基因芯片技术基础知识概念制备杂交应用及发展方向Word格式文档下载.doc
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（2） GCTCATAT
（3） AGCTCATA
（4） TAGCTCAT
（5） TTAGCTCA
这5个亚序列依次错开一个碱基而重叠7个碱基。
亚序列中A、T、C、G4个碱基自由组合而形成的所有可能的序列共有65536种。
假如只考虑完全互补的杂交，那么48个8nt亚序列探针中，仅有上述5个能同靶DNA杂交。
可以用人工合成的已知序列的所有可能的n体寡核苷酸探针与一个未知的荧光标记DNA/RNA序列杂交，通过对杂交荧光信号检测，检出所有能与靶DNA杂交的寡核苷酸，从而推出靶DNA中的所有8nt亚序列，最后由计算机对大量荧光信号的谱型（pattern）数据进行分析，重构靶DNA的互补寡核苷酸序列。
二．芯片类型
一般基因芯片按其材质和功能，基本可分为以下几类[4]
（一）元件型微阵列芯片
1.生物电子芯片
2.凝胶元件微阵列芯片
3.药物控释芯片
（二）通道型微阵列芯片
1.毛细管电泳芯片
2.PCR扩增芯片
3.集成DNA分析芯片
4.毛细管电层析芯片
（三）生物传感芯片
1光学纤维阵列芯片
2白光干涉谱传感芯片
小鼠基因表达谱芯片（MGEC）
附:
目前国内基因芯片常见品种.（上海博星公司）
芯片品种
芯片点数
MGEC-20S
2000
MGEC-40S
4000
MGEC-80S
8000
癌症相关基因表达谱芯片（CRGEC）
分类
芯片型号
肝癌相关基因表达谱芯片
LiverC-16S
1626
LiverC-16D
3252
LiverC-9.5NS
954
LiverC-9.5ND
1908
肺癌相关基因表达谱芯片
LungC-7.3S
737
LungC-7.3D
1474
人类基因表达谱芯片（HGEC）
HGEC-10S
1024
HGEC-10D
2048
HGEC-20S
HGEC-20D
4096
HGEC-40S
HGEC-40D
8192
HGEC-80S
HGEC-80D
16184
三基因芯片的制备
芯片种类较多，制备方法也不尽相同，常见的芯片可分为两大类：
一类是原位合成；
一种是直接点样。
原位合成适用于寡核苷酸；
直接点样多用于大片段DNA，有时也用于寡核苷酸，甚至mRNA。
原位合成有两种途径。
一是光蚀刻法；
一是喷印法。
光蚀刻法可以合成30nt左右，喷印法可以合成40-50nt，光蚀刻法每步缩合率较低，一般为95%左右，合成30nt产率仅20%；
喷印法可达99%以上，合成30nt产率可达74%，从这个意义上说喷印法特异性应比光刻法高。
此外，喷印法不需特殊的合成试剂。
与原位合成法比较点样法较简单，只需将预先制备好的寡核苷酸或cDNA等样品通过自动点样装置点于经特殊处理的玻璃片或其它材料上即可。
1 原位光蚀刻合成[5-7] 寡聚核苷酸原位光蚀刻合成技术是由Affymetrix公司开发的，采用的技术原理是在合成碱基单体的5'
羟基末端连上一个光敏保护基。
合成的第一步是利用光照射使羟基端脱保护，然后一个5'
端保护的核苷酸单体连接上去，这个过程反复进行直至合成完毕。
使用多种掩盖物能以更少的合成步骤生产出高密度的阵列，在合成循环中探针数目呈指数增长。
某一含n个核苷酸的寡聚核苷酸，通过4×
n个化学步骤能合成出4n个可能结构。
例如：
一个完整的十核苷酸通过32个化学步骤，8个小时可能合成65,536个探针。
目前美国Affymetrix公司已有同时检测6,500个已知人类基因的DNA芯片，并且正在制备含500,000-1,000,000个寡核苷酸探针的人类基因检测芯片。
该公司每月投入基因芯片研究的经费约100万美元，目前产品尚未公开投放市场发挥经济效益，但已有许多公司及研究机构与其签约购买其产品。
该产品不仅可用于基因表达分析和基因诊断等，而且在大规模药物开发方面也具有诱人的前景。
Affymetrix的大部分产品将在98年底全面投放市场。
届时，在其产品被广泛采用的同时，其所有的研究投入将变成巨大的利润。
其它公司产品也正在从实验室技术研究走向开发应用。
目前，用于分子诊断的DNA芯片不仅已可用于检测爱滋病病毒基因还可用于囊性纤维化（CF）、乳腺癌、卵巢癌等疾病相关基因的基因诊断。
鉴于光刻设备技术复杂，只能有专业化公司生产，加之成本高及合成效率不高的问题，因此有待进行以下研究：
⑴对光刻技术进行改进，提高合成效率；
⑵开发新的原位合成技术，如喷印合成技术，该技术既能进行原位合成又能进行非原位合成。
另一方法是光导原位合成法。
具体方法是在经过处理的载玻片表面铺上一层连接分子（linker），其羟基上加有光敏保护基团，可用光照除去，用特制的光刻掩膜（photolithographicmask）保护不需要合成的部位，而暴露合成部位，在光作用下去除羟基上的保护基团，游离羟基，利用化学反应加上第一个核苷酸，所加核苷酸种类及在芯片上的部位预先设定，所引入的核苷酸带有光敏保护基团，以便下一步合成。
然后按上述方法在其它位点加上另外三种核苷酸完成第一位核苷酸的合成，因而N个核苷酸长的芯片需要4N个步骤。
每一个独特序列的探针称为一个“feature”，这样的芯片便具有4N个“feature”，包含了全部长度为N的核苷酸序列。
这种原位直接合成的方法无须制备处理克隆和PCR产物，但是每轮反应所需设计的光栅则是主要的经费消耗。
运用这种方法制作的芯片密度可高达106探针/平方厘米，即探针间隔为5－10μm，但只能制作II型DNA芯片。
见图一。
2 原位喷印合成 芯片原位喷印合成原理与喷墨打印类似，不过芯片喷印头和墨盒有多个，墨盒中装的是四种碱基等液体而不是碳粉。
喷印头可在整个芯片上移动并根据芯片上不同位点探针的序列需要将特定的碱基喷印在芯片上特定位置。
该技术采用的化学原理与传统的DNA固相合成一致，因此不特殊制备的化学试剂。
3 点样法 点样法是将合成好的探针、cNDA或基因组DNA通过特定的高速点样机器人直接点在芯片上。
点样分子可以是核酸也可以是寡核酸。
一些研究者采用人工点样的方法将寡核苷酸分子点样于化学处理后的载玻片上，经一定的化学方法处理非干燥后，寡核苷酸分子即固定于载玻片上，制备好的DNA芯片可置于缓冲液中保存。
由于方法费时费力，不适于大规模DNA芯片制作，因而实现自动化点样就显得尤为重要。
有的研究者用多聚赖氨酸包被固相支待物玻片，经过分区后用计算机控制的微阵列点样机按照预先设计顺序点上核酸分子，点样量很小，约为5nl。
大规模CDNA芯片多采用这种方法，与其寡核苷酸微芯片相比。
DNA芯片的潜在优越性是具有更强的亲和势和特异性杂交，但是需要大量制备，纯化，量化，分类PCR产物。
有的研究者将玻片上覆盖20μm厚薄层聚丙烯酰胺凝胶作为支持物，采用机械刻写或光刻的方法在其表面划上网格，并用激光照射蒸发掉单元间隙的多余凝胶，以实现DNA芯片分区，单元大小为40×
40μm或100×
100μm间隔分别为50μm和100μm。
然后将化学方法合成的寡核苷酸探针自动化点样于各个单元内而制成DNA芯片，点样速度可达2000单元/秒。
其装置采用的机器人有一套计算机控制三维移动装置、多个打印/喷印针的打印/喷印头；
一个减震底座，上面可放内盛探针的多孔板和多个芯片。
根据需要还可以有温度和湿度控制装置、针洗涤装置。
打印/喷印针将探针从多孔板取出直接打印或喷印于芯片上。
直接打印时针头与芯片接触，而在喷印时针头与芯片保持一定距离。
打印法的优点是探针密度高，通常1平方厘米可打印2,500个探针。
缺点是定量准确性及重现性不好，打印针易堵塞且使用寿命有限。
喷印法的优点是定量准确，重现性好，使用寿命长。
缺点是喷印的斑点大，因此探针密度低，通常1平方厘米只有400点。
国外有多家实验室和公司研究开发打印/喷印设备，目前有一些已经商品化。
军事医学科学院和益生堂生物企业公司目前正在联手利用打印/喷印技术进行生物芯片的研究和开发，预计2年内将有用于实验室研究或临床诊断的基因芯片产品问世。
见图二。
4 电子芯片[8-10] 电子芯片是由美国Ｎanogen公司开发的，目前国内清华大学和复旦大学也在开发这一技术。
这种芯片为带有阳电荷的硅芯片、芯片经热氧化，制成1mm×
1mm的阵列、每个阵列含多个微电极，在每个电极上通过氧化硅沉积和蚀刻制备出样品池。
将连接链亲和素的琼脂糖覆盖在电极上，在电场作用下生物素标记的探针即可结合在特定电极上。
电子芯片最大特点是杂交速度快，可大大缩短分析时间。
制备复杂、成本高是其不足。
5 三维芯片[11-12] 三维芯片是由美国的Packard、摩托罗拉、Argonne国家实验室三家机构与俄罗斯Engelhardt分子生物学研究所合作开发的一种芯片技术。
三维生物芯片实质上是一块显微镜载玻片，其上有10,000个微小聚乙烯酰胺凝胶条，每个凝胶条可用于靶DNA，RNA和蛋白质的分析。
先把乙知化合物加在凝胶条上，再用3cm长的微型玻璃毛细管将待测样品加到凝胶条上。
每个毛细管能把小到0.2nl的体积打到凝胶上。
以上几家机构合作研究的生物芯片系统具有其它生物芯片系统不具有的几个优点。
一是凝胶的三维化能加进更多的已知物质，增加了敏感性。
二是可以在芯片上同时进行扩增与检则。
一般情况下，必须在微量多孔板上先进行PCR扩增，再把样品加到芯片上，因此需要进行许多额
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