构建系统进化树的详细步骤Word格式文档下载.docx

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把序列以FASTA格式（即第一行为说明

行，以“>

”符号开始，后面是序列的名称、说明等，其中“>

”是必需的，名称及说明等可以是

任意形式，换行之后是序列）粘贴到那个大的文本框，选择合适的BLAST程序和数据库，就

可以开始搜索了。

如果是DNA序列，一般选择BLASTN搜索DNA数据库。

这里以NCBI为例。

登录NCBI主页-点击BLAST-点击Nucleotide-nucleotideBLAST（blastn）-在Search文本框中粘贴检测序列-点击BLAST!

-点击Format-得到resultofBLAST。

残骛楼諍锩瀨濟溆塹籟婭骒東。

BLASTN结果如何分析（参数意义）:

>

gi|28171832|gb|AY155203.1|Nocardiasp.ATCC4987216SribosomalRNAgene,complete酽锕极額閉镇桧猪訣锥顧荭钯。

sequence

Score=2020bits（1019）,Expect=0.0

Identities=1382/1497（92%）,Gaps=8/1497（0%）Strand=Plus/Plus彈贸摄尔霁毙攬砖卤庑诒尔肤。

Query:

1gacgaacgctggcggcgtgcttaacacatgcaagtcgagcggaaaggccctttcgggggt60謀荞抟箧飆鐸怼类薔點鉍杂。

||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct:

1gacgaacgctggcggcgtgcttaacacatgcaagtcgagcggtaaggcccttc--ggggt58厦礴恳蹒骈時盡继價骚卺癩龔。

61actcgagcggcgaacgggtgagtaacacgtgggtaacctgccttcagctctgggataagc120茕桢广鳓鯡选块网羈泪镀齐鈞。

|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct:

59acacgagcggcgaacgggtgagtaacacgtgggtgatctgcctcgtactctgggataagc118鹅娅尽損鹌惨歷茏鴛賴縈诘聾。

Score:

指的是提交的序列和搜索出的序列之间的分值，越高说明越相似;

Expect:

比对的期望值。

比对越好，expect越小,一般在核酸层次的比对，expect小于1e-10，籟丛妈羥为贍偾蛏练淨槠挞曉。

就比对很好了，多数情况下为0;

Identities:

提交的序列和参比序列的相似性，如上所指为1497个核苷酸中二者有1382个相

同;

Gaps:

一般翻译成空位，指的是对不上的碱基数目;

Strand:

链的方向，Plus/Minus意味着提交的序列和参比序列是反向互补的，如果是Plus/預頌圣鉉儐歲龈讶骅籴買闥龅。

Plus则二者皆为正向。

1.2序列格式:

FASTA格式

由于EMBL和GenBank数据格式较为复杂，所以为了分析方便也出现了十分简单的FASTA

数据格式。

FASTA格式又称为Pearson格式，该种序列格式要求序列的标题行以大于号“>

”

开头，下一行起为具体的序列。

一般建议每行的字符数不超过60或80个，以方便程序处理。

多条核酸和蛋白质序列格式即将该格式连续列出即可，如下所示:

E.coli

1aaattgaagagtttgatcatggctcagattgaacgctggcggcaggcctaacacatgcaa渗釤呛俨匀谔鱉调硯錦鋇絨钞。

61gtcgaacggtaacaggaagaagcttgcttctttgctgacgagtggcggac……铙誅卧泻噦圣骋贶頂廡缝勵罴。

AY631071JiangellagansuensisYIM0021gacgaacgctggcggcgtgcttaacacatgcaagtcgagcggaaaggccctttcgggggt擁締凤袜备訊顎轮烂蔷報赢无。

61actcgagcggcgaacgggtgagtaacacgtgggtaacctgccttcagctctgggataagc贓熱俣阃歲匱阊邺镓騷鯛汉鼉。

……

其中的„>

‟为ClustalX默认的序列输入格式，必不可少。

其后可以是种属名称，也可以是序列在Genbank中的登录号（AccessionNo.），自编号也可以，不过需要注意名字不能太长，一般由英文字母和数字组成，开首几个字母最好不要相同，因为有时ClustalX程序只默认前几位为该序列名称。

回车换行后是序列。

将检测序列和搜索到的同源序列以FASTA格式编辑成为一个文本文件（例:

C:

\temp\jc.txt），即可导入ClustalX等程序进行比对建树。

2.构建系统树的相关软件和操作步骤坛摶乡囂忏蒌鍥铃氈淚跻馱釣。

构建进化树的主要步骤是比对，建立取代模型，建立进化树以及进化树评估。

鉴于以上对于构建系统树的评价，结合本实验室实际情况，以下主要介绍N-JTree构建的相关软件和操作步骤。

蜡變黲癟報伥铉锚鈰赘籜葦繯。

2.1用ClustalX构建N-J系统树的过程

（1）打开ClustalX程序，载入源文件.

File-Loadsequences-C:

\temp\jc.txt.

（2）序列比对

Alignment-Outputformatoptions-?

Clustalformat;

CLUSTALWsequencenumbers:

ON買鲷鴯譖昙膚遙闫撷凄届嬌擻。

Alignment-Docompletealignment（OutputGuideTreefile,C:

\temp\jc.dnd;

OutputAlignmentfile,C:

\temp\jc.aln;

）Align?

waiting……綾镝鯛駕櫬鹕踪韦辚糴飙钪麦。

等待时间与序列长度、数量以及计算机配置有关。

（3）掐头去尾

File-SaveSequenceas…

Format:

?

CLUSTAL

GDEoutputcase:

Lower

CLUSTALWsequencenumbers:

ON

Savefromresidue:

39to1504（以前后最短序列为准）

Savesequenceas:

C:

\temp\jc-a.alnOK

将开始和末尾处长短不同的序列剪切整齐。

这里，因为测序引物不尽相同，所以比对后序列参差不齐。

一般来说，要“掐头去尾”，以避免因序列前后参差不齐而增加序列间的差异。

剪切后的文件存为ALN格式。

驅踬髏彦浃绥譎饴憂锦諑琼针。

（4）File-Loadsequences-Replaceexistingsequences?

-Yes-C:

\temp\jc-a.aln猫虿驢绘燈鮒诛髅貺庑献鵬缩。

重新载入剪切后的序列。

（5）Trees-OutputFormatOptionsOutputFiles:

CLUSTALformattree?

Phylipformattree?

PhylipdistancematrixBootstraplabelson:

NODE锹籁饗迳琐筆襖鸥娅薔嗚訝摈。

CLOSE

Trees-ExcludepositionswithgapsTrees-BootstrapN-JTree:

構氽頑黉碩饨荠龈话骛門戲鷯。

Randomnumbergeneratorseed（1-1000）:

111Numberofbootstraptrails（1-1000）:

1000SAVECLUSTALTREEAS:

\temp\jc-a.njbSAVEPHYLIPTREEAS:

\temp\jc-a.njbphbOK?

waiting……輒峄陽檉簖疖網儂號泶蛴镧釃。

在此过程中，生成进化树文件*.njbphb，可以用TreeView打开查看。

尧侧閆繭絳闕绚勵蜆贅瀝纰縭。

（6）Trees-DrawN-JTrees

SAVECLUSTALTREEAS:

\temp\jc-a.njSAVEPHYLIPTREEAS:

\temp\jc-a.njphSAVEDISTANCEMATRIXAS:

\temp\jc-a.njphdstOK识饒鎂錕缢灩筧嚌俨淒侬减攙。

此过程中生成的报告文件*.nj比较有用，里面列出了比对序列两两之间的相似度，以及转换和颠换分别各占多少。

凍鈹鋨劳臘锴痫婦胫籴铍賄鹗。

（7）TreeView

File-Open-C:

\temp\jc-a.njbphb

Tree-phylogram（unrooted,slantedcladogram，Rectangularcladogram多种树型）Tree-Showinternaledgelabels（Bootstrapvalue）（显示数值）恥諤銪灭萦欢煬鞏鹜錦聰櫻郐。

Tree-Defineoutgroup…?

ingroup>

outgroup?

OK（定义外群）鯊腎鑰诎褳鉀沩懼統庫摇饬缗。

Tree-Rootwithoutgroup

通常需要对进化树进行编辑，这时首先要Edit-Copy至PowerPoint上，然后Copy至Word上，再进行图片编辑。

如果直接Copy至Word则显示乱码，而进化树不能正确显示。

2.2Mega建树硕癘鄴颃诌攆檸攜驤蔹鸶胶据。

虽然ClustalX可以构建系统树，但是结果比较粗放，现在一般很少用它构树，Mega因为操作简单，结果美观，很多研究者选择用它来建树。

阌擻輳嬪諫迁择楨秘騖輛埙鵜。

（1）首先用ClustalX进行序列比对，剪切后生成C:

\temp\jc-a.aln文件;

（同上）

（2）打开BioEdit程序，将目标文件格式转化为FASTA格式，氬嚕躑竄贸恳彈瀘颔澩纷釓鄧。

File-Open-C:

\temp\jc-a.aln，

File-SaveAs-C:

\temp\jc-b.fas;

（3）打开Mega程序，转化为mega格式并激活目标文件，

File-ConvertToMEGAFormat-C:

\temp\jc-b.fas?

\temp\jc-b.meg，釷鹆資贏車贖滅獅赘慶獷緞。

关闭TextEd