此，氮素代谢与生物的生命活动过程有着极其密切的关系。
一、氮素循环
在地球表面的氮分布在大气、陆地和海洋中。
空气中含79％的分子态氮气（N2）。
此外，在空气中还含有微量的气态氮化物，如NO、NO2、NH3等。
在陆地和海洋中也含有种类繁多的无机和有机氮化物，包括生物体内的含氮化合物。
氮元素可以有多种不同的氧化水平，从－
3价到＋5价，如表9-6所示。
自然界中的不同氮化物经常发生互相转化，形成一个氮素循环（nitrogencycle）。
大气中的氮气，通过生物固氮、工业固氮、大气固氮（如闪电）而转变为氨或硝酸盐，进入土壤中。
土壤中的氨在硝化细菌（包括亚硝酸细菌和硝酸细菌）的作用下，发生硝化作用而氧化为硝酸盐。
土壤中的氨和硝酸盐被植物吸收后，用以构成植物体内的蛋白质及其他氮
表9-6氮的不同氧化水平
价数
＋5
＋3
＋1
0
－1
－3
化合物
结构式
硝酸离子
NO3-
亚硝酸离子
NO2-
连二次硝酸离子
N2O22-
氮气
N2
羟胺
NH2OH
氨
NH3
化物。
当植物供作人和其他动物的食物时，植物体内的氮化物又转变为动物体内的氮化物。
动物的排泄物、植物的枯枝落叶及动植物个体死亡后的残骸中的有机氮化物由微生物加以分解而重新变为氨进入土壤中。
土壤中的一部分硝酸盐又可以由微生物引起反硝化作用，转化为氮气回归到大气中去。
整个氮素循环如图9-5所示。
图9-5自然界的氮素循环
二、生物固氮
（１）生物固氮的意义生物固氮在自然界的氮循环及农业生产上均有重要意义。
据估计，大气中含氮达
3.8×1015t，但氮气却不能直接被植物利用。
这是因为氮气是一种十分稳定的惰性气体，要打开气体氮分子（N2）中的N≡N键，要求944.68kJ／mol的能量。
在工业上，当用铁为催化剂时，要在450℃高温和20~30MPa下，才能固定氮素以生成氨。
但是微生物却能在常温常压的条件下，将氮还原为氨：
N2＋3H2→2NH3
这就是生物固氮（biologicalnitrogenfixation）。
据估计，全世界陆地每年生物固氮量可达2亿t，比工业固氮量还要多。
虽然由于工业的发展工业固氮量有不断增加的趋势，但工业固氮要耗用大量的能源，而且会污染环境，因此大力发展生物固氮，对增加农作物的氮肥来源有重大意义。
生物固氮是在生物体内由酶催化进行的，所以能在常温常压下进行。
目前国内外对生物固氮的生化过程及固氮机理正在积极展开研究。
在了解固氮机理之后，人们便可以进行人工的化学模拟，大大节省能源，减少污染，为生产合成氨开辟广阔的途径。
此外，人们也企图通过遗传工程技术，使不能固氮的禾本科作物也能像豆科作物那样进行固氮，便可以大量节省氮肥，并使禾本科作物的产量提高到一个新的水平。
（２）固氮酶的结构目前已发现的固氮生物近50个属，包括细菌、放线菌和蓝细菌，它们都是原核微生物。
图9-6固氮酶分子的假设结构
在所有研究过的细菌中，固氮酶均是由两种铁硫蛋白组成的。
其中一种还含有钼，称为钼铁蛋白；另一种则不含钼而只含有铁，称为铁蛋白。
钼铁蛋白为一个四聚体，含2个
亚基和两个
亚基（
），α、
亚基的相对分子质量分别为51000和60000，整个四聚体的相对分子质量为220000。
每个四聚体含2个Mo原子，约24个Fe原子，约24个S2-，约30个巯基，可能以三个Fe4S4簇（Fe4S4cluster）的形式存在。
此外，还发现有些钼铁蛋白含有相当量的Mg、Cu、Ca、Zn。
铁蛋白为二聚体，含两个相同的亚基，相对分子质量为55000。
每个二聚体含4个Fe原子、4个S2-和12个巯基。
铁蛋白是一种对氧十分敏感的铁硫蛋白。
钼铁蛋白与铁蛋白结合成固氮酶分子（图9-6）而起固氮作用。
（３）固氮酶催化的反应及反应条件固氮酶的主要底物是N2，还原产物是NH3：
N2＋6H＋＋6e-→2NH３
固氮酶除可以还原N2外，还可以还原多种底物，如可以还原N2O：
N2O＋2H＋＋2e-→N2＋H2O
N2O可结合在固氮酶的活性中心，因而对固氮起竞争性抑制作用。
固氮酶也能使H＋还原而放出氢：
2H＋＋2e-→H2
此外，固氮酶还能还原乙炔（C2H2）生成乙烯：
C2H2＋2H＋＋2e-→C2H4
固氮酶的反应要求下列条件：
①还原剂Carnahan（1960）最初用无细胞提取液研究固氮作用时，发现必须有丙酮酸存在才能固氮，他认为丙酮酸是电子供体。
其后发现丙酮酸是电子供体，并发现丙酮酸在脱氢时电子传至铁氧还蛋白（图9-7），故铁氧还蛋白是作为固氮反应还原剂的。
但在好气性细菌内的电子来源还未清楚，可能以NADPH作为最初的电子供体，电子传递链是：
NADPH
铁氧还蛋白
未知蛋白质
黄素氧还蛋白
固氮酶
②ATP由还原态铁氧还蛋白还原N2的反应是一个放能反应：
N2＋6Fd还原态＋8H＋
2NH4＋＋6Fd＋氧化态
ΔG′（PH值＝7）＝－89.03kJ／mol
这个反应可以自发进行。
但是试验证明，固氮反应还需要ATP参与，每传递两个电子约消耗4~5个ATP。
在Carnahan的试验中，丙酮酸同时也提供ATP（图9-7）。
ATP与Mg2＋结合成MgATP。
③厌氧环境固氮酶对氧是十分敏感的，因此要在严格的厌氧环境下才能进行固氮。
好气性固氮微生物则必有防氧措施。
不同的固氮微生物有不同的防氧机理。
图9-7巴斯德梭菌固氮过程中由丙酮酸提供电子和ATP的反应
试验证明，固氮酶的铁蛋白从电子供体接受电子，并将电子传给钼铁蛋白，同时水解ATP；钼铁蛋白再将电子传至氮或其他底物而使之还原。
电子传递过程是：
还原剂
铁蛋白
钼铁蛋白
被还原底物
（４）固氮过程中的氢代谢在固氮过程中常伴随有氢代谢。
氢代谢的内容是比较复杂的，它包括下述的二个方面。
①固氮酶的放氢反应固氮酶不仅能还原氮，而且也能还原质子（H＋）而放出氢（H2）。
在没有氮和其他可还原的底物存在时，便发生质子的还原；即使在有氮存在并被还原时，也同时发生部分质子的还原。
这个反应要求有三磷酸腺苷参与，不为
CO抑制。
②氢酶的放氢反应在许多固氮生物中均含有氢酶。
氢酶也是一种铁硫蛋白。
从巴斯德梭菌分离出的氢酶相对分子质量为60000，含4个Fe原子和4个S原子。
氢酶催化下面的可逆反应：
氢酶的放氢反应不要求三磷酸腺苷参与而可为CO抑制，这和固氮酶的放氢反应是不
同的。
上式表明，氢酶可将氢的电子传给铁氧还蛋白，这样氢也可以作为还原氮的电子供
体，由固氮酶放出的氢便可被循环利用。
另一方面，由于固氮酶有放氢反应，而氢反过来对固氮酶又有抑制作用，因此氢酶
在固氮生物中可能起着防止氢对固氮酶的抑制作用。
综上所述，可以用图9-8来概括固氮酶和氢酶的共同作用。
这个过程包括下列步骤：
①MgATP与铁蛋白结合；
②铁蛋白-Mg-ATP复合物具有很低的电位（可能达-490mV），可将电子传至钼铁蛋白而使之还原。
③还原态钼铁蛋白将底物（如氮、乙炔、质子）还原，本身则重新被氧化：
④固氮酶亦可使H＋还原而生成氢，而氢在氢酶的作用下又可还原铁氧还蛋白，形成一个电子传递的循环。
三、硝酸还原作用
在植物体内，氮是以氨（NH3）的状态进入氨基酸，再转变为蛋白质和其他含氮化合物，但植物根系从土壤中吸收的主要是硝态氮，因此必须先将硝酸还原成氨。
这个过程是在硝酸还原酶和亚硝酸还原酶的催化下进行的：
在植物体内，硝酸还原可以在根和叶内进行，而以在叶内进行为主；但在种子萌发初期，或是在缺氮情况下，根便起着主要的作用。
硝酸还原酶按其电子供体的不同可分为两个类型：
1铁氧还蛋白—硝酸还原酶：
此类硝酸还原酶以铁氧还蛋白为电子供体：
NO3-＋2Fd还原态＋2H＋
NO2-＋2Fd氧化态＋H2O
②NAD（P）H-硝酸还原酶存在于真菌、绿菌和高等植物中，以NADH或NADPH为电子供体：
NO3-＋NAD（P）H＋H＋
NO2-＋NAD（P）＋H2O
亚硝酸还原酶：
由硝酸还原生成的亚硝酸，很快便在亚硝酸还原酶的作用下进一步还原成氨：
NO2-＋6e-＋6H＋
NH4＋＋2H2O
亚硝酸还原酶亦按其电子供体不同而分为两个类型：
①铁氧还蛋白-亚硝酸还原酶存在于光合生物内，催化下列反应：
NO2-＋6Fd还原态＋8H＋
NH4＋＋6Fd氧化态＋2H2O
亚硝酸还原酶存在于绿色组织的叶绿体内，在其中，由光合电子传递链产生还原态的铁氧还蛋白。
此外，在铁氧还蛋白NADP还原酶的作用下，也可以生成还原态的铁氧还蛋白。
②NAD（P）H-亚硝酸还原酶存在于非光合生物中，催化下列反应：
NO2-＋3NAD（P）H＋5H＋
NH4＋＋3NAD（P）＋＋2H2O
四、氨的同化
由氮素固定或硝酸还原生成的氨，以后便被同化而转变为含氮有机化合物。
氨的同化包括谷氨酸的形成途径和氨甲酰磷酸形成途径。
（１）谷氨酸的形成在生物体内，氨基酸和蛋白质是主要的含氮化合物，许多其它氮化物也是由氨基酸转变成的。
虽然已发现有许多个由氨形成氨基酸的反应，但由无机态的氨转变为氨基酸，主要是通过谷氨酸合成途径，其他氨基酸则是通过转氨基作用生成的。
植物体内存在着谷氨酸脱氢酶（glutamatedehydrogenase），催化还原的氨基化反应如下：
谷氨酸脱氢酶存在于线粒体中，它以NADH为还原剂，α-酮戊二酸是在呼吸作用的三羧酸循环中产生的。
在过去，人们认为由谷氨酸脱氢酶催化的反应是由氨合成谷氨酸的主要途径。
但是这个反应要求有较高浓度的氨，超过其在植物体内通常存在的浓度。
实际上，谷氨酸脱氢酶所要求的最适的氨浓度是足以引致光合磷酸化发生解偶联的。
因此，人们认为，这个还原氨基化反应可能不是无机氨转变为有机氮的主要途径。
在植物体内还存在
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