绝对实用chemdraw教程.docx

1、绝对实用chemdraw教程ChemDraw软件Chemdraw7、0就是Cambridgesoft公司出品的Chemoffice系列的最新版本Chemoffice2002的重要组成部分。一、ChemDraw软件简介1、 启动:在Windows下,有两种打开方式:在桌面上,双击ChemDraw图标;或者在“开始菜单”里选择ChemDraw选项。2、界面简介:下图为ChemDraw的图形化用户界面(GUI)。关于画图的主要工具工具栏,其主要功能如下图所示:ChemDraw为绘制化学结构,提供了以下工具。化学键工具, 环工具, 脂肪链工具, 自动错误矫正, 在ChemDraw Ultra中还新增了

2、从化学名称到结构的功能。、化学键的绘制:绘制化学键有以下几种工具,利用这些工具,可以直接在文档中单击或者拖拉来绘制化学键。默认的键长与键角用Object菜单中Fixed Lengths与Fixed Angles选项固定。、环的绘制:环的绘制,可以使用右边的工具:环的绘制可以用以下的方法,注意以下的细节:如果选择环工具之后,在一个原子上单击,则会在该原子上添加一个环,如果在一条键上单击,则会在键上添加环,具体的演示如下: 如果想要绘制共轭环结构,可以按下CTRL键的同时,在文档中单击放置环。这样,会在环中出现一个圆圈。当然,这种情况下,环已烷的椅式结构除外。、脂肪链键的绘制: 选择脂肪链工具,在

3、文档上拖动鼠标即可画出长链。也可以在文档空白区域或者一个原子上单击,在出现的对话框输入想要链长的原子数。、键的编辑:改变键的类型:选择键工具,指向已经存在的键,单击,则会出现新的类型的键。改变楔形键与虚格键的方向:选择楔形键与虚格键工具,点击适当的位置,则方向被自动调整。、移动原子:选择键的工具,指向一个原子,然后按下Shift键的同时,拖动这个原子,就可以改变键的方向。、自动绘制结构从化合物的名字:从ChemDraw Ultra 的Structure菜单中选择Convert Name to Structure命令,在出现的对话框中输入2-bromobenzoic acid,点击OK后,就可以

4、在文档中瞧见结构了。也可以先用文本工具在文档中输入一些化合物的名字,然后选择这个名字,在选择Structure菜单Convert Name to Structure即可得到结构。3、在ChemDraw中,可以在状态栏与信息区域显示使用信息。4、用户自定义ChemDraw的一些功能。Preferences允许用户改变应用于每个打开文档默认的选项。Document Settings可以允许您改变仅仅作用于激活文档的默认属性。 Preferences 影响ChemDraw 应用程序的工作方式。从 File 菜单中选择Preferences、选项,点击Use Defaults选项可以载入默认的工作方式

5、。Document and object settings用来定义正在使用的文档格式、 包括:在layout框可以设置文档成格式海报或者页面、在footer框可以设置页眉、页角与一些注解。在Drawing框中可以定义所绘结构的默认的键长,键角等参数。在Captions框中定义所输入的文字的字体与大小。在Atom Labels可以设置所输入原子符号的字体与大小。在colors框中可以改变文档的背景、前景与其它颜色。绘图设置就是影响绘图中使用的化学键与其她单位的文档设置。使用者可以为整个文档或者文档的特殊对象配置绘图设置:对于整个文档,在文档设置窗口中进行配置。对于一个对象,在对象设置窗口中进行配

6、置。在绘制设置中的改变只影响当前激活文档,这些设置可以在Style Sheets/Stationery Pads保存。为了为整个文档设置绘图设置:从 File中选择Document Settings,在出现的对话框中选择Drawing标签,出现如下:完成设置后,OK保存,该设置应用于整个文档。为所选对象进行绘图设置:先选择您要定义的对象,然后从Object打开Object Settings对话框:在其中进行完设置后,OK保存,该设置只用于该对象的属性。5、添加说明与原子标志ChemDraw 可以帮助您创建以下类型的文本。说明文本:-创建注解,化学名称,化学式,页标题与表中信息。 原子标识文本-

7、用化学符号标识原子与子结构 使用者可以利用文本工具创建与编辑说明与原子标识,同时,可以在文档设定对话框与对象设定对话框编辑文本。 只需打开File菜单中的 Document Settings对话框,在其中选择Captions或Atom Labels来调整说明文本与原子标识。创建文本说明:您新创建的文本的格式被在Document Settings对话框中的Captions标签中设定。在您创建文本前修改成您想要的格式。为了创建一个文本说明,首先单击文本工具,然后指向文档窗口的一个空白区域,单击插入文本框,然后输入文本。利用回车键可以换行输入。鼠标点击文档的空白地方即可文本输入框。 利用文本框旁边的

8、把手可以改变文本框的大小。只需拖动到希望的宽度即可。如果想要改变已经存在的文本,只需选择文本工具,然后在文本上单击,即可修改文本。在该版本的ChemDraw中,还可以利用Structure菜单中的 Convert Structure to Name命令直接把已绘出的结构加上名字。利用文本工具添加原子标识:您新创建的文本的原子标识被在Document Settings对话框中的Atom Labels标签中设定。在您创建文本前修改成您想要的格式。为了在一个原子上添加原子标识,首先选取文本工具,然后指向一个原子(当鼠标指向一个原子上的时候,指示器就变形状了。点击,然后输入原子标识即可。 如果就是想要

9、在一个环上添加原子标识,只需指向一个原子双击,然后输入文本即可。6、绘制轨道,标记,箭头,化学符号与其它形状ChemDraw 提供了如下工具让使用者可以添加化学符号与标记到您的文档中。 Orbital tool-绘制轨道 Chemical Symbols tool-绘制电荷、激发集团与其它符号。 Arrow tool-绘制各种箭头 Drawing Elements tool-绘制各种方框,圆圈与线。 Brackets tool-绘制方括弧,圆括弧等 Arc tool-绘制符号 Pen tool-手绘各种形状二、ChemDraw基本操作1、 设计反应式打开ChemDraw,然后用 As命令将文档

10、以Draw1、cdx文件名保存。通过View 菜单选择 Show General Toolbar 与Show Info Window以显示一般工具栏与信息栏。点开Object 菜单确定Fixed Lengths 与Fixed Angles就是选定的。注意:应用 fixed lengths 与 fixed angles可以使您在创建结构时使用固定的键长与键角。The fixed length 长度可以在Drawing Settings 对话框中设定。 创建一条单键:(1)、选定实心单键工具,把指示器(+)定位到文档窗口的任何位置,然后点击。单键以固定角度30度,固定长度显示。添加第二条键:(2)

11、、将指示器指向右边的原子,点击原子以加一条键。 这条键与第一条键之间夹角120度。注意:添加键的角度可以在Drawing Settings 对话框 利用Chain Angle setting设置。 添加第三条键:(3)、按照以上方法添加第三条键,完成后如右图所示:改单键为双键:点击中间的原子,按下鼠标, 按照下图方向拖动鼠标,然后松开鼠标。向结构中添加标签:用指示器(+)指向双键上方的原子,双击该原子,在出现的文本框中输入大写字母“O”,然后可以通过点击别的区域与选择别的工具关闭输入文本框。接下来,利用复制这个结构,并利用复制品创建一个新的结构。复制结构:选择套锁工具,所绘结构会被自动选取。指

12、向选择框,按下Ctrl键,向右侧拖动选取框。就会复制出一个结构。修改复制结构:选择实心单键工具,指向复制结构右下方的原子,单击。并在同一个原子上多次单击以添加多条键。完成图如右:注意:多次单击不可过快,否则,会出现文本框。应在单击之间稍做停留。 选择要添加的标签的原子,在上面输入“OH”。排列结构: 选择两个结构,在Object菜单下,指向 Align,并选择 T/B centers,将两个结构对齐。结果如下:接下来,使用不用的方式选择结构,并将两个结构分开一定的距离以添加箭头:选择选取框工具,最后一个绘制结构会被选择。按下Shift 键以保持结构的整齐,并拖动选取框至右边。 向反应式中添加箭

13、头:点击箭头工具以显示箭头模板。选择箭头后,松开鼠标。指向第一个结构的后方,并按下鼠标,拖动箭头至您想要的长度,然后松开鼠标。注意:在箭头工具右下方的三角形说明该图表包含有模板内容。如果您想改变箭头的长度与箭头与X轴的夹角,可以这样:1、按下 Shift键并指向箭头,这时,一个高亮的框将会出现,如果您选择正确的对话。2、 拖动箭头至您所想要的长度与角度。利用文本工具在添加反应条件与催化剂:选择文本工具,指向箭头上方,单击插入文本框,在出现的文本框中输入OH,完成如下图:注意: 如果您想重新放置文档,可以利用选择工具然后拖动该说明。利用在化学符号工具模板中可用的特殊符号加一个电荷符号:选择化学符

14、号工具,选择环型负电荷符号,指向“OH”的中间,并单击放置电荷工具。注意:如果您在放置符号之后,按着鼠标,就可以沿着符号通过拖拉将其旋转到固定位置。 从化学符号模板中添加的符号自动与离她们最近的结构相结合。一些诸如箭头之类的符号不能自动结合,使用者可以使用群组命令手工合并这些符号。为了组合符号:点击选择工具套锁或者选取框。按下Shift键的同时,点击箭头 ,OH 标签与电荷符号。在Object菜单中选择Group就可以组合这些目标。注意:如果您按着“Shift”点击一个已被选择的目标,则该目标可以取消选择。 您可以通过在一个群中点击单个的物体来选择她们。利用文本工具可以创建包括反应物的名字与数

15、量的说明:选择文本工具,指向第一结构的下方,单击创造一个文本框,在“Text”菜单中选择“Centered”命令,鼠标会移到文本框的中间,然后输入文本“2-propanone”,点击 “Enter or Return”按钮可以输入新的一行。 然后输入“2 moles”, 为另一个结构创建一个平行的说明:先放置一个文本框,然后输入4-hydroxy-4-methyl-2-pentanone, 与1 mole。最后,为了完成方程式,我们给方程式一个阴影框:选择“绘制元素”工具,从模板中选择阴影框, 如下图所示圈出阴影范围。然后,将文档存盘就完成了。最后结构如下:2、绘制中间产物在这部分您可以从一个

16、环开始绘出一个中间产物结构首先,利用 Document新建一个文档,然后利用 As命令以文件名Draw2、cdx存盘。然后,选择环已烷环工具,指向文档窗口,单击即可放置一个六元环。从环中删除一个原子:选择橡皮工具,指向一个要删除的原子,点击所选原子,如右图:注意:您可以单独的删除化学键通过选取键的中间并点击。添加单键:选择实心单键工具,指向要添加的单键的原子,点击添加单键。接着,在以下位置接连添加2条单键,完成之后如图:创建双键:指向一个原子,拖动创建一个双键。然后,指向双键,点击两次,将双键由上方移至下方。注意:当一个绘键工具被选取时,您可以通过点击它来移动双键。添加原子标签:指向您要添加标

17、签的原子,双击原子打开一个文本框, 输入“O”与“-” ,然后在另一个原子上添加“OH”的标签。 下一步就是您需要添加一个箭头,这个箭头不包含在箭头模板里,就是用来表示电子得失的。利用钢笔工具创建一个自定义的箭头:选取钢笔工具,从Curves菜单中选择Arrow at End,指向双键您想标注电子转移开始的地方附近,向下拖动鼠标至左边,松开鼠标。再选择您所要绘制弧线的端点,拖动鼠标定义方向后,完成如下图:修改箭头的形状:用鼠标指向曲线右边控制线的控制点,这就是控制切线的控制点。拖拉把手至需要的角度,使用把手工具调整曲线至适当的内弧。完成后,按Esc键退出。创建余下的箭头,完成后,如下所示:完成

18、后,注意保存修改结果。3、利用环绘图在这部分中,使用者可以利用环画更多的复杂结构。首先,利用 Document新建一个文档,然后利用 As命令以文件名Draw3、cdx存盘。然后,选择环已烷环工具,指向文档窗口,单击即可放置一个六元环。合并第二个环到第一个环上:指向右下方键的中央,单击放置合并第二个环, 同样的方法放置第三,第四个环。结果如下:利用橡皮工具擦除原子与她们之间的键:选取橡皮工具,指向要擦除的原子,一个高亮的框会出现在要擦除的原子上面,点击删除原子与键。所得结果如下:接下来,添加双键到结构上去: 点击实心单键工具,指向您选中的原子,向上添加双键,按照相同的方法,再添加一个双键,在需

19、要的位置。添加原子的标签:指向需要添加标签的原子,利用文本框工具添加“C”原子,氢原子会自动的被添加上去。相同的方法在适当位置添加“O”原子,结果如下:最后,一定要记着保存结构。4、Fischer结构式这个教程演示创建一个葡萄糖的Fischer结构式。当然,您也可以利用模板工具创建相同的结构。 通过模板创建一个文档:首先, 利用 Document新建一个文档,利用 As命令以文件名Draw4、cdx存盘。画第一条键:选择实心单键工具,指向文档,垂直向下拖动画第一条键。添加第二条键:指向第一条键的下方的原子,向下拖动画第二个原子。重复上面两步3次,画出5条键。 注意:当您沿着键的长度拖动指示器,

20、指示器在箭头与十字架之间变换。箭头说明您在键的中间,十字架说明您在一个原子上。添加水平的键在第二个原子上:指向第二个碳原子,并添加一个垂直的键。在相反的方向再添加一条键,以相同的方式在以下的几个原子上添加水平的键。具体步骤如下:标记C1与C6:指向C1,双击打开文本框,输入“CHO”,接下来指向C6,打开文本框,输入“CH2OH”。接下来,我们可以给结构标记上“H”与“OH”。查瞧所绘结构的基本性质,并把这些性质贴在文档里面:利用选择工具将整个结构选定,利用View menu菜单下的Analysis Window可以查瞧该结构的性质。利用“PASTE”按钮把性质贴在文档里面。5、绘制透视图在这

21、部分中,使用者可以通过学习绘制学习绘制 -D葡萄糖学习透视图的创建。首先,新建一个文档,在 Special中选择New Document新建一个文档。然后利用 As命令以文件名Draw5、cdx存盘。画一个环:选择环已烷环工具,指向文档窗口,单击即可放置一个六元环。旋转环:从Edit菜单中选取Select All命令,将鼠标指向选择框的右上角。转动旋转把手向右约30度角。转动的信息会被显示在信息窗口中。注意:当选择工具的旋转功能被激活的时候,指针变成了弯曲的双面箭头。固定键角功能只就是在画图时将键角固定,也就就是说,使用者可以在修改时改变这些固定键角。点击结构外部,取消选择,指向一个原子,将其

22、转换为“O”。 添加垂直的键:选择实心单键工具。指向要添加键的原子,向上拖动画出一条单键。重新指向C1,再想下拖动绘出另一条键。重复上述操作,创建出所需结构,具体步骤如下:在C5上画一条向上的键,在绘制此键时,应注意键的长短,因为这条键很容易与C3上的键重叠。 扭转结构,以改变结构的纵横比,给结构以从Z轴瞧的透视效果: 选择套琐工具,指向重置大小指示器,并按下Shift键,拖动该结构至信息窗口中显示比例约为50%为好。下一步,向结构上添加标签:具体结果如图所示:接下来,要改变一些键的类型:选择粗体键工具,然后指向中间键上,当鼠标变成一个粗体箭头的时候,点击将其该为新的键的类型。然后选取粗体楔型

23、键工具,将结构前面两侧的键的类型改变过来,具体结果如下:注意:如果楔型键指向了错误的方向,您可以单击它以改变方向。最后,记着将结构存盘保存。6、纽曼式的绘制这部分主要介绍如何绘制Newman结构,您也可以通过模板绘制相同的结构。首先,利用 Document新建一个文档,然后利用 As命令以文件名Draw6、cdx存盘。选择实心单键工具,指向文档窗口,并在文档中绘出一条键。继续指向下面的一个原子,并添加上第二条键。在同一个原子上,添加上第三条键。选择套锁工具,则最后绘制的结构会被选择。指向选择框内部,按下Ctrl 键,拖动鼠标在其右边对角线方向复制一个结构。松开鼠标与键盘当复制品到了它的位置。在

24、两个相同的结构间添加一条键:选择实心单键工具,指向较低结构的中间原子,点击并拖动至上方结构的中心原子,松开鼠标在高亮框出现在中心原子的上。 注意:当您连接已经存在的原子的时候,固定的键长与键教都会被忽略的。在这部分中,您可以利用轨道工具绘制Newman式的空心圆而不就是轨道:选择轨道工具,选择空心的S轨道,指向左边的中心原子,并且向外拖动。轨道的大小象键长一样就是被固定的,注意:轨道不会自动的与其相近的结构组合成一体。如果您需要,您要用群组命令。移动结构的一部分至前方使其与轨道交叠。选择选择框工具,选择上面结构的三条键,然后双击右上方结构的旋转把手打开旋转对话框, 在对话框中输入180度。选择

25、degrees CW,然后点击旋转。命接下来,利用Object/ Bring to Front令改变所选结构至前方。 然后指向选择框直到指示器变成了手的形状。拖动选择部分直至所选部分的部分的中心位于轨道内部。松开鼠标,点击文档空白部分,取消选择,一般步骤表示如下: 将文件存盘保存。7、显示立体化学。这部分教授怎么使用立体化学标记。首先,利用 Document新建一个文档,然后利用 As命令以文件名Draw7、cdx存盘。绘制以下结构:选择实心单键工具,在文档区域点击并向下创建第一条键。继续指向较低的原子,单击它加入第二条键。同样,加入第三条键。 用以前说的方法创建出以下结构:接下来,我们为原子

26、添加标签:利用文本工具,单击下面的原子,在出现的文本框中输入“NH2,O,OH”,添加过文本后的结构为:然后,显示立体化学标记:利用套锁工具或者选取框工具选取整个结构,然后从Object菜单中选取 Show Stereochemistry命令。则S标签出现如下: 如果选择Object 菜单下的Flip Horizontal、命令,则R标签出现。最后,我们保存文三、对结构进行工作您可以对您创建的结构完成以下功能: 检查结构来鉴别化合价与原子标签错误 查瞧一个结构的分析信息 显示一个结构的化学性质 显示结构立体化学并计算分子性质 计算结构的H-NMR与C13-NMR光谱并分析峰的归属检查结构:使用

27、者可以利用Check Structure命令检查选定结构的化学式、结构的一部分、或者文本。 首先,利用选择工具选择一个结构、结构的一部分或者一个文本说明。然后选择Structure 菜单中的Check Structure命令。这样,每一个标识都会被检查,当一个地方出错时,一个信息框就会出现。可以用“Ignore”继续检查。“Stop”停止检查。查瞧分析报告:分析窗口会显示化学式,精确质量,分子量,质核比与元素分析。为了查瞧分析报告,只需打开View菜单下的Show Analysis Window命令即可。接下来,只需按下“PASTE”即可把这些信息当作文本贴在文档中,注意,M/E图就是不会出现

28、的。查瞧化学性质报告:这些性质都就是根据结构,用最可靠的办法计算出来的。其中,LogP与MR就是基于文献值的。观察化学性质窗口,首先,要选取一个结构,然后选择View/Show Chemical Properties Window命令,出现的窗口如下,也可以把这些信息象分析报告一样贴在文档上。显示立体化学:我们知道一些化学结构就是具有立体化学特性的,我们可以显示其立体化学信息。选择一个结构,然后右击鼠标,选择Show Stereochemistry命令即可。另外,我们还可以利用Edit/Get 3D Model命令来获得结构的三维结构。当选择这个命令后,Chem3D会打开,显示结构的三维结构。计算结构的H-NMR与C13-NMR光谱并分析峰的归属:这就是ChemDraw一个很重要的功能。在我们绘制出一个结构后,可以利用Structure 菜单下的1H-NMR Shifts或者13C-NMR Shifts来查瞧结构的光谱并可以选择结构中的原子来查瞧其相应光谱峰。