微生物学名词解释.docx

1、微生物学名词解释绪论微生物分类学 microbial tasonomy 研究微生物分类理论和技术方法的学科称为微生物分类学。分类 classification 分类是根据一定的原则（表型特征相似性或系统发育相关性）对微生物进行分群归类，根据相似性或相关性水平排列成系统，并对各个分类群的特征进行描述，以便查考和对未被分类的微生物进行鉴定。命名 nomenclature 命名是根据命名法规，给每一个分类群一个专有的名称。鉴定 identification 指借助于现有的微生物分类系统，通过特征测定，确定未知的、新发现的或未明确分类地位微生物所应归属分类群的过程。分类单元 taxon, 复数taxa

2、 是指具体的分类群，如原核生物界（Procaryotae）、肠杆菌科（Enterobacteriaceae）、枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis）等都分别代表一个分类单元。种 species 种是生物分类中基本的分类单元和分类等级。微生物的种可以看作是：具有高度特征相似性的菌株群，这个菌株群与其他类群的菌株有很明显的区别。属 genus 是介于种（或亚种）与科之间的分类等级，也是生物分类中的基本分类单元。通常是把具有某些共同特征或密切相关的种归为一个高一级的分类单元，称之属。.居群 population 是指一定空间中同种个体的总和。每一个物种早自然界中的存在，都有一定的空间结构

3、，在其分散的、不连续的居住场所或分布区域内，形成不同的群体单元，这些群体单元就称居群。亚种 subspecies, subsp., ssp. 当某一工人种内的不同菌株存在少数明显而稳定的变异特征或遗传性状而又不足以区分成新种时，可以将这些菌株细分成两个或更多的小的分类单元称为亚种。亚种是正式分类单元中地位最低的分类等级。变种 variety 变种是亚种的同义词。在国际细菌命名法规（1976年修订本）发表以前，变种是种的亚等级，因“变种”一词易引起词义上的混淆，1976年后，细菌种的亚等级一律采用亚种，而不再使用变种。新种 species nova, sp. nov, nov sp. 新种是指权

4、威性的分类、鉴定手册中从未记载过的一种新分离并鉴定过的微生物。型 type 常指亚种以下的细分。当同种或同亚种不同菌株之间的性状差异，不足以分为新的亚种时，可以细分为不同的型。菌株 strain 从自然界中分离得到的任何一种微生物的纯培养物都可以称为微生物的一个菌株；用实验方法（如通过诱变）所获得的某一菌株的变异型，也可以称为一个新的菌株，以便与原来的菌株相区别。菌株是微生物分类和研究工作中最基础的操作实体。菌型 form 曾用做菌株的同义词，现已废除，仅作若干变异型的后缀。如噬菌体变异型Phagovar、血清变异型Serovar、生物变异型Biovar、形态变异型Morphovar、致病变异

5、型Pathovar。菌群 group 指两种微生物及介于它们之间的一些过度类型的菌种，具有某些共同性状。如大肠菌群包括大肠杆菌、产气肠杆菌及它们之间的过度类型。俗名common name 俗名是一个国家或地区使用的普通名称。其优点是在一定的区域内通俗易懂便于记忆，但局限性是不便于国际间的交流。学名 scientific name 国际上统一使用的名称称为学名，用以确保生物名词的统一性、科学性和实用性。双名法 binominal nomenclature 双名法指种的学名由属名和种名加词两部分组合而成。第一个词为属名，首字母要大写；第二个词为种名加词，常用形容词（要于属名性别一致），也可以用人名

6、、地名、病名或其他名词（名词用主格或所属格形式），种名加词首字母不大写。三名法 trinominal nomenclature 当某种微生物是一个亚种时，学名就应按三名法拼写，即由属名、种名加词和亚种名加词构成。例如：Alcaligenes denitrificans subsp. Xylosoxydans（反硝化产碱杆菌氧化木糖亚种）。属名 generic name 是一个表示微生物主要特征的名词或用作名词的形容词，单数，第一个字母应大写。其词源可来自拉丁词、希腊词或其它拉丁化的外来词，也有以组合的方式拼成。种名加词, 种加词 specific epithet 它代表一个物种的次要特征。其词

7、源由拉丁词、希腊词或拉丁化的外来词组成。字首一律小写。可由形容词或名词组成，如果是形容词，要求其行与属名一致，如Staphylococcus aureus（金黄色葡萄球菌）中，属名与种的加词均为阳性词。系统发育树, 系统树 phylogenetic tree 在研究生物进化和系统分类中，常用一种树状分枝的图形来概括各种（类）生物之间的亲缘关系，这种树状分枝的图形被称为系统发育树，简称系统树。分子系统树 molecular phylogenetic tree 通过比较生物大分子序列差异的数值构建的系统数称为分子系统树。结 node 在系统发育数的图形中，分枝的末端和分枝的连接点称为结，代表生物类

8、群，分枝末端的结代表仍生存的种类无根树 unrooted tree 是系统发育树的一种形式，只是简单表示生物类群之间的系统发育关系，并不反映进化途径。有根树 rooted tree 是系统发育树的一种形式，不仅表示生物类群之间的亲疏，而且反映出它们有共同的起源及进化方向。最节省分析法, 简约法 parsimony analysis 它是计算机分析系统发育相关性构建系统树时，最常采用的一种方法。这种方法推断谱系的原则是：在所有可能的谱系关系中，涉及进化改变的序列特征数最少的谱系是最可信的。域 Domain 是一个比界（Kingdom）更高的界级分类单元，过去曾称原界（Urkingdom）。三域学

9、说 Three Domains Theory 20世纪70年代末由于美国伊利诺斯大学CRWoose等人对大量微生物和其它生物进行16S和18S rRNA寡核苷酸测序,并比较其同源性水平后,提出了一个与以往各种界级分类不同的新系统，称为三域学说。三域Three Domains 三域指的是细菌域（Bacteria，以前称“真细菌域”Eubacteria）、古生菌域（Archaea，以前称“古细菌域”Archaebacteria）和真核生物域（Eukarya）。 模式（或典型）菌株 type strain 根据命名法规要求，正式命名的分类单元应指定一个命名模式作为该分类单元命名的依据。种和亚种所指定

10、的称为模式（或典型）菌株。模式种 type species 根据命名法规要求，正式命名的分类单元应指定一个命名模式作为该分类单元命名的依据。亚属和属所指定的称为模式种。模式属 type genus 根据命名法规要求，正式命名的分类单元应指定一个命名模式作为该分类单元命名的依据。属以上至目级分类单元所指定的称为模式属。伯杰氏系统细菌学手册 Bergeys Manual of Systematic Bacteriology 从1984年至1989年分四卷出版了伯杰氏系统细菌学手册。第一卷包括革兰氏阴性细菌，第二卷包括革兰氏阳性细菌，第三卷包括一部分革兰氏阳性细菌、古生菌和蓝细菌，第四卷包放线菌。伯

11、杰氏鉴定细菌学手册 Bergeys Manual of Determinative Bacteriology 最初是由美国宾夕法尼亚大学的细菌学教授伯杰（D. Bergey）（1860-1937）及其同事为细菌的鉴定而编写的，名为伯杰氏鉴定细菌学手册。该书自1923年问世以来，以进行过8次修订，现已发行第九版。DNA-DNA同源性 DNA-DNA homology 通常以同源%表示，代表整个基因组中DNA碱基序列相似性的平均值。各菌株DNA的同源性在70%以上属于种的水平，即属于同一个种。在20-70%之间则属于一个属内不同的种。DNA-rRNA同源性 DNA-rRNA homology 用来

12、确定种以上或更高层次分类单元微生物间的亲缘关系。（G+C）mol% 值 guanine plus cytosine base mole percent 它表示DNA分子中鸟嘌呤（G）和胞嘧啶（C）所占的摩尔百分比值，即（G+C）mol%= G+C/A+T+G+C100%热变性温度或熔解温度 Tm melting temperature DNA的热变性过程（即增色效应的出现）是在一个狭窄的范围内发生的，紫外吸收增加的中点值所对应的温度称为该DNA的热变性温度或熔解温度。核酸分子杂交法 hybridization of nucleic acids 按碱基的互补配对原理，用人工方法对两条不同来源的单

13、链核酸进行复性，以构建新的杂合双链核酸的技术，称为核酸分子杂交法。此法可用于DNA-DNA、DNA-rRNA和rRNA-rRNA分子间的杂交。核酸分子杂交法是测定核酸分子同源程度和不同物种间亲缘关系的有效手段。核酸探针 nucleic acids probe 指能识别特异核苷酸序列的、带标记的一段单链DNA或RNA分子rRNA寡核苷酸编目分析 rRNA oligonucleotide catalog analysis 一种通过分析原核或真核细胞中最稳定的rRNA寡核苷酸序列同源性程度，以确定不同生物间的亲缘关系和进化谱系的方法。遗传特征分类法 genetic taxonomy 指根据核酸分析得

14、到的遗传相关性所做的分类。它是一种最客观和可信度最高的分类方法。化学分类法 chemotaxonomy 是应用电泳、色谱和质谱等分析技术来分析比较不同微生物细胞组分、代谢产物的组成等而进行分类的方法。数值分类法 numerical taxonomy 是根据数值分析，借助计算机将拟分类的微生物按其性状的相似程度归类的方法。限制性片段长度多肽性 restriction fragment length polymorphism, RFLP 提取不同微生物菌种的总DNA，然后用限制性内切酶进行酶切，再进行琼脂糖凝胶电泳，分离和比较酶切片段的长度和多样性。由于亲缘关系不同的微生物菌种其DNA的核苷酸序列

15、不同，存在的限制性内切酶酶切位点也不同，所以被切成不同数目和长度的DNA片段，比较这些片段的酶切图谱即可判断微生物之间彼此的亲缘关系。核酸分型 ribotyping methods 是将复杂的DNA酶切片段转移到膜上，和标记的探针进行杂交，比较杂交片段。随机扩增多肽性DNA random amplified DNA, RAPD 以基因组总DNA为模板，运用任意序列的上百种非特异引物，在非严格条件下进行PCR扩增，由于不同物种的基因组中与同一组引物相匹配的碱基序列的空间位置和数目可能不同，所以扩增产物的大小和数量也有可能不同。通过凝胶电泳比较这些差异即可分析两个或多个基因组间的亲缘关系。脉冲电场

16、凝胶电泳 pulsed firld gel electrophoresis, PFGE 可以在琼脂糖凝胶中分离完整酵母菌染色体或染色体DNA大片段，从而估测酵母细胞染色体数目及其大小。16SrRNA寡核苷酸分类目录 16SrRNA oligonucleotide catalog 即16SrRNA寡核苷酸序列分析比较。现在被共认为是生物进化的合适方法。SAB相关系数associated coefficient SAB=2NAB/NA+NB式中NAB是A、B两被测菌株所共有的“单词“中的”字母“数，而NA和NB则是两个菌株分别具有的“单词“中的”字母“数。根据SAB值进行数值分析后，就可推知其间的

17、亲缘关系。Ssm 简单匹配相关系数, simple matching coefficient Ssm是数值分类法中计算两菌株间的相关系数的一种计算方式。SSM=a+d/a+b+c+d，式中a为两菌株均呈正反应的性状数，b为菌株甲呈正反应而乙呈负反应的性状数，c为菌株甲呈负反应而乙呈正反应的性状数，d为两菌株均呈负反应的性状数。从式中可知Ssm值既包含正反应性状，也包含负反应性状。Sj Jaccard 相关系数, Jaccards coefficient Sj是数值分类法中计算两菌株间的相关系数的一种计算方式。Sj=a/a+b+c，式中a为两菌株均呈正反应的性状数，b为菌株甲呈正反应而乙呈负反应

18、的性状数，c为菌株甲呈负反应而乙呈正反应的性状数。从式中可知Sj值仅包含正反应性状，而不包含负反应性状。操作分类单位 operational taxonomic units,OUT 分类单位可能是菌株、种或属，统称每个分类单位为一个操作分类单位。很多场合下，OUT是指菌株。标准菌株：指能代表某个种的各典型性状的一个被指定的菌株。国际细菌命名法规(International Code of Nomenclature of Bacteria,简称ICNB):决定细菌的命名.国际系统菌学杂志(International Journal of Systematic Bacteriology;IJSB)

19、:发表新细菌命名提案.一. 原核微生物原核生物(procaryotic cell microbe)：一大类细胞微小，只有称作核区（无细胞膜包裹的裸露DNA）的原核单细胞生物。所有原核生物都是微生物，包括真细菌和古生菌两大类群。根据外表特征把原核生物粗分为：三菌三体。原核生物与真核生物的主要区别是：1基因组由无核膜包裹的双链DNA环组成。2缺少单位膜分隔而成的细胞器。3核糖体为70S型。细菌（bacteria）：是一类细胞细短、结构简单、胞壁坚韧、多以二分裂方式繁殖和水生性较强的原核生物。细菌多型性：有些细菌尽管在最适宜的（正常的）环境中生长，其形态也很不一致。球菌:一类球形或近球形的细菌。不同

20、种的球菌大小变化很大。细胞分裂后或单个，或成对，或四联，或成链，或成簇状。放线菌：(actionomycetes）是一类呈丝状生长、菌落呈放射状、以孢子繁殖的陆生性较强的革兰氏阳性菌。菌柄(Prosthecas)：在诸如柄杆菌属的细菌中，作为细胞壁的一部分的附器。细胞膜(cell membrance)：是细胞壁和原生质之间一层柔软并具有半透性的生物膜（又叫质膜、原生质膜、胞浆膜）。G-细菌:在一个已固定的细菌涂片上用结晶紫染色，再加媒染剂-碘液处理，使菌体着色，然后用乙醇脱色，最后用番红复染。显微镜下菌体呈红色者为G-细菌。G+细菌:在一个已固定的细菌涂片上用结晶紫染色，再加媒染剂-碘液处理，

21、使菌体着色，然后用乙醇脱色，最后用番红复染。显微镜下菌体呈紫色者为G+细菌。磷壁酸（teichoic acid）是G+细菌细胞壁结合在细胞壁上的一种酸性多糖，主要成分为甘油磷酸或核糖醇磷酸。脂多糖（LPS）是位于G-细菌细胞壁最外层的一层较厚的类脂多糖类物质，由类脂A、核心多糖和O-特异侧链 3 部分组成。假肽聚糖是由N-乙酰葡萄胺和N-乙酰塔罗糖胺糖醛酸以-1，3-糖苷键交替连接而成的，连在后一氨基糖上的肽尾由L-Glu、L-Ala和L、Lys3个L 型氨基酸组成，肽桥则由L-Glu1 个氨基酸组成。核糖体(Ribosome)：由RNA和蛋白质组成的细胞质结构单位，为蛋白质合成地点。每个细菌

22、约有1万个70S的核糖体。质粒凡游离于原核生物核基因组以外，具有独立复制能力的小型共价闭合环状的dsDNA分子,即cccDNA。能复制，表现或不表现一定的性状，不影响微生物的生存，能在细胞之间传递，是很好的基因载体。常见的质粒有：F因子、R因子、细菌素因子等。附加体:附着在染色体上的质粒称附加体。核糖核酸Ribonucleic acid (RNA)：见于细胞质和核仁的核酸；含有磷酸，D-核糖，腺嘌呤，鸟嘌呤，胞嘧啶和尿嘧啶。核酸(Nucleic acid)：一类由核苷酸复合物连接构成的分子；其类型有脱氧核糖核酸和核糖核酸。核蛋白(Nucleoprotein)：由核酸和蛋白质组成的复合物分子。组

23、蛋白：存在于真核细胞内的一类碱性蛋白（其作用之一是使大量遗传信息压缩在核内）缼壁细菌：指细胞壁缺乏或缺损的细菌。包括原生质体、球状体、 L型细菌和支原体。支原体：是在长期进化过程中形成的、适应自然生活条件的无细胞壁的原核生物，因为它的细胞膜中含有一般生物所没有的 甾醇，故即使缺乏细胞壁，其细胞膜仍有较高的机械强度。周质空间：在G细菌中，其外膜与细胞膜间的狭窄胶质空间。其中存在多种周质蛋白，包括水解酶类、合成酶类和运输蛋白。内含物：细菌细胞质中有许多贮藏成分，有些贮藏成分是光学显微镜下看得见的颗粒，通常称为内含物。异染粒:又称迂回体或捩转菌素最初在迂回螺菌中发现，并能用美篮或甲苯胺蓝染成紫色。是

24、无机偏磷酸盐的聚合物具有贮藏磷元素和能量以及降低细胞渗透压等作用。还可用于鉴定白喉棒杆菌和结核分枝杆菌。脂类颗粒：细菌在代谢过程中积累起来，但不能被细菌作养料脂类颗粒。多糖颗粒：有糖原和淀粉二类颗粒，可作为细菌的能量来源。硫粒：有些硫细菌能氧化H2S为硫，获得能量，并贮藏硫形成硫粒。当外界硫缺乏时，将硫进一步氧化获得能量。是硫素和能源的贮藏物。羧酶体(carboxysome)又称羧化体，是存在也一些自养细胞内的多角形或六角形内含物其大小与噬菌体相仿，约10nm，内含1,5-二磷酸核酮糖羧化酶，在自养细菌的CO2 固定中起着关键作用。磁小体(megnetosome趋磁细菌细胞中含有的大小均匀、数

25、目不等的Fe3O4颗粒，外有一层磷脂、蛋白或糖蛋白膜包裹，无毒，具有导向功能。趋磁细菌还有一定的适用作磁性定向药物和抗体，以及制造生物传感器。气泡:在许多光能营养型无鞭毛运动的水生细菌的细胞内常含有为数众多的充满气体的小泡囊，称为气泡。气囊壁为蛋白质。能使细菌具有浮力，以利于细菌在适宜的溶解氧和营养物质的环境中生活。二. 真核微生物真核微生物：是一大类细胞核具有核膜，能进行有丝分裂，细胞质中存在线粒体或同时存在叶绿体等多种细胞器的微生物。（真菌、显微藻类和原生动物等）真菌(fungi)：有真正细胞核，没有叶绿素的生物，它们一般都能进行有性和无性繁殖，能产生孢子，它们的营养体通常是丝状的且有分枝

26、结构，具有甲壳质和纤维质的细胞壁,并且常常是进行吸收营养的生物。霉菌(Mold): 具有丝状结构特征的真菌。原生动物(protozoa)：缺少真正细胞壁，具有运动能力，进行吞噬营养的单细胞真核微生物。隔膜(Septum)：菌丝体中的模壁。菌丝（hypha）：丝状真菌的结构单元,是一条具有分枝的管形丝状体,外由细胞璧包被,里面充满原生质和细胞核。幼时无色,老后常呈各种不同的颜色。菌丝体(mycelium)：由许多菌丝连结在一起组成的营养体类型叫菌丝体。有隔菌丝(Septa hypha):真菌菌丝中有隔膜，被隔膜隔开的一段菌丝就是一个细胞，菌丝由多个细胞组成，每个细胞内有一至多个核。隔膜上有单孔或

27、多孔，细胞质和细胞核可自由流通，每个细胞功能相同叫有隔菌丝。无隔菌丝(Non-septa hypha)：真菌没有隔膜的菌丝叫无隔菌丝。 Z型菌丝（Z-hypha）：有些真菌的营养体类型，在寄主体内和人工培养基上是两种不同类型的菌体称之。出芽痕：酵母出芽繁殖时，子细胞与母细胞分离，在子、母细胞壁上都会留下痕迹。在母细胞的细胞壁上出芽并与子细胞分开的位点称出芽痕。子细胞细胞壁上的位点称诞生痕。吸器(吸胞)(Haustorium): 真菌菌丝某处生出特殊形态的菌丝体或菌丝的变态物，伸入寄主体内吸取养分，这些变态物叫吸器。菌环(菌套annulus): 捕食性真菌形成环状,叫菌环（菌套）。菌网(mact

28、erial net): 捕食性真菌形成网状，叫菌菌网。菌核(Sclerotium)：真菌生长到一定阶段，菌丝体不断地分化，相互纠结在一起形成一个颜色较深而坚硬的菌丝体组织颗粒。子座(Stroma):是菌丝分化形成的垫状结构,或是菌丝体与寄主组织或基物结合而成的垫状结构物。菌索(Rhizomorph):是菌丝体集合形成的绳状结构。多生于树皮下或地下,形似根状结构物）菌丝束(hyphal strand)：菌丝平行排列的绳状结构。蕈菌(子)(fungal)：由大量菌丝紧密结合形成的真菌子实体。真菌鞭毛(cilium)：是单独的细胞器，不是孢子体躯的延伸，它来源于中心粒系统，由9+2根微管（31根亚纤

29、丝）组成结构物。子囊孢子(ascospore)：子囊菌的有性配子或生于子囊内的有性配子叫之。担孢子(basidiospore)：担子菌的有性孢子为担孢子，是一种外生孢子。半知菌(fungi imperfecti)：因为只了解其生活史的一半，因此常称为半知菌。食用菌(edible mushrooms):指真菌中有肥大肉质和胶质的繁殖器官（子实体），可以供人类吃食的大型的丝状真菌。毒伞菌(poisonous mushrooms)：能产生毒素的大型的丝状真菌。营养体(nutrition body)：真菌营养生长阶段的结构称为营养体。无性孢子(asexualspore): 未经性细胞(核)结合，直接在

30、营养体上产生的孢子。有性孢子(sexualspore): 有性繁殖产生的孢子称有性孢子。节孢子：一些真菌在进行无性繁殖时，其菌丝顶端停止生长后，产生许多横隔膜，这些隔膜处断裂开后便形成一节一节的细胞，这些节状细胞即为节孢子。休眠孢子囊（resting sporangium）：是某些低等鞭毛菌的有性孢子，由鞭毛菌同型两性接合生育而成。孢子囊：一些真菌进行无性繁殖时，在菌丝分枝的顶端形成膨大的囊状结构体，其中原生质经分割后形成内生的无性孢子。卵孢子(oospore)：是鞭毛菌中卵菌的有性孢子，由异型两性接合生育而成。 原配子囊：接合菌相接近的+、两种菌丝各自向对方生出极短的侧枝叫原配子囊。接合菌：

31、指产生一种叫接合孢子的休眠孢子。接合作用(Conjugation)：一种配偶暂时融合的交配过程；尤其见于单细胞有机体。担子果或子实体(sporophore):高等担子菌中,产生一种高度组织化结构(包括担子和担孢子),称为担子果或子实体。担子子实层:担子排列的层叫担子子实层，除担子外，还有刚毛、囊状体。匍匐丝（又叫蔓丝）：根霉菌体有一部分呈弧形，在培养基表面水平生长，根霉的气生性强，大部分菌丝上匍匐于营养基质表面的气生菌丝。(联结假根之间的菌丝)假根(pesudorhiza)：匍匐菌丝在接触培养基处伸入培养基内呈分枝状生长的菌丝。同宗结合(homothallic)：某些真菌，其有性生殖发生在同一

32、个菌体中，是一种自身可孕的结合方式。异宗结合(heterothallic)：某些真菌必须由不同交配型的菌丝相结合才能产生有性生殖的性亲和方式。子囊子实层(ascusic hymenium)：子囊排列的层叫子囊子实层，子实层除子囊外，还有则丝、不育丝。子实层(hymenium)：子囊着生在一个盘状开口的子囊果内。子实体(Fruiting body)：一种特化的产生孢子的器官。（真菌的产孢结构）子囊(Ascus)：子囊类特征的囊状结构，里面产生子囊孢子。(一种囊状产孢结构，球形、棒形成圆筒形)子囊壳(Perithecium)：球形、圆筒形或卵形的子囊果，它通常在顶部开一条裂缝或小孔。子囊果(ascocarp)：子囊菌亚门真菌产生子囊孢子的结构闭囊壳（子囊球cleistothecium）：子囊被包在一个球形无孔的子囊果中。子囊盘(apothecium)：呈盘状、碗状成漏斗状，顶部敞开的叫子