内含子和外显子的位置复习课程.docx

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内含子和外显子的位置复习课程

内含子和外显子的位置

偶最近也在做RT-PCR。

也正在设计跨内含子的引物。

在园子里看了些文献，也请教了一些人。

个人感觉主要是你找到这个基因的具体的内含子和外显子的位置后再设计引物一点也不难。

只要在跨越的引物中选取条件好的就行了。

其中对于如何找到内含子和外显子，偶是用以下的方法。

一、首先登录Pubmed找到你的基因序列，这个应该很简单。

偶不多说。

二、如下图进入Blastl界面，选取genomes中的相应物种。

三将你的序列拷贝到查询框中，进行查询（Beginsearch）。

然后点击format，一路点下去，出现下图样的对话框。

点击genomeview

然后点击其相应的染色体号，我查的是HIF基因，在14号染色体上。

相应的染色体上会出现红色的标记。

好了，如下图。

你可以看到右边的这些方框最后给的序列，就是外显子的序列。

你可以对着此来设计引物，找到哪些跨过内含子的引物。

首先要明白：

RT-PCR的引物之所以要跨内含子设计，主要原因就是为了避免再PCR过程中基因组DNA的影响。

那么其实只要在提RNA时除去DNA也就没什么关系了。

RNA沉淀之后，在100ul反应体系中用RNAsefree的DNAseI37C处理0.5h，然后直接用100ul氯仿抽提，异丙醇（别忘了加1/10体积4MNaAc）再次沉淀后用适量DEPC水溶解即可。

NCBI>GENE>基因名称搜索

（Clickthepicturetoseethesource）

louischen

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2004-07-3006:

57

点击基因名称进入

左键击NC_000019>GRAPHICS

intron，extron的排列，可以点击进入

粗划线为外显子，并有对应的protein编码

还在http:

//www.ensembl.org/也可以，在主页上输入基因的名字，找出该物种的基因序列，在transview和exonview上可以看到外显子和内含子，此网页简单，得到不同颜色标记的外显子。