附录1常用基本词汇表.docx

1、附录1常用基本词汇表附录1 常用基本词汇表英 文 名 词中 文 名 词解 释A（Adenine）腺嘌呤作为碱基的两种嘌呤中的一种。active site活化位点蛋白质三维表面催化作用发生的区域。alignment比对为了确定两个同源核酸或蛋白质序列的累计差异而进行的配对称为比对。alignment of alignments比对的比对即比对的对象不是简单的序列，而是序列的比对。alleles等位基因一个基因的不同版本。alpha carbon碳在氨基酸中与侧链（R-基团）相连的中心碳原子。alternative splicing可变剪接从一个单独的hnRNA生成两个或多个mRNA分子的过程。a

2、mino terminus (N-terminal)氨基端（N端）在一个多肽中，具有自由氨基的分子端，对应于基因的5-端。anti-parallel反向平行表示相反的方向；在双链DNA中，这意味着如果一条链是5 到 3的，则其互补链方向是3 到5的。backbone (of an amino acid)（氨基酸的）骨架包含一个氨基，一个碳和一个羧酸或羧基。base pair碱基对（1）在双链DNA中嘌呤和嘧啶之间的相互作用（特别指A和T之间，G和C之间）；（2）双链DNA序列长度的基本单位。beta turns转角在反向平行的折叠片中，当链反转方向的时候蛋白质内部形成的U型结构。Bioinfo

3、rmatics 生物信息学应用信息科学的理论、方法和技术，管理、分析和利用生物分子数据。Biocomputing生物计算本书中特指用计算机技术分析和处理生物分子数据。Basic Local Alignment Search Tool ( Blast) 基本的局部比对搜索工具（Blast）一种常用的序列数据库搜索工具。blotting and hybridization印迹和杂交将分子（通常是核酸分子）从凝胶转移到膜上，接着用绑定有特定感兴趣的分子的标记探针进行洗脱的过程。bootstrap test自举检验对置信程度进行量化的检验。branch and bound method分支约束法一种空

4、间搜索方法，通过约束条件减少搜索空间，提高搜索效率。 branches分支在系统发生树中，通过分支连接两个节点。C (Cytosine)胞嘧啶作为碱基的两种嘧啶中的一种。CAAT boxCAAT盒大多数真核启动子具有的一段短序列，其片段模式为C-A-A-T，通常出现在转录起始位点上游80个核苷酸的地方。许多因子可以与CAAT盒结合。carboxy terminus羧基端在多肽链中，含有羧酸基团(COOH)的分子端，对应于基因的3-端。cDNA Complementary DNAcDNA 互补DNA通过逆转录酶从RNA模板合成的DNA。cDNA librarycDNA文库从mRNA序列中产生的所

5、有DNA序列的集合。这种类型的文库只包含编码蛋白质的DNA（基因）。central dogma中心法则从基因的核酸序列中提取信息并以此合成蛋白质的过程（DNARNA protein）。character特征在系统发生树中，具有有限状态数的特征。charged amino acid带电氨基酸在一定的生物pH值下，带有正电或负电的氨基酸。chromatin染色质在真核生物细胞核内部由大量DNA以及与此相关的组蛋白组成的近似均匀混合物。chromosome染色体在原核生物，包含一个细胞基因组的DNA分子称为染色体。在真核生物中，与蛋白质复合在一起、包含大量遗传信息的线型DNA分子。clone 克隆无

6、性繁殖，如生物体克隆、基因克隆等。cloning克隆在类染色体载体中插入特定的DNA一段，使得它们可以在活细胞中得以保存并复制。coding sequence 编码序列DNA序列中为蛋白质编码的部分。codon密码子基因编码部分的三核苷酸组合，对应于一个特定的氨基酸。Complementary互补的（1）通过氢键连接的核苷酸对（G 和C; A 和 T; A 和 U）；（2）核苷酸链的反向平行对。Computational Molecular Biology计算分子生物学主要研究分子生物学数据的分析方法，开发分析工具。conformation构象蛋白质的空间构象。consensus sequen

7、ce一致序列在两个或多个同源序列的每一个位置上多数出现的核苷酸或氨基酸组成的序列。conserved sequence保守序列在进化过程中基本保持不变得核酸与蛋白质序列，它们往往与特定得功能相对应。contig连续交叠群基因组测序过程中将许多短的序列片段链接成很长的连续片段。convergent evolution趋同进化指相似基因型或表型性状的独立进化。例如，眼睛在各种生物体（如哺乳动物、软体动物以及昆虫）中独立进化，结构各异。CpG islandCpG岛在哺乳类动物基因组中的一个500bp到3000bp的区域，该区域中的二核苷酸CpG的含量比其他区域的正常水平要高。通常，与此相关的是真核生

8、物管家基因的启动子区域。crystal晶体由分子的规则排列组成的固体结构。degeneracy简并性指某些氨基酸可以被一个以上的三联密码子编码的特性。denatured protein变性蛋白质指蛋白质因为受热作用或者去污剂或尿素等化学作用而失去了正常的三级结构和四级结构的结果。deoxyribonucleic acid (DNA)脱氧核糖核酸（DNA）由相连的核苷酸组成的双链生物二聚体，其核苷酸含有脱氧糖基。DNA是遗传的分子基础。dipeptide二肽由一个肽键连成的两个氨基酸。disulfide bond二硫键二硫键是蛋白质中两个半胱氨酸侧链之间形成的化学键。DNADNA参见 脱氧核糖核

9、酸。domain 域（结构域）指蛋白质结构中相对独立的、具有特定功能的空间区域。 dot plot点阵图对两条序列进行图形化比较的方法。图形中的一系列的斜线对应于序列相似的区域。dynamic programming动态规划一种可以有效地探求一定复杂问题的各种可能的解决方案的程序；它将一个问题合理分解成一些小的子问题，然后利用部分计算解得到最终答案。enhancer增强子可以与真核转录因子特异性结合的DNA序列片段。增强子序列可以在任何一个方向上起到逐渐增加转录水平的作用。enzyme酶一种生物催化剂（通常是蛋白质），能通过降低活化能使特定的化学反应可以更快地进行。EST（Expressed

10、sequence tags）EST 表达序列标签从cDNA的5 或 3 端获取的短的DNA片段。euchromatin常染色质指真核生物中组蛋白高度甲基化并且DNA低度甲基化的开放染色质。exhaustive search穷举搜索对问题所有可能的解进行评估。exon外显子一个hnRNA分子的各个部分，它们被剪接后连在一起形成mRNA。expression profile表达谱基因在不同时空的表达模式。family家族在整个长度范围内有多于50的氨基酸序列相同的蛋白质称为一个家族。fold折叠通常和术语“结构模体”有近似的含义，但是特别暗示在两个或更多的蛋白质中具有相似二级结构的大区域。four

11、fold degenerate site四重简并位点指那些改变一个核苷酸为任何其它三个中的一个都对核糖体将氨基酸插入到蛋白质没有影响的密码子位点。G（Guanine）G（鸟嘌呤）两种嘌呤中的一种。gap penalty空位罚分为了减少序列比对中出现的空位，对空位进行减分的操作。gaps空位在两个具有共同祖先序列的比对中，为了反映插入或删除所引入的一个或一些破折号。GC contentGC含量在DNA序列中，核苷酸G、C的丰度的相对于A、T的度量。gel electrophoresis凝胶电泳指在电场的作用下，使带电分子穿过聚丙烯酰胺、淀粉或者琼脂糖凝胶，从而根据其大小和带电性进行分离的过程。g

12、ene基因DNA或RNA中，代表特定功能的某一段核苷酸序列；一种遗传的功能单元，它控制着一个或多个性状的传递和表达。gene content基因内容一个基因组所包含的所有基因称为该基因组的基因内容。gene expression基因表达利用存储在DNA中的信息来合成RNA分子，进而生成相应蛋白质的过程。gene identification基因识别利用各种方法识别基因组中的基因序列。gene ontology基因本体论关于基因和蛋白质知识的标准词汇，是今后实现各种与基因相关数据的统一、进行数据转换、开展数据挖掘的基础。gene order基因次序基因在染色体上的排列顺序。gene tree基因

13、树基于同源基因分析得到的系统发生树。genetic map遗传图谱以具有多态性的遗传标记为“路标”，以遗传学距离为图距的基因组图谱。genome基因组一个生物体全部遗传物质的总和。genomics基因组学研究基因组序列，研究序列与功能的关系，研究基因组中所包含的遗传信息。genomic library基因文库包含有基因组DNA插入的克隆片断集合。genotype基因型一个个体或群体全部或部分的基因组成。global alignment全局比对在全局范围内对两条序列进行比对打分的方法。GU-AG ruleGUAG规则这是一条与真核生物蛋白质编码基因相关的规则，说的是RNA内含子序列5 端的起始两

14、个核苷酸总是5-GU-3，并且其3端的最后两个核苷酸总是5-AG-3。hairpin turn发夹环在RNA链中自身反转允许形成分子内碱基配对的位置。Hash tableHash 表一种数据结构，可以存储多个数值；不像矩阵要用整型索引获取存在其中的数，hash可以用任何类型的值（包括字符串）作为索引。Hidden Markov Models (HMM)隐马尔柯夫模型（HMM）在序列分析中常用的一种数学模型。heterochromatin异染色质指转录停滞、紧密包裹着的染色质；和高度DNA甲基化以及低度的组蛋白甲基化有关。heuristic methods启发式方法反复试验，利用经验解决问题的一

15、种方法。homologs同源序列具有公共祖先的序列。horizontal gene transfer基因水平转移基因从一个物种传递到另一个物种的过程。虽然病原体和转座子通常被疑似为导致它的原因，但是基因这种运动的机制仍然未知。Human Genome Project, HGP人类基因组计划通过全球合作，绘制人类基因组的全部序列图谱。housekeeping gene管家基因发育过程中在任何时间、在任何器官都高度表达的基因。H-P (hydrophobic-polar) modelH-P（疏水极性）模型以固定半径的单个原子表示蛋白质中的一个氨基酸残基的简单网格模型。hydrogen bondin

16、g氢键由于极性共价键的作用，使得电荷作用发生轻微分离而形成的分子相互作用。hydrophilic亲水的很容易在水性溶剂中溶解；字面上理解，就是和水易处的。hydrophobic疏水的难以和水分子相互作用，字面上就是厌水的。hydrophobic amino acid疏水氨基酸含有一个全部由碳和氢组成的R基团的氨基酸；它不可能和水分子形成氢键。hydrophobic collapse疏水折叠将一个多肽链折叠成一个压缩的构象，从而使疏水残基远离溶剂的过程，简单的说，是由疏水作用而引起的肽链折叠。indel插入或删除插入或删除。inferred ancestor推断祖先通过系统发生树推断而得到的祖先

17、。inferred tree推断树对三个或三个以上的同源序列的系统发生关系的描述，是它们真正关系的一个近似。informative有信息（位点）在简约性分析中的提供有用信息位点；与此对应的是无信息位点。ingroup内群（或内部物种）一个物种或一个分歧不大的物种系列；与此相对应的是外群。Inhibitor抑制剂任何可以降低酶促反应速度的物质。initiation complex起始复合物一系列自身相互作用的转录因子形成复合体，作用与一个基因的启动子区域，从而促进基因的转录启动。initiator (Inr) sequence起始序列真核基因中与转录起始位点密切相关的核苷酸；在人类中，该一致序列

18、是5-44CARR-3。insertion sequence插入序列指除了自身转座需要外不再包含有任何信息的转座子元件；当被插入到一个基因中，它将破坏其正常的结构以及基因的功能。internal node内部节点在一棵系统发生树中，不对应真正数据的节点，这样的节点代表两个或多个独立家系的公共祖先。intrinsic terminator固有终止子在原核生物中终止转录的特殊信号；指在新转录的RNA中可以形成二级结构的核苷酸序列，其后跟随一串尿嘧啶。intron内含子在剪切时被切除的内部序列；出现在真核基因的初级转录物(hnRNAs)中，而不是在mRNA中。isochores等值区在真核基因组中具

19、有相似碱基比例的区域。junk DNA垃圾DNA没有意义的DNA序列；也指那些目前还不知道其作用的序列。kilobabse(kb)千碱基DNA序列的长度单位，1000个碱基为1kb。lead compound先导化合物指在药物设计中一个可行的候选分子。LINELINE长散布（核）元件。linkage map连锁图谱见“遗传图谱”。local alignment局部比对一种寻找匹配子序列的序列比对方法。lock and key approach锁-钥方法两个对接分子的构象被固定的对接方法。log odds matrix对数几率矩阵矩阵元素是每一个氨基酸替换概率的对数的矩阵。match score

20、匹配得分序列比较算法对相同字符匹配设置的得分。maximum likelihood approach最大似然法指在一系列的序列比对中，考虑每一个核苷酸被替代的概率的一种系统发生学方法；也是一种基于纯统计的系统发生重建方法。methylation甲基化一个甲基(CH3)附着在一个核苷酸的含氮碱基或者蛋白质上。microarray微阵列在一个固体基片上的已知位置固定了DNA探针的有序网格。microsatellite微卫星在基因组中很多非常短的核酸序列出现的区域，例如串接出现5-CA-3的重复序列；通常在个体间变化很大。minisatellite小卫星指在基因组中长度从5个碱基对到几十个碱基对重复

21、序列串连出现的区域；在个体间变化可能很大。mismatch score失配打分在一个比对算法中，对于不相同的字符被比对时所赋予的罚分。molecular clock分子钟这是一个有争议性的假设，指对于所有的进化谱系，任何一段给定的DNA序列以相同的速率突变。molecular clones分子克隆指一段DNA序列的多数相同拷贝，一般地在例如质粒或病毒等载体中进行，使得它们可以在细菌培养物中生存并传播。molecular graphics分子图形学分子图形学是进行分子模型化的一项重要技术，由于分子图形学和其它计算化学方法的相互结合，使得分子模型化方法取得成功。molecular modeling

22、分子模型化分子模型化是利用计算机模拟分子结构、研究分子之间相互作用的一种技术。Monte Carlo algorithmMonte Carlo算法一种尝试复杂问题的各种可能解的方法，例如将能量最小作为评价一般解的方法。motif 序列模式指核酸或者蛋白质序列中具有保守性的序列片段。multiple sequence alignment多重序列比对三个或更多条序列的比对。mutation突变由于DNA复制或者修复错误导致核苷酸序列发生的变化；严格地讲，通过选择性过滤在物种代间发生的变化。native structure天然结构在一个活细胞内，特定的蛋白质通常折叠成的唯一结构。natural se

23、lection (selection)自然选择个体间由于适应性的差异而形成的基因传给子代的差异现象；导致等位基因频率改变的进化。nearest neighbor classifier最近邻分类法一种根据物体特征相似性对它们进行分类的一种统计学方法。negative regulation负调控可以阻止转录发生的调控蛋白的结合。neighbor-joining method邻近归并法一种聚类方法，在聚类之前，所有对象以单个节点表示，然后逐步合并相邻节点。nucletide核苷酸核酸分子的基本单位，其组成方式为碱基-戊糖-磷酸。neural network神经网络一种可以通过学习来仿效一些神经元的功

24、能计算机程序；能够用来根据统计相似性预测数据集的特定属性。neutral mutation中性突变不影响生物适应性的突变。NMRNMR 核磁共振用于解析蛋白质结构的技术。nodes节点在一棵系统发生树中，以节点代表一个分类单元（物种、序列）。nondegenerate site非简并位点突变总是导致蛋白质氨基酸序列发生替换的密码子位置。nonsynonymous substitution异义替换可以使氨基酸发生变化的密码子中核苷酸的替换。open reading frame (ORF)开放阅读框（ORF）一段由密码子组成的核苷酸序列，在相同阅读框中没有终止密码子出现。operator sequ

25、ence操纵子序列原核生物调控蛋白结合的与基因启动子相关的一段核苷酸序列。operon操纵子包含有结构基因和调控元件、在转录中产生mRNA分子的一组相关的基因。origination penalty起始罚分用来评估一系列新空位的罚分；序列比对中空位罚分的一部分。orthologs直向（直系）同源物那些具有相似性的序列，由于物种形成事件而使得它们从一个祖先序列独立进化。outgroup外群（外部参考物种）指与一组生物体很少相关的一个物种或一组物种。PAM unitPAM单位一种进化单位；特别地，指被观察的对象中每100个残基发生一个替换所需要的平均进化时间。paralogs共生（旁系）同源物那些

26、具有相似性的序列，它们都是被复制的祖先基因的后裔。parsimony简约性指只需少量突变事件激发就可以使一条进化路径比其他路径更有优先权的过程。physical map物理图谱关于基因组中特异性序列排列和间距的信息，建立物理图谱实际上是为全基因组测序建立“路标”，是测序的前一步工作。peptide肽一条含有多个氨基酸的链。peptide bond肽键在肽连接中碳氮之间的共价键。pharmacogenomics药物基因组学一门利用个体的遗传信息获取最好的疗效，同时具有最小副作用的研究领域。phenotype表型生物体由于和其基因型和环境相互作用而产生的可见属性。phosphodiester bo

27、nd磷酸二酯键连接一个核苷酸的磷酸基团和另外一个的脱氧核糖的共价键。phylogenetic tree系统发生树对三个或三个以上基因或生物体之间的进化关系的图形化表示。point accepted mutation (PAM)点接受突变（PAM）指被自然选择接受的突变。polar amino acid极性氨基酸通常指侧链上包含氧和（或）氮并且很容易和水形成氢键的氨基酸。polar bond极性键在一个带全正电的分子和另一个带全负电的分子之间发生的相互作用。polyadenylation多聚腺苷酸化指用一个基因核苷酸序列中不被读出的一段长约250个碱基A组成的序列替代真核hnRNA3 端的过程。

28、polycistronic多顺反子包含多个基因的遗传信息（顺反子）。polymerase chain reaction聚合酶链反应一种在体外快速、大量地合成给定DNA片段的技术，首先将双链DNA分离成两个互补的单链，再用DNA聚合酶将每一个单链合成双链，如此重复下去。Polynucleotide多核苷酸一条核苷酸的聚合链；DNA或RNA分子。polypeptide多肽一条氨基酸的聚合链；蛋白质。position-specific scoring matrix位置特异性打分矩阵一个矩阵，矩阵中的每一个数表示某个特定的氨基酸占据多序列比对中某个位置的频率。positive regulation正调

29、控一个调控蛋白的结合使得RNA聚合酶更容易启动转录的情况。primary structure一级结构组装成蛋白质的氨基酸序列。probe探针一块被标记的可以特异性和感兴趣的分子发生相互作用的DNA（或RNA或抗体）。promoter sequence启动子序列指和一个基因相关联的可以被RNA聚合酶识别的序列。protein backbone蛋白质骨架多肽链中的非侧链原子。protein electrophoresis蛋白质电泳根据蛋白质的基本特征（如大小、带电性）在电场下分离并比较蛋白质的方法。protein sequencing蛋白质测序对给定蛋白质的氨基酸进行测序的过程；通常根据Edman方法，每次从多肽的羧基端移走一个氨基酸。protein threading蛋白质结构预测线索法首先假设多肽的构象，然后根据得到的结构计算出其能量的方法。通过计算各种已知结构的能量，可以得出与给定蛋白质序列最符合的构象。因为该结构是假设的而不是计算出来的，所以线索法有时指的就是“反向蛋白质折叠”。proteome蛋白质组一个生物体的所有蛋白质总和。Proteomic