分子图形软件网络教程精编Word文件下载.docx

分子图形软件网络教程精编Word文件下载.docx

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（1）使用DSViewerPro的绘图工具，用户可在屏幕的工作区内绘制二维分子的骨架，软件内存储了原子的成键化学数据，可进一步构建三维分子结构模型。

DSViewerPro可以方便地通过坐标变化构建同分异构体，也可以通过扭角变化构建同分异构体。

构建的分子模型可在三维空间中任意旋转、平移、缩放，可方便地从任何角度观看分子模型的全部或局部。

用户还可以根据自己的意愿对原子和化学键进行着色或标定，以增强显示效果。

（2）具有多种分子结构的显示模式：

线形、棒型、球棒、比例球棒、电子云空间填充、多面体等。

DSViewerPro提供了蛋白质、DNA等生物大分子的带状显示模式，它还可显示晶胞和分子表面图形，除了显示有机分子模型外，对于许多聚合物材料和无机材料也有特殊的显示模式。

（3）分子中不同化学键和原子可以通过不同颜色和大小进行区分，显示顔色丰富多彩，显示效果良好。

用户可任意调整显示质量和打印质量，高质量的显示和打印明显地增加了图形外沿的平滑，可以方便地将高分辨率的分子结构图形进行排版和印刷。

（4）用户可以将分子的结构性质参数拷贝到Excel兼容的电子表格，也可以将分子模型直接拷贝并嵌入到MicrosoftOffice文件中。

在Office文件中，通过双击这些嵌入分子图形，可调用DSViewerPro程序，直接进行编辑处理。

（5）DSViewerPro带有较强的计算功能，可方便地进行分子结构几何参数测定，显示出键长、键角、二面角、非键距离和其他立体化学信息，这些数据会随着分子结构的变动和调整进行动态地修改。

DSViewerPro可提供两个窗口，以纵向平铺方式显示结构层次窗口和3D窗口。

（6）DSViewerPro可以读入多种分子图形软件的格式文件，它可以将ISIS/Draw绘制的二维结构的格式文件自动转换成三维分子结构模型，还可以读入晶体衍射数据。

DSViewerPro可输出多种格式分子图形文件，最具有特色的是它可以输出VRMLWorld格式的文件（.wrl），而不必使用其它的转换程序。

DSViewerPro最新版本是版，Accelrys公司提供DSViewerProSuit的30天试用版免费软件，它除了不具备建立分子模型等少数功能之外，其他功能与DSViewerPro基本相同。

本节说明DSViewerPro的使用方法。

DSViewerPro的程序界面由下拉式菜单、水平工具栏、垂直工具栏和工作区等组成，如图9-7所示。

在工作区中根据不同的工作目的，可以显示分子模型的3D窗口，或者显示结构数据的数据表，或者显示分子层次等级的Hierarchy窗口。

3D窗口可用于显示分子模型，并通过3D工具对窗口中的模型进行旋转、平移和缩放，还可以通过绘制工具构建分子模型，并进行文本注释等。

1．菜单选项介绍

DSViewerPro基本命令是通过选择下拉式菜单中的命令选项实现的，程序提供以下7个下拉菜单：

（1）File（文件）菜单有：

New（建立新文件）、Open（打开已有文件）、OpenLocation（在互联网上打开文件）、Close（关闭文件）、Save（存盘）、Saveas（将文件另存为）、Print（打印）、Printpreview（打印预览）、Printsetup（打印设置）、Send（通过E-mail发送）、Exit（退出程序）等选项。

图9-7DSViewerPro的程序界面

（2）Edit（编辑）菜单有：

Undo（取消上一个操作）、Redo（重复上一个操作）、Cut（剪切）、Copy（复制）、Paste（粘贴）、Delete（删除）、Pastefrom（从指定位置粘贴）、Selectall（全部选择）、Select（选择）、Group（将选定的内容组合成组）和Properties（性质）等选项。

（3）View（显示）菜单有：

DisplayStyle（显示模式）、Color（颜色）、ResetRotation（恢复旋转前状态）、FittoScreen（在窗口合适位置显示模型）、Center（在窗口中间显示模型）、Animate（动画显示）、Spin（自动旋转显示）、FullScreen（全屏显示）、Show（显示）、Hide（隐藏）、ShowAll（显示窗口中的全部内容）、ShowOnly（仅显示选定内容）、ToolBar（工具栏显示）和Option（参数选项）等选项。

（4）Tools（工具）菜单有：

Hydrogens（氢原子）、Labels（标识符号）、Monitors（结构参数测定）、Surfaces（分子表面）、QueryFeature（疑问性质）、Markers（原子标识）、CrystalCell（晶胞参数）、ElementProperties（元素性质）、CalculateProperties（计算性质）、EnterCommand（运行命令）、PlayScript（运行命令文件）等选项。

（5）Modify（修改）菜单有：

Element（原子元素符号）、Charge（电荷状态）、Bond（化学键类型）、Hybridization（杂化方式）、Stereochemistry（手性立体结构）、InsertAtom（插入原子）、ContractBond（缩减键）、InvertCenter（构型倒置）、Fuse（融合）、AlignStructure（排列结构）、TorsionKick（通过扭角变化构建同分异构体）、CoordinateKick（通过坐标变化构建同分异构体）、CleanStructure（构建三维分子结构）、AddonMolecules（能量优化）等选项。

（6）Window（窗口）菜单有：

New3DWindow（新建三维分子模型窗口）、NewStereo3DWindow（新建三维立体分子模型窗口）、NewHierarchyWindow（新建层次结构窗口）、NewDataTable（新建数据表窗口）、Cascade（叠层显示窗口）、TileHorizontal（水平平铺显示窗口）、TileVertical（垂直平铺显示窗口）、TitleMoleculesinWindows（将窗口中分子平铺显示）、ArrangeIcons（重排图标）、CloseAll（关闭所有窗口）等选项。

（7）Help（帮助）菜单有：

Contents（目录）、Index（索引）、TipoftheDay（每日一题）、AboutViewerPro（关于信息）等选项。

2.工具栏介绍

除了上述菜单指令以外，DSViewerPro还提供了各种工具图标。

在菜单栏下方有水平工具栏，水平工具栏共有22个工具图标。

按从左至右的顺序分别是：

New（建立新文件）、Open（打开已有文件）、Save（存盘）、Print（打印）、Cut（剪切）、Copy（复制）、Paste（粘贴）、FittoScreen（在窗口合适位置显示模型）、DisplayStyle（显示模式）、Measure（结构数据）、CalculateProperties（计算分子性质）、AddHydrogens（加氢）、HideHydrogens（隐藏氢原子）、SingleBond（单键工具）、DoubleBond（双键工具）、AromaticBond（芳香键工具）、TripleBond（三键工具）、ChangeElement（改变元素）、CleanStructure（构建结构模型）、CoordinateKick（通过坐标变化构建同分异构体）、Dreiding（能量优化）、TorsionKick（通过扭角变化构建同分异构体）。

上述工具栏图标是系统安装后的默认图标，用户可以使用View／Toolbars命令增减其它工具图标的显示，也可以通过Customize选项定制自己个性化的工具栏图标。

在主窗口的左侧还有垂直工具栏，垂直工具栏共有13图标，用于屏幕显示、选择、控制和建立分子模型。

按从上至下顺序分别是：

Select（选择，F5）、Rotate（旋转，F6）、Translate（平移，F7）、Zoom（尺寸缩放，F8）、Torsion（旋转扭角）、Sketch（绘制结构）、Ring（绘制环状结构）、Chain（绘制链状结构）、Annotation（注释文本）、TextBox（带框注释文本）、TextCallout（带指向框注释文本）等。

最后二个工具图标只有在使用层次结构窗口才可使用，它们是：

Select（选择）、Display（显示）。

在点击某一工具图标之后，在屏幕最下方的状态栏会显示该图标的操作帮助提示。

使用垂直工具栏的工具时，还要注意以下要点：

（1）如果要将“Select”（选择）工具的选择方式由“Lasso”（套索）改为“Rubberbandbox”（矩形框）可使用View／Options／Tool命令更改。

（2）完成了一个选择操作后，如要进行多个对象的同时选择，可按下“Shift”键，再进行另一个选择。

（3）使用“Torsion”（旋转扭角）工具时，先要点击构成扭角的中间化学键，再进行拖拉旋转。

（4）如果工作区中存在多个分子或对象，要对某一个分子或对象进行旋转或平移操作，可先选择该分子或对象，按“Ctrl”键，再进行“Rotate”（旋转）或“Translate”（平移）操作。

（5）如要选择某一分子，可双击分子中任一个原子或键。

（6）使用键盘的四个光标移动键（左、右、上、下），也可以对分子结构进行X、Y轴旋转。

使用键盘上“PageUp”和“PageDown”键，也可对分子结构进行缩放操作.

使用DSViewerPro具有绘制分子模型的基本功能。

图9-8是Luciferin（虫萤光素）分子二维结构图。

现以此结构为例，说明构建分子模型的过程：

图9-8Luciferin（虫萤光素）分子二维结构图

（1）绘制分子结构时，程序默认的显示方式是球棒方式（BallandStick），如要将显示方式改为直线式（Line），可使用View／Options／SketchandClean／DefaultSketch／Line命令。

（2）点击垂直工具栏上“Ring”（环状）图标，按“Ctrl”键，画有大π键的。

。

在窗口中适当位置点击拖拉形成一个苯环结构（原子序号1-6）。

在原子2、3之间点击拖拉生成一个并