Biolog使用手册1.docx

1、Biolog使用手册1Biolog使用手册目录1 启动. .4 1.1 系统需要. .4 1.2 安装软件和数据库.4 1.3 软件配置. .42 系统介绍. .52.1 原理. 52.2 鉴定程序. .52.3 使用简单的软件.52.4软件背后的数学52.5 鉴定微生物和管理数据.63 进入系统. .73.1 限制性进入模式.7 3.2 创建使用者列表.7 3.3 使用记录. .7 3.4 改变进入模式.74 准备样品. .84.1 分离一个纯培养物.8 4.2 革兰氏染色. 8 4.3 Wet Prep. .8 4.4 定义好氧菌特征.8 4.5 定义厌氧菌特征.84.6 定义丝状真菌和酵

2、母菌特征.9 4.7 培养. 9 4.8 准备接种物. 9 4.9 革兰氏阳性产芽孢杆菌的处理.9 4.10 丝状真菌的处理94.11 接种鉴定板. .94.12 培养鉴定板. .94.13 厌氧鉴定板的处理10 4.14 丝状真菌的准备10 4.15 GN，GP，AN的准备.105 读结果. .115.1 登录. .115.2 选择人工，读数仪或文件输入模式115.3 选择打印方法. 115.4 人工读结果. 115.5 用读数仪读结果.115.6 从文件读结果.115.7 设置一个工作表.115.8 设置保存文件. 115.9 使用工作表来读多个平板.115.10 人工调整域值115.11

3、 选择数据库. .125.12 退出. .126 结果解释. .13 6.1 读结果. .136.2 评估鉴定结果的准确性.136.3 解释不好的鉴定结果的可能原因.136.4 种的比较. .146.5 查找并评估种的信息.146.6 使用真菌的宏观和微观图片.156.7 查看更多的种. 156.8 评估原始OD值157 数据管理和编辑数据库.167.1 文件备份. .167.2 文件合并. .167.3 文件浏览和编辑.167.4 自定义数据文件.167.5 输入/输出ASCII数据.177.6 输出为ACCESS.177.7 群落分析.178 技术注解.198.1 材料列表.198.2 培

4、养基和接种液准备.198.3 特殊用途的微孔板.229 经常问到的问题.2310 故障处理.2510.1 革兰氏染色2510.2 培养微生物2510.3准备接种物.2610.4接种微板.2610.5培养微板.2610.6 读数仪2711 术语表2812 附录.30附录1 微孔板的数据统计.附录2 样品准备的流程表附录3 真菌样品准备的流程表附录4 数据库表及特性附录5 结果打印输出的格式附录6 危险病原菌数据库附录7 产品注册表1 启动1.1 系统需要计算机（Windows95,98,2000或NT, 有光驱和软驱），显示器，鼠标，键盘，读数仪，浊度仪，菌落放大灯，八头电动加液器，系统软件。1

5、.2 安装软件和数据库将系统软件光盘和授权软盘插入光驱和软驱，运行光盘即可，数据库的安装与软件的安装一样。注意：A、管理员使用名为1-20个字符；密码为6-20且至少有一位是数字，大小写敏感。B、软件和数据库有转移复制保护功能（通过授权盘来控制），防止非法转移并且限制复制盘的使用次数（10次）。1.3 软件配置该使用手册适用于ML1，ML2和ML3。2 系统介绍Biolog专利的微生物鉴定技术通过在一块鉴定板上使用95种碳源利用实验，能够区分4*1028种可能的代谢模式，这提供了系统将来的发展空间，因此该技术将保持艺术级。2.1 原理微生物利用碳源进行呼吸时会将四唑类氧化还原染色剂从无色还原成

6、紫色，从而在微生物鉴定板上形成该微生物特征性的反应模式或“指纹”，通过纤维光学读取设备读数仪来读取颜色变化，并将该反应模式或“指纹”与数据库相比就可以在瞬间得到鉴定结果，酵母和霉菌还要通过读数仪读取同化的变化（也就是浊度的变化）。2.2 鉴定程序步骤1：在Biolog培养基上分离一个纯的培养物，使用正确的微生物分离纯化技术，使用Biolog推荐的培养基和培养条件。步骤2：革兰氏染色决定实验模式，对FF可能要使用wet prepare test来区分丝状真菌和酵母。步骤3：准备特定浓度的接种物，细胞浓度决定氧浓度，而氧浓度是必须加以控制的关键参数，请严格遵循Biolog的接种物准备方法。步骤4：

7、接种并培养鉴定板步骤5：读结果2.3 使用简单的软件2.4软件背后的数学Biolog软件使用广泛的计算机运算法则来处理来自读数仪的信息并与数据库比较。一般情况下，软件将阴、阳和边界反应与数据库比较并按匹配程度列出鉴定结果，同时判断该结果是否好的鉴定结果，最后给出鉴定结果。GN、GP、AN数据库是动态数据库：微生物总是最先利用最适碳源并最先产生颜色变化，颜色变化也最明显；对次于最适的碳源则利用较慢产生颜色变化也较慢，颜色变化也没有最适碳源明显。动态数据库充分考虑了微生物这种特性，使结果更准确和一致。YT、FF数据库是终点数据库：软件同时检测颜色和浊度的变化。2.5 鉴定微生物和管理数据2.5.1

8、 使用工作表：预先输入样品的鉴定信息可加快鉴定的速度。2.5.2 保存数据：可将数据存入文件并使用输出选项进行管理。2.5.3 编辑文件、创建数据库。2.5.4 调整域值：如果觉得自动结果与肉眼不符，可通过调整域值来改变结果。2.5.5 浏览数据库。2.5.6 执行群落分析：可浏览一维、二维和三维的群落系统树图。3 进入系统若以非限制性进入模式进入系统，软件的所有功能都可使用，管理员可改变进入模式。3.1 限制性进入模式管理员权限：为使用者指定用户名和密码；为使用者指定使用权限；创建审核记录；冻结数据文件以保证数据完整性；3.1.1 登录3.1.2 未授权登录如果使用未授权的用户名和密码登录，

9、五次后程序会自动关闭，如果随后再使用未授权的用户名和密码登录，系统会发出警告（语音和屏幕显示）“unauthorized access has been attempted”，一直到以管理员身份进入。3.1.3 改变密码使用者可以随时改变使用密码。3.2 创建使用者列表注意：只有系统管理员才可以创建并修改使用者列表；使用名一旦创建就不可删除和更改。Log-In：使用者可以登录，使用Set Up Input，读结果和打印结果，无数据库管理功能。Set-Up：使用者可以改变屏幕颜色和字体，可以使用读结果的一切功能，无数据库管理功能。View/Print：使用者可以浏览并打印数据文件，但不能编辑数据

10、文件。Edit：使用者可以使用所有的数据管理功能编辑数据文件和生成数据库。Admin；跟管理员的权限一样。3.3 使用记录使用记录不可编辑，记录了最近的100次登录记录，包括使用名、日期、时间、使用者权限、登录方式，当超过100个，就会存成一个只读文件，当文件中的记录达到100个，后来的记录就会存成另一个只读文件。3.4 改变进入模式在Welcome窗口点击管理员选项，就可以选择限制性进入模式或非限制性进入模式。4 准备样品大部分不好的鉴定结果是由不规范的实验技术和使用了非推荐的培养基造成的。4.1 分离一个纯培养物4.1.1 好氧细菌使用BUG+B，厌氧细菌使用BUA+B，酵母使用BUY，丝

11、状真菌使用2%麦芽汁琼脂。4.1.2 微生物要培养在合适的温度。4.1.3 培养时间最长为：细菌24小时，酵母72小时，丝状真菌10天。4.1.4 检查并确认培养物为纯培养。4.2 革兰氏染色用来确定该微生物是细菌还是酵母，是阴性菌还是阳性菌，是球菌还是杆菌，是否产芽孢。4.3 Wet Prep用来区分酵母和丝状真菌。4.4 定义好氧菌特征4.4.1 革兰氏阴性菌要做进一步的实验来区分为GN-NENT，GN-ENT，GN-FAS。4.4.2 氧化酶阳性则为GN-NENT；氧化酶阴性且形成较大的菌落则为GN-ENT，如果判断不出，则要做三糖铁实验。4.4.3 如果三糖铁实验为K/K或K/AW，则

12、为GN-NENT；A/A或K/A则为GN-ENT。注意：巴斯德氏菌属的一些种和不动杆菌属三糖铁实验为A/A，但氧化酶为弱阳性。4.4.4 在BUG+B上生长不好的为GN-FAS注意：莫拉氏菌虽然在BUG+B上生长很好但仍然为GN-FAS。4.4.5 革兰氏阳性菌要分为GP-COCCUS&ROD和GP-ROD SB。4.4.6 对GP-COCCUS&ROD要做接触酶实验，阳性要做好氧培养，阴性做二氧化碳培养。4.5 定义厌氧菌特征卡那霉素实验中，如果卡那霉素敏感（抑菌圈10毫米）则为梭状杆菌；如果卡那霉素不敏感（抑菌圈10毫米）则为拟杆菌或普雷沃菌。4.6 定义丝状真菌和酵母菌特征FF数据库不同

13、于其它数据库，根据种型分为8个数据库，所以明确鉴定种属于那一个数据库对正确的鉴定很重要：空气数据库包括从空气中分离的丝状真菌和酵母；食品数据库包括从食品中分离的丝状真菌和酵母；酵母数据库包括一些酵母，只用作研究；曲霉、刺盘孢、镰刀霉、青霉、木霉数据库包括同这些属相关的一些变种，只用作研究。4.7 培养注意：不要培养时间过长；为得到更好的结果，厌氧菌最好培养两次，取第二次培养的板来使用；农业微生物应培养在BUG上；培养条件见附录2。4.8 准备接种物注意：GN-ENT，GN-FAS，GP COCCUS&ROD，在培养液中要加巯基乙酸钠，每瓶巯基乙酸钠有15滴，每瓶培养液加3滴；如果GP COCC

14、US&ROD在加了巯基乙酸钠后仍然假阳性，再加1毫升100mM的水杨酸钠；具体见附录2。4.9 革兰氏阳性产芽孢杆菌的处理注意：对其它粘性的或不易分散的菌落也可以采取干管分散技术；一定要培养在BUG+M+T上；培养时间尽量短；蜡状芽孢杆菌和苏云金芽孢杆菌用生化方法是分不开的，所以数据库中列为蜡状芽孢杆菌/苏云金芽孢杆菌。4.10 丝状真菌的处理注意：在生物安全工作台中进行；与其它微生物不同，培养时不要加增湿剂。4.11 接种鉴定板注意：接种时间不能超过20分钟，厌氧菌的时间更要短。4.12 培养鉴定板注意：培养温度不一定与流程表一致，应按最适温度进行；霉菌要放入密封良好的容器，不需保湿；培养条

15、件见附录2。4.13 厌氧鉴定板的处理注意：如果是拟杆菌或普雷沃菌，接种前将鉴定板打开曝露20分钟再接种；其它种则应该在5分钟之内完成接种；接种后要等10分钟才能将鉴定板放入培养箱；注意培养系统不能含氢，因为含强烈氢化酶的细菌在有氢时会将显色剂还原成紫色；如果出现假阳性，可能是厌氧系统的问题4.14 丝状真菌的准备见附录34.15 GN，GP，AN的准备见附录25 读结果5.1 登录5.2 选择人工，读数仪或文件输入模式5.3 选择打印方法5.4 人工读结果注意：最好不要人工输入YT和FF的反应结果；确认输入正确的种型；默认的NOT SELECTED将无数据库可用；FF实际上无240小时数据库

16、，只作为研究用。5.5 用读数仪读结果注意：读结果之前要对读数仪进行初始化；读数仪设置不要随便改动。5.6 从文件读结果选择Select Read来从已打开的文件来读结果，之后的可以按Read Next来按次序来读。5.7 设置一个工作表可以事先输入板的信息，缩短读结果时间，对人工和读数仪读结果都适用，但工作表中无培养时间，所以人工和读数仪读结果时要先选择培养时间，然后选择Select Read来从已打开的工作表来读结果，之后的可以按Read Next来按次序来读。5.8 设置保存文件可选择保存或不保存、自动保存或不要自动保存；如果要保存的话，要建立一个文件。5.9 使用工作表来读多个平板选择

17、Select Read来从已打开的工作表来读结果。5.10 人工调整域值如果觉得自动的结果与实际不符，可以人工调整域值来得到认为是正确的结果。注意：对FF调整域值会导致颜色和浊度的阴阳性都发生变化。5.11 选择数据库注意：当选用Microlog/User时如果结果是在User数据库中找到的，会有“U”标志。5.12 退出6 结果解释软件会按照与数据库的匹配程度列出十个鉴定结果并在ID框中显示鉴定的结果，如果第一个结果都不能匹配得很好，在ID框中就会显示“No ID”。6.1 读结果人工与读数仪的输出格式是不同的，请看附录5。6.2 评估鉴定结果的准确性%PROB提供使用者可以与其它鉴定系统比

18、较的参数；SIM显示ID与数据库中的种之间的匹配程度；DIST显示ID与数据库中的种之间的不匹配程度6.3 不好的鉴定结果可能是以下原因：6.3.1 排在前几位的ID是离散而不相关的属；6.3.2 对GN，GP，AN（24小时结果）SIM5.0；第一个和第二个ID的DIST小于2.0；边界反应多于15个；6.3.3 对YT（48小时结果）SIM5.0；第一个和第二个ID的DIST几乎相等；边界反应多于15个；6.3.4 对FF（所有时间点的结果）SIM随天数基本停止；DIST5.0；第一个、第二个和第三个ID的DIST几乎相等；边界反应多于30个；6.3.5 如果无ID，%PROB将无显示，检

19、查黑白显示的不匹配反应，如果阳性和阴性反应都有不匹配，则该种可能不在数据库中，用户可以将其添加到自定义数据库中；如果不匹配的反应全部为阴性或阳性反应，则很可能是操作的失误：如培养时间过短或过长；A1孔过满或未满；污染；菌细胞太老，培养基错误，接种液错误，培养温度错误；6.3.6 FF要注意人工查看宏观和微观图象；6.3.7 相信肉眼读数仪，有时需要肉眼重新判断阴阳性反应、边界反应匹配程度不好的鉴定结果可能是以下原因：6.4 种的比较“+”表示样品和数据库的匹配程度80%；“-”表示样品和数据库的匹配程度20%6.5 查找并评估种的信息6.5.1 浏览数据库在数据库选项中根据种型选择想要浏览的数

20、据库；右键点击数据库中的种，显示动态数据库和终点数据库；点击孔就显示孔的反应信息；可以设置数据库在任何阳性结果数时的数据库；将数据库设置成与当前结果相同阳性结果数的数据库；水鸭色表示20-80%的阳性，如果100%阳性，则变成紫色，空白的孔则表示阳性20%；黑线表示阳性结果的数目，如果黑线落在水鸭色为边界反应，落在紫色为阳性反应，落在白色为阴性反应。6.5.2 要查看10个结果之外的结果，按Other。双击Other显示数据库，在数据库中选中想比较的种，就可以看到各种指标；再右键点击显示动态数据库和终点数据库。6.6 使用真菌的宏观和微观图片在真菌数据库可查看并对比样品与数据库的宏观和微观图片

21、。6.7 查看更多的种除了结果中列出的10种菌，还可以按other查看其它的种。6.8 评估原始OD值选择Raw Data可浏览原始OD值。7 数据管理和编辑数据库保存的数据文件可以备份，合并，打印，编辑，输出为其它格式（如Excel和Access），自定义数据库；冻结文件后文件不可编辑。7.1 文件备份冻结的文件不能被编辑，因此要先备份，用复制的文件来进行其它操作。7.2 文件合并选择要编辑的文件做为接受者，加入的文件在加入后仍然保留原来的拷贝。注意：作为安全软件只允许添加一次，要重新添加，退出该功能重新进入。7.3 文件浏览和编辑选中要编辑的文件，点击文件浏览和编辑。注意：每项编辑完退出时

22、总是按View Only并按OK退出。7.4 自定义数据文件注意：确保每个用来生成数据库的文件只包括一种鉴定板的结果，因为应用时菜单的特征是与平板类型相联系的。7.4.1 首先要将文件在浏览和编辑里标记好。7.4.2 在步骤1选好这些记录，如果是YT或FF还要选好培养时间。7.4.3 在步骤2将两个选项全选中。7.4.4 按GO，将生成以KID（动态数据库，GN、GP、AN）为扩展名的数据库文件；或以EID（终点数据库，YT、FF）为扩展名的数据库文件。7.4.5 按目录可以浏览生成的数据库文件。7.4.6 按数据可以浏览生成的数据库文件的具体信息，如果修改，则要重新自定义才能做为数据库文件来

23、用。7.4.7 从Set Up中选择自定义数据库，将数据库文件加到数据库中，再冻结，完成。7.4.8 将文件的数据按照自定义的数据库来重新鉴定和设置域值。步骤：选择Make Index File, Re-ID,Re-Threshold Data,培养时间，按GO。7.4.9 打印设置注意：软件将不保留永久性的设置，设置后将自动打出。步骤：选择Make Index File和三种打印格式中的一种，参看附录3的打印效果。7.5 输入/输出ASCII数据可以从ASCII文件输入到系统，也可以从系统输出为ASCII文件，或EXCEL，WORD文件。7.5.1输入ASCII数据步骤：选择ASCII文件，扩展名为PRN，CSV，TXT；选择指定的ASCII类型；在格式中选择要输入的信息，具体信息请看表。7.5.2输出ASCII数据跟输入一样，只不过是相反的操作。注意：如果要输出为CSV形式的EXCEL，在保存类型选择Comma Delimited，在步骤2选择One Line, comma delimited；如果要输出为TXT或PRN形式的EXCEL，在保存类型选择Text Files，在步骤2选择Line delimited, Data 8*12Space delimited；如果要输出为TXT或PRN形式的WORD，在保存类型选择Text Files，在步