Bioedit操作指南_精品文档PPT资料.pptx

Bioedit操作指南_精品文档PPT资料.pptx

《Bioedit操作指南_精品文档PPT资料.pptx》由会员分享，可在线阅读，更多相关《Bioedit操作指南_精品文档PPT资料.pptx（4页珍藏版）》请在冰豆网上搜索。

DNA序列基本操作序列基本操作1.1.目的目的：

纯菌种16SrRNA,利用Sanger方法双端测序，然后检查测序质量，将双端测序的序列拼接成一条完整的序列,利用这个长序列去与数据库比对，判断这个序列最可能是从哪个微生物来的。

2.2.具体操作过程具体操作过程：

以一个纯菌种的16SrRNA测序为例，练习序列拼接（assembly）.用Sanger方法，从两端测序，引物为27F和1492R。

正向引物27F测得的序列反向引物1492R测得的序列拼接拼接（assembly）OverlapContig第一步第一步：

Sanger测序下机文件为.abi文件，可以用Bioedit打开查看测序质量。

峰型好的碱基质量较好，把质量好的碱基部分提取出来，存成fasta文件。

具体操作流程具体操作流程：

File-Open-找到文件Sanger_Seq27f.abi。

出现两个界面，根据测序峰确定高质量测序区段；

然后双击另一个界面的文件名字，即出现一个新的编辑框。

将质量差的碱基区域去掉，然后另存为一个.fasta文件,存成seq27F.fas。

另一个文件存为seq1492R.fas.Biedit软件的应用介绍：

DNA序列基本操作序列基本操作Biedit软件的应用介绍：

DNA序列基本操作序列基本操作第二步第二步：

将27F和1492R测得的序列都整理成质量好的.fasta文件后，将这两个文件拼接成一个长的contig。

操作如下操作如下：

file-newalignment-file-import-sequencealignmentfile-同时选择Seq27F.fas和seq1492R.fas-file-saveas27F+1492R.fas-file-open27F+1492R.fas-点击选择两个文件名-accessoryapplications-CAPassemblycontigprogram-runapplication-enter-随即产生了contig序列，delete原始的序列（seq27F.fas和Seq1492R.fas）,给contig命名，另存为Seq27F+1492R_contig.fas。

第三部第三部：

将contig序列拷贝到NCBIBlast中去比对，看与数据库中哪些序列最相近。

RDP平台简单介绍：

分类平台简单介绍：

分类1.1.目的目的：

利用RDP平台中的分类功能，对测定的高通量测序数据进行系统进化分类。

得到微生物群落的组成信息：

门、纲、目、科、属、种。

RDPpipelineClassifiertestdriveSelectyourfiletouploadSubmitforClassification（Samplefilename:

Seq100）