MS建模过程中常用的快捷键.docx
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MS建模过程中常用的快捷键
创新小组成员专用入门指南
ZMFU
勤奋是一个草根的王道
1.MS建模
2.Linux常用命令
3.VI编辑器常用命令
4.对计算作业的操作
MS建模中常用命令的快捷键
1.MS中的命令简介
MS所有的命令都有鼠标执行方式和键盘执行方式,其键盘方式成为快捷方式。
三维窗口可以在不同模式中,如选择、旋转、缩放等。
根据这些模式确定鼠标左键具体执行什么命令。
有些鼠标键盘命令不管视图处于什么模式都可以使用,这称为默认命令,它们Chart可以在任何模式中使用。
其它命令只适于特定模式。
图形窗口(View)也这样。
2.默认视图改变命令
复位到原来位置——Home
平移——鼠标中键拖动
平移——鼠标滚轮拖动
平移——ALT+鼠标右键拖动
缩放——鼠标左右键一起拖动
放大——+(小键盘上的加号)
缩小——-(小键盘上的减号)
放大特定区域——R+左键拖动
绕XY轴旋转——窗口中间右键拖动
绕Z轴旋转——窗口边缘右键拖动
绕X轴旋转——X+右键拖动
绕Y轴旋转——Y+右键拖动
Z轴旋转——Z+右键拖动
绕X轴顺时针旋转45°——向上键
绕X轴逆时针旋转45°——向下键
绕Y轴顺时针旋转45°——向左键
绕Y轴逆时针旋转45°——向右键
3.默认选择
选定单个对象——单击对象
取消选定——空白处单击
切换对象选择——CTRL+鼠标单击
加入选择对象——SHIFT+鼠标单击
重新索套选取——Q+鼠标左键拖动
切换索套选取——Q+CTRL+鼠标左键拖动
添加索套选取——Q+SHIFT+鼠标左键拖动
重新开始矩形选取——E+鼠标左键拖动
切换矩形选取——E+CTRL+鼠标左键拖动
加入矩形选取——E+SHIFT+鼠标左键拖动
取消选择——CTRL+D
选择父结构+单击对象
全部选择——CTRL+A
同种类型的全部选定——ALT+双击对象
4.默认结构编辑
剪切——CTRL+X
拷贝——CTRL+C
粘贴——CTRL+V
删除——DELETE
X-Y平面内平移选定的对象——SHIFT+鼠标中间拖动
X-Y平面内平移选定的对象——SHIFT+ALT+鼠标右键拖动
相对屏幕水平移动选定对象——SHIFT+X+鼠标中间拖动
相对屏幕竖直移动选定对象——SHIFT+Y+鼠标中间拖动
相对屏幕垂直移动选定对象——SHIFT+Z+鼠标中间拖动(也不成功。
)
相对屏幕水平移动选定对象——SHIFT+ALT-鼠标水平移动
相对屏幕竖直移动选定对象——SHIFT+ALT-鼠标竖直移动
相对屏幕垂直移动选定对象——SHIFT+ALT-Z-鼠标移动
沿着XY轴旋转选定对象——SHIFT+鼠标右键在靠近窗口中央拖动
沿着Z轴旋转选定对象——SHIFT+鼠标右键窗口边缘拖动
绕X轴旋转选定对象——SHIFT+X+鼠标右键拖动
绕Y轴旋转选定对象——SHIFT+Y+鼠标右键拖动
绕Z轴旋转选定对象——SHIFT+Z+鼠标右键拖动
选择模式下
选择多个对象——鼠标左键拖过对象
取消选择——鼠标左键在空白处拖动
旋转模式下
绕XY轴旋转——鼠标左键拖动
缩放模式下
缩放——鼠标左键拖动
平移模式下
平移——鼠标左键拖动
草画原子模式下
开始添加原子——空白处单击鼠标
在已有原子上再加原子——在原子上单击
创建化学键——先后单击这两个原子
XY方向平移原子——单击原子并拖动。
合并两个原子——把一个拖到另一个上
移动已画原子——鼠标拖动它
前后移动已画的原子——ALT+鼠标左键拖动
改变已画化学键的长度——SHIFT+ALT+鼠标左键拖动
添加原子并停止草画——左键双击
停止草画——ESC
停止草画——单击活动窗口以外地方
改变化学键的数目——单击化学键
在化学键中插入原子——ALT+单击化学键
替换元素——ALT+单击原子
画环模式下
创建新环——空白处单击
创建芳香环——ALT+空白处单击
向已存原子上添加环——此原子上单击
向已存原子上添加芳香环——ALT+单击此原子
把环加到已存化学键上——单击化学键
把芳香环加到已存化学键上——ALT+单击化学键
旋转已画环——左键拖动
选择新环的原子数目——数字键3-8
画原子团片断
建立独立原子团——空白处单击
向原子上添加原子团——单击头上的原子
添加原子团并旋转——在头上原子单击并拖动
结合两个原子团片断——ALT+分别单击两个原子团头上的原子
改变原子团结合点——双击原子团头上的原子
测量/改变模式下
建立新的监视器——单击原子或键
使能监视器——单击不活动的监视器
使监视器不活动——单击监视器
修改活动监视器——鼠标左键拖动
改变活动监视器中的固定原子——ALT+鼠标左键拖动
取消测量设定——ESC
取消测量设定——活动窗口外单击
Linux常用命令
1、cd
(1)功能说明:
切换目录。
(2)经典用法:
#cd~--切换到当前用户的主目录
#cd---返回前一次切换的目录
#cd/--切换到根目录
#cd..--切换到当前目录的上一层目录
2、pwd
(1)功能说明:
显示当前工作目录的绝对路径。
3、ls
(1)功能说明:
列出当前目录的内容。
(2)经典用法:
#ls--列出所在目录中的文件和文件夹
#ls>php_log--清空php_log文件中内容
4、cp
(1)功能说明:
实现文件或目录的复制。
(2)经典用法:
#cp--同目录下复制,相当于重命名
#cp/home/melody--可以同时复制两个或多个文件到一个目录
#cp-r/home/melody/home/james--当复制目录时要用-r参数
5、rm
(1)功能说明:
删除目录或文件
(2)文件一旦通过rm命令删除,则无法恢复,所以必须格外小心,个人状态不好时慎用。
(3)经典用法:
#rm-rhome--当删除目录时要加上-r参数
#rm-r*--删除当前目录下所有文件及目录
6、mv
(1)功能说明:
移动文件或目录
(2)经典用法:
#mv
#mv/home/melody/*.--将/home/melody下的所有文件和目录移动到当前目录下,看清楚命令后面有个.
7、cat
(1)功能描述:
把档案串连接后传到基本输出(荧幕或加>filename到另一个档案)
(2)经典用法:
#cat-ntextfile1>textfile2--把textfile1的档案内容加上行号后输入textfile2这个档案里
#cat-btextfile1textfile2>textfile3--把textfile1和textfile2的档案内容加上行号(空白行不加)之后将内容附加到textfile3里
#cat/proc/cpuinfo--查看cpu信息
#cat/proc/loadavg--查看系统负载
8、find
(1)功能说明:
在文件系统中查找满足条件的文件。
(2)经典用法:
#find--不带任何参数,在屏幕上递归显示当前目录下的文件列表
#find-name'd*'--使用通配符查找以d字母开头的文件名
#find-path'*server*'--匹配文件路径名
#find-regex'.*'--使用正则表达式匹配文件路径名
#find/home-size+1G--查找/home目录下大于1G的文件
#find/-empty--查找系统中为空的目录或文件
9、mkdir
(1)功能说明:
创建目录。
(2)经典用法:
#mkdir-p/melody/james--逐级创建目录
#mkdir-m700/home/melody--在/home下创建新目录melody并指定权限为700
10、rmdir
(1)功能说明:
删除一个空目录。
(2)没有写权限或目录非空则无法删除。
11、du
(1)功能说明:
计算文件或目录所占的磁盘空间。
(2)我们经常会查看服务器上哪个文件或文件夹比较大,这个命令很有用。
(3)经典用法:
#du-sh--显示所在目录的大小
#du-sh*--列出所在目录中各文件或目录的大小
12、df
(1)功能描述:
检查文件系统磁盘占用情况
(2)经典用法:
#df-hl--查看磁盘占用情况,检查剩余空间
13、free
(1)功能描述:
显示内存状态
(2)经典用法:
#free-m--查看内存使用量和交换区使用量,-m参数以MB为单位显示
14、grep
(1)功能描述:
查找文件里符合条件的字符串
(2)强大的文本搜索工具,它能使用正则表达式搜索文本,并把匹配的行打印出来,这个命令在做网站统计的时候很有用,以后可能会写专门的文章介绍
(3)经典用法:
#grepMemTotal/proc/meminfo--查看内存总量
#grepMemFree/proc/meminfo--查看空闲内存量
15、ps
(1)功能描述:
报告程序状况
(2)经典用法:
#ps-ef--查看所有进程
16、top
(1)功能描述:
显示、管理执行中的程序
(2)经典用法:
#top--实时显示进程状态
VI编辑器的实用指南
编辑一个文本
vifilename
插入模式
I进入编辑状态---插入
R进入编辑状态---替换
退出编辑器
:
w将缓冲区写入文件,即保存修改
:
wq保存修改并退出
:
x保存修改并退出
:
q退出,如果对缓冲区进行过修改,则会提示
:
q!
强制退出,放弃修改
查找替换
/pattern向后搜索字符串pattern
pattern向前搜索字符串pattern
n下一个匹配(如果是/搜索,则是向下的下一个,搜索则是向上的下一个)
N上一个匹配(同上)
:
%s/old/new/g搜索整个文件,将所有的old替换为new
:
%s/old/new/gc搜索整个文件,将所有的old替换为new,每次都要你确认是否替换
复制粘贴
dd删除光标所在行
dw删除一个字(word)
x删除当前字符
X删除前一个字符
D删除到行末
在有的版本中,可以用回格键删除。
yy复制一行,此命令前可跟数字,标识复制多行,如6yy,表示从当前行开始复制6行
yw复制一个字
y$复制到行末
p粘贴粘贴板的内容到当前行的下面
P粘贴粘贴板的内容到当前行的上面
VASP使用手册
(完善中)
在Linux系统下计算软件VASP的使用
一、建好5个输入文件(POSCAR,INCAR,POTCAR,KPOINTS,一个提交文件)
1,POSCAR
手动建立,viPOSCAR…..
还可以在MS的帮助下建立
2,INCAR
咱们组有公用标准的INCAR文件,进行不同的计算只需改其中的几个参数就可以了
3,POTCAR
从cluster上的某个目录下面拷贝过来,放到要计算的目录里
如果要算多个元素的体系,使用命令
Eg:
catPOTCAR-NiPOTCAR-Pt>POTCAR
4,KPOINTS文件,从别处拷贝一个,修改里面的参数即可
5,提交文件都可以用现成的,在老节点上(node1~node21)使用
新节点上使用yzx8vasp(记不清了,用绿衬底标出)
二、在服务器上编译vasp,一般管理员或别的用户以及编译过了,本平台编译好的目录在/public/home/zslu/my-soft/或/public/baoer/,编译使用的mpi可能不同。
将上面目录下的可执行文件vasp拷贝到用户工作目录下或者在作业提交脚本里通过目录找到可执行文件vasp。
三、提交任务
使用命令
qsub或者qsubyzx8vasp
之后会自动产生例如
的字样,这个8026表示的就是你提交的这个任务的任务号码
四、查看任务
qstat–a或qstat-n
一般只需要看3列
第一列:
任务序号
第二列:
使用者账户
最后一列:
计算消耗的时间
五、杀某一个任务
由于任务提错了或别的原因,不想要算某一个任务了。
杀死(删除)这个任务使用命令:
eg:
qdel8024意思为删除任务号为8024的任务
六、提取有用信息
任务结束后,任务序列号就会消失,这时进入计算的目录
可以删除的文件,计算完成后
有用的文件为(OUTCAR,CONTCAR,CHG,OSZCAR,DOSCAR)
1.在OUTCAR中看费米能级
grep“Fermi”OUTCAR最后一个结果就是
2.CHG是用来看电荷密度图的
将CHG下载到电脑上,放到VESTA中看电荷密度图
3.CONTCAR放到VESTA中看几何结构图
4.从OSCAR中可以快速的查找到计算的总自由能
最后一行,“F=”后面的值即是
5.DOSCAR中存放的是态密度信息
使用杨宗献老师编的fortran小程序处理DOSCAR,用命令DOSCAR之后会产生一个total文件,将total文件下载到电脑中,导入到origin画图软件即可看到态密度信息。
(前提是会使用origin的基本导入和画图功能)
七、最常用的计算
1.结构优化
目的是找到最优结构
对于晶胞,要找出能量最低的晶格常数,具体可以参照金刚石结构Si的那个例子
对于表面,更加简单:
在POSCAR中确定优化的原子层数,在INCAR中修改IBRION=2,POTIM=,NSW=200三个参数即可,对于参数的意义看苏长荣或侯柱峰的中文说明就行了
2.单点能自洽计算
目的是得到CHG画电荷密度图,以及得到正确的费米能级值,以及体系的总能量。
将结构优化的结果中使用命令copyCONTCARPOSCAR然后修改INCAR中令NSW=0
3.态密度计算
4.震动频率的计算
5.NEB求过渡态的计算
关于金刚石结构Si的计算例子(包括结构优化,单点自洽计算,态密度,能带结构计算),网上有很多,大家练一练。
对于VASP计算的整体过程有一个大概的理解。
随着使用次数的增多,会越来越熟悉。