分子生物学数据库.docx

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分子生物学数据库

陈成

1、国内的一些有针对性的数据库

BIOSINO

我国的核酸序列公共数据库

更像是一个论坛，有一些提问，互动等功能，信息的筛选也不是特别的严格。

但是规模较小

1条记录可以看出网站的维护和使用都不怎么频繁。

其他许多网站也没有明显的巨大差距。

2、国内的一些大型数据库

中国知网

大部分高校已经购买了它的资源，是国内较权威、全面的数据库。

主要是文献下载，不针对我们实验过程中对数据遇到问题时的解答。

冀鼎觉SciFinder

SciFinder使用简介

SciFinderScholar是美国化学学会（ACS）旗下的化学文摘服务社CAS（ChemicalAbstractService）所出版的《ChemicalAbstract》化学文摘的在线版数据库学术版。

其内容涵盖应用化学、化学工程、普通化学、物理、生物学、生命科学、医学、聚合体学、材料学、地质学、食品科学和农学等诸多领域。

http:

//www.cas.org/products/scifinder/

SciFinder是可以与交大图书馆相连的，在找到文献时，可以直接连接到交大图书馆进行检索帮助。

下面以检索MolecularDynamics为例简单解释其使用。

在登进SciFinder之后会进入检索界面。

上图即为SciFinder的文献检索界面，可以对文件类型，语言，作者等信息作初步筛选。

除此之外也可以看到左面可以选择对作者，公司，杂志，专利进行直接检索。

在搜索之后会出现题目和内容相关两种文献分类，如我们选择内容相关Moleculardynamics，点进GetReference。

这是检索完成的结果。

我们可以看到，在Reference字样之后又Getsubstances等字样，我们可以通过这些选项获取选定文献中相关的物质、反应、相关的引用及被引用等。

在右侧可以看到Analysis以及Refine选项。

现在显示的是Analysis中的JournalName选项，可以看到对于MD来说，JCP,JPC,Biochemistry,JACS等杂志具有较多的信息。

除此之外，还有对作者，公司的分析，为我们对相关内容的行业情况的了解提供了方便。

Refine即对相关文献进行提炼，即对标题，语言等选项进行选择。

如图为对选中的文献进行refine，选择出是中文的文献。

ExploreReference模块大致就是如此。

除此之外的对物质及反应的搜索模块ExploreSubstances和ExploreReactions的界面类似，同样十分友好，大家可以自行探索。

刘士毅UCSCGenomeBioinformatics

UCSCGenomeBioinformaticshttp:

//genome.ucsc.edu/

5100809083刘士毅

这是一个非常常用的基因搜索工具，包含了许许多多实验室最新的测序结果。

这是基因搜索界面，可以定位想要搜索的基因的位置

进到如上界面时我们可以通过界面看到所有不同结果（左列）在基因区域的分布

而在这里我们可以选择想要在界面显示的序列，每个父项都可以展开，每个父项都有许多的子项供选择

彭思杰IntAct

链接：

http:

//www.ebi.ac.uk/intact/

介绍：

EBI下的一个蛋白质互作信息数据库，里面包含了模式生物以及常见生物的蛋白质互作信息。

除了通过搜索查找蛋白质互作的信息，IntAct还提供了一些tools：

Proviz和Validator，前者用于图形可视化，后者未使用过，所以不是很清楚。

这两个软件以及数据库的资料都可以免费在ftp中进行下载。

如上图就是IntAct的一个搜索结果界面。

里面包括了参与反应的两个分子以及反应类型等信息，左上角也提供了各种格式的结果下载，可以进行批量下载。

沈方舟InterPro

InterPro：

http:

//www.ebi.ac.uk/interpro/

简介：

InterPro

是大型综合生物信息学数据库EMBL－EBI下属的一个数据库，该

数据库的功能是蛋白质序列分析与分类，该数据库通过多种特征将蛋白质按家族

分类并且预测域（domain）和功能性位点。

InterPro可以提供域、蛋白质家族

及位点的相关信息。

数据库使用：

1.网页搜索：

如下图所示，直接搜索ID可以得到ID的相关信息，包括综述、相关蛋白质、

域组织、通路与相互作用、物种、结构、文献和交叉引用。

InterPro支持搜索的

ID除了其自身数据库的ID，还可以用pfam（蛋白质域数据库）或GO（基因注

释）的ID进行搜索。

除此之外，InterPro还支持关键字搜索，如下图所示，搜索关键字的结果一

般会有许多结果。

从图中左侧可以看出InterPro所包含的信息有四种，包括蛋

白质家族、域、蛋白质重复和位点。

另外右上的show

more

data可以链接到EMBL

－EBI以获取更多的相关信息。

最后，作为作为蛋白质序列分析的数据库，InterPro也支持直接分析蛋白质

序列，下图是序列搜索结果的页面。

2.数据下载

除了在网页上搜索外，要获得更多的数据可以登陆其FTP进行下载。

石逸飞Manet数据库

Manet数据库的介绍

Manet数据库很小，它的的特点是提供定性和定量的生物系统中分子相互作用的网络。

而且，这个数据库对蛋白结构的进化非常感兴趣，事实上，这正是这个数据库一开始建立的目的，那就是查找某个代谢的酶的祖先和代谢本身的进化途径。

而现在，这个网站和多个知名的生物代谢网络网站都有合作，比如KEGG和SCOP，对于文献中每一个蛋白或者酶，都提供KEGG的具体说明。

目前它的引用文献只有九篇。

其网址是www.manet.uiuc.edu。

张少博CAZY数据库

全称：

Carbohydrate-ActiveenZYmesdatabases　

链接：

　http:

//www.cazy.org/

是一个专门用来收集，研究碳水化合物活性酶的基因组，结构生化信息的数据库。

是一个专门领域研究的人比较常用的数据库。

目前，有5个大的家族在数据库中。

使用比较简单。

对每一个大家族的信息很详细，而且分类做的很好。

每一个大的家族下的一个小的家族为例，对这些分类也很做的很详细，分为了细菌，真菌，有结构的酶。

而且每个酶都提供了基因，结构的链接（到ｇｅｎｂａｎｋ，ｕｎｉｐｒｏｔ，ｐｄｂ等数据库）

这个数据库虽然只是专门针对一个大类的酶做的，但是，分类很详细，而且包含的信息也更多，而且对于研究同一家族的酶的研究者来说会很有帮助。

杨佳蓓Proteinlounge

这是一个涵盖了代谢途径，蛋白质，siRNA等的数据库。

部分代谢途径数据还是对外开放的。

这个数据库的特色在于他提供了相关的图片和视频，让用户更清晰地看到代谢途径的过程。

图片如下：

（可能详细信息需要注册）

视频如下：

（开放免费）

视频的相关介绍以及其他链接。

姚翔宇OMIM

1.Databaseintroductionwhichisnotincludedintheclass

OMIMistheabbreviationofOnlineMendelianInheritanceinManhttp:

//omim.org/

e.genterthedisorderofhumanorillnessofyourinterestsuchasalzheimer

youget338hitsaroundthistopic

choosesearchresultid#104300asanexampletoillustratewhatthedatabasehas

PhenotypeGeneRelationships

4p14-p13isthelocationofthegeneandphenotypeislate-onsetAlzheimerdisease

ClinicalSynopsis

AnumberofsignisusedwiththisentrybecauseofevidencethatfamilialAlzheimerdisease-1iscausedbymutationinthegeneencodingtheamyloidprecursorprotein（APP,104760）onchromosome21q.