生物信息学数据库或软件_精品文档Word文档格式.docx

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蛋白质序列数据库有SWISS-PROT，PIR，OWL，NRL3D，TrEMBL等，

蛋白质片段数据库有PROSITE，BLOCKS，PRINTS等，

三维结构数据库有PDB，NDB，BioMagResBank，CCSD等，

与蛋白质结构有关的数据库还有SCOP，CATH，FSSP，3D-ALI，DSSP等，

与基因组有关的数据库还有ESTdb，OMIM，GDB，GSDB等，

文献数据库有Medline，Uncover等。

另外一些公司还开发了商业数据库,如MDL等。

生物信息学数据库覆盖面广，分布分散且格式不统一,因此一些生物计算中心将多个数据库整合在一起提供综合服务，如EBI的SRS（SequenceRetrievalSystem）包含了核酸序列库、蛋白质序列库，三维结构库等30多个数据库及CLUSTALW、PROSITESEARCH等强有力的搜索工具，用户可以进行多个数据库的多种查询。

二、搜索生物信息学软件

生物信息学软件的主要功能有：

分析和处理实验数据和公共数据，加快研究进度，缩短科研时间；

提示、指导、替代实验操作，利用对实验数据的分析所得的结论设计下一阶段的实验；

寻找、预测新基因及预测其结构、功能；

蛋白高级结构预测。

如：

核酸序列分析软件BioEdit、DNAClub等；

序列相似性搜索BLAST；

多重系列比对软件Clustalx；

系统进化树的构建软件Phylip、MEGA等；

PCR引物设计软件Primerpremier6.0、oligo6.0等；

蛋白质二级、三级结构预测及三维分子浏览工具等等。

NCBI的网址是：

http:

//www.ncbi.nlm.nih.gov。

Entrez的网址是：

//www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/。

BankIt的网址是：

//www.ncbi.nlm.nih.gov/BankIt。

Sequin的相关网址是：

//www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/。

数据库网址是：

//www.ebi.ac.uk/embl/。

SRS的网址是：

//srs.ebi.ac.uk/。

WEBIN的网址是：

//www.ebi.ac.uk/embl/Submission/webin.html。

DDBJ的网址是：

//www.ddbj.nig.ac.jp/。

用户可以搜索各种类型的对象，并以图形方式观看基因组图谱。

GDB的网址是：

//www.gdb.org。

GDB的国内镜像是：