晶体解析步骤.docx

1、晶体解析步骤AFIX, DFIX, HFIX, HIMP这些加氢的指令怎用阿(讨论一下加氢的基本步骤吧)想请教有关加氢的问题(讨论一下加氢的基本步骤吧)1. AFIX, DFIX, HFIX, HIMP这些加氢的指令怎用阿 2. 如果可以用Q峰加氢.要用哪个指令呢?指令怎样用?在哪个文件加? 3. 如果找不到Q峰,除了hadd之外，大家都是怎样加氢的?要用哪个指令?指令怎样用?在哪个文件加? 4. 除了这些指令.大家都是怎样加的.大家谈谈加氢的经验和过程吧. 有高手可以把加?做?劫.我想一定?成?精攘帖的.也可以?初?者?考.感谢分享.这些都是我们初学者要学的阿.拜托.热心的人回答一下吧 br

2、okenpoem 发表于 2011-1-27 11:20跟帖学习，就用过AFIX 和DFIX，没闹明白到底是怎么回事，q峰加氢应该就是用name指令吧？找不到Q峰就就加大Q峰的数量，还是没有就可以基本判断没有H了吧？溶剂水的加氢一直没搞定。 st0627 发表于 2011-1-27 11:20有高手知道? loyalxuan 发表于 2011-1-27 11:20怎?是?人? kong540801 发表于 2011-1-27 11:20老弟是不是没有shelx的说明书啊?再次建议你静下心来好好看看.1. AFIX, DFIX, HFIX, HIMP这些加氢的指令怎用阿 AFIX 内容比较多,

3、看书去.DFIX DANG是分别固定键长键角的. 形式DFIX 0.85 0.01 O1 H1DANG 1.35 0.01 H1 H2HFIX 和AFIX差不多, 但在没加氢前用在.ins中,修正后,回直接帮你把理论的氢产生好.himp用来在xp中改变X-H的键长.比如himp 0.82 h12. 如果可以用Q峰加氢.要用哪个指令呢?指令怎样用?在哪个文件加? plan 300 在.ins文件中加3. 如果找不到Q峰,除了hadd之外，大家都是怎样加氢的?要用哪个指令?指令怎样用?在哪个文件加? 碳上的氢, hadd足矣.O上的氢, 一般从Dif-fourier map找, 就是把合适的Q命名

4、为H. 在xp中先用envi o1之类的命令找到合适的Q,在用name q1 h1改名.4. 除了这些指令.大家都是怎样加的.大家谈谈加氢的经验和过程吧. 没有秘诀, 反复尝试.如果数据比较好, 可以找到H;如果不好, 要按照尽可能形成氢键的原则. pppppp 发表于 2011-1-27 11:20我有个quick question.何时需要固定键长呢?哪些原子上的氢需要固定键长键角? 像是3.里面的O上加的氢.在指定名称之后.需要固定键长吗?怎固定? 谢谢老师的回应阿.你人真的太好了哀.凌晨快要三点了.看这些指令头都晕了. cxwpf200 发表于 2011-1-27 11:20引用xi2

5、004老?的:1. AFIX, DFIX, HFIX, HIMP这些加氢的指令怎用阿 AFIX 内容比较多, 看书去.DFIX DANG是分别固定键长键角的. 形式DFIX 0.85 0.01 O1 H1DANG 1.35 0.01 H1 H2HFIX 和AFIX差不多, 但在没加氢前用在.ins中,修正后,回直接帮你把理论的氢产生好.himp用来在xp中改变X-H的键长.比如himp 0.82 h1?何要固定或是限制嫔樘嫔角呢?固定完之後精修呃些嫔樘?被精修?呃?就好了?很困惑AFIX,DFIX,HFIX,HIMP之间的关联性和使用的时机? 到底何时需要用afix,dfix, hfix, h

6、imp?晕. sunny03 发表于 2011-1-27 11:20quoteOriginally posted by staphlee at 2009-7-11 17:53:我有个quick question.何时需要固定键长呢?哪些原子上的氢需要固定键长键角? 理论加氢的就不说了, 其键长键角都是固定的.象N. O上的H, 如果你既想修正之, 又容易跑, 就要用DFIX, DANG来固定. 如果不想修正, 用himp得到理想键长后, 直接AFIX 3得了.像是3.里面的O上加的氢.在指定名称之后.需要固定键长吗?怎固定? 是要固定的. 如何固定同上. 不固定, 一般都会跑掉. 除非数据特别

7、好.标题: 怎么将分裂处理？ 作者: alusia 时间: 2007-9-27 08:43 标题: 怎么将分裂处理？一个羧基上的氧原子无序，请问怎样加指令进行分裂？谢谢大家PLAT241_ALERT_2_A Check High Ueq as Compared to Neighbors for O1PLAT080_ALERT_2_B Maximum Shift/Error . 0.20 PLAT241_ALERT_2_B Check High Ueq as Compared to Neighbors for O2B PLAT242_ALERT_2_B Check Low Ueq as Comp

8、ared to Neighbors for C25 本帖最后由 alusia 于 2007-9-27 10:17 编辑 作者: crystalsnet 时间: 2007-9-27 09:45至少画出图片吧 作者: alusia 时间: 2007-9-27 10:19请大哥指导。：）。结构请见附件。这是没有分裂前的，分裂后，O2分成O2A O2B但是还是有如上所述错误。不知道分裂到底用那些指令，我也没人指导，自己在乱弄，所以搞不好，麻烦了。谢谢。原来lst文件中提示O2分裂，分裂后，LST文件中没有提示分裂了但是还是有这么多错误，可能我指令弄得不好。 本帖最后由 alusia 于 2007-9-

9、27 10:20 编辑 作者: crystalsnet 时间: 2007-9-27 23:25O1, O2都是有问题的，这种情况比较少见，因为和重原子配位时，一般不会无序。至于处理方法：（1）在O1, O2附近找出合适的Q峰，定出来无序（2）从LST文件决定如何裂分（3）直接在O1, O2上进行裂分比如对于O1O1 n x y z 11.00000 .改为(两个坐标相同)O1a n x y z 1.00000 .O1b n x y z 1.00000 .精修完毕，在进行无序处理学习解晶体最初的动力肯定是想了解自己搞得那堆东西是怎么回事第一：要了解的就是cif文件， cif文件只是格式比较麻烦一

10、些，他要在很短的篇幅中介绍您的结构，必定需要告诉：样品名称，分子式，对称性，元素种类，收集数据的条件，原子的三维坐标，热震动的大小，数据质量等等，这个呢可以去读一下陈小明老师的那本书，有一节专门讲了cif里各个条目的意思，如有不懂的可发帖向大家询问。第二：目前解单晶软件最好用的并不是shelx系列的，但是shelx系列是最广泛的。初学者最好用带xshell版本的（软件网上很多地方都可以下载，当然我也可以“非法“提供给您）。由于衍射数据的信息无法直接读取，我们有必要将其含有的结构信息通过一定的软件还原并表达出来。比较通用的方法就是最小二乘法，最小二乘法的核心就是通俗的说法”逐步逼近“，这样就需要

11、提供一个最初始得结构模型，本步骤可有shelx程序包中的xperp及xs来完成。xs出来的初始模型需要进一步的精修（逐步逼近）直到计算出来的模型和衍射数据所反映的理论模型相差很小时，结构也就修完了。接下来就要使用xshell了，该子程序可以自动读入您刚才的初始模型，根据您化学方面的知识判定模型是否正确，模型中原子的种类等等是否合理，再稍微确定出更正确的结构，refine（精修一下），再看看新出来的模型，是否还有原子没有确定（即将鬼峰q指认成合适的原子），多次上面的循环，我们的结构就越完美，一直修到出现的q峰接近1.0左右（有时会稍大）。但是在前面我们忽略了一个问题，就是原子包括化学键在非绝对零

12、度都是有震动的，因此它的电子云就肯定不是球状，也就是说原子表现出来的是各项异性而非各向同性，那么只需加入anis命令（在xshell中只需在选项前面打个勾就可以了），在修几轮，这时结构就差不多了。多练习几次，碰到具体问题可以向大家请教。如何在shlex软件中直接用鼠标点选改原子名字在shelx里，除了XP子程序可以为原子命名以外，还可以用xshell子程序，这种情况下，你可以一手点住键盘上的s，一手用鼠标去点选原子（注意，是同一类原子，最好按顺序点），然后用菜单上的群命名，选中原子类型，它就可以自动将原子按序号命名好了。总的过程：1挑选直径大约为0.11.0mm的单晶。CCD的准直管直径有0.

13、3mm，0.5mm，0.8mm；分别对应得晶体大小是0-0.3mm, 0.3-0.5mm, 0.5-0.8mm.2 选择用铜靶还是钼靶？ 铜靶要求max=66度，最大分辨率是0.77埃 钼靶要求max=25度，最大分辨率是0.36埃3 用smart程序收集衍射数据 得到大约一千张倒易空间的衍射图像，300M大小。其中matrix图像45张，分成三组，每组15张，用以判定晶体能否解析。4 用saint程序还原衍射数据 得到很多文件，但是只有三个文件是我们需要的：-ls，p4p，raw。-ls文件中包含有最大的和最小的角，有效地精修衍射点数目。 好像不同的机器或者还原程序得到的文件不同，有的是hk

14、l，abs。5 用shelxtl程序处理上述数据，并画出需要的图形。6 用platon程序检测cif文件，解决掉不可忽略的错误详细介绍上述5的操作过程5.1 装好shelxtl程序，新建一个project，输入要建立工程的名字，然后打开要解析的p4p或者raw文件。5.2 用xprep程序确立空间群，建立指令文件 这个过程基本上是一直按回车键的过程（除了在要输入化学成分的时候改动一下和在是否建立指令文件的时候输入Y即可），一般不会出错。如果出错，那就要重新对空间群进行指认（出错可能是出现在下面的精修过程中）。 一般Mean（I/sigma）2才可以，越大越好。 得到ins，hkl，pcf三个重

15、要数据文件。 其中ins文件：包含分子式，空间群等信息； hkl文件：包含的是衍射点的强度数据； pcf文件：记录了晶体物理特征，分子式，空间群，衍射数据收集的条件以及使用的相关软件等信息。5.3 选择要解析的方法：直接法（TREF）还是帕特深法（PATT）？ 如果晶体中含有重原子如金属原子，那就要用PATT法；如果晶体中没有原子量差异特别大的原子，就用TREF法。默认的方法是直接法。5.4 用xs程序解析粗结构 得到res文件：包含了ins文件的内容和所有的Q峰信息。5.5 用xp程序与xl程序完成原子的指认，付利叶加氢或理论加氢，画图等。达到比较好的结果标准：A 化学上合理（键长、键角、价

16、态）B R1 0.08（0.06），wR2 0.18（0.16），goof=S=1+-0.2(1.00)C R(int)0.1,R(singma)0.1D Maximum=0.000 5.6 用platon程序检测 有些错误要返回到5.5重新精修以解决详细介绍5.5的解析过程5.5.1 原子的指认 打开xp输入fmol 出现一系列的Q峰信息。每次打开xp后都要先输入此命令。输入pick进入Q峰之间连接的结构体系中。根据化学经验（键长，键角以及连接方式）和自己晶体的预测的结构，对Q 峰进行取舍。取舍完毕后，进行原子的命名。当闪点在某个原子上时，从键盘上输入要命名的原子的符号，然后回车；闪点就会跳

17、到下一个要命名的Q峰上。当闪点在某个Q峰上时，如果直接回车，会删掉此原子，用backspace可以复原；如果直接敲空格键，闪点会跳到下一个Q峰上。敲“/”键，保存命名结果，退出；敲“esc”键，不保存结果，退出。输入pers可以看棍球图，如果有错误的原子命名，可以继续用pick命令进行修改。输入proj可以看到结构图，并可以旋转观看输入grow可以长出对称的单元。如果没有对称的单元，则此命令无效。输入fuse删除grow出来的原子和其他操作长出的原子，这些原子不能带入精修的过程中。输入sort /n 对原子进行排序，按照原子名称的序号；如果输入sort $C $N则按照原子种类进行排序。输入f

18、ile name.ins 保存所作的命名信息。会有提示询问是否从name.res中拷贝信息，直接回车。注意：name指用xs解析时命名的作业名，不能更改。输入quit退出程序，敲esc退出程序5.5.2 用xl进行精修 点击xl 出现精修过程，看是否符合5.5中的标准（可以关闭xl后，通过增加ins中的ls的次数或者copy name.res to name.ins 命令进行反复精修，切记每次xl精修后生成的是res文件，因此要将res拷贝成ins再次进行精修才有效）。 如果其他的条件不符合，则要修改ins文件：加入 anis（对所有指令后的非氢原子进行各向异性精修，anis n对指令后的前n

19、个原子进行各向异性精修，anis C对指令后的指定原子进行各向异性精修） omit（忽略指定的衍射点，一般都要用到omit 0 52） afix （将指定的原子坐标强制性的固定在指定的位置上，或者在指定的位置上产生原子） afix 3 表示固定H原子的坐标 afix 13 表示固定垂直于某个平面的H原子的坐标 afix 23 表示固定亚甲基上的H原子的坐标 afix 137 表示固定甲基上的H原子的坐标（好像是afix 33） afix 43 表示固定类似于苯环上的H原子的坐标 dfix （限定两个指定原子间的距离） hfix （限制氢原子在固定的位置上，如hfix 43 N6）在原子的数字信

20、息部分查找是否有H原子的产生（即付利叶计算出来的H原子），如果有则要把它固定起来（afix 2 表示固定温度因子，精修坐标；afix 3表示固定坐标，精修温度因子），以防在精修时其随处飘动，引起漂移值不稳定等。保存后退出。继续用xl精修，看是否符合标准（也可以省略此步，因为H原子还没有加完）5.5.3用xp程序进行理论加氢 打开xp输入fmol输入kill $q 去掉所有的q峰输入hadd 理论加氢（constr）输入pers或者proj查看H原子加的是否正确，如果不正确则要用“kill 原子名”干掉。输入file name.ins回车输入quit5.5.4 继续用xl精修 几轮精修之后，看标

21、准是否达到，如果没有达到，还要继续查找原因，修改ins文件。 产生数据信息的ins文件中的命令，可以将这些命令加在unit和wght之间： Bond $h (产生包括h原子在内的键长键角) Conf （产生扭角） Acta （产生cif文件） Htab （产生可能的氢键，在lst文件中找） Eqiv （和htab一起使用，指定形成氢键的两个原子的名称，将产生分子间和分子内有键合作用的原子的对称性代码，并将信息写在cif中） Size a b c （晶体三个方向的大小，依此计算透过率） mpla c1 c2 c3 c4 mpla c7 c8 c9 （计算由c1 c2 c3 c4 and c7 c

22、8 c9产生的两个平面的夹角，在lst文件中）输入这些命令后，精修一轮就可产生相应的信息。一直精修到达到标准，才能算是完成精修任务。 可以通过调整wght来修正S值。5.5.5 用xp画图点击xpA 画椭球图输入fmol输入info 显示所有原子和q峰的坐标和位移参数信息等。输入kill $q输入 proj 调整好视角，以保证所有的原子都能看清晰且美观。输入labl a b a=0，表示没有任何标注 a=1，表示不标注H原子，原子序号不用括号 a=2，表示不标注H原子，原子序号用括号 a=3，表示标注H原子，原子序号不用括号 a=2，表示标注H原子，原子序号用括号 b，表示标注字体的大小，一般

23、简单的椭球图用300左右输入telp a b c d cell telp cell表示画出带晶胞框的棍球图 telp 0 -50 0.05 20 less $h 其中0表示：立体角度 -50表示：位移椭球图的概率百分比，负值表示是椭球图，一般选择-30或者-50 0.05表示：键的半径，默认值是0.09，一般用0.05 20表示：观察的距离 如果用less $q则表示：不画所有的氢原子。 回车后，将出现椭球图，对原子进行标记（敲回车可以跳过原子，用backspace可以倒退，如果原子标记的字体大小不合适，要从labl命令从新开始）。标记完毕后，自动退出，此时会让输入要保存的*.plt的文件名。

24、输入draw * 选a后回车 输入要输出的图像文件的名称 选回车保存成黑白图，选c保存成彩色图 等一分钟左右 此时就会有*.ps文件生成，该文件可以用photoshop打开。B 画晶胞堆积图输入fmol输入kill $q输入 proj 调整好视角，以保证所有的原子都能看清晰且美观。也可以用matr命令来调整视角。输入pbox a b a表示在当前图形的位置下要堆积的晶胞格子的宽度 b表示在当前图形的位置下要堆积的晶胞格子的深度当前图形的位置下要堆积的晶胞格子的高度是宽度的0.75倍输入matr x x =1表示从a轴的方向看；x =2表示从b轴的方向看；x =3表示从c轴的方向看输入pack

25、表示堆积。此时会出现堆积的图形，可以对堆积出的分子进行删减。选择倒数第二项退出，表示保存了此pack图形。输入proj 调整方向输入labl a b输入telp cell 如果要命名部分原子，就要一直按回车键直至退出。如果没有命名原子，可以按esc键退出。输入要保存的*.plt的文件名输入draw命令，以下同画椭球图的命令。提示：画完椭球图后可以直接pbox和pack命令进行堆积图的处理；堆积图处理后，用fuse命令删除原子后可以进行椭球图的处理。5.5.6 xp程序的其他有用的命令输入envi C1 3 显示出距离C1原子为3埃的所有原子，用此法可以寻找是否有氢键的存在？输入sgen 256

26、5 长出由2565对称操作长出来的原子 1555：1表示对称操作的编号；三个5依次表示轴a，b，c的方向。 如果向a轴正方向平移一个单位，则对称号码为：1655； 如果向b轴正方向平移一个单位，则对称号码为：1565； 如果向c轴正方向平移一个单位，则对称号码为：1556； 1555 = +x，+y，+z 2555 = -x，-y，-z 3555 = 0.5-x，0.5+y，0.5-z 4555 = -0.5+x，-0.5-y，-0.5+z输入sgen C1 C2 C3 N4 N5 N7 S8 3566 长出这些原子输入join bond-type keywords Bond-type=1表示

27、实线（缺省值）；=2表示空心线；=3表示虚线 Keywords表示要连接的两个原子的标志号码。输入mpln keywords 如输入mpln C1 C2 C3 C4 mpln C7 C8 C9 C10 将计算出由C1C2C3C4和C7C8C9C10确定的两个最小二乘平面以及两个平面简单夹角。氢键的形成经验距离：X-HY，XY=3.2-4.0埃，HY3埃一些正常键长数据C-C = 1.53，1.51，1.47C-N = 1.47-1.50C-O（H） = 1.41-1.44，1.30（羧酸根的）C=O = 1.19-1.23，1.21-1.23（羧酸根的）C-Cl = 1.72-1.85C-NO2 = 1.21-1.22C-S = 1.82