人肌红蛋白基因外显子一生物信息学分析.docx

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人肌红蛋白基因外显子一生物信息学分析

人肌红蛋白基因外显子一的生物信息学分析

一．Introduction：

Myoglobin,thearticleiscomposedofapeptidechainsandabindingproteinofhemeprostheticgroup,iswithinthemuscleoxygenstorageprotein,itsoxygensaturationoftheellipticisthemainproteinofskeletalmuscleandcardiacmuscle,whenmuscledamage,leakagetothecirculatinginthebloodinmuscletissue,increasetheserumconcentrationofmyoglobin,theindexisusedtodeterminewhethermuscledamage.

二．Purpose：

对人肌红蛋白基因外显子一基因序列使用“Bioedit和DNAMAN、”及相关网站进行GC含量统计、电子酶切、引物设计、基因在人类基因组中的定位、电子克隆及蛋白在细胞内的定位、氨基酸组成统计、分子量、等电点、亲疏水性、信号肽分析（跨膜区域）、二级结构（含保守结构域）及三维结构分析，miR分析，启动子分析等。

其中抗原表位分析、多序列比对和进化分析等。

三．Thenatureandfunctionofmyoglobin：

Nature:

myoglobin=apolypeptidechain+aprostheticgrouppolypeptidechain,composedof153aminoacidresidues

Prostheticgroup:

hemeprostheticgroup

Molecularweight:

16,700

Function:

transportofoxygenandoxygenstoragefunctioninmuscletertiarystructureofmyoglobin

四．Keyword:

肌红蛋白（myoglobin）

五．Implementsandmethods：

采用Bioedit和DNAMAN分析软件工具和在线有关蛋白质和核酸方面的分析软件，分别进行核酸和蛋白质两个方面的分析。

核酸分析首先从pubmed核酸数据库中搜索到人的Myoglobin核酸序列，分别进行序列的基本性质分析，限制性酶谱分析及其基因在染色体上的定位分析。

具体操作方法将根据上述各个软件上“Help”文件进行，基因在染色体上的定位分析根据网页上的操作说明进行。

从pubmed蛋白质数据库中搜索到人的Myoglobin和整个前体Myoglobin蛋白质序列，分别进行蛋白序列的基本性质分析（氨基酸组成、分子量、等电点），亲疏水性分析，蛋白酶切位点分析，信号肽序列分析，二级结构和三维结构分析，同源序列和进化分析。

二级结构分析包括结构功能域、Motif、保守位点等，具体操作方法将根据上述各个软件上“Help”文件和网页上的操作说明进行。

Resluts:

1.从NCBI中可以得到一下有关Myoglobi蛋白分子的信息：

Human myoglobin gene,exon1

GenBank:

LOCUSHUMMGI12552bpDNAlinearPRI07-JAN-1995

DEFINITIONHumanmyoglobingene,exon1.

ACCESSIONM10090

VERSIONGI:

187580

KEYWORDSFokfamilyrepetitivesequence;directrepeat;myoglobin;repeat

region;tandemrepeat.

SEGMENT1of

SOURCEHomosapiens（human）

ORGANISM

Eukaryota;Metazoa;Chordata;Craniata;Vertebrata;Euteleostomi;

Mammalia;Eutheria;Euarchontoglires;Primates;Haplorrhini;

Catarrhini;Hominidae;Homo.

REFERENCE1（bases1to2552）

AUTHORSAkaboshi,E.

TITLECloningofthehumanmyoglobingene

JOURNALGene33（3）,241-249（1985）

PUBMED

COMMENTOriginalsourcetext:

Human:

fetalliverDNA（libraryofLawnet

al.）,clonelambda-HMB151;delta-thalassemialeukocyteDNA（library

ofKimuraetal.）,clonelambda-HMB159.

Draftentryandcomputer-readablecopyofsequence[1]kindly

providedby,22-OCT-1985.

Atandemrepeatsequenceisfoundatposition142-794.Positionof

themRNAcapsitewasdeducedfromthatofthesealmyoglobingene

（Blanchetotetal.1983）.

FEATURESLocation/Qualifiers

source1..2552

/organism="Homosapiens"

/mol_type="genomicDNA"

/db_xref="taxon:

"

/map=""

1100..1750

/note="Fokfamilyrepetitiveelement"

1895..>2552

/note="myoglobinmRNAandintron"

join（1965..2552,:

1..2671,:

1..501）

/gene="MB"

join（1965..2059,:

1415..1637,:

355..501）

/gene="MB"

/note="myoglobin"

/codon_start=1

/protein_id=""

/db_xref="GI:

386872"

/translation="MGLSDGEWQLVLNVWGKVEADIPGHGQEVLIRLFKGHPETLEKF

DKFKHLKSEDEMKASEDLKKHGATVLTALGGILKKKGHHEAEIKPLAQSHATKHKIPV

KYLEFISECIIQVLQSKHPGDFGADAEGAMNKALELFRKDMASNYKELGFQG"

<1965..2059

/gene="MB"

/note="myoglobin;G00-119-378"

/number=1

2060..>2552

/gene="MB"

/note="myoglobinintronA"

ORIGIN2bpupstreamofRsaIsite.

1gtactgtattttcattcctcttagttatctccctaaaaagactctgagttccttgaacac

61aggaaggtgttttatttgattttgttatcctcagcatgtagcagtgtctgacacacagta

121ggtgctctatcactgtgagagggatggatggatgggtggagttacagatggatagaagga

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241agggataatgagtggatgaatgagggaatgggtggatggatggatggagggatggaggaa

301cagatagatagatggagggatgggtgggtgatggatggatagatggatggagggagggat

361gatgaatggagggataatgaatggatgaatgaggggatgggtggatggatgaatggaggg

421atgatgggtggatgaatgaattgagggatggatggatgaacacatggatggatggataga

481tggatagatggaggaactggtggattttggatggatgggtggatggatagatgaatgaat

541gcctggatagacaaagagatgatggatagatgaatagatgaattaagggatgtcggatag

601atggagggattgatagatgttggatggatgggtggtggatggatagatgagtgaatgcat

661ggatagacaaagagatgatggatggatgaattaagggatgacagatggatggatggatga

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901gcccaagagatacgtgggttaataaaacagagctcctgccctcctgaaaactgcaaagaa

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1081gtcttgcggggattaaatgagttaccaaatgccaagtgtttgggacagggcctggcaccc

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1861gtataaaaacgcccttgggaccaggcagcctcaaaccccagctgttggggccaggacacc

1921cagtgagcccatacttgctctttttgtcttcttcagactgcgccatggggctcagcgacg

1981gggaatggcagttggtgctgaacgtctgggggaaggtggaggctgacatcccaggccatg

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2281gagaatcaaacctaggatgctcagagtccaccaggaagaattttagaattatagacagtc

2341agagttaacaagggtcctgagagattttgtacagccacctctcttacaggatgaggacaa

2401aaagcgactgagaaggggaggacatttccagagtcacagctcattaaatgctcttaaagt

2461gtcaaggttaagacatgctcttcaaggggagacagatctggttctagacttggctctgcc

2521actgagccactgggtgacctttgggaaggtac

OfficialSymbolMBprovidedby 

OfficialFullNamemyoglobinprovidedby 

Primarysource:

Locustag:

Seerelated：

Genetype:

proteincoding

Refsepstatus:

REVIEWED

Organism：

Lineage：

Eukaryota;Metazoa;Chordata;Craniata;Vertebrata;Euteleostomi;Mammalia;Eutheria;Euarchontoglires;Primates;Haplorrhini;Catarrhini;Hominidae;Homo

Alsoknownas：

PVALB

Location:

Sequence:

Chromosome:

22;（..,complement）

SeeMBin , 

Chromosome22-

GenomicSequence                                   

Gotonucleotide  

:

 36M..36M （22Kbp）C

FindonSequence:

  -  

  +  

Tools

Configure

2.利用Primer软件对myoglobin核酸序列进行引物设计其结果如下：

Senseprimer:

5'TACTCGTGCCTTTCGTACTAGGCTC3'

Anti-senseprimer:

5'ATGAGCACGGAAAGCATGATCCGAG3'

3.蛋白质序列分析

利用ExPASy软件包对该基因进行氨基酸组成统计、分子量、等电点等分析及磷酸化分析